src/jalview/bin/argparser/BootstrapArgs.java

   1 package jalview.bin.argparser;
   2
   3 import java.util.ArrayList;
   4 import java.util.Arrays;
   5 import java.util.HashMap;
   6 import java.util.List;
   7 import java.util.Map;
   8
   9 import jalview.bin.argparser.Arg.Opt;
  10 import jalview.util.FileUtils;
  11
  12 public class BootstrapArgs
  13 {
  14   // only need one
  15   private Map<Arg, List<String>> bootstrapArgMap = new HashMap<>();
  16
  17   public static BootstrapArgs getBootstrapArgs(String[] args)
  18   {
  19     List<String> argList = new ArrayList<>(Arrays.asList(args));
  20     return new BootstrapArgs(argList);
  21   }
  22
  23   private BootstrapArgs(List<String> args)
  24   {
  25     init(args);
  26   }
  27
  28   private void init(List<String> args)
  29   {
  30     if (args == null)
  31       return;
  32     for (int i = 0; i < args.size(); i++)
  33     {
  34       String arg = args.get(i);
  35       String argName = null;
  36       String val = null;
  37       if (arg.startsWith(ArgParser.DOUBLEDASH))
  38       {
  39         int equalPos = arg.indexOf('=');
  40         if (equalPos > -1)
  41         {
  42           argName = arg.substring(ArgParser.DOUBLEDASH.length(), equalPos);
  43           val = arg.substring(equalPos + 1);
  44         }
  45         else
  46         {
  47           argName = arg.substring(ArgParser.DOUBLEDASH.length());
  48           val = "true";
  49         }
  50
  51         Arg a = ArgParser.argMap.get(argName);
  52
  53         if (a == null || !a.hasOption(Opt.BOOTSTRAP))
  54         {
  55           // not a valid bootstrap arg
  56           continue;
  57         }
  58
  59         if (a.hasOption(Opt.STRING))
  60         {
  61           if (equalPos == -1)
  62           {
  63             addAll(a, ArgParser.getShellGlobbedFilenameValues(a, args,
  64                     i + 1));
  65           }
  66           else
  67           {
  68             if (a.hasOption(Opt.GLOB))
  69               addAll(a, FileUtils.getFilenamesFromGlob(val));
  70             else
  71               add(a, val);
  72           }
  73         }
  74         else
  75         {
  76           add(a, val);
  77         }
  78       }
  79     }
  80   }
  81
  82   public boolean contains(Arg a)
  83   {
  84     return bootstrapArgMap.containsKey(a);
  85   }
  86
  87   public List<String> getList(Arg a)
  88   {
  89     return bootstrapArgMap.get(a);
  90   }
  91
  92   private List<String> getOrCreateList(Arg a)
  93   {
  94     List<String> l = getList(a);
  95     if (l == null)
  96     {
  97       l = new ArrayList<>();
  98       putList(a, l);
  99     }
 100     return l;
 101   }
 102
 103   private void putList(Arg a, List<String> l)
 104   {
 105     bootstrapArgMap.put(a, l);
 106   }
 107
 108   /*
 109    * Creates a new list if not used before,
 110    * adds the value unless the existing list is non-empty
 111    * and the arg is not MULTI (so first expressed value is
 112    * retained).
 113    */
 114   private void add(Arg a, String s)
 115   {
 116     List<String> l = getOrCreateList(a);
 117     if (a.hasOption(Opt.MULTI) || l.size() == 0)
 118     {
 119       l.add(s);
 120     }
 121   }
 122
 123   private void addAll(Arg a, List<String> al)
 124   {
 125     List<String> l = getOrCreateList(a);
 126     if (a.hasOption(Opt.MULTI))
 127     {
 128       l.addAll(al);
 129     }
 130   }
 131
 132   /*
 133    * Retrieves the first value even if MULTI.
 134    * A convenience for non-MULTI args.
 135    */
 136   public String get(Arg a)
 137   {
 138     if (!bootstrapArgMap.containsKey(a))
 139       return null;
 140     List<String> aL = bootstrapArgMap.get(a);
 141     return (aL == null || aL.size() == 0) ? null : aL.get(0);
 142   }
 143 }