src/jalview/commands/RemoveGapColCommand.java

   1 package jalview.commands;\r
   2 \r
   3 /*\r
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   5  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   6  *\r
   7  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   9  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
  10  * of the License, or (at your option) any later version.\r
  11  *\r
  12  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  13  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  14  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  15  * GNU General Public License for more details.\r
  16  *\r
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  18  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  19  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  20  */\r
  21 \r
  22 import jalview.datamodel.*;\r
  23 \r
  24 public class RemoveGapColCommand\r
  25     extends EditCommand\r
  26 {\r
  27   int columnsDeleted;\r
  28   public RemoveGapColCommand(String description,\r
  29                              SequenceI[] seqs,\r
  30                              int start, int end, AlignmentI al)\r
  31   {\r
  32     this.description = description;\r
  33 \r
  34     int j, jSize = seqs.length;\r
  35 \r
  36     int startCol = -1, endCol = -1;\r
  37     columnsDeleted = 0;\r
  38 \r
  39     edits = new Edit[0];\r
  40 \r
  41     boolean delete = true;\r
  42     for (int i = start; i <= end; i++)\r
  43     {\r
  44       delete = true;\r
  45 \r
  46       for (j = 0; j < jSize; j++)\r
  47       {\r
  48         if (seqs[j].getLength() > i)\r
  49         {\r
  50           if (!jalview.util.Comparison.isGap(seqs[j].getCharAt(i)))\r
  51           {\r
  52             if (delete)\r
  53             {\r
  54               endCol = i;\r
  55             }\r
  56 \r
  57             delete = false;\r
  58             break;\r
  59           }\r
  60         }\r
  61       }\r
  62 \r
  63       if (delete && startCol == -1)\r
  64       {\r
  65         startCol = i;\r
  66       }\r
  67 \r
  68       if (!delete && startCol > -1)\r
  69       {\r
  70         this.appendEdit(DELETE_GAP, seqs,\r
  71                         startCol - columnsDeleted,\r
  72                         endCol - startCol,\r
  73                         al,\r
  74                         false);\r
  75 \r
  76         columnsDeleted += (endCol - startCol);\r
  77         startCol = -1;\r
  78         endCol = -1;\r
  79       }\r
  80     }\r
  81 \r
  82     if (delete && startCol > -1)\r
  83     {\r
  84       //This is for empty columns at the\r
  85       //end of the alignment\r
  86 \r
  87       this.appendEdit(DELETE_GAP, seqs,\r
  88                       startCol - columnsDeleted,\r
  89                       end - startCol + 1,\r
  90                       al,\r
  91                       false);\r
  92 \r
  93       columnsDeleted += (end - startCol + 1);\r
  94     }\r
  95 \r
  96     performEdit(0);\r
  97   }\r
  98 \r
  99   public int getSize()\r
 100   {\r
 101     //We're interested in the number of columns deleted,\r
 102     //Not the number of sequence edits.\r
 103     return columnsDeleted;\r
 104   }\r
 105 \r
 106 }\r