src/jalview/bin/JalviewLite.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.bin;
  20
  21 import java.applet.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25 import java.util.*;
  26
  27 import jalview.appletgui.*;
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.io.*;
  30
  31 /**
  32  * Jalview Applet. Runs in Java 1.18 runtime
  33  *
  34  * @author $author$
  35  * @version $Revision$
  36  */
  37 public class JalviewLite
  38     extends Applet
  39 {
  40
  41
  42
  43   ///////////////////////////////////////////
  44   //The following public methods maybe called
  45   //externally, eg via javascript in HTML page
  46   /**
  47    * @return list of selected sequences separated by "¬"
  48    */
  49   public String getSelectedSequences()
  50   {
  51     return getSelectedSequencesFrom(getDefaultTargetFrame());
  52   }
  53   public String getSelectedSequencesFrom(AlignFrame alf)
  54   {
  55     StringBuffer result = new StringBuffer("");
  56
  57     if (alf.viewport.getSelectionGroup() != null)
  58     {
  59       SequenceI[] seqs = alf.viewport.getSelectionGroup().
  60           getSequencesInOrder(
  61                   alf.viewport.getAlignment());
  62
  63       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
  64       {
  65         result.append(seqs[i].getName() + "¬");
  66       }
  67     }
  68
  69     return result.toString();
  70   }
  71
  72   public String getAlignment(String format)
  73   {
  74     return getAlignmentFrom(getDefaultTargetFrame(), format, "true");
  75   }
  76   public String getAlignmentFrom(AlignFrame alf, String format)
  77   {
  78     return getAlignmentFrom(alf, format, "true");
  79   }
  80   public String getAlignment(String format, String suffix)
  81   {
  82     return getAlignmentFrom(getDefaultTargetFrame(), format, suffix);
  83   }
  84   public String getAlignmentFrom(AlignFrame alf, String format, String suffix)
  85   {
  86     try
  87     {
  88       boolean seqlimits = suffix.equalsIgnoreCase("true");
  89
  90       String reply = new AppletFormatAdapter().formatSequences(format,
  91           alf.viewport.getAlignment(), seqlimits);
  92       return reply;
  93     }
  94     catch (Exception ex)
  95     {
  96       ex.printStackTrace();
  97       return "Error retrieving alignment in " + format + " format. ";
  98     }
  99   }
 100
 101   public void loadAnnotation(String annotation)
 102   {
 103     loadAnnotationFrom(getDefaultTargetFrame(), annotation);
 104   }
 105   public void loadAnnotationFrom(AlignFrame alf, String annotation)
 106   {
 107     if (new AnnotationFile().readAnnotationFile(
 108         alf.getAlignViewport().getAlignment(), annotation,
 109         AppletFormatAdapter.PASTE))
 110     {
 111       alf.alignPanel.fontChanged();
 112       alf.alignPanel.setScrollValues(0, 0);
 113     }
 114     else
 115     {
 116       alf.parseFeaturesFile(annotation, AppletFormatAdapter.PASTE);
 117     }
 118   }
 119
 120   public String getFeatures(String format)
 121   {
 122     return getFeaturesFrom(getDefaultTargetFrame(), format);
 123   }
 124   public String getFeaturesFrom(AlignFrame alf, String format)
 125   {
 126     return alf.outputFeatures(false, format);
 127   }
 128   public String getAnnotation()
 129   {
 130     return getAnnotationFrom(getDefaultTargetFrame());
 131   }
 132   public String getAnnotationFrom(AlignFrame alf)
 133   {
 134     return alf.outputAnnotations(false);
 135   }
 136   public AlignFrame newView()
 137   {
 138     return newViewFrom(getDefaultTargetFrame());
 139   }
 140   public AlignFrame newView(String name)
 141   {
 142     return newViewFrom(getDefaultTargetFrame(), name);
 143   }
 144
 145   public AlignFrame newViewFrom(AlignFrame alf)
 146   {
 147     return alf.newView(null);
 148   }
 149   public AlignFrame newViewFrom(AlignFrame alf, String name)
 150   {
 151     return alf.newView(name);
 152   }
 153   /**
 154    *
 155    * @param text alignment file as a string
 156    * @param title window title
 157    * @return null or new alignment frame
 158    */
 159   public AlignFrame loadAlignment(String text, String title)
 160   {
 161     Alignment al = null;
 162     String format = new IdentifyFile().Identify(text, AppletFormatAdapter.PASTE);
 163     try
 164     {
 165       al = new AppletFormatAdapter().readFile(text,
 166                                               AppletFormatAdapter.PASTE,
 167                                               format);
 168       if (al.getHeight() > 0)
 169       {
 170         return new AlignFrame(al, this, title, false);
 171       }
 172     }
 173     catch (java.io.IOException ex)
 174     {
 175       ex.printStackTrace();
 176     }
 177     return null;
 178   }
 179
 180   ////////////////////////////////////////////////
 181   ////////////////////////////////////////////////
 182
 183
 184
 185   static int lastFrameX = 200;
 186   static int lastFrameY = 200;
 187   boolean fileFound = true;
 188   String file = "No file";
 189   Button launcher = new Button("Start Jalview");
 190
 191   /**
 192    * The currentAlignFrame is static, it will change
 193    * if and when the user selects a new window.
 194    * Note that it will *never* point back to the embedded AlignFrame
 195    * if the applet is started as embedded on the page and then afterwards a new view is created.
 196    */
 197   public static AlignFrame currentAlignFrame;
 198
 199   /**
 200    * This is the first frame to be displayed, and does not change.
 201    * API calls will default to this instance if currentAlignFrame is null.
 202    */
 203   AlignFrame initialAlignFrame;
 204
 205   boolean embedded = false;
 206
 207   public boolean jmolAvailable = false;
 208   public static boolean debug;
 209
 210   /**
 211    * init method for Jalview Applet
 212    */
 213   public void init()
 214   {
 215     String dbg = getParameter("debug");
 216     if (dbg!=null)
 217     {
 218       debug = dbg.toLowerCase().equals("true");
 219     }
 220     /**
 221      * get the separator parameter if present
 222      */
 223     String sep = getParameter("separator");
 224     if (sep!=null)
 225     {
 226       if (sep.length()>0)
 227       {      separator = sep;
 228         if (debug)
 229         {
 230           System.err.println("Separator set to '"+separator+"'");
 231         }
 232       } else {
 233         throw new Error("Invalid separator parameter - must be non-zero length");
 234       }
 235     }
 236     int r = 255;
 237     int g = 255;
 238     int b = 255;
 239     String param = getParameter("RGB");
 240
 241     if (param != null)
 242     {
 243       try
 244       {
 245         r = Integer.parseInt(param.substring(0, 2), 16);
 246         g = Integer.parseInt(param.substring(2, 4), 16);
 247         b = Integer.parseInt(param.substring(4, 6), 16);
 248       }
 249       catch (Exception ex)
 250       {
 251         r = 255;
 252         g = 255;
 253         b = 255;
 254       }
 255     }
 256
 257     param = getParameter("label");
 258     if (param != null)
 259     {
 260       launcher.setLabel(param);
 261     }
 262
 263     this.setBackground(new Color(r, g, b));
 264
 265     file = getParameter("file");
 266
 267     if (file == null)
 268     {
 269       //Maybe the sequences are added as parameters
 270       StringBuffer data = new StringBuffer("PASTE");
 271       int i = 1;
 272       while ( (file = getParameter("sequence" + i)) != null)
 273       {
 274         data.append(file.toString() + "\n");
 275         i++;
 276       }
 277       if (data.length() > 5)
 278       {
 279         file = data.toString();
 280       }
 281     }
 282
 283     LoadJmolThread jmolAvailable = new LoadJmolThread();
 284     jmolAvailable.start();
 285
 286     final JalviewLite applet = this;
 287     if (getParameter("embedded") != null
 288         && getParameter("embedded").equalsIgnoreCase("true"))
 289     {
 290       embedded = true;
 291       LoadingThread loader = new LoadingThread(file, applet);
 292       loader.start();
 293     }
 294     else if (file != null)
 295     {
 296       add(launcher);
 297
 298       launcher.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 299       {
 300         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 301         {
 302           LoadingThread loader = new LoadingThread(file,
 303               applet);
 304           loader.start();
 305         }
 306       });
 307     }
 308     else
 309     {
 310       file = "NO FILE";
 311       fileFound = false;
 312     }
 313   }
 314
 315
 316   /**
 317    * Initialises and displays a new java.awt.Frame
 318    *
 319    * @param frame java.awt.Frame to be displayed
 320    * @param title title of new frame
 321    * @param width width if new frame
 322    * @param height height of new frame
 323    */
 324   public static void addFrame(final Frame frame, String title, int width,
 325                               int height)
 326   {
 327     frame.setLocation(lastFrameX, lastFrameY);
 328     lastFrameX += 40;
 329     lastFrameY += 40;
 330     frame.setSize(width, height);
 331     frame.setTitle(title);
 332     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()
 333     {
 334       public void windowClosing(WindowEvent e)
 335       {
 336         if (frame instanceof AlignFrame)
 337         {
 338           ( (AlignFrame) frame).closeMenuItem_actionPerformed();
 339         }
 340         if (currentAlignFrame == frame)
 341         {
 342           currentAlignFrame = null;
 343         }
 344         lastFrameX -= 40;
 345         lastFrameY -= 40;
 346         if (frame instanceof EmbmenuFrame)
 347         {
 348           ((EmbmenuFrame) frame).destroyMenus();
 349         }
 350         frame.setMenuBar(null);
 351         frame.dispose();
 352       }
 353
 354       public void windowActivated(WindowEvent e)
 355       {
 356         if (frame instanceof AlignFrame)
 357         {
 358           currentAlignFrame = (AlignFrame) frame;
 359           if (debug)
 360           {
 361             System.err.println("Activated window "+frame);
 362           }
 363         }
 364         // be good.
 365         super.windowActivated(e);
 366       }
 367       /* Probably not necessary to do this - see TODO above.
 368        * (non-Javadoc)
 369        * @see java.awt.event.WindowAdapter#windowDeactivated(java.awt.event.WindowEvent)
 370        *
 371       public void windowDeactivated(WindowEvent e)
 372       {
 373         if (currentAlignFrame == frame)
 374         {
 375           currentAlignFrame = null;
 376           if (debug)
 377           {
 378             System.err.println("Deactivated window "+frame);
 379           }
 380         }
 381         super.windowDeactivated(e);
 382       }
 383        */
 384     });
 385     frame.setVisible(true);
 386   }
 387
 388   /**
 389    * This paints the background surrounding the "Launch Jalview button"
 390    * <br>
 391    * <br>If file given in parameter not found, displays error message
 392    *
 393    * @param g graphics context
 394    */
 395   public void paint(Graphics g)
 396   {
 397     if (!fileFound)
 398     {
 399       g.setColor(new Color(200, 200, 200));
 400       g.setColor(Color.cyan);
 401       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 402       g.setColor(Color.red);
 403       g.drawString("Jalview can't open file", 5, 15);
 404       g.drawString("\"" + file + "\"", 5, 30);
 405     }
 406     else if (embedded)
 407     {
 408       g.setColor(Color.black);
 409       g.setFont(new Font("Arial", Font.BOLD, 24));
 410       g.drawString("Jalview Applet", 50, this.getSize().height / 2 - 30);
 411       g.drawString("Loading Data...", 50, this.getSize().height / 2);
 412     }
 413   }
 414
 415
 416   class LoadJmolThread extends Thread
 417   {
 418     public void run()
 419     {
 420       try
 421       {
 422         if (!System.getProperty("java.version").startsWith("1.1"))
 423         {
 424           Class.forName("org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter");
 425           jmolAvailable = true;
 426         }
 427       }
 428       catch (java.lang.ClassNotFoundException ex)
 429       {
 430         System.out.println("Jmol not available - Using MCview for structures");
 431       }
 432     }
 433   }
 434
 435
 436   class LoadingThread
 437       extends Thread
 438   {
 439     /**
 440      * State variable: File source
 441      */
 442     String file;
 443     /**
 444      * State variable: protocol for access to file source
 445      */
 446     String protocol;
 447     /**
 448      * State variable: format of file source
 449      */
 450     String format;
 451     JalviewLite applet;
 452     private void dbgMsg(String msg)
 453     {
 454       if (applet.debug)
 455       {
 456         System.err.println(msg);
 457       }
 458     }
 459     /**
 460      * update the protocol state variable for accessing the datasource
 461      * located by file.
 462      * @param file
 463      * @return possibly updated datasource string
 464      */
 465     public String setProtocolState(String file)
 466     {
 467       if (file.startsWith("PASTE"))
 468       {
 469         file = file.substring(5);
 470         protocol = AppletFormatAdapter.PASTE;
 471       }
 472       else if (inArchive(file))
 473       {
 474         protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;
 475       }
 476       else
 477       {
 478         file = addProtocol(file);
 479         protocol = AppletFormatAdapter.URL;
 480       }
 481       dbgMsg("Protocol identified as '"+protocol+"'");
 482       return file;
 483     }
 484     public LoadingThread(String _file,
 485                          JalviewLite _applet)
 486     {
 487       dbgMsg("Loading thread started with:\n>>file\n"+_file+">>endfile");
 488       file = setProtocolState(_file);
 489
 490       format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 491       dbgMsg("File identified as '"+format+"'");
 492       applet = _applet;
 493     }
 494
 495     public void run()
 496     {
 497       startLoading();
 498     }
 499
 500     private void startLoading()
 501     {
 502       dbgMsg("Loading started.");
 503       Alignment al = null;
 504       try
 505       {
 506         al = new AppletFormatAdapter().readFile(file, protocol,
 507                                                 format);
 508       }
 509       catch (java.io.IOException ex)
 510       {
 511         dbgMsg("File load exception.");
 512         ex.printStackTrace();
 513       }
 514       if ( (al != null) && (al.getHeight() > 0))
 515       {
 516         dbgMsg("Successfully loaded file.");
 517         initialAlignFrame =  new AlignFrame(al,
 518                                            applet,
 519                                            file,
 520                                            embedded);
 521         // update the focus.
 522         currentAlignFrame = initialAlignFrame;
 523
 524         if (protocol == jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE)
 525         {
 526           currentAlignFrame.setTitle("Sequences from " + getDocumentBase());
 527         }
 528
 529         currentAlignFrame.statusBar.setText("Successfully loaded file " + file);
 530
 531         String treeFile = applet.getParameter("tree");
 532         if (treeFile == null)
 533         {
 534           treeFile = applet.getParameter("treeFile");
 535         }
 536
 537         if (treeFile != null)
 538         {
 539           try
 540           {
 541             treeFile = setProtocolState(treeFile);
 542             /*if (inArchive(treeFile))
 543             {
 544               protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;
 545             }
 546             else
 547             {
 548               protocol = AppletFormatAdapter.URL;
 549               treeFile = addProtocol(treeFile);
 550             }
 551              */
 552             jalview.io.NewickFile fin = new jalview.io.NewickFile(treeFile,
 553                 protocol);
 554
 555             fin.parse();
 556
 557             if (fin.getTree() != null)
 558             {
 559               currentAlignFrame.loadTree(fin, treeFile);
 560               dbgMsg("Successfuly imported tree.");
 561             } else {
 562               dbgMsg("Tree parameter did not resolve to a valid tree.");
 563             }
 564           }
 565           catch (Exception ex)
 566           {
 567             ex.printStackTrace();
 568           }
 569         }
 570
 571         String param = getParameter("features");
 572         if (param != null)
 573         {
 574           param = setProtocolState(param);
 575
 576           currentAlignFrame.parseFeaturesFile(param, protocol);
 577         }
 578
 579         param = getParameter("showFeatureSettings");
 580         if (param != null && param.equalsIgnoreCase("true"))
 581         {
 582           currentAlignFrame.viewport.showSequenceFeatures(true);
 583           new FeatureSettings(currentAlignFrame.alignPanel);
 584         }
 585
 586         param = getParameter("annotations");
 587         if (param != null)
 588         {
 589           param = setProtocolState(param);
 590
 591           if (new AnnotationFile().readAnnotationFile(
 592               currentAlignFrame.viewport.getAlignment(),
 593               param,
 594               protocol))
 595           {
 596             currentAlignFrame.alignPanel.fontChanged();
 597             currentAlignFrame.alignPanel.setScrollValues(0, 0);
 598           } else {
 599             System.err.println("Annotations were not added from annotation file '"+param+"'");
 600           }
 601
 602         }
 603
 604         param = getParameter("jnetfile");
 605         if (param != null)
 606         {
 607           try
 608           {
 609             param = setProtocolState(param);
 610             jalview.io.JPredFile predictions = new jalview.io.JPredFile(
 611                 param, protocol);
 612             JnetAnnotationMaker.add_annotation(predictions,
 613                 currentAlignFrame.viewport.getAlignment(),
 614                 0, false); // false==do not add sequence profile from concise output
 615             currentAlignFrame.alignPanel.fontChanged();
 616             currentAlignFrame.alignPanel.setScrollValues(0, 0);
 617           }
 618           catch (Exception ex)
 619           {
 620             ex.printStackTrace();
 621           }
 622         }
 623
 624         /*
 625          <param name="PDBfile" value="1gaq.txt PDB|1GAQ|1GAQ|A PDB|1GAQ|1GAQ|B PDB|1GAQ|1GAQ|C">
 626
 627          <param name="PDBfile2" value="1gaq.txt A=SEQA B=SEQB C=SEQB">
 628
 629          <param name="PDBfile3" value="1q0o Q45135_9MICO">
 630         */
 631
 632
 633         int pdbFileCount = 0;
 634         do{
 635           if (pdbFileCount > 0)
 636             param = getParameter("PDBFILE" + pdbFileCount);
 637           else
 638             param = getParameter("PDBFILE");
 639
 640           if (param != null)
 641           {
 642             PDBEntry pdb = new PDBEntry();
 643
 644             String seqstring;
 645             SequenceI[] seqs = null;
 646             String [] chains = null;
 647
 648             StringTokenizer st = new StringTokenizer(param, " ");
 649
 650             if (st.countTokens() < 2)
 651             {
 652               String sequence = applet.getParameter("PDBSEQ");
 653               if (sequence != null)
 654                 seqs = new SequenceI[]
 655                     {
 656                     (Sequence) currentAlignFrame.
 657                     getAlignViewport().getAlignment().
 658                     findName(sequence)};
 659
 660             }
 661             else
 662             {
 663               param = st.nextToken();
 664               Vector tmp = new Vector();
 665               Vector tmp2 = new Vector();
 666
 667               while (st.hasMoreTokens())
 668               {
 669                 seqstring = st.nextToken();
 670                 StringTokenizer st2 = new StringTokenizer(seqstring,"=");
 671                 if(st2.countTokens()>1)
 672                 {
 673                   //This is the chain
 674                   tmp2.addElement(st2.nextToken());
 675                   seqstring = st2.nextToken();
 676                 }
 677                 tmp.addElement( (Sequence) currentAlignFrame.
 678                                  getAlignViewport().getAlignment().
 679                                  findName(seqstring));
 680               }
 681
 682               seqs = new SequenceI[tmp.size()];
 683               tmp.copyInto(seqs);
 684               if(tmp2.size()==tmp.size())
 685               {
 686                 chains = new String[tmp2.size()];
 687                 tmp2.copyInto(chains);
 688               }
 689             }
 690             param = setProtocolState(param);
 691
 692             if (!jmolAvailable && protocol==AppletFormatAdapter.CLASSLOADER)
 693             {
 694               // TODO: pass PDB file in classloader on to Jmol
 695               // This exception preserves the current behaviour where, even if the local pdb file was identified in the class loader
 696               protocol = AppletFormatAdapter.URL; // this is probably NOT CORRECT!
 697               param = addProtocol(param); //
 698             }
 699
 700             pdb.setFile(param);
 701
 702             if(seqs!=null)
 703             {
 704               for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
 705               {
 706                 ( (Sequence) seqs[i]).addPDBId(pdb);
 707               }
 708
 709               if (jmolAvailable)
 710               {
 711                 new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb,
 712                                                  seqs,
 713                                                  chains,
 714                                                  currentAlignFrame.alignPanel,
 715                                                  protocol);
 716                 lastFrameX += 40;
 717                 lastFrameY+=40;
 718               }
 719               else
 720                     new MCview.AppletPDBViewer(pdb,
 721                                            seqs,
 722                                            chains,
 723                                            currentAlignFrame.alignPanel,
 724                                            protocol);
 725             }
 726           }
 727
 728           pdbFileCount++;
 729         }
 730         while(pdbFileCount < 10);
 731
 732         /////////////////////////////
 733         // modify display of features
 734         //
 735         // hide specific groups
 736         param = getParameter("hidefeaturegroups");
 737         if (param != null)
 738         {
 739           applet.setFeatureGroupState(param, false);
 740         }
 741         // show specific groups
 742         param = getParameter("showfeaturegroups");
 743         if (param != null)
 744         {
 745           applet.setFeatureGroupState(param, true);
 746         }
 747       }
 748       else
 749       {
 750         fileFound = false;
 751         remove(launcher);
 752         repaint();
 753       }
 754     }
 755
 756     /**
 757      * Discovers whether the given file is in the Applet Archive
 758      * @param file String
 759      * @return boolean
 760      */
 761     boolean inArchive(String file)
 762     {
 763       //This might throw a security exception in certain browsers
 764       //Netscape Communicator for instance.
 765       try
 766       {
 767         boolean rtn = (getClass().getResourceAsStream("/" + file) != null);
 768         if (debug)
 769         {  System.err.println("Resource '"+file+"' was "+(rtn ? "" : "not") +" located by classloader.");
 770         }
 771         return rtn;
 772       }
 773       catch (Exception ex)
 774       {
 775         System.out.println("Exception checking resources: " + file + " " + ex);
 776         return false;
 777       }
 778     }
 779
 780     String addProtocol(String file)
 781     {
 782       if (file.indexOf("://") == -1)
 783       {
 784         file = getCodeBase() + file;
 785         if (debug)
 786         {
 787           System.err.println("Prepended codebase for resource: '"+file+"'");
 788         }
 789       }
 790
 791       return file;
 792     }
 793   }
 794   /**
 795    * @return the default alignFrame acted on by the public applet methods.
 796    * May return null with an error message on System.err indicating the fact.
 797    */
 798   protected AlignFrame getDefaultTargetFrame()
 799   {
 800     if (currentAlignFrame!=null)
 801     {
 802       return currentAlignFrame;
 803     }
 804     if (initialAlignFrame!=null)
 805     {
 806       return initialAlignFrame;
 807     }
 808     System.err.println("Implementation error: Jalview Applet API cannot work out which AlignFrame to use.");
 809     return null;
 810   }
 811   /**
 812    * separator used for separatorList
 813    */
 814   protected String separator = "|"; // this is a safe(ish) separator - tabs don't work for firefox
 815   /**
 816    * parse the string into a list
 817    * @param list
 818    * @return elements separated by separator
 819    */
 820   public String[] separatorListToArray(String list)
 821   {
 822     int seplen = separator.length();
 823     if (list==null || list.equals(""))
 824       return null;
 825     java.util.Vector jv = new Vector();
 826     int cp=0,pos;
 827     while ((pos=list.indexOf(separator,cp))>cp)
 828     {
 829       jv.addElement(list.substring(cp,pos));
 830       cp = pos+seplen;
 831     }
 832     if (cp<list.length())
 833     {
 834       jv.addElement(list.substring(cp));
 835     }
 836     if (jv.size()>0)
 837     { String[] v = new String[jv.size()];
 838       for (int i=0; i<v.length; i++)
 839       {
 840         v[i] = (String) jv.elementAt(i);
 841       }
 842       jv.removeAllElements();
 843       if (debug)
 844       {
 845         System.err.println("Array from '"+separator+"' separated List:\n"+v.length);
 846         for (int i=0; i<v.length;i++)
 847         {
 848           System.err.println("item "+i+" '"+v[i]+"'");
 849         }
 850       }
 851       return v;
 852     }
 853     if (debug)
 854     {
 855       System.err.println("Empty Array from '"+separator+"' separated List");
 856     }
 857     return null;
 858   }
 859   /**
 860    * concatenate the list with separator
 861    * @param list
 862    * @return concatenated string
 863    */
 864   public String arrayToSeparatorList(String[] list)
 865   {
 866     StringBuffer v = new StringBuffer();
 867     if (list!=null)
 868     {
 869       for (int i=0,iSize=list.length-1;i<iSize;i++)
 870       {
 871         if (list[i]!=null)
 872         {
 873           v.append(list[i]);
 874         }
 875         v.append(separator);
 876       }
 877       if (list[list.length-1]!=null)
 878       { v.append(list[list.length-1]);
 879       }
 880       if (debug)
 881       {
 882         System.err.println("Returning '"+separator+"' separated List:\n");
 883         System.err.println(v);
 884       }
 885       return v.toString();
 886     }
 887     if (debug)
 888     {
 889       System.err.println("Returning empty '"+separator+"' separated List\n");
 890     }
 891     return "";
 892   }
 893   /**
 894    * @return
 895    * @see jalview.appletgui.AlignFrame#getFeatureGroups()
 896    */
 897   public String getFeatureGroups()
 898   {
 899     String lst = arrayToSeparatorList(getDefaultTargetFrame().getFeatureGroups());
 900     return lst;
 901   }
 902   /**
 903    * @param alf alignframe to get feature groups on
 904    * @return
 905    * @see jalview.appletgui.AlignFrame#getFeatureGroups()
 906    */
 907   public String getFeatureGroupsOn(AlignFrame alf)
 908   {
 909     String lst = arrayToSeparatorList(alf.getFeatureGroups());
 910     return lst;
 911   }
 912   /**
 913    * @param visible
 914    * @return
 915    * @see jalview.appletgui.AlignFrame#getFeatureGroupsOfState(boolean)
 916    */
 917   public String getFeatureGroupsOfState(boolean visible)
 918   {
 919     return arrayToSeparatorList(getDefaultTargetFrame().getFeatureGroupsOfState(visible));
 920   }
 921   /**
 922    * @param alf align frame to get groups of state visible
 923    * @param visible
 924    * @return
 925    * @see jalview.appletgui.AlignFrame#getFeatureGroupsOfState(boolean)
 926    */
 927   public String getFeatureGroupsOfStateOn(AlignFrame alf, boolean visible)
 928   {
 929     return arrayToSeparatorList(alf.getFeatureGroupsOfState(visible));
 930   }  /**
 931    * @param groups tab separated list of group names
 932    * @param state true or false
 933    * @see jalview.appletgui.AlignFrame#setFeatureGroupState(java.lang.String[], boolean)
 934    */
 935   public void setFeatureGroupStateOn(AlignFrame alf, String groups, boolean state)
 936   {
 937     boolean st = state;//!(state==null || state.equals("") || state.toLowerCase().equals("false"));
 938     alf.setFeatureGroupState(separatorListToArray(groups), st);
 939   }
 940   public void setFeatureGroupState(String groups, boolean state)
 941   {
 942     setFeatureGroupStateOn(getDefaultTargetFrame(), groups, state);
 943   }
 944   /**
 945    * List separator string
 946    * @return the separator
 947    */
 948   public String getSeparator()
 949   {
 950     return separator;
 951   }
 952   /**
 953    * List separator string
 954    * @param separator the separator to set
 955    */
 956   public void setSeparator(String separator)
 957   {
 958     this.separator = separator;
 959   }
 960 }