src/jalview/bin/JalviewLiteURLRetrieve.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  25 import jalview.io.DataSourceType;
  26 import jalview.io.FileFormat;
  27 import jalview.io.FileFormatI;
  28 import jalview.io.FileParse;
  29 import jalview.io.IdentifyFile;
  30
  31 import java.applet.Applet;
  32 import java.io.InputStream;
  33
  34 public class JalviewLiteURLRetrieve extends Applet
  35 {
  36
  37   private static final long serialVersionUID = 1L;
  38
  39   /**
  40    * This is the default constructor
  41    */
  42   public JalviewLiteURLRetrieve()
  43   {
  44     super();
  45   }
  46
  47   /**
  48    * This method initializes this
  49    *
  50    * @return void
  51    */
  52   @Override
  53   public void init()
  54   {
  55     this.setSize(300, 200);
  56     String file = getParameter("file");
  57     if (file == null)
  58     {
  59       System.out
  60               .println("Specify a resource to read on the file parameter");
  61       return;
  62     }
  63     DataSourceType protocol = null;
  64     try
  65     {
  66       System.out.println("Loading thread started with:\n>>file\n" + file
  67               + ">>endfile");
  68       // This might throw a security exception in certain browsers
  69       // Netscape Communicator for instance.
  70       try
  71       {
  72         boolean rtn = false;
  73         InputStream is = getClass().getResourceAsStream("/" + file);
  74         if (is != null)
  75         {
  76           rtn = true;
  77           is.close();
  78         }
  79         System.err.println("Resource '" + file + "' was "
  80                 + (rtn ? "" : "not") + " located by classloader.");
  81         if (rtn)
  82         {
  83           protocol = DataSourceType.CLASSLOADER;
  84         }
  85
  86       } catch (Exception ex)
  87       {
  88         System.out.println("Exception checking resources: " + file + " "
  89                 + ex);
  90       }
  91       if (file.indexOf("://") > -1)
  92       {
  93         protocol = DataSourceType.URL;
  94       }
  95       else
  96       {
  97         // skipping codebase prepend check.
  98         protocol = DataSourceType.FILE;
  99       }
 100
 101       System.out.println("Trying to get contents of resource:");
 102       FileParse fp = new FileParse(file, protocol);
 103       if (fp.isValid())
 104       {
 105         String ln = null;
 106         while ((ln = fp.nextLine()) != null)
 107         {
 108           System.out.print(ln);
 109         }
 110         fp.close();
 111       }
 112       else
 113       {
 114         System.out.println("Resource at " + file
 115                 + " cannot be read with protocol==" + protocol);
 116         return;
 117       }
 118       FileFormatI format = FileFormat.valueOf(getParameter("format"));
 119       if (format == null)
 120       {
 121         format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
 122         System.out.println("Format is " + format);
 123       }
 124       else
 125       {
 126         System.out.println("User specified Format is " + format);
 127       }
 128       AlignmentI al = null;
 129       try
 130       {
 131         al = new AppletFormatAdapter().readFile(file, protocol, format);
 132       } catch (java.io.IOException ex)
 133       {
 134         System.err.println("Failed to open the file.");
 135         ex.printStackTrace();
 136       }
 137       if (al != null)
 138       {
 139         System.out.println(new AppletFormatAdapter().formatSequences(
 140                 FileFormat.Fasta, al, false));
 141       }
 142     } catch (Exception e)
 143     {
 144       System.err.println("bailing out : Unexpected exception:");
 145       e.printStackTrace();
 146     }
 147   }
 148
 149 }