src/jalview/commands/RemoveGapColCommand.java

   1 package jalview.commands;\r
   2   /*\r
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   4  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   5  *\r
   6  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   7  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   8  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   9  * of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  *\r
  11  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  12  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  13  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  14  * GNU General Public License for more details.\r
  15  *\r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  17  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  18  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  19  */\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 public class RemoveGapColCommand  extends EditCommand\r
  24 {\r
  25   public RemoveGapColCommand(String description,\r
  26                              SequenceI[] seqs,\r
  27                              int start, int end, char gapChar)\r
  28   {\r
  29     this.description = description;\r
  30 \r
  31     int j, jSize = seqs.length;\r
  32 \r
  33     int startCol = -1, endCol = -1;\r
  34     int deletedCols = 0;\r
  35 \r
  36     edits = new Edit[0];\r
  37 \r
  38     boolean delete = true;\r
  39     for (int i = start; i < end; i++)\r
  40     {\r
  41       delete = true;\r
  42 \r
  43       for (j = 0; j < jSize; j++)\r
  44       {\r
  45         if (seqs[j].getLength() > i)\r
  46         {\r
  47           if (!jalview.util.Comparison.isGap(seqs[j].getCharAt(i)))\r
  48           {\r
  49             if (delete)\r
  50               endCol = i;\r
  51 \r
  52             delete = false;\r
  53             break;\r
  54           }\r
  55         }\r
  56       }\r
  57 \r
  58       if (delete && startCol == -1)\r
  59       {\r
  60         startCol = i;\r
  61       }\r
  62 \r
  63       if (!delete && startCol > -1)\r
  64       {\r
  65         this.appendEdit(DELETE_GAP, seqs,\r
  66                         startCol - deletedCols,\r
  67                         endCol - startCol,\r
  68                         gapChar,\r
  69                         false);\r
  70 \r
  71         deletedCols += (endCol - startCol);\r
  72         startCol = -1;\r
  73         endCol = -1;\r
  74       }\r
  75     }\r
  76 \r
  77     if (delete && startCol > -1)\r
  78     {\r
  79        //This is for empty columns at the\r
  80        //end of the alignment\r
  81       this.appendEdit(DELETE_GAP, seqs,\r
  82                         startCol - deletedCols,\r
  83                         end-startCol+1,\r
  84                         gapChar,\r
  85                         false);\r
  86     }\r
  87 \r
  88     performEdit(0);\r
  89   }\r
  90 \r
  91 }\r