src/jalview/binding/Viewport.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.binding;
  20
  21 // ---------------------------------/
  22 // - Imported classes and packages -/
  23 // ---------------------------------/
  24
  25 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  26 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  27
  28 /**
  29  * Class Viewport.
  30  *
  31  * @version $Revision$ $Date$
  32  */
  33 public class Viewport implements java.io.Serializable
  34 {
  35
  36   // --------------------------/
  37   // - Class/Member Variables -/
  38   // --------------------------/
  39
  40   /**
  41    * Field _conservationSelected.
  42    */
  43   private boolean _conservationSelected;
  44
  45   /**
  46    * keeps track of state for field: _conservationSelected
  47    */
  48   private boolean _has_conservationSelected;
  49
  50   /**
  51    * Field _pidSelected.
  52    */
  53   private boolean _pidSelected;
  54
  55   /**
  56    * keeps track of state for field: _pidSelected
  57    */
  58   private boolean _has_pidSelected;
  59
  60   /**
  61    * Field _bgColour.
  62    */
  63   private java.lang.String _bgColour;
  64
  65   /**
  66    * Field _consThreshold.
  67    */
  68   private int _consThreshold;
  69
  70   /**
  71    * keeps track of state for field: _consThreshold
  72    */
  73   private boolean _has_consThreshold;
  74
  75   /**
  76    * Field _pidThreshold.
  77    */
  78   private int _pidThreshold;
  79
  80   /**
  81    * keeps track of state for field: _pidThreshold
  82    */
  83   private boolean _has_pidThreshold;
  84
  85   /**
  86    * Field _title.
  87    */
  88   private java.lang.String _title;
  89
  90   /**
  91    * Field _showFullId.
  92    */
  93   private boolean _showFullId;
  94
  95   /**
  96    * keeps track of state for field: _showFullId
  97    */
  98   private boolean _has_showFullId;
  99
 100   /**
 101    * Field _showText.
 102    */
 103   private boolean _showText;
 104
 105   /**
 106    * keeps track of state for field: _showText
 107    */
 108   private boolean _has_showText;
 109
 110   /**
 111    * Field _showColourText.
 112    */
 113   private boolean _showColourText;
 114
 115   /**
 116    * keeps track of state for field: _showColourText
 117    */
 118   private boolean _has_showColourText;
 119
 120   /**
 121    * Field _showBoxes.
 122    */
 123   private boolean _showBoxes;
 124
 125   /**
 126    * keeps track of state for field: _showBoxes
 127    */
 128   private boolean _has_showBoxes;
 129
 130   /**
 131    * Field _wrapAlignment.
 132    */
 133   private boolean _wrapAlignment;
 134
 135   /**
 136    * keeps track of state for field: _wrapAlignment
 137    */
 138   private boolean _has_wrapAlignment;
 139
 140   /**
 141    * Field _renderGaps.
 142    */
 143   private boolean _renderGaps;
 144
 145   /**
 146    * keeps track of state for field: _renderGaps
 147    */
 148   private boolean _has_renderGaps;
 149
 150   /**
 151    * Field _showSequenceFeatures.
 152    */
 153   private boolean _showSequenceFeatures;
 154
 155   /**
 156    * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures
 157    */
 158   private boolean _has_showSequenceFeatures;
 159
 160   /**
 161    * Field _showAnnotation.
 162    */
 163   private boolean _showAnnotation;
 164
 165   /**
 166    * keeps track of state for field: _showAnnotation
 167    */
 168   private boolean _has_showAnnotation;
 169
 170   /**
 171    * Field _showConservation.
 172    */
 173   private boolean _showConservation;
 174
 175   /**
 176    * keeps track of state for field: _showConservation
 177    */
 178   private boolean _has_showConservation;
 179
 180   /**
 181    * Field _showQuality.
 182    */
 183   private boolean _showQuality;
 184
 185   /**
 186    * keeps track of state for field: _showQuality
 187    */
 188   private boolean _has_showQuality;
 189
 190   /**
 191    * Field _showIdentity.
 192    */
 193   private boolean _showIdentity;
 194
 195   /**
 196    * keeps track of state for field: _showIdentity
 197    */
 198   private boolean _has_showIdentity;
 199
 200   /**
 201    * Field _xpos.
 202    */
 203   private int _xpos;
 204
 205   /**
 206    * keeps track of state for field: _xpos
 207    */
 208   private boolean _has_xpos;
 209
 210   /**
 211    * Field _ypos.
 212    */
 213   private int _ypos;
 214
 215   /**
 216    * keeps track of state for field: _ypos
 217    */
 218   private boolean _has_ypos;
 219
 220   /**
 221    * Field _width.
 222    */
 223   private int _width;
 224
 225   /**
 226    * keeps track of state for field: _width
 227    */
 228   private boolean _has_width;
 229
 230   /**
 231    * Field _height.
 232    */
 233   private int _height;
 234
 235   /**
 236    * keeps track of state for field: _height
 237    */
 238   private boolean _has_height;
 239
 240   /**
 241    * Field _startRes.
 242    */
 243   private int _startRes;
 244
 245   /**
 246    * keeps track of state for field: _startRes
 247    */
 248   private boolean _has_startRes;
 249
 250   /**
 251    * Field _startSeq.
 252    */
 253   private int _startSeq;
 254
 255   /**
 256    * keeps track of state for field: _startSeq
 257    */
 258   private boolean _has_startSeq;
 259
 260   /**
 261    * Field _fontName.
 262    */
 263   private java.lang.String _fontName;
 264
 265   /**
 266    * Field _fontSize.
 267    */
 268   private int _fontSize;
 269
 270   /**
 271    * keeps track of state for field: _fontSize
 272    */
 273   private boolean _has_fontSize;
 274
 275   /**
 276    * Field _fontStyle.
 277    */
 278   private int _fontStyle;
 279
 280   /**
 281    * keeps track of state for field: _fontStyle
 282    */
 283   private boolean _has_fontStyle;
 284
 285   // ----------------/
 286   // - Constructors -/
 287   // ----------------/
 288
 289   public Viewport()
 290   {
 291     super();
 292   }
 293
 294   // -----------/
 295   // - Methods -/
 296   // -----------/
 297
 298   /**
 299    */
 300   public void deleteConsThreshold()
 301   {
 302     this._has_consThreshold = false;
 303   }
 304
 305   /**
 306    */
 307   public void deleteConservationSelected()
 308   {
 309     this._has_conservationSelected = false;
 310   }
 311
 312   /**
 313    */
 314   public void deleteFontSize()
 315   {
 316     this._has_fontSize = false;
 317   }
 318
 319   /**
 320    */
 321   public void deleteFontStyle()
 322   {
 323     this._has_fontStyle = false;
 324   }
 325
 326   /**
 327    */
 328   public void deleteHeight()
 329   {
 330     this._has_height = false;
 331   }
 332
 333   /**
 334    */
 335   public void deletePidSelected()
 336   {
 337     this._has_pidSelected = false;
 338   }
 339
 340   /**
 341    */
 342   public void deletePidThreshold()
 343   {
 344     this._has_pidThreshold = false;
 345   }
 346
 347   /**
 348    */
 349   public void deleteRenderGaps()
 350   {
 351     this._has_renderGaps = false;
 352   }
 353
 354   /**
 355    */
 356   public void deleteShowAnnotation()
 357   {
 358     this._has_showAnnotation = false;
 359   }
 360
 361   /**
 362    */
 363   public void deleteShowBoxes()
 364   {
 365     this._has_showBoxes = false;
 366   }
 367
 368   /**
 369    */
 370   public void deleteShowColourText()
 371   {
 372     this._has_showColourText = false;
 373   }
 374
 375   /**
 376    */
 377   public void deleteShowConservation()
 378   {
 379     this._has_showConservation = false;
 380   }
 381
 382   /**
 383    */
 384   public void deleteShowFullId()
 385   {
 386     this._has_showFullId = false;
 387   }
 388
 389   /**
 390    */
 391   public void deleteShowIdentity()
 392   {
 393     this._has_showIdentity = false;
 394   }
 395
 396   /**
 397    */
 398   public void deleteShowQuality()
 399   {
 400     this._has_showQuality = false;
 401   }
 402
 403   /**
 404    */
 405   public void deleteShowSequenceFeatures()
 406   {
 407     this._has_showSequenceFeatures = false;
 408   }
 409
 410   /**
 411    */
 412   public void deleteShowText()
 413   {
 414     this._has_showText = false;
 415   }
 416
 417   /**
 418    */
 419   public void deleteStartRes()
 420   {
 421     this._has_startRes = false;
 422   }
 423
 424   /**
 425    */
 426   public void deleteStartSeq()
 427   {
 428     this._has_startSeq = false;
 429   }
 430
 431   /**
 432    */
 433   public void deleteWidth()
 434   {
 435     this._has_width = false;
 436   }
 437
 438   /**
 439    */
 440   public void deleteWrapAlignment()
 441   {
 442     this._has_wrapAlignment = false;
 443   }
 444
 445   /**
 446    */
 447   public void deleteXpos()
 448   {
 449     this._has_xpos = false;
 450   }
 451
 452   /**
 453    */
 454   public void deleteYpos()
 455   {
 456     this._has_ypos = false;
 457   }
 458
 459   /**
 460    * Returns the value of field 'bgColour'.
 461    *
 462    * @return the value of field 'BgColour'.
 463    */
 464   public java.lang.String getBgColour()
 465   {
 466     return this._bgColour;
 467   }
 468
 469   /**
 470    * Returns the value of field 'consThreshold'.
 471    *
 472    * @return the value of field 'ConsThreshold'.
 473    */
 474   public int getConsThreshold()
 475   {
 476     return this._consThreshold;
 477   }
 478
 479   /**
 480    * Returns the value of field 'conservationSelected'.
 481    *
 482    * @return the value of field 'ConservationSelected'.
 483    */
 484   public boolean getConservationSelected()
 485   {
 486     return this._conservationSelected;
 487   }
 488
 489   /**
 490    * Returns the value of field 'fontName'.
 491    *
 492    * @return the value of field 'FontName'.
 493    */
 494   public java.lang.String getFontName()
 495   {
 496     return this._fontName;
 497   }
 498
 499   /**
 500    * Returns the value of field 'fontSize'.
 501    *
 502    * @return the value of field 'FontSize'.
 503    */
 504   public int getFontSize()
 505   {
 506     return this._fontSize;
 507   }
 508
 509   /**
 510    * Returns the value of field 'fontStyle'.
 511    *
 512    * @return the value of field 'FontStyle'.
 513    */
 514   public int getFontStyle()
 515   {
 516     return this._fontStyle;
 517   }
 518
 519   /**
 520    * Returns the value of field 'height'.
 521    *
 522    * @return the value of field 'Height'.
 523    */
 524   public int getHeight()
 525   {
 526     return this._height;
 527   }
 528
 529   /**
 530    * Returns the value of field 'pidSelected'.
 531    *
 532    * @return the value of field 'PidSelected'.
 533    */
 534   public boolean getPidSelected()
 535   {
 536     return this._pidSelected;
 537   }
 538
 539   /**
 540    * Returns the value of field 'pidThreshold'.
 541    *
 542    * @return the value of field 'PidThreshold'.
 543    */
 544   public int getPidThreshold()
 545   {
 546     return this._pidThreshold;
 547   }
 548
 549   /**
 550    * Returns the value of field 'renderGaps'.
 551    *
 552    * @return the value of field 'RenderGaps'.
 553    */
 554   public boolean getRenderGaps()
 555   {
 556     return this._renderGaps;
 557   }
 558
 559   /**
 560    * Returns the value of field 'showAnnotation'.
 561    *
 562    * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
 563    */
 564   public boolean getShowAnnotation()
 565   {
 566     return this._showAnnotation;
 567   }
 568
 569   /**
 570    * Returns the value of field 'showBoxes'.
 571    *
 572    * @return the value of field 'ShowBoxes'.
 573    */
 574   public boolean getShowBoxes()
 575   {
 576     return this._showBoxes;
 577   }
 578
 579   /**
 580    * Returns the value of field 'showColourText'.
 581    *
 582    * @return the value of field 'ShowColourText'.
 583    */
 584   public boolean getShowColourText()
 585   {
 586     return this._showColourText;
 587   }
 588
 589   /**
 590    * Returns the value of field 'showConservation'.
 591    *
 592    * @return the value of field 'ShowConservation'.
 593    */
 594   public boolean getShowConservation()
 595   {
 596     return this._showConservation;
 597   }
 598
 599   /**
 600    * Returns the value of field 'showFullId'.
 601    *
 602    * @return the value of field 'ShowFullId'.
 603    */
 604   public boolean getShowFullId()
 605   {
 606     return this._showFullId;
 607   }
 608
 609   /**
 610    * Returns the value of field 'showIdentity'.
 611    *
 612    * @return the value of field 'ShowIdentity'.
 613    */
 614   public boolean getShowIdentity()
 615   {
 616     return this._showIdentity;
 617   }
 618
 619   /**
 620    * Returns the value of field 'showQuality'.
 621    *
 622    * @return the value of field 'ShowQuality'.
 623    */
 624   public boolean getShowQuality()
 625   {
 626     return this._showQuality;
 627   }
 628
 629   /**
 630    * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
 631    *
 632    * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
 633    */
 634   public boolean getShowSequenceFeatures()
 635   {
 636     return this._showSequenceFeatures;
 637   }
 638
 639   /**
 640    * Returns the value of field 'showText'.
 641    *
 642    * @return the value of field 'ShowText'.
 643    */
 644   public boolean getShowText()
 645   {
 646     return this._showText;
 647   }
 648
 649   /**
 650    * Returns the value of field 'startRes'.
 651    *
 652    * @return the value of field 'StartRes'.
 653    */
 654   public int getStartRes()
 655   {
 656     return this._startRes;
 657   }
 658
 659   /**
 660    * Returns the value of field 'startSeq'.
 661    *
 662    * @return the value of field 'StartSeq'.
 663    */
 664   public int getStartSeq()
 665   {
 666     return this._startSeq;
 667   }
 668
 669   /**
 670    * Returns the value of field 'title'.
 671    *
 672    * @return the value of field 'Title'.
 673    */
 674   public java.lang.String getTitle()
 675   {
 676     return this._title;
 677   }
 678
 679   /**
 680    * Returns the value of field 'width'.
 681    *
 682    * @return the value of field 'Width'.
 683    */
 684   public int getWidth()
 685   {
 686     return this._width;
 687   }
 688
 689   /**
 690    * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
 691    *
 692    * @return the value of field 'WrapAlignment'.
 693    */
 694   public boolean getWrapAlignment()
 695   {
 696     return this._wrapAlignment;
 697   }
 698
 699   /**
 700    * Returns the value of field 'xpos'.
 701    *
 702    * @return the value of field 'Xpos'.
 703    */
 704   public int getXpos()
 705   {
 706     return this._xpos;
 707   }
 708
 709   /**
 710    * Returns the value of field 'ypos'.
 711    *
 712    * @return the value of field 'Ypos'.
 713    */
 714   public int getYpos()
 715   {
 716     return this._ypos;
 717   }
 718
 719   /**
 720    * Method hasConsThreshold.
 721    *
 722    * @return true if at least one ConsThreshold has been added
 723    */
 724   public boolean hasConsThreshold()
 725   {
 726     return this._has_consThreshold;
 727   }
 728
 729   /**
 730    * Method hasConservationSelected.
 731    *
 732    * @return true if at least one ConservationSelected has been added
 733    */
 734   public boolean hasConservationSelected()
 735   {
 736     return this._has_conservationSelected;
 737   }
 738
 739   /**
 740    * Method hasFontSize.
 741    *
 742    * @return true if at least one FontSize has been added
 743    */
 744   public boolean hasFontSize()
 745   {
 746     return this._has_fontSize;
 747   }
 748
 749   /**
 750    * Method hasFontStyle.
 751    *
 752    * @return true if at least one FontStyle has been added
 753    */
 754   public boolean hasFontStyle()
 755   {
 756     return this._has_fontStyle;
 757   }
 758
 759   /**
 760    * Method hasHeight.
 761    *
 762    * @return true if at least one Height has been added
 763    */
 764   public boolean hasHeight()
 765   {
 766     return this._has_height;
 767   }
 768
 769   /**
 770    * Method hasPidSelected.
 771    *
 772    * @return true if at least one PidSelected has been added
 773    */
 774   public boolean hasPidSelected()
 775   {
 776     return this._has_pidSelected;
 777   }
 778
 779   /**
 780    * Method hasPidThreshold.
 781    *
 782    * @return true if at least one PidThreshold has been added
 783    */
 784   public boolean hasPidThreshold()
 785   {
 786     return this._has_pidThreshold;
 787   }
 788
 789   /**
 790    * Method hasRenderGaps.
 791    *
 792    * @return true if at least one RenderGaps has been added
 793    */
 794   public boolean hasRenderGaps()
 795   {
 796     return this._has_renderGaps;
 797   }
 798
 799   /**
 800    * Method hasShowAnnotation.
 801    *
 802    * @return true if at least one ShowAnnotation has been added
 803    */
 804   public boolean hasShowAnnotation()
 805   {
 806     return this._has_showAnnotation;
 807   }
 808
 809   /**
 810    * Method hasShowBoxes.
 811    *
 812    * @return true if at least one ShowBoxes has been added
 813    */
 814   public boolean hasShowBoxes()
 815   {
 816     return this._has_showBoxes;
 817   }
 818
 819   /**
 820    * Method hasShowColourText.
 821    *
 822    * @return true if at least one ShowColourText has been added
 823    */
 824   public boolean hasShowColourText()
 825   {
 826     return this._has_showColourText;
 827   }
 828
 829   /**
 830    * Method hasShowConservation.
 831    *
 832    * @return true if at least one ShowConservation has been added
 833    */
 834   public boolean hasShowConservation()
 835   {
 836     return this._has_showConservation;
 837   }
 838
 839   /**
 840    * Method hasShowFullId.
 841    *
 842    * @return true if at least one ShowFullId has been added
 843    */
 844   public boolean hasShowFullId()
 845   {
 846     return this._has_showFullId;
 847   }
 848
 849   /**
 850    * Method hasShowIdentity.
 851    *
 852    * @return true if at least one ShowIdentity has been added
 853    */
 854   public boolean hasShowIdentity()
 855   {
 856     return this._has_showIdentity;
 857   }
 858
 859   /**
 860    * Method hasShowQuality.
 861    *
 862    * @return true if at least one ShowQuality has been added
 863    */
 864   public boolean hasShowQuality()
 865   {
 866     return this._has_showQuality;
 867   }
 868
 869   /**
 870    * Method hasShowSequenceFeatures.
 871    *
 872    * @return true if at least one ShowSequenceFeatures has been added
 873    */
 874   public boolean hasShowSequenceFeatures()
 875   {
 876     return this._has_showSequenceFeatures;
 877   }
 878
 879   /**
 880    * Method hasShowText.
 881    *
 882    * @return true if at least one ShowText has been added
 883    */
 884   public boolean hasShowText()
 885   {
 886     return this._has_showText;
 887   }
 888
 889   /**
 890    * Method hasStartRes.
 891    *
 892    * @return true if at least one StartRes has been added
 893    */
 894   public boolean hasStartRes()
 895   {
 896     return this._has_startRes;
 897   }
 898
 899   /**
 900    * Method hasStartSeq.
 901    *
 902    * @return true if at least one StartSeq has been added
 903    */
 904   public boolean hasStartSeq()
 905   {
 906     return this._has_startSeq;
 907   }
 908
 909   /**
 910    * Method hasWidth.
 911    *
 912    * @return true if at least one Width has been added
 913    */
 914   public boolean hasWidth()
 915   {
 916     return this._has_width;
 917   }
 918
 919   /**
 920    * Method hasWrapAlignment.
 921    *
 922    * @return true if at least one WrapAlignment has been added
 923    */
 924   public boolean hasWrapAlignment()
 925   {
 926     return this._has_wrapAlignment;
 927   }
 928
 929   /**
 930    * Method hasXpos.
 931    *
 932    * @return true if at least one Xpos has been added
 933    */
 934   public boolean hasXpos()
 935   {
 936     return this._has_xpos;
 937   }
 938
 939   /**
 940    * Method hasYpos.
 941    *
 942    * @return true if at least one Ypos has been added
 943    */
 944   public boolean hasYpos()
 945   {
 946     return this._has_ypos;
 947   }
 948
 949   /**
 950    * Returns the value of field 'conservationSelected'.
 951    *
 952    * @return the value of field 'ConservationSelected'.
 953    */
 954   public boolean isConservationSelected()
 955   {
 956     return this._conservationSelected;
 957   }
 958
 959   /**
 960    * Returns the value of field 'pidSelected'.
 961    *
 962    * @return the value of field 'PidSelected'.
 963    */
 964   public boolean isPidSelected()
 965   {
 966     return this._pidSelected;
 967   }
 968
 969   /**
 970    * Returns the value of field 'renderGaps'.
 971    *
 972    * @return the value of field 'RenderGaps'.
 973    */
 974   public boolean isRenderGaps()
 975   {
 976     return this._renderGaps;
 977   }
 978
 979   /**
 980    * Returns the value of field 'showAnnotation'.
 981    *
 982    * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
 983    */
 984   public boolean isShowAnnotation()
 985   {
 986     return this._showAnnotation;
 987   }
 988
 989   /**
 990    * Returns the value of field 'showBoxes'.
 991    *
 992    * @return the value of field 'ShowBoxes'.
 993    */
 994   public boolean isShowBoxes()
 995   {
 996     return this._showBoxes;
 997   }
 998
 999   /**
1000    * Returns the value of field 'showColourText'.
1001    *
1002    * @return the value of field 'ShowColourText'.
1003    */
1004   public boolean isShowColourText()
1005   {
1006     return this._showColourText;
1007   }
1008
1009   /**
1010    * Returns the value of field 'showConservation'.
1011    *
1012    * @return the value of field 'ShowConservation'.
1013    */
1014   public boolean isShowConservation()
1015   {
1016     return this._showConservation;
1017   }
1018
1019   /**
1020    * Returns the value of field 'showFullId'.
1021    *
1022    * @return the value of field 'ShowFullId'.
1023    */
1024   public boolean isShowFullId()
1025   {
1026     return this._showFullId;
1027   }
1028
1029   /**
1030    * Returns the value of field 'showIdentity'.
1031    *
1032    * @return the value of field 'ShowIdentity'.
1033    */
1034   public boolean isShowIdentity()
1035   {
1036     return this._showIdentity;
1037   }
1038
1039   /**
1040    * Returns the value of field 'showQuality'.
1041    *
1042    * @return the value of field 'ShowQuality'.
1043    */
1044   public boolean isShowQuality()
1045   {
1046     return this._showQuality;
1047   }
1048
1049   /**
1050    * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
1051    *
1052    * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
1053    */
1054   public boolean isShowSequenceFeatures()
1055   {
1056     return this._showSequenceFeatures;
1057   }
1058
1059   /**
1060    * Returns the value of field 'showText'.
1061    *
1062    * @return the value of field 'ShowText'.
1063    */
1064   public boolean isShowText()
1065   {
1066     return this._showText;
1067   }
1068
1069   /**
1070    * Method isValid.
1071    *
1072    * @return true if this object is valid according to the schema
1073    */
1074   public boolean isValid()
1075   {
1076     try
1077     {
1078       validate();
1079     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
1080     {
1081       return false;
1082     }
1083     return true;
1084   }
1085
1086   /**
1087    * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
1088    *
1089    * @return the value of field 'WrapAlignment'.
1090    */
1091   public boolean isWrapAlignment()
1092   {
1093     return this._wrapAlignment;
1094   }
1095
1096   /**
1097    *
1098    *
1099    * @param out
1100    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1101    *                 if object is null or if any SAXException is thrown during
1102    *                 marshaling
1103    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1104    *                 if this object is an invalid instance according to the
1105    *                 schema
1106    */
1107   public void marshal(final java.io.Writer out)
1108           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1109           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1110   {
1111     Marshaller.marshal(this, out);
1112   }
1113
1114   /**
1115    *
1116    *
1117    * @param handler
1118    * @throws java.io.IOException
1119    *                 if an IOException occurs during marshaling
1120    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1121    *                 if this object is an invalid instance according to the
1122    *                 schema
1123    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1124    *                 if object is null or if any SAXException is thrown during
1125    *                 marshaling
1126    */
1127   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
1128           throws java.io.IOException,
1129           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1130           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1131   {
1132     Marshaller.marshal(this, handler);
1133   }
1134
1135   /**
1136    * Sets the value of field 'bgColour'.
1137    *
1138    * @param bgColour
1139    *                the value of field 'bgColour'.
1140    */
1141   public void setBgColour(final java.lang.String bgColour)
1142   {
1143     this._bgColour = bgColour;
1144   }
1145
1146   /**
1147    * Sets the value of field 'consThreshold'.
1148    *
1149    * @param consThreshold
1150    *                the value of field 'consThreshold'.
1151    */
1152   public void setConsThreshold(final int consThreshold)
1153   {
1154     this._consThreshold = consThreshold;
1155     this._has_consThreshold = true;
1156   }
1157
1158   /**
1159    * Sets the value of field 'conservationSelected'.
1160    *
1161    * @param conservationSelected
1162    *                the value of field 'conservationSelected'.
1163    */
1164   public void setConservationSelected(final boolean conservationSelected)
1165   {
1166     this._conservationSelected = conservationSelected;
1167     this._has_conservationSelected = true;
1168   }
1169
1170   /**
1171    * Sets the value of field 'fontName'.
1172    *
1173    * @param fontName
1174    *                the value of field 'fontName'.
1175    */
1176   public void setFontName(final java.lang.String fontName)
1177   {
1178     this._fontName = fontName;
1179   }
1180
1181   /**
1182    * Sets the value of field 'fontSize'.
1183    *
1184    * @param fontSize
1185    *                the value of field 'fontSize'.
1186    */
1187   public void setFontSize(final int fontSize)
1188   {
1189     this._fontSize = fontSize;
1190     this._has_fontSize = true;
1191   }
1192
1193   /**
1194    * Sets the value of field 'fontStyle'.
1195    *
1196    * @param fontStyle
1197    *                the value of field 'fontStyle'.
1198    */
1199   public void setFontStyle(final int fontStyle)
1200   {
1201     this._fontStyle = fontStyle;
1202     this._has_fontStyle = true;
1203   }
1204
1205   /**
1206    * Sets the value of field 'height'.
1207    *
1208    * @param height
1209    *                the value of field 'height'.
1210    */
1211   public void setHeight(final int height)
1212   {
1213     this._height = height;
1214     this._has_height = true;
1215   }
1216
1217   /**
1218    * Sets the value of field 'pidSelected'.
1219    *
1220    * @param pidSelected
1221    *                the value of field 'pidSelected'.
1222    */
1223   public void setPidSelected(final boolean pidSelected)
1224   {
1225     this._pidSelected = pidSelected;
1226     this._has_pidSelected = true;
1227   }
1228
1229   /**
1230    * Sets the value of field 'pidThreshold'.
1231    *
1232    * @param pidThreshold
1233    *                the value of field 'pidThreshold'.
1234    */
1235   public void setPidThreshold(final int pidThreshold)
1236   {
1237     this._pidThreshold = pidThreshold;
1238     this._has_pidThreshold = true;
1239   }
1240
1241   /**
1242    * Sets the value of field 'renderGaps'.
1243    *
1244    * @param renderGaps
1245    *                the value of field 'renderGaps'.
1246    */
1247   public void setRenderGaps(final boolean renderGaps)
1248   {
1249     this._renderGaps = renderGaps;
1250     this._has_renderGaps = true;
1251   }
1252
1253   /**
1254    * Sets the value of field 'showAnnotation'.
1255    *
1256    * @param showAnnotation
1257    *                the value of field 'showAnnotation'.
1258    */
1259   public void setShowAnnotation(final boolean showAnnotation)
1260   {
1261     this._showAnnotation = showAnnotation;
1262     this._has_showAnnotation = true;
1263   }
1264
1265   /**
1266    * Sets the value of field 'showBoxes'.
1267    *
1268    * @param showBoxes
1269    *                the value of field 'showBoxes'.
1270    */
1271   public void setShowBoxes(final boolean showBoxes)
1272   {
1273     this._showBoxes = showBoxes;
1274     this._has_showBoxes = true;
1275   }
1276
1277   /**
1278    * Sets the value of field 'showColourText'.
1279    *
1280    * @param showColourText
1281    *                the value of field 'showColourText'.
1282    */
1283   public void setShowColourText(final boolean showColourText)
1284   {
1285     this._showColourText = showColourText;
1286     this._has_showColourText = true;
1287   }
1288
1289   /**
1290    * Sets the value of field 'showConservation'.
1291    *
1292    * @param showConservation
1293    *                the value of field 'showConservation'
1294    */
1295   public void setShowConservation(final boolean showConservation)
1296   {
1297     this._showConservation = showConservation;
1298     this._has_showConservation = true;
1299   }
1300
1301   /**
1302    * Sets the value of field 'showFullId'.
1303    *
1304    * @param showFullId
1305    *                the value of field 'showFullId'.
1306    */
1307   public void setShowFullId(final boolean showFullId)
1308   {
1309     this._showFullId = showFullId;
1310     this._has_showFullId = true;
1311   }
1312
1313   /**
1314    * Sets the value of field 'showIdentity'.
1315    *
1316    * @param showIdentity
1317    *                the value of field 'showIdentity'.
1318    */
1319   public void setShowIdentity(final boolean showIdentity)
1320   {
1321     this._showIdentity = showIdentity;
1322     this._has_showIdentity = true;
1323   }
1324
1325   /**
1326    * Sets the value of field 'showQuality'.
1327    *
1328    * @param showQuality
1329    *                the value of field 'showQuality'.
1330    */
1331   public void setShowQuality(final boolean showQuality)
1332   {
1333     this._showQuality = showQuality;
1334     this._has_showQuality = true;
1335   }
1336
1337   /**
1338    * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.
1339    *
1340    * @param showSequenceFeatures
1341    *                the value of field 'showSequenceFeatures'.
1342    */
1343   public void setShowSequenceFeatures(final boolean showSequenceFeatures)
1344   {
1345     this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;
1346     this._has_showSequenceFeatures = true;
1347   }
1348
1349   /**
1350    * Sets the value of field 'showText'.
1351    *
1352    * @param showText
1353    *                the value of field 'showText'.
1354    */
1355   public void setShowText(final boolean showText)
1356   {
1357     this._showText = showText;
1358     this._has_showText = true;
1359   }
1360
1361   /**
1362    * Sets the value of field 'startRes'.
1363    *
1364    * @param startRes
1365    *                the value of field 'startRes'.
1366    */
1367   public void setStartRes(final int startRes)
1368   {
1369     this._startRes = startRes;
1370     this._has_startRes = true;
1371   }
1372
1373   /**
1374    * Sets the value of field 'startSeq'.
1375    *
1376    * @param startSeq
1377    *                the value of field 'startSeq'.
1378    */
1379   public void setStartSeq(final int startSeq)
1380   {
1381     this._startSeq = startSeq;
1382     this._has_startSeq = true;
1383   }
1384
1385   /**
1386    * Sets the value of field 'title'.
1387    *
1388    * @param title
1389    *                the value of field 'title'.
1390    */
1391   public void setTitle(final java.lang.String title)
1392   {
1393     this._title = title;
1394   }
1395
1396   /**
1397    * Sets the value of field 'width'.
1398    *
1399    * @param width
1400    *                the value of field 'width'.
1401    */
1402   public void setWidth(final int width)
1403   {
1404     this._width = width;
1405     this._has_width = true;
1406   }
1407
1408   /**
1409    * Sets the value of field 'wrapAlignment'.
1410    *
1411    * @param wrapAlignment
1412    *                the value of field 'wrapAlignment'.
1413    */
1414   public void setWrapAlignment(final boolean wrapAlignment)
1415   {
1416     this._wrapAlignment = wrapAlignment;
1417     this._has_wrapAlignment = true;
1418   }
1419
1420   /**
1421    * Sets the value of field 'xpos'.
1422    *
1423    * @param xpos
1424    *                the value of field 'xpos'.
1425    */
1426   public void setXpos(final int xpos)
1427   {
1428     this._xpos = xpos;
1429     this._has_xpos = true;
1430   }
1431
1432   /**
1433    * Sets the value of field 'ypos'.
1434    *
1435    * @param ypos
1436    *                the value of field 'ypos'.
1437    */
1438   public void setYpos(final int ypos)
1439   {
1440     this._ypos = ypos;
1441     this._has_ypos = true;
1442   }
1443
1444   /**
1445    * Method unmarshal.
1446    *
1447    * @param reader
1448    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1449    *                 if object is null or if any SAXException is thrown during
1450    *                 marshaling
1451    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1452    *                 if this object is an invalid instance according to the
1453    *                 schema
1454    * @return the unmarshaled jalview.binding.Viewport
1455    */
1456   public static jalview.binding.Viewport unmarshal(
1457           final java.io.Reader reader)
1458           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1459           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1460   {
1461     return (jalview.binding.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(
1462             jalview.binding.Viewport.class, reader);
1463   }
1464
1465   /**
1466    *
1467    *
1468    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1469    *                 if this object is an invalid instance according to the
1470    *                 schema
1471    */
1472   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1473   {
1474     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
1475     validator.validate(this);
1476   }
1477
1478 }