src/jalview/commands/RemoveGapColCommand.java

   1 package jalview.commands;
   2
   3 /*
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   5  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   6  *
   7  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  13  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  14  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  15  * GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with this program; if not, write to the Free Software
  19  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  20  */
  21
  22 import jalview.datamodel.*;
  23
  24 public class RemoveGapColCommand
  25     extends EditCommand
  26 {
  27   int columnsDeleted;
  28   public RemoveGapColCommand(String description,
  29                              SequenceI[] seqs,
  30                              int start, int end, AlignmentI al)
  31   {
  32     this.description = description;
  33
  34     int j, jSize = seqs.length;
  35
  36     int startCol = -1, endCol = -1;
  37     columnsDeleted = 0;
  38
  39     edits = new Edit[0];
  40
  41     boolean delete = true;
  42     for (int i = start; i <= end; i++)
  43     {
  44       delete = true;
  45
  46       for (j = 0; j < jSize; j++)
  47       {
  48         if (seqs[j].getLength() > i)
  49         {
  50           if (!jalview.util.Comparison.isGap(seqs[j].getCharAt(i)))
  51           {
  52             if (delete)
  53             {
  54               endCol = i;
  55             }
  56
  57             delete = false;
  58             break;
  59           }
  60         }
  61       }
  62
  63       if (delete && startCol == -1)
  64       {
  65         startCol = i;
  66       }
  67
  68       if (!delete && startCol > -1)
  69       {
  70         this.appendEdit(DELETE_GAP, seqs,
  71                         startCol - columnsDeleted,
  72                         endCol - startCol,
  73                         al,
  74                         false,null);
  75
  76         columnsDeleted += (endCol - startCol);
  77         startCol = -1;
  78         endCol = -1;
  79       }
  80     }
  81
  82     if (delete && startCol > -1)
  83     {
  84       //This is for empty columns at the
  85       //end of the alignment
  86
  87       this.appendEdit(DELETE_GAP, seqs,
  88                       startCol - columnsDeleted,
  89                       end - startCol + 1,
  90                       al,
  91                       false,null);
  92
  93       columnsDeleted += (end - startCol + 1);
  94     }
  95
  96     performEdit(0,null);
  97   }
  98
  99   public int getSize()
 100   {
 101     //We're interested in the number of columns deleted,
 102     //Not the number of sequence edits.
 103     return columnsDeleted;
 104   }
 105
 106 }