src/jalview/binding/JalviewModelSequence.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with\r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 /*\r
   8 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   9 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
  10 *\r
  11 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
  12 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
  13 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
  14 * of the License, or (at your option) any later version.\r
  15 *\r
  16 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  17 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  18 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  19 * GNU General Public License for more details.\r
  20 *\r
  21 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  22 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  23 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  24 */\r
  25 package jalview.binding;\r
  26 \r
  27 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
  28 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  29 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  30 import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
  31 \r
  32 import org.xml.sax.ContentHandler;\r
  33 \r
  34 //---------------------------------/\r
  35 //- Imported classes and packages -/\r
  36 //---------------------------------/\r
  37 import java.io.IOException;\r
  38 import java.io.Reader;\r
  39 import java.io.Serializable;\r
  40 import java.io.Writer;\r
  41 \r
  42 import java.util.Enumeration;\r
  43 import java.util.Vector;\r
  44 \r
  45 \r
  46 /**\r
  47  * Class JalviewModelSequence.\r
  48  *\r
  49  * @version $Revision$ $Date$\r
  50  */\r
  51 public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {\r
  52     //--------------------------/\r
  53     //- Class/Member Variables -/\r
  54     //--------------------------/\r
  55 \r
  56     /**\r
  57      * Field _JSeqList\r
  58      */\r
  59     private java.util.Vector _JSeqList;\r
  60 \r
  61     /**\r
  62      * Field _JGroupList\r
  63      */\r
  64     private java.util.Vector _JGroupList;\r
  65 \r
  66     /**\r
  67      * Field _viewportList\r
  68      */\r
  69     private java.util.Vector _viewportList;\r
  70 \r
  71     /**\r
  72      * Field _userColoursList\r
  73      */\r
  74     private java.util.Vector _userColoursList;\r
  75 \r
  76     //----------------/\r
  77     //- Constructors -/\r
  78     //----------------/\r
  79     public JalviewModelSequence() {\r
  80         super();\r
  81         _JSeqList = new Vector();\r
  82         _JGroupList = new Vector();\r
  83         _viewportList = new Vector();\r
  84         _userColoursList = new Vector();\r
  85     }\r
  86      //-- jalview.binding.JalviewModelSequence()\r
  87  //-----------/\r
  88 \r
  89     public void addJGroup(jalview.binding.JGroup vJGroup)\r
  90         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
  91         _JGroupList.addElement(vJGroup);\r
  92     }\r
  93      //-- void addJGroup(jalview.binding.JGroup)\r
  94 \r
  95     /**\r
  96      * Method addJGroup\r
  97      *\r
  98      *\r
  99      *\r
 100      * @param index\r
 101      * @param vJGroup\r
 102      */\r
 103     public void addJGroup(int index, jalview.binding.JGroup vJGroup)\r
 104         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 105         _JGroupList.insertElementAt(vJGroup, index);\r
 106     }\r
 107      //-- void addJGroup(int, jalview.binding.JGroup)\r
 108 \r
 109     /**\r
 110      * Method addJSeq\r
 111      *\r
 112      *\r
 113      *\r
 114      * @param vJSeq\r
 115      */\r
 116     public void addJSeq(jalview.binding.JSeq vJSeq)\r
 117         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 118         _JSeqList.addElement(vJSeq);\r
 119     }\r
 120      //-- void addJSeq(jalview.binding.JSeq)\r
 121 \r
 122     /**\r
 123      * Method addJSeq\r
 124      *\r
 125      *\r
 126      *\r
 127      * @param index\r
 128      * @param vJSeq\r
 129      */\r
 130     public void addJSeq(int index, jalview.binding.JSeq vJSeq)\r
 131         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 132         _JSeqList.insertElementAt(vJSeq, index);\r
 133     }\r
 134      //-- void addJSeq(int, jalview.binding.JSeq)\r
 135 \r
 136     /**\r
 137      * Method addUserColours\r
 138      *\r
 139      *\r
 140      *\r
 141      * @param vUserColours\r
 142      */\r
 143     public void addUserColours(jalview.binding.UserColours vUserColours)\r
 144         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 145         _userColoursList.addElement(vUserColours);\r
 146     }\r
 147      //-- void addUserColours(jalview.binding.UserColours)\r
 148 \r
 149     /**\r
 150      * Method addUserColours\r
 151      *\r
 152      *\r
 153      *\r
 154      * @param index\r
 155      * @param vUserColours\r
 156      */\r
 157     public void addUserColours(int index,\r
 158         jalview.binding.UserColours vUserColours)\r
 159         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 160         _userColoursList.insertElementAt(vUserColours, index);\r
 161     }\r
 162      //-- void addUserColours(int, jalview.binding.UserColours)\r
 163 \r
 164     /**\r
 165      * Method addViewport\r
 166      *\r
 167      *\r
 168      *\r
 169      * @param vViewport\r
 170      */\r
 171     public void addViewport(jalview.binding.Viewport vViewport)\r
 172         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 173         _viewportList.addElement(vViewport);\r
 174     }\r
 175      //-- void addViewport(jalview.binding.Viewport)\r
 176 \r
 177     /**\r
 178      * Method addViewport\r
 179      *\r
 180      *\r
 181      *\r
 182      * @param index\r
 183      * @param vViewport\r
 184      */\r
 185     public void addViewport(int index, jalview.binding.Viewport vViewport)\r
 186         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 187         _viewportList.insertElementAt(vViewport, index);\r
 188     }\r
 189      //-- void addViewport(int, jalview.binding.Viewport)\r
 190 \r
 191     /**\r
 192      * Method enumerateJGroup\r
 193      *\r
 194      *\r
 195      *\r
 196      * @return Enumeration\r
 197      */\r
 198     public java.util.Enumeration enumerateJGroup() {\r
 199         return _JGroupList.elements();\r
 200     }\r
 201      //-- java.util.Enumeration enumerateJGroup()\r
 202 \r
 203     /**\r
 204      * Method enumerateJSeq\r
 205      *\r
 206      *\r
 207      *\r
 208      * @return Enumeration\r
 209      */\r
 210     public java.util.Enumeration enumerateJSeq() {\r
 211         return _JSeqList.elements();\r
 212     }\r
 213      //-- java.util.Enumeration enumerateJSeq()\r
 214 \r
 215     /**\r
 216      * Method enumerateUserColours\r
 217      *\r
 218      *\r
 219      *\r
 220      * @return Enumeration\r
 221      */\r
 222     public java.util.Enumeration enumerateUserColours() {\r
 223         return _userColoursList.elements();\r
 224     }\r
 225      //-- java.util.Enumeration enumerateUserColours()\r
 226 \r
 227     /**\r
 228      * Method enumerateViewport\r
 229      *\r
 230      *\r
 231      *\r
 232      * @return Enumeration\r
 233      */\r
 234     public java.util.Enumeration enumerateViewport() {\r
 235         return _viewportList.elements();\r
 236     }\r
 237      //-- java.util.Enumeration enumerateViewport()\r
 238 \r
 239     /**\r
 240      * Method getJGroup\r
 241      *\r
 242      *\r
 243      *\r
 244      * @param index\r
 245      * @return JGroup\r
 246      */\r
 247     public jalview.binding.JGroup getJGroup(int index)\r
 248         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 249         //-- check bounds for index\r
 250         if ((index < 0) || (index > _JGroupList.size())) {\r
 251             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 252         }\r
 253 \r
 254         return (jalview.binding.JGroup) _JGroupList.elementAt(index);\r
 255     }\r
 256      //-- jalview.binding.JGroup getJGroup(int)\r
 257 \r
 258     /**\r
 259      * Method getJGroup\r
 260      *\r
 261      *\r
 262      *\r
 263      * @return JGroup\r
 264      */\r
 265     public jalview.binding.JGroup[] getJGroup() {\r
 266         int size = _JGroupList.size();\r
 267         jalview.binding.JGroup[] mArray = new jalview.binding.JGroup[size];\r
 268 \r
 269         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 270             mArray[index] = (jalview.binding.JGroup) _JGroupList.elementAt(index);\r
 271         }\r
 272 \r
 273         return mArray;\r
 274     }\r
 275      //-- jalview.binding.JGroup[] getJGroup()\r
 276 \r
 277     /**\r
 278      * Method getJGroupCount\r
 279      *\r
 280      *\r
 281      *\r
 282      * @return int\r
 283      */\r
 284     public int getJGroupCount() {\r
 285         return _JGroupList.size();\r
 286     }\r
 287      //-- int getJGroupCount()\r
 288 \r
 289     /**\r
 290      * Method getJSeq\r
 291      *\r
 292      *\r
 293      *\r
 294      * @param index\r
 295      * @return JSeq\r
 296      */\r
 297     public jalview.binding.JSeq getJSeq(int index)\r
 298         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 299         //-- check bounds for index\r
 300         if ((index < 0) || (index > _JSeqList.size())) {\r
 301             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 302         }\r
 303 \r
 304         return (jalview.binding.JSeq) _JSeqList.elementAt(index);\r
 305     }\r
 306      //-- jalview.binding.JSeq getJSeq(int)\r
 307 \r
 308     /**\r
 309      * Method getJSeq\r
 310      *\r
 311      *\r
 312      *\r
 313      * @return JSeq\r
 314      */\r
 315     public jalview.binding.JSeq[] getJSeq() {\r
 316         int size = _JSeqList.size();\r
 317         jalview.binding.JSeq[] mArray = new jalview.binding.JSeq[size];\r
 318 \r
 319         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 320             mArray[index] = (jalview.binding.JSeq) _JSeqList.elementAt(index);\r
 321         }\r
 322 \r
 323         return mArray;\r
 324     }\r
 325      //-- jalview.binding.JSeq[] getJSeq()\r
 326 \r
 327     /**\r
 328      * Method getJSeqCount\r
 329      *\r
 330      *\r
 331      *\r
 332      * @return int\r
 333      */\r
 334     public int getJSeqCount() {\r
 335         return _JSeqList.size();\r
 336     }\r
 337      //-- int getJSeqCount()\r
 338 \r
 339     /**\r
 340      * Method getUserColours\r
 341      *\r
 342      *\r
 343      *\r
 344      * @param index\r
 345      * @return UserColours\r
 346      */\r
 347     public jalview.binding.UserColours getUserColours(int index)\r
 348         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 349         //-- check bounds for index\r
 350         if ((index < 0) || (index > _userColoursList.size())) {\r
 351             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 352         }\r
 353 \r
 354         return (jalview.binding.UserColours) _userColoursList.elementAt(index);\r
 355     }\r
 356      //-- jalview.binding.UserColours getUserColours(int)\r
 357 \r
 358     /**\r
 359      * Method getUserColours\r
 360      *\r
 361      *\r
 362      *\r
 363      * @return UserColours\r
 364      */\r
 365     public jalview.binding.UserColours[] getUserColours() {\r
 366         int size = _userColoursList.size();\r
 367         jalview.binding.UserColours[] mArray = new jalview.binding.UserColours[size];\r
 368 \r
 369         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 370             mArray[index] = (jalview.binding.UserColours) _userColoursList.elementAt(index);\r
 371         }\r
 372 \r
 373         return mArray;\r
 374     }\r
 375      //-- jalview.binding.UserColours[] getUserColours()\r
 376 \r
 377     /**\r
 378      * Method getUserColoursCount\r
 379      *\r
 380      *\r
 381      *\r
 382      * @return int\r
 383      */\r
 384     public int getUserColoursCount() {\r
 385         return _userColoursList.size();\r
 386     }\r
 387      //-- int getUserColoursCount()\r
 388 \r
 389     /**\r
 390      * Method getViewport\r
 391      *\r
 392      *\r
 393      *\r
 394      * @param index\r
 395      * @return Viewport\r
 396      */\r
 397     public jalview.binding.Viewport getViewport(int index)\r
 398         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 399         //-- check bounds for index\r
 400         if ((index < 0) || (index > _viewportList.size())) {\r
 401             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 402         }\r
 403 \r
 404         return (jalview.binding.Viewport) _viewportList.elementAt(index);\r
 405     }\r
 406      //-- jalview.binding.Viewport getViewport(int)\r
 407 \r
 408     /**\r
 409      * Method getViewport\r
 410      *\r
 411      *\r
 412      *\r
 413      * @return Viewport\r
 414      */\r
 415     public jalview.binding.Viewport[] getViewport() {\r
 416         int size = _viewportList.size();\r
 417         jalview.binding.Viewport[] mArray = new jalview.binding.Viewport[size];\r
 418 \r
 419         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 420             mArray[index] = (jalview.binding.Viewport) _viewportList.elementAt(index);\r
 421         }\r
 422 \r
 423         return mArray;\r
 424     }\r
 425      //-- jalview.binding.Viewport[] getViewport()\r
 426 \r
 427     /**\r
 428      * Method getViewportCount\r
 429      *\r
 430      *\r
 431      *\r
 432      * @return int\r
 433      */\r
 434     public int getViewportCount() {\r
 435         return _viewportList.size();\r
 436     }\r
 437      //-- int getViewportCount()\r
 438 \r
 439     /**\r
 440      * Method isValid\r
 441      *\r
 442      *\r
 443      *\r
 444      * @return boolean\r
 445      */\r
 446     public boolean isValid() {\r
 447         try {\r
 448             validate();\r
 449         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
 450             return false;\r
 451         }\r
 452 \r
 453         return true;\r
 454     }\r
 455      //-- boolean isValid()\r
 456 \r
 457     /**\r
 458      * Method marshal\r
 459      *\r
 460      *\r
 461      *\r
 462      * @param out\r
 463      */\r
 464     public void marshal(java.io.Writer out)\r
 465         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
 466             org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 467         Marshaller.marshal(this, out);\r
 468     }\r
 469      //-- void marshal(java.io.Writer)\r
 470 \r
 471     /**\r
 472      * Method marshal\r
 473      *\r
 474      *\r
 475      *\r
 476      * @param handler\r
 477      */\r
 478     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 479         throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
 480             org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 481         Marshaller.marshal(this, handler);\r
 482     }\r
 483      //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler)\r
 484 \r
 485     /**\r
 486      * Method removeAllJGroup\r
 487      *\r
 488      */\r
 489     public void removeAllJGroup() {\r
 490         _JGroupList.removeAllElements();\r
 491     }\r
 492      //-- void removeAllJGroup()\r
 493 \r
 494     /**\r
 495      * Method removeAllJSeq\r
 496      *\r
 497      */\r
 498     public void removeAllJSeq() {\r
 499         _JSeqList.removeAllElements();\r
 500     }\r
 501      //-- void removeAllJSeq()\r
 502 \r
 503     /**\r
 504      * Method removeAllUserColours\r
 505      *\r
 506      */\r
 507     public void removeAllUserColours() {\r
 508         _userColoursList.removeAllElements();\r
 509     }\r
 510      //-- void removeAllUserColours()\r
 511 \r
 512     /**\r
 513      * Method removeAllViewport\r
 514      *\r
 515      */\r
 516     public void removeAllViewport() {\r
 517         _viewportList.removeAllElements();\r
 518     }\r
 519      //-- void removeAllViewport()\r
 520 \r
 521     /**\r
 522      * Method removeJGroup\r
 523      *\r
 524      *\r
 525      *\r
 526      * @param index\r
 527      * @return JGroup\r
 528      */\r
 529     public jalview.binding.JGroup removeJGroup(int index) {\r
 530         java.lang.Object obj = _JGroupList.elementAt(index);\r
 531         _JGroupList.removeElementAt(index);\r
 532 \r
 533         return (jalview.binding.JGroup) obj;\r
 534     }\r
 535      //-- jalview.binding.JGroup removeJGroup(int)\r
 536 \r
 537     /**\r
 538      * Method removeJSeq\r
 539      *\r
 540      *\r
 541      *\r
 542      * @param index\r
 543      * @return JSeq\r
 544      */\r
 545     public jalview.binding.JSeq removeJSeq(int index) {\r
 546         java.lang.Object obj = _JSeqList.elementAt(index);\r
 547         _JSeqList.removeElementAt(index);\r
 548 \r
 549         return (jalview.binding.JSeq) obj;\r
 550     }\r
 551      //-- jalview.binding.JSeq removeJSeq(int)\r
 552 \r
 553     /**\r
 554      * Method removeUserColours\r
 555      *\r
 556      *\r
 557      *\r
 558      * @param index\r
 559      * @return UserColours\r
 560      */\r
 561     public jalview.binding.UserColours removeUserColours(int index) {\r
 562         java.lang.Object obj = _userColoursList.elementAt(index);\r
 563         _userColoursList.removeElementAt(index);\r
 564 \r
 565         return (jalview.binding.UserColours) obj;\r
 566     }\r
 567      //-- jalview.binding.UserColours removeUserColours(int)\r
 568 \r
 569     /**\r
 570      * Method removeViewport\r
 571      *\r
 572      *\r
 573      *\r
 574      * @param index\r
 575      * @return Viewport\r
 576      */\r
 577     public jalview.binding.Viewport removeViewport(int index) {\r
 578         java.lang.Object obj = _viewportList.elementAt(index);\r
 579         _viewportList.removeElementAt(index);\r
 580 \r
 581         return (jalview.binding.Viewport) obj;\r
 582     }\r
 583      //-- jalview.binding.Viewport removeViewport(int)\r
 584 \r
 585     /**\r
 586      * Method setJGroup\r
 587      *\r
 588      *\r
 589      *\r
 590      * @param index\r
 591      * @param vJGroup\r
 592      */\r
 593     public void setJGroup(int index, jalview.binding.JGroup vJGroup)\r
 594         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 595         //-- check bounds for index\r
 596         if ((index < 0) || (index > _JGroupList.size())) {\r
 597             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 598         }\r
 599 \r
 600         _JGroupList.setElementAt(vJGroup, index);\r
 601     }\r
 602      //-- void setJGroup(int, jalview.binding.JGroup)\r
 603 \r
 604     /**\r
 605      * Method setJGroup\r
 606      *\r
 607      *\r
 608      *\r
 609      * @param JGroupArray\r
 610      */\r
 611     public void setJGroup(jalview.binding.JGroup[] JGroupArray) {\r
 612         //-- copy array\r
 613         _JGroupList.removeAllElements();\r
 614 \r
 615         for (int i = 0; i < JGroupArray.length; i++) {\r
 616             _JGroupList.addElement(JGroupArray[i]);\r
 617         }\r
 618     }\r
 619      //-- void setJGroup(jalview.binding.JGroup)\r
 620 \r
 621     /**\r
 622      * Method setJSeq\r
 623      *\r
 624      *\r
 625      *\r
 626      * @param index\r
 627      * @param vJSeq\r
 628      */\r
 629     public void setJSeq(int index, jalview.binding.JSeq vJSeq)\r
 630         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 631         //-- check bounds for index\r
 632         if ((index < 0) || (index > _JSeqList.size())) {\r
 633             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 634         }\r
 635 \r
 636         _JSeqList.setElementAt(vJSeq, index);\r
 637     }\r
 638      //-- void setJSeq(int, jalview.binding.JSeq)\r
 639 \r
 640     /**\r
 641      * Method setJSeq\r
 642      *\r
 643      *\r
 644      *\r
 645      * @param JSeqArray\r
 646      */\r
 647     public void setJSeq(jalview.binding.JSeq[] JSeqArray) {\r
 648         //-- copy array\r
 649         _JSeqList.removeAllElements();\r
 650 \r
 651         for (int i = 0; i < JSeqArray.length; i++) {\r
 652             _JSeqList.addElement(JSeqArray[i]);\r
 653         }\r
 654     }\r
 655      //-- void setJSeq(jalview.binding.JSeq)\r
 656 \r
 657     /**\r
 658      * Method setUserColours\r
 659      *\r
 660      *\r
 661      *\r
 662      * @param index\r
 663      * @param vUserColours\r
 664      */\r
 665     public void setUserColours(int index,\r
 666         jalview.binding.UserColours vUserColours)\r
 667         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 668         //-- check bounds for index\r
 669         if ((index < 0) || (index > _userColoursList.size())) {\r
 670             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 671         }\r
 672 \r
 673         _userColoursList.setElementAt(vUserColours, index);\r
 674     }\r
 675      //-- void setUserColours(int, jalview.binding.UserColours)\r
 676 \r
 677     /**\r
 678      * Method setUserColours\r
 679      *\r
 680      *\r
 681      *\r
 682      * @param userColoursArray\r
 683      */\r
 684     public void setUserColours(jalview.binding.UserColours[] userColoursArray) {\r
 685         //-- copy array\r
 686         _userColoursList.removeAllElements();\r
 687 \r
 688         for (int i = 0; i < userColoursArray.length; i++) {\r
 689             _userColoursList.addElement(userColoursArray[i]);\r
 690         }\r
 691     }\r
 692      //-- void setUserColours(jalview.binding.UserColours)\r
 693 \r
 694     /**\r
 695      * Method setViewport\r
 696      *\r
 697      *\r
 698      *\r
 699      * @param index\r
 700      * @param vViewport\r
 701      */\r
 702     public void setViewport(int index, jalview.binding.Viewport vViewport)\r
 703         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 704         //-- check bounds for index\r
 705         if ((index < 0) || (index > _viewportList.size())) {\r
 706             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 707         }\r
 708 \r
 709         _viewportList.setElementAt(vViewport, index);\r
 710     }\r
 711      //-- void setViewport(int, jalview.binding.Viewport)\r
 712 \r
 713     /**\r
 714      * Method setViewport\r
 715      *\r
 716      *\r
 717      *\r
 718      * @param viewportArray\r
 719      */\r
 720     public void setViewport(jalview.binding.Viewport[] viewportArray) {\r
 721         //-- copy array\r
 722         _viewportList.removeAllElements();\r
 723 \r
 724         for (int i = 0; i < viewportArray.length; i++) {\r
 725             _viewportList.addElement(viewportArray[i]);\r
 726         }\r
 727     }\r
 728      //-- void setViewport(jalview.binding.Viewport)\r
 729 \r
 730     /**\r
 731      * Method unmarshal\r
 732      *\r
 733      *\r
 734      *\r
 735      * @param reader\r
 736      * @return Object\r
 737      */\r
 738     public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
 739         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
 740             org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 741         return (jalview.binding.JalviewModelSequence) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.JalviewModelSequence.class,\r
 742             reader);\r
 743     }\r
 744      //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader)\r
 745 \r
 746     /**\r
 747      * Method validate\r
 748      *\r
 749      */\r
 750     public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 751         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 752         validator.validate(this);\r
 753     }\r
 754      //-- void validate()\r
 755 }\r