src/jalview/bin/JalviewLite.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.bin;\r
  20 \r
  21 import jalview.appletgui.AlignFrame;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.io.*;\r
  26 \r
  27 import java.applet.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 import java.awt.event.*;\r
  31 \r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * Jalview Applet. Runs in Java 1.18 runtime\r
  35  *\r
  36  * @author $author$\r
  37  * @version $Revision$\r
  38  */\r
  39 public class JalviewLite extends Applet\r
  40 {\r
  41     static int lastFrameX = 200;\r
  42     static int lastFrameY = 200;\r
  43     boolean fileFound = true;\r
  44     String file = "No file";\r
  45     Button launcher = new Button("Start Jalview");\r
  46 \r
  47     //The currentAlignFrame is static, it will change\r
  48     //if and when the user selects a new window\r
  49     static AlignFrame currentAlignFrame;\r
  50 \r
  51     //This is the first frame to be displayed, and does not change\r
  52     AlignFrame initialAlignFrame;\r
  53 \r
  54     boolean embedded = false;\r
  55 \r
  56 \r
  57     /**\r
  58      * init method for Jalview Applet\r
  59      */\r
  60     public void init()\r
  61     {\r
  62         int r = 255;\r
  63         int g = 255;\r
  64         int b = 255;\r
  65         String param = getParameter("RGB");\r
  66 \r
  67         if (param != null)\r
  68         {\r
  69             try\r
  70             {\r
  71                 r = Integer.parseInt(param.substring(0, 2), 16);\r
  72                 g = Integer.parseInt(param.substring(2, 4), 16);\r
  73                 b = Integer.parseInt(param.substring(4, 6), 16);\r
  74             }\r
  75             catch (Exception ex)\r
  76             {\r
  77                 r = 255;\r
  78                 g = 255;\r
  79                 b = 255;\r
  80             }\r
  81         }\r
  82 \r
  83         param = getParameter("label");\r
  84         if(param != null)\r
  85           launcher.setLabel(param);\r
  86 \r
  87         this.setBackground(new Color(r, g, b));\r
  88 \r
  89         file = getParameter("file");\r
  90 \r
  91         if(file==null)\r
  92         {\r
  93           //Maybe the sequences are added as parameters\r
  94           StringBuffer data = new StringBuffer("PASTE");\r
  95           int i=1;\r
  96           while( (file=getParameter("sequence"+i))!=null)\r
  97           {\r
  98             data.append(file.toString()+"\n");\r
  99             i++;\r
 100           }\r
 101           if(data.length()>5)\r
 102             file = data.toString();\r
 103         }\r
 104 \r
 105         final JalviewLite applet = this;\r
 106         if(getParameter("embedded")!=null\r
 107            && getParameter("embedded").equalsIgnoreCase("true"))\r
 108         {\r
 109           embedded = true;\r
 110           LoadingThread loader = new LoadingThread(file, applet);\r
 111           loader.start();\r
 112         }\r
 113         else if (file != null)\r
 114         {\r
 115             add(launcher);\r
 116 \r
 117             launcher.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 118                 {\r
 119                     public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 120                     {\r
 121                         LoadingThread loader = new LoadingThread(file,\r
 122                             applet);\r
 123                         loader.start();\r
 124                       }\r
 125                 });\r
 126         }\r
 127         else\r
 128         {\r
 129             file = "NO FILE";\r
 130             fileFound = false;\r
 131         }\r
 132     }\r
 133 \r
 134 \r
 135     public static void main(String [] args)\r
 136     {\r
 137       if(args.length!=1)\r
 138       {\r
 139         System.out.println("\nUsage: java -jar jalviewApplet.jar fileName\n");\r
 140         System.exit(1);\r
 141       }\r
 142 \r
 143       String format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(args[0],AppletFormatAdapter.FILE);\r
 144 \r
 145       SequenceI[] sequences = null;\r
 146      try{\r
 147        sequences = new AppletFormatAdapter().readFile(args[0], AppletFormatAdapter.FILE, format);\r
 148      }catch(java.io.IOException ex)\r
 149      {\r
 150        ex.printStackTrace();\r
 151      }\r
 152       if ( (sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
 153       {\r
 154         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(sequences), null, args[0], false);\r
 155         af.statusBar.setText("Successfully loaded file " + args[0]);\r
 156       }\r
 157     }\r
 158 \r
 159 \r
 160     /**\r
 161      * Initialises and displays a new java.awt.Frame\r
 162      *\r
 163      * @param frame java.awt.Frame to be displayed\r
 164      * @param title title of new frame\r
 165      * @param width width if new frame\r
 166      * @param height height of new frame\r
 167      */\r
 168     public static void addFrame(final Frame frame, String title, int width,\r
 169         int height)\r
 170     {\r
 171         frame.setLocation(lastFrameX, lastFrameY);\r
 172         lastFrameX += 40;\r
 173         lastFrameY += 40;\r
 174         frame.setSize(width, height);\r
 175         frame.setTitle(title);\r
 176         frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
 177             {\r
 178                 public void windowClosing(WindowEvent e)\r
 179                 {\r
 180                     if(currentAlignFrame == frame)\r
 181                     {\r
 182                       currentAlignFrame = null;\r
 183                     }\r
 184                     lastFrameX -=40;\r
 185                     lastFrameY -=40;\r
 186                     frame.setMenuBar(null);\r
 187                     frame.dispose();\r
 188                 }\r
 189                 public void windowActivated(WindowEvent e)\r
 190                 {\r
 191                   if(frame instanceof AlignFrame)\r
 192                     currentAlignFrame = (AlignFrame)frame;\r
 193                 }\r
 194 \r
 195             });\r
 196         frame.setVisible(true);\r
 197     }\r
 198 \r
 199     public String getSelectedSequences()\r
 200     {\r
 201       StringBuffer result = new StringBuffer("");\r
 202 \r
 203       if(initialAlignFrame.viewport.getSelectionGroup()!=null)\r
 204       {\r
 205         SequenceI[] seqs = initialAlignFrame.viewport.getSelectionGroup().\r
 206             getSequencesInOrder(\r
 207                 initialAlignFrame.viewport.getAlignment());\r
 208 \r
 209         for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
 210           result.append(seqs[i].getName() + "¬");\r
 211       }\r
 212 \r
 213       return result.toString();\r
 214     }\r
 215 \r
 216     public String getAlignment(String format)\r
 217     {\r
 218       return getAlignment(format, "true");\r
 219     }\r
 220 \r
 221     public String getAlignment(String format, String suffix)\r
 222     {\r
 223       try\r
 224       {\r
 225         boolean seqlimits = suffix.equalsIgnoreCase("true");\r
 226 \r
 227         String reply = new AppletFormatAdapter().formatSequences(format,\r
 228             currentAlignFrame.viewport.getAlignment().getSequences(), seqlimits);\r
 229         return reply;\r
 230       }\r
 231       catch (Exception ex)\r
 232       {\r
 233         ex.printStackTrace();\r
 234         return "Error retrieving alignment in " + format + " format. ";\r
 235       }\r
 236     }\r
 237 \r
 238     /**\r
 239      * This paints the background surrounding the "Launch Jalview button"\r
 240      * <br>\r
 241      * <br>If file given in parameter not found, displays error message\r
 242      *\r
 243      * @param g graphics context\r
 244      */\r
 245     public void paint(Graphics g)\r
 246     {\r
 247         if (!fileFound)\r
 248         {\r
 249             g.setColor(new Color(200, 200, 200));\r
 250             g.setColor(Color.cyan);\r
 251             g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 252             g.setColor(Color.red);\r
 253             g.drawString("Jalview can't open file", 5, 15);\r
 254             g.drawString("\"" + file + "\"", 5, 30);\r
 255         }\r
 256         else if(embedded)\r
 257         {\r
 258           g.setColor(Color.black);\r
 259           g.setFont(new Font("Arial", Font.BOLD, 24));\r
 260           g.drawString("Jalview Applet", 50, this.size().height/2 -30);\r
 261           g.drawString("Loading Data...", 50, this.size().height/2);\r
 262         }\r
 263 \r
 264 \r
 265     }\r
 266 \r
 267     class LoadingThread extends Thread\r
 268     {\r
 269         String file;\r
 270         String protocol;\r
 271         String format;\r
 272         JalviewLite applet;\r
 273 \r
 274         public LoadingThread(String _file,\r
 275                              JalviewLite _applet)\r
 276         {\r
 277             file = _file;\r
 278             if(file.startsWith("PASTE"))\r
 279             {\r
 280               file = file.substring(5);\r
 281               protocol = AppletFormatAdapter.PASTE;\r
 282             }\r
 283             else if(inArchive(file))\r
 284               protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;\r
 285             else\r
 286             {\r
 287               file = addProtocol(file);\r
 288               protocol = AppletFormatAdapter.URL;\r
 289             }\r
 290             format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);\r
 291             applet = _applet;\r
 292         }\r
 293 \r
 294         public void run()\r
 295         {\r
 296             SequenceI[] sequences = null;\r
 297             try{\r
 298               sequences = new AppletFormatAdapter().readFile(file, protocol,\r
 299                   format);\r
 300             }catch(java.io.IOException ex)\r
 301             {\r
 302               ex.printStackTrace();\r
 303             }\r
 304             if ((sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
 305             {\r
 306               currentAlignFrame = new AlignFrame(new Alignment(sequences),\r
 307                                                  applet,\r
 308                                                  file,\r
 309                                                  embedded);\r
 310 \r
 311               if(protocol==jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE)\r
 312                 currentAlignFrame.setTitle("Sequences from "+getDocumentBase());\r
 313 \r
 314               initialAlignFrame = currentAlignFrame;\r
 315 \r
 316               currentAlignFrame.statusBar.setText("Successfully loaded file " + file);\r
 317 \r
 318 \r
 319                 String treeFile = applet.getParameter("tree");\r
 320                 if(treeFile==null)\r
 321                   treeFile = applet.getParameter("treeFile");\r
 322 \r
 323                 if (treeFile != null)\r
 324                 {\r
 325                   try\r
 326                   {\r
 327                     if(inArchive(treeFile))\r
 328                       protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;\r
 329                     else\r
 330                     {\r
 331                       protocol = AppletFormatAdapter.URL;\r
 332                       treeFile = addProtocol(treeFile);\r
 333                     }\r
 334 \r
 335                     jalview.io.NewickFile fin = new jalview.io.NewickFile(treeFile, protocol);\r
 336 \r
 337                     fin.parse();\r
 338 \r
 339                     if (fin.getTree() != null)\r
 340                     {\r
 341                       currentAlignFrame.loadTree(fin, treeFile);\r
 342                     }\r
 343                   }\r
 344                   catch (Exception ex)\r
 345                   {\r
 346                     ex.printStackTrace();\r
 347                   }\r
 348               }\r
 349 \r
 350               String param = getParameter("features");\r
 351               if (param != null)\r
 352               {\r
 353                 if( !inArchive(param) )\r
 354                   param = addProtocol( param );\r
 355 \r
 356                 currentAlignFrame.parseFeaturesFile(param, protocol);\r
 357               }\r
 358 \r
 359               param = getParameter("showFeatureSettings");\r
 360               if(param !=null && param.equalsIgnoreCase("true"))\r
 361               {\r
 362                 currentAlignFrame.viewport.showSequenceFeatures(true);\r
 363                 currentAlignFrame.featureSettings_actionPerformed();\r
 364               }\r
 365 \r
 366              param = getParameter("annotations");\r
 367              if (param != null)\r
 368              {\r
 369                if( !inArchive(param) )\r
 370                   param = addProtocol( param );\r
 371 \r
 372                new AnnotationFile().readAnnotationFile(\r
 373                    currentAlignFrame.viewport.getAlignment(),\r
 374                    param);\r
 375 \r
 376                currentAlignFrame.alignPanel.fontChanged();\r
 377                currentAlignFrame.alignPanel.setScrollValues(0,0);\r
 378 \r
 379              }\r
 380 \r
 381              param = getParameter("jnetfile");\r
 382              if (param != null)\r
 383              {\r
 384                try\r
 385                {\r
 386                  if (inArchive(param))\r
 387                    protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;\r
 388                  else\r
 389                  {\r
 390                    protocol = AppletFormatAdapter.URL;\r
 391                    param = addProtocol(param);\r
 392                  }\r
 393 \r
 394                  jalview.io.JPredFile predictions = new jalview.io.JPredFile(\r
 395                      param, protocol);\r
 396                  new JnetAnnotationMaker().add_annotation(predictions,\r
 397                      currentAlignFrame.viewport.getAlignment(),\r
 398                      0,false); // do not add sequence profile from concise output\r
 399                  currentAlignFrame.alignPanel.fontChanged();\r
 400                  currentAlignFrame.alignPanel.setScrollValues(0, 0);\r
 401                } catch (Exception ex) {\r
 402                  ex.printStackTrace();\r
 403                }\r
 404              }\r
 405 \r
 406 \r
 407                 String pdbfile = applet.getParameter("PDBFILE");\r
 408                 if(pdbfile!=null)\r
 409                 {\r
 410                   if( inArchive(pdbfile) )\r
 411                     protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;\r
 412                   else\r
 413                   {\r
 414                     protocol = AppletFormatAdapter.URL;\r
 415                     pdbfile = addProtocol(pdbfile);\r
 416                   }\r
 417 \r
 418                   String sequence = applet.getParameter("PDBSEQ");\r
 419 \r
 420                   if(sequence!=null)\r
 421                   {\r
 422                     new MCview.AppletPDBViewer(pdbfile, protocol,\r
 423                                                (Sequence)currentAlignFrame.getAlignViewport().getAlignment().findName(sequence),\r
 424                                                currentAlignFrame.getSeqcanvas());\r
 425                   }\r
 426 \r
 427                 }\r
 428             }\r
 429             else\r
 430             {\r
 431                 fileFound = false;\r
 432                 remove(launcher);\r
 433                 repaint();\r
 434             }\r
 435         }\r
 436 \r
 437         /**\r
 438          * Discovers whether the given file is in the Applet Archive\r
 439          * @param file String\r
 440          * @return boolean\r
 441          */\r
 442         boolean inArchive(String file)\r
 443         {\r
 444           //This might throw a security exception in certain browsers\r
 445           //Netscape Communicator for instance.\r
 446           try{\r
 447             return (getClass().getResourceAsStream("/" + file) != null);\r
 448           }catch(Exception ex)\r
 449           {\r
 450             System.out.println("Exception checking resources: "+file+" "+ex);\r
 451             return false;\r
 452           }\r
 453         }\r
 454 \r
 455         String addProtocol(String file)\r
 456         {\r
 457           if (file.indexOf("://") == -1)\r
 458              file = getCodeBase() + file;\r
 459 \r
 460           return file;\r
 461         }\r
 462 \r
 463     }\r
 464 }\r