src/jalview/bin/JalviewLite.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.bin;\r
  20 \r
  21 import jalview.appletgui.AlignFrame;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.io.*;\r
  26 \r
  27 import java.applet.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 import java.awt.event.*;\r
  31 import jalview.appletgui.TreePanel;\r
  32 \r
  33 \r
  34 /**\r
  35  * Jalview Applet. Runs in Java 1.18 runtime\r
  36  *\r
  37  * @author $author$\r
  38  * @version $Revision$\r
  39  */\r
  40 public class JalviewLite extends Applet\r
  41 {\r
  42     static int lastFrameX = 200;\r
  43     static int lastFrameY = 200;\r
  44     boolean fileFound = true;\r
  45     String file = "No file";\r
  46     Button launcher = new Button("Start Jalview");\r
  47 \r
  48     //The currentAlignFrame is static, it will change\r
  49     //if and when the user selects a new window\r
  50     static AlignFrame currentAlignFrame;\r
  51 \r
  52     //This is the first frame to be displayed, and does not change\r
  53     AlignFrame initialAlignFrame;\r
  54 \r
  55     boolean embedded = false;\r
  56 \r
  57 \r
  58     /**\r
  59      * init method for Jalview Applet\r
  60      */\r
  61     public void init()\r
  62     {\r
  63         int r = 255;\r
  64         int g = 255;\r
  65         int b = 255;\r
  66         String param = getParameter("RGB");\r
  67 \r
  68         if (param != null)\r
  69         {\r
  70             try\r
  71             {\r
  72                 r = Integer.parseInt(param.substring(0, 2), 16);\r
  73                 g = Integer.parseInt(param.substring(2, 4), 16);\r
  74                 b = Integer.parseInt(param.substring(4, 6), 16);\r
  75             }\r
  76             catch (Exception ex)\r
  77             {\r
  78                 r = 255;\r
  79                 g = 255;\r
  80                 b = 255;\r
  81             }\r
  82         }\r
  83 \r
  84         param = getParameter("label");\r
  85         if(param != null)\r
  86           launcher.setLabel(param);\r
  87 \r
  88         this.setBackground(new Color(r, g, b));\r
  89 \r
  90         file = getParameter("file");\r
  91 \r
  92         final JalviewLite applet = this;\r
  93         if(getParameter("embedded")!=null\r
  94            && getParameter("embedded").equalsIgnoreCase("true"))\r
  95         {\r
  96           embedded = true;\r
  97           LoadingThread loader = new LoadingThread(file,\r
  98                             AppletFormatAdapter.URL,\r
  99                             applet);\r
 100           loader.start();\r
 101         }\r
 102         else if (file != null)\r
 103         {\r
 104             add(launcher);\r
 105 \r
 106             launcher.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 107                 {\r
 108                     public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 109                     {\r
 110                         LoadingThread loader = new LoadingThread(file,\r
 111                             AppletFormatAdapter.URL,\r
 112                             applet);\r
 113                         loader.start();\r
 114                       }\r
 115                 });\r
 116         }\r
 117         else\r
 118         {\r
 119             file = "NO FILE";\r
 120             fileFound = false;\r
 121         }\r
 122     }\r
 123 \r
 124 \r
 125     public static void main(String [] args)\r
 126     {\r
 127       if(args.length!=1)\r
 128       {\r
 129         System.out.println("\nUsage: java -jar jalviewApplet.jar fileName\n");\r
 130         System.exit(1);\r
 131       }\r
 132 \r
 133       String format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(args[0],AppletFormatAdapter.FILE);\r
 134 \r
 135       SequenceI[] sequences = null;\r
 136      try{\r
 137        sequences = new AppletFormatAdapter().readFile(args[0], AppletFormatAdapter.FILE, format);\r
 138      }catch(java.io.IOException ex)\r
 139      {\r
 140        ex.printStackTrace();\r
 141      }\r
 142       if ( (sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
 143       {\r
 144         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(sequences), null, args[0]);\r
 145         af.statusBar.setText("Successfully loaded file " + args[0]);\r
 146       }\r
 147     }\r
 148 \r
 149 \r
 150     /**\r
 151      * Initialises and displays a new java.awt.Frame\r
 152      *\r
 153      * @param frame java.awt.Frame to be displayed\r
 154      * @param title title of new frame\r
 155      * @param width width if new frame\r
 156      * @param height height of new frame\r
 157      */\r
 158     public static void addFrame(final Frame frame, String title, int width,\r
 159         int height)\r
 160     {\r
 161         frame.setLocation(lastFrameX, lastFrameY);\r
 162         lastFrameX += 40;\r
 163         lastFrameY += 40;\r
 164         frame.setSize(width, height);\r
 165         frame.setTitle(title);\r
 166         frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
 167             {\r
 168                 public void windowClosing(WindowEvent e)\r
 169                 {\r
 170                     if(currentAlignFrame == frame)\r
 171                     {\r
 172                       currentAlignFrame = null;\r
 173                     }\r
 174                     lastFrameX -=40;\r
 175                     lastFrameY -=40;\r
 176                     frame.setMenuBar(null);\r
 177                     frame.dispose();\r
 178                 }\r
 179                 public void windowActivated(WindowEvent e)\r
 180                 {\r
 181                   if(frame instanceof AlignFrame)\r
 182                     currentAlignFrame = (AlignFrame)frame;\r
 183                 }\r
 184 \r
 185             });\r
 186         frame.setVisible(true);\r
 187     }\r
 188 \r
 189     public String getSelectedSequences()\r
 190     {\r
 191       StringBuffer result = new StringBuffer("");\r
 192 \r
 193       if(initialAlignFrame.viewport.getSelectionGroup()!=null)\r
 194       {\r
 195         SequenceI[] seqs = initialAlignFrame.viewport.getSelectionGroup().\r
 196             getSequencesInOrder(\r
 197                 initialAlignFrame.viewport.getAlignment());\r
 198 \r
 199         for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
 200           result.append(seqs[i].getName() + "¬");\r
 201       }\r
 202 \r
 203       return result.toString();\r
 204     }\r
 205 \r
 206     public String getAlignment(String format)\r
 207     {\r
 208       return getAlignment(format, "true");\r
 209     }\r
 210 \r
 211     public String getAlignment(String format, String suffix)\r
 212     {\r
 213       try\r
 214       {\r
 215         boolean seqlimits = suffix.equalsIgnoreCase("true");\r
 216 \r
 217         String reply = new AppletFormatAdapter().formatSequences(format,\r
 218             currentAlignFrame.viewport.getAlignment().getSequences(), seqlimits);\r
 219         return reply;\r
 220       }\r
 221       catch (Exception ex)\r
 222       {\r
 223         ex.printStackTrace();\r
 224         return "Error retrieving alignment in " + format + " format. ";\r
 225       }\r
 226     }\r
 227 \r
 228     /**\r
 229      * This paints the background surrounding the "Launch Jalview button"\r
 230      * <br>\r
 231      * <br>If file given in parameter not found, displays error message\r
 232      *\r
 233      * @param g graphics context\r
 234      */\r
 235     public void paint(Graphics g)\r
 236     {\r
 237         if (!fileFound)\r
 238         {\r
 239             g.setColor(new Color(200, 200, 200));\r
 240             g.setColor(Color.cyan);\r
 241             g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 242             g.setColor(Color.red);\r
 243             g.drawString("Jalview can't open file", 5, 15);\r
 244             g.drawString("\"" + file + "\"", 5, 30);\r
 245         }\r
 246         else if(embedded)\r
 247         {\r
 248           g.setColor(Color.black);\r
 249           g.setFont(new Font("Arial", Font.BOLD, 24));\r
 250           g.drawString("Jalview Applet", 50, this.size().height/2 -30);\r
 251           g.drawString("Loading Data...", 50, this.size().height/2);\r
 252         }\r
 253 \r
 254 \r
 255     }\r
 256 \r
 257     class LoadingThread extends Thread\r
 258     {\r
 259         String file;\r
 260         String protocol;\r
 261         String format;\r
 262         JalviewLite applet;\r
 263 \r
 264         public LoadingThread(String _file,\r
 265                              String _protocol,\r
 266                              JalviewLite _applet)\r
 267         {\r
 268             file = _file;\r
 269             if(inArchive(file))\r
 270               protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;\r
 271             else\r
 272               protocol = _protocol;\r
 273 \r
 274             format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);\r
 275             applet = _applet;\r
 276         }\r
 277 \r
 278         public void run()\r
 279         {\r
 280             SequenceI[] sequences = null;\r
 281             try{\r
 282               sequences = new AppletFormatAdapter().readFile(file, protocol,\r
 283                   format);\r
 284             }catch(java.io.IOException ex)\r
 285             {\r
 286               ex.printStackTrace();\r
 287             }\r
 288             if ((sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
 289             {\r
 290               currentAlignFrame = new AlignFrame(new Alignment(sequences),\r
 291                                                  applet, file);\r
 292 \r
 293               initialAlignFrame = currentAlignFrame;\r
 294 \r
 295               if (embedded)\r
 296                 currentAlignFrame.setEmbedded();\r
 297 \r
 298               currentAlignFrame.statusBar.setText("Successfully loaded file " + file);\r
 299 \r
 300 \r
 301                 String treeFile = applet.getParameter("treeFile");\r
 302                 if (treeFile != null)\r
 303                 {\r
 304                   try\r
 305                   {\r
 306                     if(inArchive(treeFile))\r
 307                       protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;\r
 308                     else\r
 309                     {\r
 310                       protocol = AppletFormatAdapter.URL;\r
 311                       treeFile = addProtocol(treeFile);\r
 312                     }\r
 313 \r
 314                     jalview.io.NewickFile fin = new jalview.io.NewickFile(treeFile, protocol);\r
 315 \r
 316                     fin.parse();\r
 317 \r
 318                     if (fin.getTree() != null)\r
 319                     {\r
 320                       TreePanel tp = null;\r
 321                       tp = new TreePanel(currentAlignFrame.viewport,\r
 322                                          currentAlignFrame.viewport.getAlignment().getSequences(),\r
 323                                          fin, "FromFile", treeFile);\r
 324                       addFrame(tp, treeFile, 600, 500);\r
 325                       currentAlignFrame.addTreeMenuItem(tp, treeFile);\r
 326                     }\r
 327                   }\r
 328                   catch (Exception ex)\r
 329                   {\r
 330                     ex.printStackTrace();\r
 331                   }\r
 332               }\r
 333 \r
 334               String param = getParameter("features");\r
 335               if (param != null)\r
 336               {\r
 337                 if( !inArchive(param) )\r
 338                   param = addProtocol( param );\r
 339 \r
 340                 currentAlignFrame.parseFeaturesFile(param);\r
 341               }\r
 342 \r
 343              param = getParameter("annotations");\r
 344              if (param != null)\r
 345              {\r
 346                if( !inArchive(param) )\r
 347                   param = addProtocol( param );\r
 348 \r
 349                new AnnotationReader().readAnnotationFile(\r
 350                    currentAlignFrame.viewport.getAlignment(),\r
 351                    param);\r
 352 \r
 353                currentAlignFrame.alignPanel.fontChanged();\r
 354              }\r
 355 \r
 356 \r
 357                 String pdbfile = applet.getParameter("PDBFILE");\r
 358                 if(pdbfile!=null)\r
 359                 {\r
 360                   if( inArchive(pdbfile) )\r
 361                     protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;\r
 362                   else\r
 363                   {\r
 364                     protocol = AppletFormatAdapter.URL;\r
 365                     pdbfile = addProtocol(pdbfile);\r
 366                   }\r
 367 \r
 368                   String sequence = applet.getParameter("PDBSEQ");\r
 369 \r
 370                   if(sequence!=null)\r
 371                   {\r
 372                     new MCview.AppletPDBViewer(pdbfile, protocol,\r
 373                                                (Sequence)currentAlignFrame.getAlignViewport().getAlignment().findName(sequence),\r
 374                                                currentAlignFrame.getSeqcanvas());\r
 375                   }\r
 376 \r
 377                 }\r
 378             }\r
 379             else\r
 380             {\r
 381                 fileFound = false;\r
 382                 remove(launcher);\r
 383                 repaint();\r
 384             }\r
 385         }\r
 386 \r
 387         /**\r
 388          * Discovers whether the given file is in the Applet Archive\r
 389          * @param file String\r
 390          * @return boolean\r
 391          */\r
 392         boolean inArchive(String file)\r
 393         {\r
 394           return ( getClass().getResourceAsStream("/" + file) != null );\r
 395         }\r
 396 \r
 397         String addProtocol(String file)\r
 398         {\r
 399           if (file.indexOf("://") == -1)\r
 400              file = getCodeBase() + file;\r
 401 \r
 402           return file;\r
 403         }\r
 404 \r
 405     }\r
 406 }\r