src/jalview/binding/JalviewModelSequence.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with\r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 /*\r
   9 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
  10 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
  11 *\r
  12 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
  13 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
  14 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
  15 * of the License, or (at your option) any later version.\r
  16 *\r
  17 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  18 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  19 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  20 * GNU General Public License for more details.\r
  21 *\r
  22 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  23 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  24 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  25 */\r
  26 \r
  27 package jalview.binding;\r
  28 \r
  29   //---------------------------------/\r
  30  //- Imported classes and packages -/\r
  31 //---------------------------------/\r
  32 \r
  33 import java.io.IOException;\r
  34 import java.io.Reader;\r
  35 import java.io.Serializable;\r
  36 import java.io.Writer;\r
  37 import java.util.Enumeration;\r
  38 import java.util.Vector;\r
  39 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
  40 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  41 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  42 import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
  43 import org.xml.sax.ContentHandler;\r
  44 \r
  45 /**\r
  46  * Class JalviewModelSequence.\r
  47  *\r
  48  * @version $Revision$ $Date$\r
  49  */\r
  50 public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {\r
  51 \r
  52 \r
  53       //--------------------------/\r
  54      //- Class/Member Variables -/\r
  55     //--------------------------/\r
  56 \r
  57     /**\r
  58      * Field _JSeqList\r
  59      */\r
  60     private java.util.Vector _JSeqList;\r
  61 \r
  62     /**\r
  63      * Field _JGroupList\r
  64      */\r
  65     private java.util.Vector _JGroupList;\r
  66 \r
  67     /**\r
  68      * Field _viewportList\r
  69      */\r
  70     private java.util.Vector _viewportList;\r
  71 \r
  72     /**\r
  73      * Field _userColoursList\r
  74      */\r
  75     private java.util.Vector _userColoursList;\r
  76 \r
  77 \r
  78       //----------------/\r
  79      //- Constructors -/\r
  80     //----------------/\r
  81 \r
  82     public JalviewModelSequence() {\r
  83         super();\r
  84         _JSeqList = new Vector();\r
  85         _JGroupList = new Vector();\r
  86         _viewportList = new Vector();\r
  87         _userColoursList = new Vector();\r
  88     } //-- jalview.binding.JalviewModelSequence()\r
  89 \r
  90 \r
  91       //-----------/\r
  92      //- Methods -/\r
  93     //-----------/\r
  94 \r
  95     /**\r
  96      * Method addJGroup\r
  97      *\r
  98      *\r
  99      *\r
 100      * @param vJGroup\r
 101      */\r
 102     public void addJGroup(jalview.binding.JGroup vJGroup)\r
 103         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 104     {\r
 105         _JGroupList.addElement(vJGroup);\r
 106     } //-- void addJGroup(jalview.binding.JGroup)\r
 107 \r
 108     /**\r
 109      * Method addJGroup\r
 110      *\r
 111      *\r
 112      *\r
 113      * @param index\r
 114      * @param vJGroup\r
 115      */\r
 116     public void addJGroup(int index, jalview.binding.JGroup vJGroup)\r
 117         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 118     {\r
 119         _JGroupList.insertElementAt(vJGroup, index);\r
 120     } //-- void addJGroup(int, jalview.binding.JGroup)\r
 121 \r
 122     /**\r
 123      * Method addJSeq\r
 124      *\r
 125      *\r
 126      *\r
 127      * @param vJSeq\r
 128      */\r
 129     public void addJSeq(jalview.binding.JSeq vJSeq)\r
 130         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 131     {\r
 132         _JSeqList.addElement(vJSeq);\r
 133     } //-- void addJSeq(jalview.binding.JSeq)\r
 134 \r
 135     /**\r
 136      * Method addJSeq\r
 137      *\r
 138      *\r
 139      *\r
 140      * @param index\r
 141      * @param vJSeq\r
 142      */\r
 143     public void addJSeq(int index, jalview.binding.JSeq vJSeq)\r
 144         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 145     {\r
 146         _JSeqList.insertElementAt(vJSeq, index);\r
 147     } //-- void addJSeq(int, jalview.binding.JSeq)\r
 148 \r
 149     /**\r
 150      * Method addUserColours\r
 151      *\r
 152      *\r
 153      *\r
 154      * @param vUserColours\r
 155      */\r
 156     public void addUserColours(jalview.binding.UserColours vUserColours)\r
 157         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 158     {\r
 159         _userColoursList.addElement(vUserColours);\r
 160     } //-- void addUserColours(jalview.binding.UserColours)\r
 161 \r
 162     /**\r
 163      * Method addUserColours\r
 164      *\r
 165      *\r
 166      *\r
 167      * @param index\r
 168      * @param vUserColours\r
 169      */\r
 170     public void addUserColours(int index, jalview.binding.UserColours vUserColours)\r
 171         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 172     {\r
 173         _userColoursList.insertElementAt(vUserColours, index);\r
 174     } //-- void addUserColours(int, jalview.binding.UserColours)\r
 175 \r
 176     /**\r
 177      * Method addViewport\r
 178      *\r
 179      *\r
 180      *\r
 181      * @param vViewport\r
 182      */\r
 183     public void addViewport(jalview.binding.Viewport vViewport)\r
 184         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 185     {\r
 186         _viewportList.addElement(vViewport);\r
 187     } //-- void addViewport(jalview.binding.Viewport)\r
 188 \r
 189     /**\r
 190      * Method addViewport\r
 191      *\r
 192      *\r
 193      *\r
 194      * @param index\r
 195      * @param vViewport\r
 196      */\r
 197     public void addViewport(int index, jalview.binding.Viewport vViewport)\r
 198         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 199     {\r
 200         _viewportList.insertElementAt(vViewport, index);\r
 201     } //-- void addViewport(int, jalview.binding.Viewport)\r
 202 \r
 203     /**\r
 204      * Method enumerateJGroup\r
 205      *\r
 206      *\r
 207      *\r
 208      * @return Enumeration\r
 209      */\r
 210     public java.util.Enumeration enumerateJGroup()\r
 211     {\r
 212         return _JGroupList.elements();\r
 213     } //-- java.util.Enumeration enumerateJGroup()\r
 214 \r
 215     /**\r
 216      * Method enumerateJSeq\r
 217      *\r
 218      *\r
 219      *\r
 220      * @return Enumeration\r
 221      */\r
 222     public java.util.Enumeration enumerateJSeq()\r
 223     {\r
 224         return _JSeqList.elements();\r
 225     } //-- java.util.Enumeration enumerateJSeq()\r
 226 \r
 227     /**\r
 228      * Method enumerateUserColours\r
 229      *\r
 230      *\r
 231      *\r
 232      * @return Enumeration\r
 233      */\r
 234     public java.util.Enumeration enumerateUserColours()\r
 235     {\r
 236         return _userColoursList.elements();\r
 237     } //-- java.util.Enumeration enumerateUserColours()\r
 238 \r
 239     /**\r
 240      * Method enumerateViewport\r
 241      *\r
 242      *\r
 243      *\r
 244      * @return Enumeration\r
 245      */\r
 246     public java.util.Enumeration enumerateViewport()\r
 247     {\r
 248         return _viewportList.elements();\r
 249     } //-- java.util.Enumeration enumerateViewport()\r
 250 \r
 251     /**\r
 252      * Method getJGroup\r
 253      *\r
 254      *\r
 255      *\r
 256      * @param index\r
 257      * @return JGroup\r
 258      */\r
 259     public jalview.binding.JGroup getJGroup(int index)\r
 260         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 261     {\r
 262         //-- check bounds for index\r
 263         if ((index < 0) || (index > _JGroupList.size())) {\r
 264             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 265         }\r
 266 \r
 267         return (jalview.binding.JGroup) _JGroupList.elementAt(index);\r
 268     } //-- jalview.binding.JGroup getJGroup(int)\r
 269 \r
 270     /**\r
 271      * Method getJGroup\r
 272      *\r
 273      *\r
 274      *\r
 275      * @return JGroup\r
 276      */\r
 277     public jalview.binding.JGroup[] getJGroup()\r
 278     {\r
 279         int size = _JGroupList.size();\r
 280         jalview.binding.JGroup[] mArray = new jalview.binding.JGroup[size];\r
 281         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 282             mArray[index] = (jalview.binding.JGroup) _JGroupList.elementAt(index);\r
 283         }\r
 284         return mArray;\r
 285     } //-- jalview.binding.JGroup[] getJGroup()\r
 286 \r
 287     /**\r
 288      * Method getJGroupCount\r
 289      *\r
 290      *\r
 291      *\r
 292      * @return int\r
 293      */\r
 294     public int getJGroupCount()\r
 295     {\r
 296         return _JGroupList.size();\r
 297     } //-- int getJGroupCount()\r
 298 \r
 299     /**\r
 300      * Method getJSeq\r
 301      *\r
 302      *\r
 303      *\r
 304      * @param index\r
 305      * @return JSeq\r
 306      */\r
 307     public jalview.binding.JSeq getJSeq(int index)\r
 308         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 309     {\r
 310         //-- check bounds for index\r
 311         if ((index < 0) || (index > _JSeqList.size())) {\r
 312             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 313         }\r
 314 \r
 315         return (jalview.binding.JSeq) _JSeqList.elementAt(index);\r
 316     } //-- jalview.binding.JSeq getJSeq(int)\r
 317 \r
 318     /**\r
 319      * Method getJSeq\r
 320      *\r
 321      *\r
 322      *\r
 323      * @return JSeq\r
 324      */\r
 325     public jalview.binding.JSeq[] getJSeq()\r
 326     {\r
 327         int size = _JSeqList.size();\r
 328         jalview.binding.JSeq[] mArray = new jalview.binding.JSeq[size];\r
 329         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 330             mArray[index] = (jalview.binding.JSeq) _JSeqList.elementAt(index);\r
 331         }\r
 332         return mArray;\r
 333     } //-- jalview.binding.JSeq[] getJSeq()\r
 334 \r
 335     /**\r
 336      * Method getJSeqCount\r
 337      *\r
 338      *\r
 339      *\r
 340      * @return int\r
 341      */\r
 342     public int getJSeqCount()\r
 343     {\r
 344         return _JSeqList.size();\r
 345     } //-- int getJSeqCount()\r
 346 \r
 347     /**\r
 348      * Method getUserColours\r
 349      *\r
 350      *\r
 351      *\r
 352      * @param index\r
 353      * @return UserColours\r
 354      */\r
 355     public jalview.binding.UserColours getUserColours(int index)\r
 356         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 357     {\r
 358         //-- check bounds for index\r
 359         if ((index < 0) || (index > _userColoursList.size())) {\r
 360             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 361         }\r
 362 \r
 363         return (jalview.binding.UserColours) _userColoursList.elementAt(index);\r
 364     } //-- jalview.binding.UserColours getUserColours(int)\r
 365 \r
 366     /**\r
 367      * Method getUserColours\r
 368      *\r
 369      *\r
 370      *\r
 371      * @return UserColours\r
 372      */\r
 373     public jalview.binding.UserColours[] getUserColours()\r
 374     {\r
 375         int size = _userColoursList.size();\r
 376         jalview.binding.UserColours[] mArray = new jalview.binding.UserColours[size];\r
 377         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 378             mArray[index] = (jalview.binding.UserColours) _userColoursList.elementAt(index);\r
 379         }\r
 380         return mArray;\r
 381     } //-- jalview.binding.UserColours[] getUserColours()\r
 382 \r
 383     /**\r
 384      * Method getUserColoursCount\r
 385      *\r
 386      *\r
 387      *\r
 388      * @return int\r
 389      */\r
 390     public int getUserColoursCount()\r
 391     {\r
 392         return _userColoursList.size();\r
 393     } //-- int getUserColoursCount()\r
 394 \r
 395     /**\r
 396      * Method getViewport\r
 397      *\r
 398      *\r
 399      *\r
 400      * @param index\r
 401      * @return Viewport\r
 402      */\r
 403     public jalview.binding.Viewport getViewport(int index)\r
 404         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 405     {\r
 406         //-- check bounds for index\r
 407         if ((index < 0) || (index > _viewportList.size())) {\r
 408             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 409         }\r
 410 \r
 411         return (jalview.binding.Viewport) _viewportList.elementAt(index);\r
 412     } //-- jalview.binding.Viewport getViewport(int)\r
 413 \r
 414     /**\r
 415      * Method getViewport\r
 416      *\r
 417      *\r
 418      *\r
 419      * @return Viewport\r
 420      */\r
 421     public jalview.binding.Viewport[] getViewport()\r
 422     {\r
 423         int size = _viewportList.size();\r
 424         jalview.binding.Viewport[] mArray = new jalview.binding.Viewport[size];\r
 425         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 426             mArray[index] = (jalview.binding.Viewport) _viewportList.elementAt(index);\r
 427         }\r
 428         return mArray;\r
 429     } //-- jalview.binding.Viewport[] getViewport()\r
 430 \r
 431     /**\r
 432      * Method getViewportCount\r
 433      *\r
 434      *\r
 435      *\r
 436      * @return int\r
 437      */\r
 438     public int getViewportCount()\r
 439     {\r
 440         return _viewportList.size();\r
 441     } //-- int getViewportCount()\r
 442 \r
 443     /**\r
 444      * Method isValid\r
 445      *\r
 446      *\r
 447      *\r
 448      * @return boolean\r
 449      */\r
 450     public boolean isValid()\r
 451     {\r
 452         try {\r
 453             validate();\r
 454         }\r
 455         catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
 456             return false;\r
 457         }\r
 458         return true;\r
 459     } //-- boolean isValid()\r
 460 \r
 461     /**\r
 462      * Method marshal\r
 463      *\r
 464      *\r
 465      *\r
 466      * @param out\r
 467      */\r
 468     public void marshal(java.io.Writer out)\r
 469         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 470     {\r
 471 \r
 472         Marshaller.marshal(this, out);\r
 473     } //-- void marshal(java.io.Writer)\r
 474 \r
 475     /**\r
 476      * Method marshal\r
 477      *\r
 478      *\r
 479      *\r
 480      * @param handler\r
 481      */\r
 482     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 483         throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 484     {\r
 485 \r
 486         Marshaller.marshal(this, handler);\r
 487     } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler)\r
 488 \r
 489     /**\r
 490      * Method removeAllJGroup\r
 491      *\r
 492      */\r
 493     public void removeAllJGroup()\r
 494     {\r
 495         _JGroupList.removeAllElements();\r
 496     } //-- void removeAllJGroup()\r
 497 \r
 498     /**\r
 499      * Method removeAllJSeq\r
 500      *\r
 501      */\r
 502     public void removeAllJSeq()\r
 503     {\r
 504         _JSeqList.removeAllElements();\r
 505     } //-- void removeAllJSeq()\r
 506 \r
 507     /**\r
 508      * Method removeAllUserColours\r
 509      *\r
 510      */\r
 511     public void removeAllUserColours()\r
 512     {\r
 513         _userColoursList.removeAllElements();\r
 514     } //-- void removeAllUserColours()\r
 515 \r
 516     /**\r
 517      * Method removeAllViewport\r
 518      *\r
 519      */\r
 520     public void removeAllViewport()\r
 521     {\r
 522         _viewportList.removeAllElements();\r
 523     } //-- void removeAllViewport()\r
 524 \r
 525     /**\r
 526      * Method removeJGroup\r
 527      *\r
 528      *\r
 529      *\r
 530      * @param index\r
 531      * @return JGroup\r
 532      */\r
 533     public jalview.binding.JGroup removeJGroup(int index)\r
 534     {\r
 535         java.lang.Object obj = _JGroupList.elementAt(index);\r
 536         _JGroupList.removeElementAt(index);\r
 537         return (jalview.binding.JGroup) obj;\r
 538     } //-- jalview.binding.JGroup removeJGroup(int)\r
 539 \r
 540     /**\r
 541      * Method removeJSeq\r
 542      *\r
 543      *\r
 544      *\r
 545      * @param index\r
 546      * @return JSeq\r
 547      */\r
 548     public jalview.binding.JSeq removeJSeq(int index)\r
 549     {\r
 550         java.lang.Object obj = _JSeqList.elementAt(index);\r
 551         _JSeqList.removeElementAt(index);\r
 552         return (jalview.binding.JSeq) obj;\r
 553     } //-- jalview.binding.JSeq removeJSeq(int)\r
 554 \r
 555     /**\r
 556      * Method removeUserColours\r
 557      *\r
 558      *\r
 559      *\r
 560      * @param index\r
 561      * @return UserColours\r
 562      */\r
 563     public jalview.binding.UserColours removeUserColours(int index)\r
 564     {\r
 565         java.lang.Object obj = _userColoursList.elementAt(index);\r
 566         _userColoursList.removeElementAt(index);\r
 567         return (jalview.binding.UserColours) obj;\r
 568     } //-- jalview.binding.UserColours removeUserColours(int)\r
 569 \r
 570     /**\r
 571      * Method removeViewport\r
 572      *\r
 573      *\r
 574      *\r
 575      * @param index\r
 576      * @return Viewport\r
 577      */\r
 578     public jalview.binding.Viewport removeViewport(int index)\r
 579     {\r
 580         java.lang.Object obj = _viewportList.elementAt(index);\r
 581         _viewportList.removeElementAt(index);\r
 582         return (jalview.binding.Viewport) obj;\r
 583     } //-- jalview.binding.Viewport removeViewport(int)\r
 584 \r
 585     /**\r
 586      * Method setJGroup\r
 587      *\r
 588      *\r
 589      *\r
 590      * @param index\r
 591      * @param vJGroup\r
 592      */\r
 593     public void setJGroup(int index, jalview.binding.JGroup vJGroup)\r
 594         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 595     {\r
 596         //-- check bounds for index\r
 597         if ((index < 0) || (index > _JGroupList.size())) {\r
 598             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 599         }\r
 600         _JGroupList.setElementAt(vJGroup, index);\r
 601     } //-- void setJGroup(int, jalview.binding.JGroup)\r
 602 \r
 603     /**\r
 604      * Method setJGroup\r
 605      *\r
 606      *\r
 607      *\r
 608      * @param JGroupArray\r
 609      */\r
 610     public void setJGroup(jalview.binding.JGroup[] JGroupArray)\r
 611     {\r
 612         //-- copy array\r
 613         _JGroupList.removeAllElements();\r
 614         for (int i = 0; i < JGroupArray.length; i++) {\r
 615             _JGroupList.addElement(JGroupArray[i]);\r
 616         }\r
 617     } //-- void setJGroup(jalview.binding.JGroup)\r
 618 \r
 619     /**\r
 620      * Method setJSeq\r
 621      *\r
 622      *\r
 623      *\r
 624      * @param index\r
 625      * @param vJSeq\r
 626      */\r
 627     public void setJSeq(int index, jalview.binding.JSeq vJSeq)\r
 628         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 629     {\r
 630         //-- check bounds for index\r
 631         if ((index < 0) || (index > _JSeqList.size())) {\r
 632             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 633         }\r
 634         _JSeqList.setElementAt(vJSeq, index);\r
 635     } //-- void setJSeq(int, jalview.binding.JSeq)\r
 636 \r
 637     /**\r
 638      * Method setJSeq\r
 639      *\r
 640      *\r
 641      *\r
 642      * @param JSeqArray\r
 643      */\r
 644     public void setJSeq(jalview.binding.JSeq[] JSeqArray)\r
 645     {\r
 646         //-- copy array\r
 647         _JSeqList.removeAllElements();\r
 648         for (int i = 0; i < JSeqArray.length; i++) {\r
 649             _JSeqList.addElement(JSeqArray[i]);\r
 650         }\r
 651     } //-- void setJSeq(jalview.binding.JSeq)\r
 652 \r
 653     /**\r
 654      * Method setUserColours\r
 655      *\r
 656      *\r
 657      *\r
 658      * @param index\r
 659      * @param vUserColours\r
 660      */\r
 661     public void setUserColours(int index, jalview.binding.UserColours vUserColours)\r
 662         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 663     {\r
 664         //-- check bounds for index\r
 665         if ((index < 0) || (index > _userColoursList.size())) {\r
 666             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 667         }\r
 668         _userColoursList.setElementAt(vUserColours, index);\r
 669     } //-- void setUserColours(int, jalview.binding.UserColours)\r
 670 \r
 671     /**\r
 672      * Method setUserColours\r
 673      *\r
 674      *\r
 675      *\r
 676      * @param userColoursArray\r
 677      */\r
 678     public void setUserColours(jalview.binding.UserColours[] userColoursArray)\r
 679     {\r
 680         //-- copy array\r
 681         _userColoursList.removeAllElements();\r
 682         for (int i = 0; i < userColoursArray.length; i++) {\r
 683             _userColoursList.addElement(userColoursArray[i]);\r
 684         }\r
 685     } //-- void setUserColours(jalview.binding.UserColours)\r
 686 \r
 687     /**\r
 688      * Method setViewport\r
 689      *\r
 690      *\r
 691      *\r
 692      * @param index\r
 693      * @param vViewport\r
 694      */\r
 695     public void setViewport(int index, jalview.binding.Viewport vViewport)\r
 696         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 697     {\r
 698         //-- check bounds for index\r
 699         if ((index < 0) || (index > _viewportList.size())) {\r
 700             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 701         }\r
 702         _viewportList.setElementAt(vViewport, index);\r
 703     } //-- void setViewport(int, jalview.binding.Viewport)\r
 704 \r
 705     /**\r
 706      * Method setViewport\r
 707      *\r
 708      *\r
 709      *\r
 710      * @param viewportArray\r
 711      */\r
 712     public void setViewport(jalview.binding.Viewport[] viewportArray)\r
 713     {\r
 714         //-- copy array\r
 715         _viewportList.removeAllElements();\r
 716         for (int i = 0; i < viewportArray.length; i++) {\r
 717             _viewportList.addElement(viewportArray[i]);\r
 718         }\r
 719     } //-- void setViewport(jalview.binding.Viewport)\r
 720 \r
 721     /**\r
 722      * Method unmarshal\r
 723      *\r
 724      *\r
 725      *\r
 726      * @param reader\r
 727      * @return Object\r
 728      */\r
 729     public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
 730         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 731     {\r
 732         return (jalview.binding.JalviewModelSequence) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.JalviewModelSequence.class, reader);\r
 733     } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader)\r
 734 \r
 735     /**\r
 736      * Method validate\r
 737      *\r
 738      */\r
 739     public void validate()\r
 740         throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 741     {\r
 742         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 743         validator.validate(this);\r
 744     } //-- void validate()\r
 745 \r
 746 }\r