src/jalview/bin/JalviewLite.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.bin;\r
  20 \r
  21 import jalview.appletgui.AlignFrame;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.io.*;\r
  26 \r
  27 import java.applet.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 import java.awt.event.*;\r
  31 \r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * Jalview Applet. Runs in Java 1.18 runtime\r
  35  *\r
  36  * @author $author$\r
  37  * @version $Revision$\r
  38  */\r
  39 public class JalviewLite extends Applet\r
  40 {\r
  41     static int lastFrameX = 200;\r
  42     static int lastFrameY = 200;\r
  43     static Applet applet;\r
  44     boolean fileFound = true;\r
  45     String file = "No file";\r
  46     Button launcher = new Button("Start Jalview");\r
  47 \r
  48     /**\r
  49      * init method for Jalview Applet\r
  50      */\r
  51     public void init()\r
  52     {\r
  53         applet = this;\r
  54 \r
  55         int r = 255;\r
  56         int g = 255;\r
  57         int b = 255;\r
  58         String param = getParameter("RGB");\r
  59 \r
  60         if (param != null)\r
  61         {\r
  62             try\r
  63             {\r
  64                 r = Integer.parseInt(param.substring(0, 2), 16);\r
  65                 g = Integer.parseInt(param.substring(2, 4), 16);\r
  66                 b = Integer.parseInt(param.substring(4, 6), 16);\r
  67             }\r
  68             catch (Exception ex)\r
  69             {\r
  70                 r = 255;\r
  71                 g = 255;\r
  72                 b = 255;\r
  73             }\r
  74         }\r
  75 \r
  76         AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH = 700;\r
  77         AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT = 500;\r
  78         try{\r
  79           param = applet.getParameter("windowWidth");\r
  80           if (param != null)\r
  81           {\r
  82             int width = Integer.parseInt(param);\r
  83             AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH = width;\r
  84           }\r
  85           param = applet.getParameter("windowHeight");\r
  86           if (param != null)\r
  87           {\r
  88             int height = Integer.parseInt(param);\r
  89             AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT = height;\r
  90           }\r
  91         }catch(Exception ex){}\r
  92 \r
  93         this.setBackground(new Color(r, g, b));\r
  94 \r
  95         file = getParameter("file");\r
  96 \r
  97         if (file != null)\r
  98         {\r
  99             add(launcher);\r
 100             file = applet.getCodeBase() + file;\r
 101             launcher.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 102                 {\r
 103                     public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 104                     {\r
 105                         String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file,\r
 106                                 "URL");\r
 107                         LoadFile(file, "URL", format);\r
 108                     }\r
 109                 });\r
 110         }\r
 111         else\r
 112         {\r
 113             file = "NO FILE";\r
 114             fileFound = false;\r
 115         }\r
 116     }\r
 117 \r
 118     public static void main(String [] args)\r
 119     {\r
 120       if(args.length!=1)\r
 121       {\r
 122         System.out.println("\nUsage: java -jar jalviewApplet.jar fileName\n");\r
 123         System.exit(1);\r
 124       }\r
 125 \r
 126 \r
 127       String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(args[0],"File");\r
 128       SequenceI[] sequences = new FormatAdapter().readFile(args[0], "File", format);\r
 129 \r
 130       if ( (sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
 131       {\r
 132         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(sequences), null);\r
 133         addFrame(af, args[0], AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH,\r
 134                  AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
 135         af.statusBar.setText("Successfully loaded file " + args[0]);\r
 136       }\r
 137     }\r
 138 \r
 139     /**\r
 140      * Displays the given URL in a new browser window\r
 141      *\r
 142      * @param url URL to display in browser window.\r
 143      * <br>New window will be named "HELP_WINDOW"\r
 144      */\r
 145     public static void showURL(String url)\r
 146     {\r
 147       showURL(url, "HELP");\r
 148     }\r
 149 \r
 150       public static void showURL(String url, String target)\r
 151       {\r
 152         if(applet==null)\r
 153         {\r
 154           System.out.println("Not running as applet - no browser available.");\r
 155         }\r
 156         else\r
 157         {\r
 158           try\r
 159           {\r
 160             applet.getAppletContext().showDocument(new java.net.URL(url),\r
 161                 target);\r
 162           }\r
 163           catch (Exception ex)\r
 164           {\r
 165             ex.printStackTrace();\r
 166           }\r
 167         }\r
 168       }\r
 169 \r
 170 \r
 171     /**\r
 172      * Starts a new LoadingThread for loading an alignment file\r
 173      *\r
 174      * @param file file name including full path to file\r
 175      * @param protocol file or URL or paste\r
 176      * @param format Fasta, Clustal, PFAM, MSF, PIR, BLC, Jalview\r
 177      */\r
 178     public void LoadFile(String file, String protocol, String format)\r
 179     {\r
 180         LoadingThread loader = new LoadingThread(file, protocol, format, this);\r
 181         loader.start();\r
 182     }\r
 183 \r
 184     /**\r
 185      * Initialises and displays a new java.awt.Frame\r
 186      *\r
 187      * @param frame java.awt.Frame to be displayed\r
 188      * @param title title of new frame\r
 189      * @param width width if new frame\r
 190      * @param height height of new frame\r
 191      */\r
 192     public static void addFrame(final Frame frame, String title, int width,\r
 193         int height)\r
 194     {\r
 195         frame.setLocation(lastFrameX, lastFrameY);\r
 196         lastFrameX += 40;\r
 197         lastFrameY += 40;\r
 198         frame.setSize(width, height);\r
 199         frame.setTitle(title);\r
 200         frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
 201             {\r
 202                 public void windowClosing(WindowEvent e)\r
 203                 {\r
 204                     frame.dispose();\r
 205                 }\r
 206             });\r
 207         frame.setVisible(true);\r
 208     }\r
 209 \r
 210     /**\r
 211      * This paints the background surrounding the "Launch Jalview button"\r
 212      * <br>\r
 213      * <br>If file given in parameter not found, displays error message\r
 214      *\r
 215      * @param g graphics context\r
 216      */\r
 217     public void paint(Graphics g)\r
 218     {\r
 219         if (!fileFound)\r
 220         {\r
 221             g.setColor(new Color(200, 200, 200));\r
 222             g.setColor(Color.cyan);\r
 223             g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 224             g.setColor(Color.red);\r
 225             g.drawString("Jalview can't open file", 5, 15);\r
 226             g.drawString("\"" + file + "\"", 5, 30);\r
 227         }\r
 228     }\r
 229 \r
 230     class LoadingThread extends Thread\r
 231     {\r
 232         String file;\r
 233         String protocol;\r
 234         String format;\r
 235         JalviewLite jlapplet;\r
 236 \r
 237         public LoadingThread(String file, String protocol, String format,\r
 238             JalviewLite applet)\r
 239         {\r
 240             this.file = file;\r
 241             this.protocol = protocol;\r
 242             this.format = format;\r
 243             this.jlapplet = applet;\r
 244         }\r
 245 \r
 246         public void run()\r
 247         {\r
 248             SequenceI[] sequences = null;\r
 249             sequences = new FormatAdapter().readFile(file, protocol, format);\r
 250 \r
 251             if ((sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
 252             {\r
 253                 AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(sequences),\r
 254                         jlapplet);\r
 255                 addFrame(af, file, AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH,\r
 256                     AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
 257                 af.statusBar.setText("Successfully loaded file " + file);\r
 258             }\r
 259             else\r
 260             {\r
 261                 fileFound = false;\r
 262                 remove(launcher);\r
 263                 repaint();\r
 264             }\r
 265         }\r
 266     }\r
 267 }\r