src/jalview/commands/TrimRegionCommand.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.commands;\r
  20 \r
  21 import jalview.util.ShiftList;\r
  22 import jalview.datamodel.*;\r
  23 import java.util.Vector;\r
  24 \r
  25 public class TrimRegionCommand\r
  26     extends EditCommand\r
  27 {\r
  28   public static String TRIM_LEFT = "TrimLeft";\r
  29   public static String TRIM_RIGHT = "TrimRight";\r
  30 \r
  31   public ColumnSelection colSel = null;\r
  32 \r
  33   int [] start;\r
  34 \r
  35   ShiftList shiftList;\r
  36 \r
  37   SequenceGroup selectionGroup;\r
  38 \r
  39   Vector deletedHiddenColumns;\r
  40 \r
  41   int columnsDeleted;\r
  42 \r
  43   public TrimRegionCommand(String description,\r
  44                      String command,\r
  45                      SequenceI[] seqs,\r
  46                      int column,\r
  47                      AlignmentI al,\r
  48                      ColumnSelection colSel,\r
  49                      SequenceGroup selectedRegion)\r
  50   {\r
  51     this.description = description;\r
  52     this.selectionGroup = selectedRegion;\r
  53     this.colSel = colSel;\r
  54     if (command.equalsIgnoreCase(TRIM_LEFT))\r
  55     {\r
  56       if(column==0)\r
  57         return;\r
  58 \r
  59       columnsDeleted = column;\r
  60 \r
  61       edits = new Edit[] { new Edit(CUT, seqs, 0, column, al)};\r
  62     }\r
  63     else if (command.equalsIgnoreCase(TRIM_RIGHT))\r
  64     {\r
  65       int width = al.getWidth()-column;\r
  66       if(width<2)\r
  67       {\r
  68         return;\r
  69       }\r
  70 \r
  71       columnsDeleted = width-1;\r
  72 \r
  73       edits = new Edit[]\r
  74           { new Edit(CUT, seqs, column+1, width, al)};\r
  75     }\r
  76 \r
  77     //We need to keep a record of the sequence start\r
  78     //in order to restore the state after a redo\r
  79     int i, isize = edits[0].seqs.length;\r
  80     start = new int[isize];\r
  81     for(i=0; i<isize; i++)\r
  82       start[i] = edits[0].seqs[i].getStart();\r
  83 \r
  84     performEdit(0);\r
  85   }\r
  86 \r
  87   void cut(Edit command)\r
  88   {\r
  89     int column, j, jSize = command.seqs.length;\r
  90     for (j = 0; j < jSize; j++)\r
  91     {\r
  92       if(command.position==0)\r
  93       {\r
  94         //This is a TRIM_LEFT command\r
  95         column = command.seqs[j].findPosition(command.number);\r
  96         command.seqs[j].setStart(column);\r
  97       }\r
  98       else\r
  99       {\r
 100         //This is a TRIM_RIGHT command\r
 101         column = command.seqs[j].findPosition(command.position)-1;\r
 102         command.seqs[j].setEnd(column);\r
 103       }\r
 104     }\r
 105 \r
 106     super.cut(command);\r
 107 \r
 108     if (command.position == 0)\r
 109     {\r
 110       deletedHiddenColumns = colSel.compensateForEdit(0, command.number);\r
 111       if(selectionGroup!=null)\r
 112         selectionGroup.adjustForRemoveLeft(command.number);\r
 113     }\r
 114     else\r
 115     {\r
 116       deletedHiddenColumns = colSel.compensateForEdit(command.position, command.number);\r
 117       if(selectionGroup!=null)\r
 118         selectionGroup.adjustForRemoveRight(command.position);\r
 119     }\r
 120   }\r
 121 \r
 122   void paste(Edit command)\r
 123   {\r
 124     super.paste(command);\r
 125     int column, j, jSize = command.seqs.length;\r
 126     for (j = 0; j < jSize; j++)\r
 127     {\r
 128       if(command.position==0)\r
 129       {\r
 130         command.seqs[j].setStart(start[j]);\r
 131       }\r
 132       else\r
 133       {\r
 134         column = command.seqs[j]\r
 135             .findPosition(command.number+command.position)-1;\r
 136         command.seqs[j].setEnd(column);\r
 137       }\r
 138     }\r
 139 \r
 140     if (command.position == 0)\r
 141     {\r
 142       colSel.compensateForEdit(0, -command.number);\r
 143       if(selectionGroup!=null)\r
 144         selectionGroup.adjustForRemoveLeft(-command.number);\r
 145     }\r
 146 \r
 147     if (deletedHiddenColumns != null)\r
 148     {\r
 149       int[] region;\r
 150       for (int i = 0; i < deletedHiddenColumns.size(); i++)\r
 151       {\r
 152         region = (int[]) deletedHiddenColumns.elementAt(i);\r
 153         colSel.hideColumns(region[0], region[1]);\r
 154       }\r
 155     }\r
 156   }\r
 157 \r
 158   public int getSize()\r
 159   {\r
 160     return columnsDeleted;\r
 161   }\r
 162 \r
 163 }\r