src/jalview/binding/JalviewModelSequence.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with\r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.binding;\r
   9 \r
  10 //---------------------------------/\r
  11 //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import java.util.*;\r
  15 \r
  16 import org.exolab.castor.xml.*;\r
  17 \r
  18 /**\r
  19  * Class JalviewModelSequence.\r
  20  *\r
  21  * @version $Revision$ $Date$\r
  22  */\r
  23 public class JalviewModelSequence\r
  24     implements java.io.Serializable\r
  25 {\r
  26 \r
  27   //--------------------------/\r
  28   //- Class/Member Variables -/\r
  29   //--------------------------/\r
  30 \r
  31   /**\r
  32    * Field _JSeqList\r
  33    */\r
  34   private java.util.Vector _JSeqList;\r
  35 \r
  36   /**\r
  37    * Field _JGroupList\r
  38    */\r
  39   private java.util.Vector _JGroupList;\r
  40 \r
  41   /**\r
  42    * Field _viewportList\r
  43    */\r
  44   private java.util.Vector _viewportList;\r
  45 \r
  46   /**\r
  47    * Field _userColoursList\r
  48    */\r
  49   private java.util.Vector _userColoursList;\r
  50 \r
  51   /**\r
  52    * Field _treeList\r
  53    */\r
  54   private java.util.Vector _treeList;\r
  55 \r
  56   //----------------/\r
  57   //- Constructors -/\r
  58   //----------------/\r
  59 \r
  60   public JalviewModelSequence()\r
  61   {\r
  62     super();\r
  63     _JSeqList = new Vector();\r
  64     _JGroupList = new Vector();\r
  65     _viewportList = new Vector();\r
  66     _userColoursList = new Vector();\r
  67     _treeList = new Vector();\r
  68   } //-- jalview.binding.JalviewModelSequence()\r
  69 \r
  70   //-----------/\r
  71   //- Methods -/\r
  72   //-----------/\r
  73 \r
  74   /**\r
  75    * Method addJGroup\r
  76    *\r
  77    *\r
  78    *\r
  79    * @param vJGroup\r
  80    */\r
  81   public void addJGroup(jalview.binding.JGroup vJGroup)\r
  82       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
  83   {\r
  84     _JGroupList.addElement(vJGroup);\r
  85   } //-- void addJGroup(jalview.binding.JGroup)\r
  86 \r
  87   /**\r
  88    * Method addJGroup\r
  89    *\r
  90    *\r
  91    *\r
  92    * @param index\r
  93    * @param vJGroup\r
  94    */\r
  95   public void addJGroup(int index, jalview.binding.JGroup vJGroup)\r
  96       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
  97   {\r
  98     _JGroupList.insertElementAt(vJGroup, index);\r
  99   } //-- void addJGroup(int, jalview.binding.JGroup)\r
 100 \r
 101   /**\r
 102    * Method addJSeq\r
 103    *\r
 104    *\r
 105    *\r
 106    * @param vJSeq\r
 107    */\r
 108   public void addJSeq(jalview.binding.JSeq vJSeq)\r
 109       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 110   {\r
 111     _JSeqList.addElement(vJSeq);\r
 112   } //-- void addJSeq(jalview.binding.JSeq)\r
 113 \r
 114   /**\r
 115    * Method addJSeq\r
 116    *\r
 117    *\r
 118    *\r
 119    * @param index\r
 120    * @param vJSeq\r
 121    */\r
 122   public void addJSeq(int index, jalview.binding.JSeq vJSeq)\r
 123       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 124   {\r
 125     _JSeqList.insertElementAt(vJSeq, index);\r
 126   } //-- void addJSeq(int, jalview.binding.JSeq)\r
 127 \r
 128   /**\r
 129    * Method addTree\r
 130    *\r
 131    *\r
 132    *\r
 133    * @param vTree\r
 134    */\r
 135   public void addTree(jalview.binding.Tree vTree)\r
 136       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 137   {\r
 138     _treeList.addElement(vTree);\r
 139   } //-- void addTree(jalview.binding.Tree)\r
 140 \r
 141   /**\r
 142    * Method addTree\r
 143    *\r
 144    *\r
 145    *\r
 146    * @param index\r
 147    * @param vTree\r
 148    */\r
 149   public void addTree(int index, jalview.binding.Tree vTree)\r
 150       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 151   {\r
 152     _treeList.insertElementAt(vTree, index);\r
 153   } //-- void addTree(int, jalview.binding.Tree)\r
 154 \r
 155   /**\r
 156    * Method addUserColours\r
 157    *\r
 158    *\r
 159    *\r
 160    * @param vUserColours\r
 161    */\r
 162   public void addUserColours(jalview.binding.UserColours vUserColours)\r
 163       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 164   {\r
 165     _userColoursList.addElement(vUserColours);\r
 166   } //-- void addUserColours(jalview.binding.UserColours)\r
 167 \r
 168   /**\r
 169    * Method addUserColours\r
 170    *\r
 171    *\r
 172    *\r
 173    * @param index\r
 174    * @param vUserColours\r
 175    */\r
 176   public void addUserColours(int index,\r
 177                              jalview.binding.UserColours vUserColours)\r
 178       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 179   {\r
 180     _userColoursList.insertElementAt(vUserColours, index);\r
 181   } //-- void addUserColours(int, jalview.binding.UserColours)\r
 182 \r
 183   /**\r
 184    * Method addViewport\r
 185    *\r
 186    *\r
 187    *\r
 188    * @param vViewport\r
 189    */\r
 190   public void addViewport(jalview.binding.Viewport vViewport)\r
 191       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 192   {\r
 193     _viewportList.addElement(vViewport);\r
 194   } //-- void addViewport(jalview.binding.Viewport)\r
 195 \r
 196   /**\r
 197    * Method addViewport\r
 198    *\r
 199    *\r
 200    *\r
 201    * @param index\r
 202    * @param vViewport\r
 203    */\r
 204   public void addViewport(int index, jalview.binding.Viewport vViewport)\r
 205       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 206   {\r
 207     _viewportList.insertElementAt(vViewport, index);\r
 208   } //-- void addViewport(int, jalview.binding.Viewport)\r
 209 \r
 210   /**\r
 211    * Method enumerateJGroup\r
 212    *\r
 213    *\r
 214    *\r
 215    * @return Enumeration\r
 216    */\r
 217   public java.util.Enumeration enumerateJGroup()\r
 218   {\r
 219     return _JGroupList.elements();\r
 220   } //-- java.util.Enumeration enumerateJGroup()\r
 221 \r
 222   /**\r
 223    * Method enumerateJSeq\r
 224    *\r
 225    *\r
 226    *\r
 227    * @return Enumeration\r
 228    */\r
 229   public java.util.Enumeration enumerateJSeq()\r
 230   {\r
 231     return _JSeqList.elements();\r
 232   } //-- java.util.Enumeration enumerateJSeq()\r
 233 \r
 234   /**\r
 235    * Method enumerateTree\r
 236    *\r
 237    *\r
 238    *\r
 239    * @return Enumeration\r
 240    */\r
 241   public java.util.Enumeration enumerateTree()\r
 242   {\r
 243     return _treeList.elements();\r
 244   } //-- java.util.Enumeration enumerateTree()\r
 245 \r
 246   /**\r
 247    * Method enumerateUserColours\r
 248    *\r
 249    *\r
 250    *\r
 251    * @return Enumeration\r
 252    */\r
 253   public java.util.Enumeration enumerateUserColours()\r
 254   {\r
 255     return _userColoursList.elements();\r
 256   } //-- java.util.Enumeration enumerateUserColours()\r
 257 \r
 258   /**\r
 259    * Method enumerateViewport\r
 260    *\r
 261    *\r
 262    *\r
 263    * @return Enumeration\r
 264    */\r
 265   public java.util.Enumeration enumerateViewport()\r
 266   {\r
 267     return _viewportList.elements();\r
 268   } //-- java.util.Enumeration enumerateViewport()\r
 269 \r
 270   /**\r
 271    * Method getJGroup\r
 272    *\r
 273    *\r
 274    *\r
 275    * @param index\r
 276    * @return JGroup\r
 277    */\r
 278   public jalview.binding.JGroup getJGroup(int index)\r
 279       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 280   {\r
 281     //-- check bounds for index\r
 282     if ( (index < 0) || (index > _JGroupList.size()))\r
 283     {\r
 284       throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 285     }\r
 286 \r
 287     return (jalview.binding.JGroup) _JGroupList.elementAt(index);\r
 288   } //-- jalview.binding.JGroup getJGroup(int)\r
 289 \r
 290   /**\r
 291    * Method getJGroup\r
 292    *\r
 293    *\r
 294    *\r
 295    * @return JGroup\r
 296    */\r
 297   public jalview.binding.JGroup[] getJGroup()\r
 298   {\r
 299     int size = _JGroupList.size();\r
 300     jalview.binding.JGroup[] mArray = new jalview.binding.JGroup[size];\r
 301     for (int index = 0; index < size; index++)\r
 302     {\r
 303       mArray[index] = (jalview.binding.JGroup) _JGroupList.elementAt(index);\r
 304     }\r
 305     return mArray;\r
 306   } //-- jalview.binding.JGroup[] getJGroup()\r
 307 \r
 308   /**\r
 309    * Method getJGroupCount\r
 310    *\r
 311    *\r
 312    *\r
 313    * @return int\r
 314    */\r
 315   public int getJGroupCount()\r
 316   {\r
 317     return _JGroupList.size();\r
 318   } //-- int getJGroupCount()\r
 319 \r
 320   /**\r
 321    * Method getJSeq\r
 322    *\r
 323    *\r
 324    *\r
 325    * @param index\r
 326    * @return JSeq\r
 327    */\r
 328   public jalview.binding.JSeq getJSeq(int index)\r
 329       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 330   {\r
 331     //-- check bounds for index\r
 332     if ( (index < 0) || (index > _JSeqList.size()))\r
 333     {\r
 334       throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 335     }\r
 336 \r
 337     return (jalview.binding.JSeq) _JSeqList.elementAt(index);\r
 338   } //-- jalview.binding.JSeq getJSeq(int)\r
 339 \r
 340   /**\r
 341    * Method getJSeq\r
 342    *\r
 343    *\r
 344    *\r
 345    * @return JSeq\r
 346    */\r
 347   public jalview.binding.JSeq[] getJSeq()\r
 348   {\r
 349     int size = _JSeqList.size();\r
 350     jalview.binding.JSeq[] mArray = new jalview.binding.JSeq[size];\r
 351     for (int index = 0; index < size; index++)\r
 352     {\r
 353       mArray[index] = (jalview.binding.JSeq) _JSeqList.elementAt(index);\r
 354     }\r
 355     return mArray;\r
 356   } //-- jalview.binding.JSeq[] getJSeq()\r
 357 \r
 358   /**\r
 359    * Method getJSeqCount\r
 360    *\r
 361    *\r
 362    *\r
 363    * @return int\r
 364    */\r
 365   public int getJSeqCount()\r
 366   {\r
 367     return _JSeqList.size();\r
 368   } //-- int getJSeqCount()\r
 369 \r
 370   /**\r
 371    * Method getTree\r
 372    *\r
 373    *\r
 374    *\r
 375    * @param index\r
 376    * @return Tree\r
 377    */\r
 378   public jalview.binding.Tree getTree(int index)\r
 379       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 380   {\r
 381     //-- check bounds for index\r
 382     if ( (index < 0) || (index > _treeList.size()))\r
 383     {\r
 384       throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 385     }\r
 386 \r
 387     return (jalview.binding.Tree) _treeList.elementAt(index);\r
 388   } //-- jalview.binding.Tree getTree(int)\r
 389 \r
 390   /**\r
 391    * Method getTree\r
 392    *\r
 393    *\r
 394    *\r
 395    * @return Tree\r
 396    */\r
 397   public jalview.binding.Tree[] getTree()\r
 398   {\r
 399     int size = _treeList.size();\r
 400     jalview.binding.Tree[] mArray = new jalview.binding.Tree[size];\r
 401     for (int index = 0; index < size; index++)\r
 402     {\r
 403       mArray[index] = (jalview.binding.Tree) _treeList.elementAt(index);\r
 404     }\r
 405     return mArray;\r
 406   } //-- jalview.binding.Tree[] getTree()\r
 407 \r
 408   /**\r
 409    * Method getTreeCount\r
 410    *\r
 411    *\r
 412    *\r
 413    * @return int\r
 414    */\r
 415   public int getTreeCount()\r
 416   {\r
 417     return _treeList.size();\r
 418   } //-- int getTreeCount()\r
 419 \r
 420   /**\r
 421    * Method getUserColours\r
 422    *\r
 423    *\r
 424    *\r
 425    * @param index\r
 426    * @return UserColours\r
 427    */\r
 428   public jalview.binding.UserColours getUserColours(int index)\r
 429       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 430   {\r
 431     //-- check bounds for index\r
 432     if ( (index < 0) || (index > _userColoursList.size()))\r
 433     {\r
 434       throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 435     }\r
 436 \r
 437     return (jalview.binding.UserColours) _userColoursList.elementAt(index);\r
 438   } //-- jalview.binding.UserColours getUserColours(int)\r
 439 \r
 440   /**\r
 441    * Method getUserColours\r
 442    *\r
 443    *\r
 444    *\r
 445    * @return UserColours\r
 446    */\r
 447   public jalview.binding.UserColours[] getUserColours()\r
 448   {\r
 449     int size = _userColoursList.size();\r
 450     jalview.binding.UserColours[] mArray = new jalview.binding.UserColours[size];\r
 451     for (int index = 0; index < size; index++)\r
 452     {\r
 453       mArray[index] = (jalview.binding.UserColours) _userColoursList.elementAt(\r
 454           index);\r
 455     }\r
 456     return mArray;\r
 457   } //-- jalview.binding.UserColours[] getUserColours()\r
 458 \r
 459   /**\r
 460    * Method getUserColoursCount\r
 461    *\r
 462    *\r
 463    *\r
 464    * @return int\r
 465    */\r
 466   public int getUserColoursCount()\r
 467   {\r
 468     return _userColoursList.size();\r
 469   } //-- int getUserColoursCount()\r
 470 \r
 471   /**\r
 472    * Method getViewport\r
 473    *\r
 474    *\r
 475    *\r
 476    * @param index\r
 477    * @return Viewport\r
 478    */\r
 479   public jalview.binding.Viewport getViewport(int index)\r
 480       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 481   {\r
 482     //-- check bounds for index\r
 483     if ( (index < 0) || (index > _viewportList.size()))\r
 484     {\r
 485       throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 486     }\r
 487 \r
 488     return (jalview.binding.Viewport) _viewportList.elementAt(index);\r
 489   } //-- jalview.binding.Viewport getViewport(int)\r
 490 \r
 491   /**\r
 492    * Method getViewport\r
 493    *\r
 494    *\r
 495    *\r
 496    * @return Viewport\r
 497    */\r
 498   public jalview.binding.Viewport[] getViewport()\r
 499   {\r
 500     int size = _viewportList.size();\r
 501     jalview.binding.Viewport[] mArray = new jalview.binding.Viewport[size];\r
 502     for (int index = 0; index < size; index++)\r
 503     {\r
 504       mArray[index] = (jalview.binding.Viewport) _viewportList.elementAt(index);\r
 505     }\r
 506     return mArray;\r
 507   } //-- jalview.binding.Viewport[] getViewport()\r
 508 \r
 509   /**\r
 510    * Method getViewportCount\r
 511    *\r
 512    *\r
 513    *\r
 514    * @return int\r
 515    */\r
 516   public int getViewportCount()\r
 517   {\r
 518     return _viewportList.size();\r
 519   } //-- int getViewportCount()\r
 520 \r
 521   /**\r
 522    * Method isValid\r
 523    *\r
 524    *\r
 525    *\r
 526    * @return boolean\r
 527    */\r
 528   public boolean isValid()\r
 529   {\r
 530     try\r
 531     {\r
 532       validate();\r
 533     }\r
 534     catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
 535     {\r
 536       return false;\r
 537     }\r
 538     return true;\r
 539   } //-- boolean isValid()\r
 540 \r
 541   /**\r
 542    * Method marshal\r
 543    *\r
 544    *\r
 545    *\r
 546    * @param out\r
 547    */\r
 548   public void marshal(java.io.Writer out)\r
 549       throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
 550       org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 551   {\r
 552 \r
 553     Marshaller.marshal(this, out);\r
 554   } //-- void marshal(java.io.Writer)\r
 555 \r
 556   /**\r
 557    * Method marshal\r
 558    *\r
 559    *\r
 560    *\r
 561    * @param handler\r
 562    */\r
 563   public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 564       throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
 565       org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 566   {\r
 567 \r
 568     Marshaller.marshal(this, handler);\r
 569   } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler)\r
 570 \r
 571   /**\r
 572    * Method removeAllJGroup\r
 573    *\r
 574    */\r
 575   public void removeAllJGroup()\r
 576   {\r
 577     _JGroupList.removeAllElements();\r
 578   } //-- void removeAllJGroup()\r
 579 \r
 580   /**\r
 581    * Method removeAllJSeq\r
 582    *\r
 583    */\r
 584   public void removeAllJSeq()\r
 585   {\r
 586     _JSeqList.removeAllElements();\r
 587   } //-- void removeAllJSeq()\r
 588 \r
 589   /**\r
 590    * Method removeAllTree\r
 591    *\r
 592    */\r
 593   public void removeAllTree()\r
 594   {\r
 595     _treeList.removeAllElements();\r
 596   } //-- void removeAllTree()\r
 597 \r
 598   /**\r
 599    * Method removeAllUserColours\r
 600    *\r
 601    */\r
 602   public void removeAllUserColours()\r
 603   {\r
 604     _userColoursList.removeAllElements();\r
 605   } //-- void removeAllUserColours()\r
 606 \r
 607   /**\r
 608    * Method removeAllViewport\r
 609    *\r
 610    */\r
 611   public void removeAllViewport()\r
 612   {\r
 613     _viewportList.removeAllElements();\r
 614   } //-- void removeAllViewport()\r
 615 \r
 616   /**\r
 617    * Method removeJGroup\r
 618    *\r
 619    *\r
 620    *\r
 621    * @param index\r
 622    * @return JGroup\r
 623    */\r
 624   public jalview.binding.JGroup removeJGroup(int index)\r
 625   {\r
 626     java.lang.Object obj = _JGroupList.elementAt(index);\r
 627     _JGroupList.removeElementAt(index);\r
 628     return (jalview.binding.JGroup) obj;\r
 629   } //-- jalview.binding.JGroup removeJGroup(int)\r
 630 \r
 631   /**\r
 632    * Method removeJSeq\r
 633    *\r
 634    *\r
 635    *\r
 636    * @param index\r
 637    * @return JSeq\r
 638    */\r
 639   public jalview.binding.JSeq removeJSeq(int index)\r
 640   {\r
 641     java.lang.Object obj = _JSeqList.elementAt(index);\r
 642     _JSeqList.removeElementAt(index);\r
 643     return (jalview.binding.JSeq) obj;\r
 644   } //-- jalview.binding.JSeq removeJSeq(int)\r
 645 \r
 646   /**\r
 647    * Method removeTree\r
 648    *\r
 649    *\r
 650    *\r
 651    * @param index\r
 652    * @return Tree\r
 653    */\r
 654   public jalview.binding.Tree removeTree(int index)\r
 655   {\r
 656     java.lang.Object obj = _treeList.elementAt(index);\r
 657     _treeList.removeElementAt(index);\r
 658     return (jalview.binding.Tree) obj;\r
 659   } //-- jalview.binding.Tree removeTree(int)\r
 660 \r
 661   /**\r
 662    * Method removeUserColours\r
 663    *\r
 664    *\r
 665    *\r
 666    * @param index\r
 667    * @return UserColours\r
 668    */\r
 669   public jalview.binding.UserColours removeUserColours(int index)\r
 670   {\r
 671     java.lang.Object obj = _userColoursList.elementAt(index);\r
 672     _userColoursList.removeElementAt(index);\r
 673     return (jalview.binding.UserColours) obj;\r
 674   } //-- jalview.binding.UserColours removeUserColours(int)\r
 675 \r
 676   /**\r
 677    * Method removeViewport\r
 678    *\r
 679    *\r
 680    *\r
 681    * @param index\r
 682    * @return Viewport\r
 683    */\r
 684   public jalview.binding.Viewport removeViewport(int index)\r
 685   {\r
 686     java.lang.Object obj = _viewportList.elementAt(index);\r
 687     _viewportList.removeElementAt(index);\r
 688     return (jalview.binding.Viewport) obj;\r
 689   } //-- jalview.binding.Viewport removeViewport(int)\r
 690 \r
 691   /**\r
 692    * Method setJGroup\r
 693    *\r
 694    *\r
 695    *\r
 696    * @param index\r
 697    * @param vJGroup\r
 698    */\r
 699   public void setJGroup(int index, jalview.binding.JGroup vJGroup)\r
 700       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 701   {\r
 702     //-- check bounds for index\r
 703     if ( (index < 0) || (index > _JGroupList.size()))\r
 704     {\r
 705       throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 706     }\r
 707     _JGroupList.setElementAt(vJGroup, index);\r
 708   } //-- void setJGroup(int, jalview.binding.JGroup)\r
 709 \r
 710   /**\r
 711    * Method setJGroup\r
 712    *\r
 713    *\r
 714    *\r
 715    * @param JGroupArray\r
 716    */\r
 717   public void setJGroup(jalview.binding.JGroup[] JGroupArray)\r
 718   {\r
 719     //-- copy array\r
 720     _JGroupList.removeAllElements();\r
 721     for (int i = 0; i < JGroupArray.length; i++)\r
 722     {\r
 723       _JGroupList.addElement(JGroupArray[i]);\r
 724     }\r
 725   } //-- void setJGroup(jalview.binding.JGroup)\r
 726 \r
 727   /**\r
 728    * Method setJSeq\r
 729    *\r
 730    *\r
 731    *\r
 732    * @param index\r
 733    * @param vJSeq\r
 734    */\r
 735   public void setJSeq(int index, jalview.binding.JSeq vJSeq)\r
 736       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 737   {\r
 738     //-- check bounds for index\r
 739     if ( (index < 0) || (index > _JSeqList.size()))\r
 740     {\r
 741       throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 742     }\r
 743     _JSeqList.setElementAt(vJSeq, index);\r
 744   } //-- void setJSeq(int, jalview.binding.JSeq)\r
 745 \r
 746   /**\r
 747    * Method setJSeq\r
 748    *\r
 749    *\r
 750    *\r
 751    * @param JSeqArray\r
 752    */\r
 753   public void setJSeq(jalview.binding.JSeq[] JSeqArray)\r
 754   {\r
 755     //-- copy array\r
 756     _JSeqList.removeAllElements();\r
 757     for (int i = 0; i < JSeqArray.length; i++)\r
 758     {\r
 759       _JSeqList.addElement(JSeqArray[i]);\r
 760     }\r
 761   } //-- void setJSeq(jalview.binding.JSeq)\r
 762 \r
 763   /**\r
 764    * Method setTree\r
 765    *\r
 766    *\r
 767    *\r
 768    * @param index\r
 769    * @param vTree\r
 770    */\r
 771   public void setTree(int index, jalview.binding.Tree vTree)\r
 772       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 773   {\r
 774     //-- check bounds for index\r
 775     if ( (index < 0) || (index > _treeList.size()))\r
 776     {\r
 777       throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 778     }\r
 779     _treeList.setElementAt(vTree, index);\r
 780   } //-- void setTree(int, jalview.binding.Tree)\r
 781 \r
 782   /**\r
 783    * Method setTree\r
 784    *\r
 785    *\r
 786    *\r
 787    * @param treeArray\r
 788    */\r
 789   public void setTree(jalview.binding.Tree[] treeArray)\r
 790   {\r
 791     //-- copy array\r
 792     _treeList.removeAllElements();\r
 793     for (int i = 0; i < treeArray.length; i++)\r
 794     {\r
 795       _treeList.addElement(treeArray[i]);\r
 796     }\r
 797   } //-- void setTree(jalview.binding.Tree)\r
 798 \r
 799   /**\r
 800    * Method setUserColours\r
 801    *\r
 802    *\r
 803    *\r
 804    * @param index\r
 805    * @param vUserColours\r
 806    */\r
 807   public void setUserColours(int index,\r
 808                              jalview.binding.UserColours vUserColours)\r
 809       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 810   {\r
 811     //-- check bounds for index\r
 812     if ( (index < 0) || (index > _userColoursList.size()))\r
 813     {\r
 814       throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 815     }\r
 816     _userColoursList.setElementAt(vUserColours, index);\r
 817   } //-- void setUserColours(int, jalview.binding.UserColours)\r
 818 \r
 819   /**\r
 820    * Method setUserColours\r
 821    *\r
 822    *\r
 823    *\r
 824    * @param userColoursArray\r
 825    */\r
 826   public void setUserColours(jalview.binding.UserColours[] userColoursArray)\r
 827   {\r
 828     //-- copy array\r
 829     _userColoursList.removeAllElements();\r
 830     for (int i = 0; i < userColoursArray.length; i++)\r
 831     {\r
 832       _userColoursList.addElement(userColoursArray[i]);\r
 833     }\r
 834   } //-- void setUserColours(jalview.binding.UserColours)\r
 835 \r
 836   /**\r
 837    * Method setViewport\r
 838    *\r
 839    *\r
 840    *\r
 841    * @param index\r
 842    * @param vViewport\r
 843    */\r
 844   public void setViewport(int index, jalview.binding.Viewport vViewport)\r
 845       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 846   {\r
 847     //-- check bounds for index\r
 848     if ( (index < 0) || (index > _viewportList.size()))\r
 849     {\r
 850       throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 851     }\r
 852     _viewportList.setElementAt(vViewport, index);\r
 853   } //-- void setViewport(int, jalview.binding.Viewport)\r
 854 \r
 855   /**\r
 856    * Method setViewport\r
 857    *\r
 858    *\r
 859    *\r
 860    * @param viewportArray\r
 861    */\r
 862   public void setViewport(jalview.binding.Viewport[] viewportArray)\r
 863   {\r
 864     //-- copy array\r
 865     _viewportList.removeAllElements();\r
 866     for (int i = 0; i < viewportArray.length; i++)\r
 867     {\r
 868       _viewportList.addElement(viewportArray[i]);\r
 869     }\r
 870   } //-- void setViewport(jalview.binding.Viewport)\r
 871 \r
 872   /**\r
 873    * Method unmarshal\r
 874    *\r
 875    *\r
 876    *\r
 877    * @param reader\r
 878    * @return Object\r
 879    */\r
 880   public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
 881       throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
 882       org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 883   {\r
 884     return (jalview.binding.JalviewModelSequence) Unmarshaller.unmarshal(\r
 885         jalview.binding.JalviewModelSequence.class, reader);\r
 886   } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader)\r
 887 \r
 888   /**\r
 889    * Method validate\r
 890    *\r
 891    */\r
 892   public void validate()\r
 893       throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 894   {\r
 895     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.\r
 896         Validator();\r
 897     validator.validate(this);\r
 898   } //-- void validate()\r
 899 \r
 900 }\r