src/jalview/datamodel/Alignment.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.datamodel;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.util.*;\r
  24 \r
  25 import java.util.*;\r
  26 \r
  27 \r
  28 /** Data structure to hold and manipulate a multiple sequence alignment\r
  29  */\r
  30 public class Alignment implements AlignmentI\r
  31 {\r
  32     protected Alignment dataset;\r
  33     protected Vector sequences;\r
  34     protected Vector groups = new Vector();\r
  35     protected Vector superGroup = new Vector();\r
  36     protected char gapCharacter = '-';\r
  37     protected int type = NUCLEOTIDE;\r
  38     public static final int PROTEIN = 0;\r
  39     public static final int NUCLEOTIDE = 1;\r
  40 \r
  41     /** DOCUMENT ME!! */\r
  42     public AlignmentAnnotation[] annotations;\r
  43 \r
  44     /** Make an alignment from an array of Sequences.\r
  45      *\r
  46      * @param sequences\r
  47      */\r
  48     public Alignment(SequenceI[] seqs)\r
  49     {\r
  50         int i=0;\r
  51 \r
  52         if( jalview.util.Comparison.isNucleotide(seqs))\r
  53           type = NUCLEOTIDE;\r
  54         else\r
  55           type = PROTEIN;\r
  56 \r
  57         sequences = new Vector();\r
  58 \r
  59         for (i = 0; i < seqs.length; i++)\r
  60         {\r
  61             sequences.addElement(seqs[i]);\r
  62 \r
  63             if(seqs[i].getDatasetSequence()!=null\r
  64             && seqs[i].getDatasetSequence().getAnnotation()!=null)\r
  65             {\r
  66 \r
  67               for(int a=0; a<seqs[i].getDatasetSequence().getAnnotation().length; a++)\r
  68               {\r
  69                        this.addAnnotation(seqs[i].getDatasetSequence().getAnnotation()[a], seqs[i]);\r
  70               }\r
  71             }\r
  72         }\r
  73 \r
  74         getWidth();\r
  75     }\r
  76 \r
  77     /**\r
  78      * DOCUMENT ME!\r
  79      *\r
  80      * @return DOCUMENT ME!\r
  81      */\r
  82     public Vector getSequences()\r
  83     {\r
  84         return sequences;\r
  85     }\r
  86 \r
  87     /**\r
  88      * DOCUMENT ME!\r
  89      *\r
  90      * @param i DOCUMENT ME!\r
  91      *\r
  92      * @return DOCUMENT ME!\r
  93      */\r
  94     public SequenceI getSequenceAt(int i)\r
  95     {\r
  96         if (i < sequences.size())\r
  97         {\r
  98             return (SequenceI) sequences.elementAt(i);\r
  99         }\r
 100 \r
 101         return null;\r
 102     }\r
 103 \r
 104     /** Adds a sequence to the alignment.  Recalculates maxLength and size.\r
 105      *\r
 106      * @param snew\r
 107      */\r
 108     public void addSequence(SequenceI snew)\r
 109     {\r
 110         sequences.addElement(snew);\r
 111     }\r
 112 \r
 113     /**\r
 114      * DOCUMENT ME!\r
 115      *\r
 116      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 117      */\r
 118     public void addSequence(SequenceI[] seq)\r
 119     {\r
 120         for (int i = 0; i < seq.length; i++)\r
 121         {\r
 122             addSequence(seq[i]);\r
 123         }\r
 124     }\r
 125 \r
 126     /** Adds a sequence to the alignment.  Recalculates maxLength and size.\r
 127      *\r
 128      * @param snew\r
 129      */\r
 130     public void setSequenceAt(int i, SequenceI snew)\r
 131     {\r
 132         SequenceI oldseq = getSequenceAt(i);\r
 133         deleteSequence(oldseq);\r
 134 \r
 135         sequences.setElementAt(snew, i);\r
 136     }\r
 137 \r
 138     /**\r
 139      * DOCUMENT ME!\r
 140      *\r
 141      * @return DOCUMENT ME!\r
 142      */\r
 143     public Vector getGroups()\r
 144     {\r
 145         return groups;\r
 146     }\r
 147 \r
 148     /** Takes out columns consisting entirely of gaps (-,.," ")\r
 149      */\r
 150     public void removeGaps()\r
 151     {\r
 152         SequenceI current;\r
 153         int iSize = getWidth();\r
 154 \r
 155         for (int i = 0; i < iSize; i++)\r
 156         {\r
 157             boolean delete = true;\r
 158 \r
 159             for (int j = 0; j < getHeight(); j++)\r
 160             {\r
 161                 current = getSequenceAt(j);\r
 162 \r
 163                 if (current.getLength() > i)\r
 164                 {\r
 165                     /* MC Should move this to a method somewhere */\r
 166                     if (!jalview.util.Comparison.isGap(current.getCharAt(i)))\r
 167                     {\r
 168                         delete = false;\r
 169                     }\r
 170                 }\r
 171             }\r
 172 \r
 173             if (delete)\r
 174             {\r
 175                 deleteColumns(i, i);\r
 176                 iSize--;\r
 177                 i--;\r
 178             }\r
 179         }\r
 180     }\r
 181 \r
 182     /** Removes a range of columns (start to end inclusive).\r
 183      *\r
 184      * @param start Start column in the alignment\r
 185      * @param end End column in the alignment\r
 186      */\r
 187     public void deleteColumns(int start, int end)\r
 188     {\r
 189         deleteColumns(0, getHeight() - 1, start, end);\r
 190     }\r
 191 \r
 192     /**\r
 193      * DOCUMENT ME!\r
 194      *\r
 195      * @param seq1 DOCUMENT ME!\r
 196      * @param seq2 DOCUMENT ME!\r
 197      * @param start DOCUMENT ME!\r
 198      * @param end DOCUMENT ME!\r
 199      */\r
 200     public void deleteColumns(int seq1, int seq2, int start, int end)\r
 201     {\r
 202         for (int i = 0; i <= (end - start); i++)\r
 203         {\r
 204             for (int j = seq1; j <= seq2; j++)\r
 205             {\r
 206                 getSequenceAt(j).deleteCharAt(start);\r
 207             }\r
 208         }\r
 209     }\r
 210 \r
 211     /**\r
 212      * DOCUMENT ME!\r
 213      *\r
 214      * @param i DOCUMENT ME!\r
 215      */\r
 216     public void trimLeft(int i)\r
 217     {\r
 218         int j, jSize = getHeight();\r
 219         for (j = 0; j < jSize; j++)\r
 220         {\r
 221             SequenceI s = getSequenceAt(j);\r
 222             int newstart = s.findPosition(i);\r
 223 \r
 224             if(i>s.getLength())\r
 225             {\r
 226               sequences.removeElement(s);\r
 227               j--;\r
 228               jSize--;\r
 229             }\r
 230             else\r
 231             {\r
 232               s.setStart(newstart);\r
 233               s.setSequence(s.getSequence().substring(i));\r
 234             }\r
 235         }\r
 236     }\r
 237 \r
 238     /**\r
 239      * DOCUMENT ME!\r
 240      *\r
 241      * @param i DOCUMENT ME!\r
 242      */\r
 243     public void trimRight(int i)\r
 244     {\r
 245         for (int j = 0; j < getHeight(); j++)\r
 246         {\r
 247             SequenceI s = getSequenceAt(j);\r
 248             int newend = s.findPosition(i);\r
 249 \r
 250             s.setEnd(newend);\r
 251             if(s.getLength()>i)\r
 252               s.setSequence(s.getSequence().substring(0, i + 1));\r
 253         }\r
 254     }\r
 255 \r
 256     /**\r
 257      * DOCUMENT ME!\r
 258      *\r
 259      * @param s DOCUMENT ME!\r
 260      */\r
 261     public void deleteSequence(SequenceI s)\r
 262     {\r
 263         for (int i = 0; i < getHeight(); i++)\r
 264         {\r
 265             if (getSequenceAt(i) == s)\r
 266             {\r
 267                 deleteSequence(i);\r
 268             }\r
 269         }\r
 270     }\r
 271 \r
 272     /**\r
 273      * DOCUMENT ME!\r
 274      *\r
 275      * @param i DOCUMENT ME!\r
 276      */\r
 277     public void deleteSequence(int i)\r
 278     {\r
 279         sequences.removeElementAt(i);\r
 280     }\r
 281 \r
 282     /**\r
 283      * DOCUMENT ME!\r
 284      *\r
 285      * @param threshold DOCUMENT ME!\r
 286      * @param sel DOCUMENT ME!\r
 287      *\r
 288      * @return DOCUMENT ME!\r
 289      */\r
 290     public Vector removeRedundancy(float threshold, Vector sel)\r
 291     {\r
 292         Vector del = new Vector();\r
 293 \r
 294         for (int i = 1; i < sel.size(); i++)\r
 295         {\r
 296             for (int j = 0; j < i; j++)\r
 297             {\r
 298                 // Only do the comparison if either have not been deleted\r
 299                 if (!del.contains((SequenceI) sel.elementAt(i)) ||\r
 300                         !del.contains((SequenceI) sel.elementAt(j)))\r
 301                 {\r
 302                     // use PID instead of Comparison (which is really not pleasant)\r
 303                     float pid = Comparison.PID((SequenceI) sel.elementAt(j),\r
 304                             (SequenceI) sel.elementAt(i));\r
 305 \r
 306                     if (pid >= threshold)\r
 307                     {\r
 308                         // Delete the shortest one\r
 309                         if (((SequenceI) sel.elementAt(j)).getSequence().length() > ((SequenceI) sel\r
 310                                                                                          .elementAt(\r
 311                                     i)).getSequence().length())\r
 312                         {\r
 313                             del.addElement(sel.elementAt(i));\r
 314                         }\r
 315                         else\r
 316                         {\r
 317                             del.addElement(sel.elementAt(i));\r
 318                         }\r
 319                     }\r
 320                 }\r
 321             }\r
 322         }\r
 323 \r
 324         // Now delete the sequences\r
 325         for (int i = 0; i < del.size(); i++)\r
 326         {\r
 327             deleteSequence((SequenceI) del.elementAt(i));\r
 328         }\r
 329 \r
 330         return del;\r
 331     }\r
 332 \r
 333     /**    */\r
 334     public SequenceGroup findGroup(int i)\r
 335     {\r
 336         return findGroup(getSequenceAt(i));\r
 337     }\r
 338 \r
 339     /**    */\r
 340     public SequenceGroup findGroup(SequenceI s)\r
 341     {\r
 342         for (int i = 0; i < this.groups.size(); i++)\r
 343         {\r
 344             SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
 345 \r
 346             if (sg.sequences.contains(s))\r
 347             {\r
 348                 return sg;\r
 349             }\r
 350         }\r
 351 \r
 352         return null;\r
 353     }\r
 354 \r
 355     /**\r
 356      * DOCUMENT ME!\r
 357      *\r
 358      * @param s DOCUMENT ME!\r
 359      *\r
 360      * @return DOCUMENT ME!\r
 361      */\r
 362     public SequenceGroup[] findAllGroups(SequenceI s)\r
 363     {\r
 364         Vector temp = new Vector();\r
 365 \r
 366         int gSize = groups.size();\r
 367         for (int i = 0; i < gSize; i++)\r
 368         {\r
 369             SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
 370             if(sg==null || sg.sequences==null)\r
 371             {\r
 372               this.deleteGroup(sg);\r
 373               gSize--;\r
 374               continue;\r
 375             }\r
 376 \r
 377             if (sg.sequences.contains(s))\r
 378             {\r
 379                 temp.addElement(sg);\r
 380             }\r
 381         }\r
 382 \r
 383         SequenceGroup[] ret = new SequenceGroup[temp.size()];\r
 384 \r
 385         for (int i = 0; i < temp.size(); i++)\r
 386         {\r
 387             ret[i] = (SequenceGroup) temp.elementAt(i);\r
 388         }\r
 389 \r
 390         return ret;\r
 391     }\r
 392 \r
 393 \r
 394 \r
 395     /**    */\r
 396     public void addGroup(SequenceGroup sg)\r
 397     {\r
 398         if (!groups.contains(sg))\r
 399         {\r
 400             groups.addElement(sg);\r
 401         }\r
 402     }\r
 403 \r
 404     /**\r
 405      * DOCUMENT ME!\r
 406      */\r
 407     public void deleteAllGroups()\r
 408     {\r
 409         groups.removeAllElements();\r
 410         superGroup.removeAllElements();\r
 411 \r
 412         int i = 0;\r
 413 \r
 414         while (i < sequences.size())\r
 415         {\r
 416             SequenceI s = getSequenceAt(i);\r
 417             s.setColor(java.awt.Color.white);\r
 418             i++;\r
 419         }\r
 420     }\r
 421 \r
 422     /**    */\r
 423     public void deleteGroup(SequenceGroup g)\r
 424     {\r
 425         if (groups.contains(g))\r
 426         {\r
 427             groups.removeElement(g);\r
 428         }\r
 429     }\r
 430 \r
 431     /**    */\r
 432     public SequenceI findName(String name)\r
 433     {\r
 434         int i = 0;\r
 435 \r
 436         while (i < sequences.size())\r
 437         {\r
 438             if (getSequenceAt(i).getName().equals(name))\r
 439             {\r
 440                 return getSequenceAt(i);\r
 441             }\r
 442 \r
 443             i++;\r
 444         }\r
 445 \r
 446         return null;\r
 447     }\r
 448 \r
 449 \r
 450     /**    */\r
 451     public int findIndex(SequenceI s)\r
 452     {\r
 453         int i = 0;\r
 454 \r
 455         while (i < sequences.size())\r
 456         {\r
 457             if (s == getSequenceAt(i))\r
 458             {\r
 459                 return i;\r
 460             }\r
 461 \r
 462             i++;\r
 463         }\r
 464 \r
 465         return -1;\r
 466     }\r
 467 \r
 468     /**\r
 469      * DOCUMENT ME!\r
 470      *\r
 471      * @return DOCUMENT ME!\r
 472      */\r
 473     public int getHeight()\r
 474     {\r
 475         return sequences.size();\r
 476     }\r
 477 \r
 478     /**\r
 479      * DOCUMENT ME!\r
 480      *\r
 481      * @return DOCUMENT ME!\r
 482      */\r
 483     public int getWidth()\r
 484     {\r
 485         int maxLength = -1;\r
 486 \r
 487         for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)\r
 488         {\r
 489             if (getSequenceAt(i).getLength() > maxLength)\r
 490             {\r
 491                 maxLength = getSequenceAt(i).getLength();\r
 492             }\r
 493         }\r
 494 \r
 495         return maxLength;\r
 496     }\r
 497 \r
 498     /**\r
 499      * DOCUMENT ME!\r
 500      *\r
 501      * @return DOCUMENT ME!\r
 502      */\r
 503     public int getMaxIdLength()\r
 504     {\r
 505         int max = 0;\r
 506         int i = 0;\r
 507 \r
 508         while (i < sequences.size())\r
 509         {\r
 510             SequenceI seq = getSequenceAt(i);\r
 511             String tmp = seq.getName() + "/" + seq.getStart() + "-" +\r
 512                 seq.getEnd();\r
 513 \r
 514             if (tmp.length() > max)\r
 515             {\r
 516                 max = tmp.length();\r
 517             }\r
 518 \r
 519             i++;\r
 520         }\r
 521 \r
 522         return max;\r
 523     }\r
 524 \r
 525     /**\r
 526      * DOCUMENT ME!\r
 527      *\r
 528      * @param gc DOCUMENT ME!\r
 529      */\r
 530     public void setGapCharacter(char gc)\r
 531     {\r
 532         gapCharacter = gc;\r
 533 \r
 534         for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)\r
 535         {\r
 536             Sequence seq = (Sequence) sequences.elementAt(i);\r
 537             seq.sequence = seq.sequence.replace('.', gc);\r
 538             seq.sequence = seq.sequence.replace('-', gc);\r
 539             seq.sequence = seq.sequence.replace(' ', gc);\r
 540         }\r
 541     }\r
 542 \r
 543     /**\r
 544      * DOCUMENT ME!\r
 545      *\r
 546      * @return DOCUMENT ME!\r
 547      */\r
 548     public char getGapCharacter()\r
 549     {\r
 550         return gapCharacter;\r
 551     }\r
 552 \r
 553     /**\r
 554      * DOCUMENT ME!\r
 555      *\r
 556      * @return DOCUMENT ME!\r
 557      */\r
 558     public Vector getAAFrequency()\r
 559     {\r
 560         return AAFrequency.calculate(sequences, 0, getWidth());\r
 561     }\r
 562 \r
 563     /**\r
 564      * DOCUMENT ME!\r
 565      *\r
 566      * @return DOCUMENT ME!\r
 567      */\r
 568     public boolean isAligned()\r
 569     {\r
 570         int width = getWidth();\r
 571 \r
 572         for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)\r
 573         {\r
 574             if (getSequenceAt(i).getLength() != width)\r
 575             {\r
 576                 return false;\r
 577             }\r
 578         }\r
 579 \r
 580         return true;\r
 581     }\r
 582 \r
 583     /**\r
 584      * DOCUMENT ME!\r
 585      *\r
 586      * @param aa DOCUMENT ME!\r
 587      */\r
 588     public void deleteAnnotation(AlignmentAnnotation aa)\r
 589     {\r
 590         int aSize = 1;\r
 591 \r
 592         if (annotations != null)\r
 593         {\r
 594             aSize = annotations.length;\r
 595         }\r
 596 \r
 597         AlignmentAnnotation[] temp = new AlignmentAnnotation[aSize - 1];\r
 598 \r
 599         int tIndex = 0;\r
 600 \r
 601         for (int i = 0; i < aSize; i++)\r
 602         {\r
 603             if (annotations[i] == aa)\r
 604             {\r
 605                 continue;\r
 606             }\r
 607 \r
 608             temp[tIndex] = annotations[i];\r
 609             tIndex++;\r
 610         }\r
 611 \r
 612         annotations = temp;\r
 613     }\r
 614 \r
 615     /**\r
 616      *\r
 617      * @param aa AlignmentAnnotation\r
 618      * @param seqRef The sequence to associate this annotation with\r
 619      * @return The adjusted AlignmentAnnotation, with dataset sequence and annotation added\r
 620      */\r
 621     public AlignmentAnnotation addAnnotation(AlignmentAnnotation aa, SequenceI seqRef)\r
 622     {\r
 623       if(seqRef!=null)\r
 624       {\r
 625           //We can only add Annotations to the dataset sequences\r
 626            if(seqRef.getDatasetSequence()==null)\r
 627            {\r
 628                   setDataset(null);\r
 629             }\r
 630 \r
 631         AlignmentAnnotation []  old = seqRef.getDatasetSequence().getAnnotation();\r
 632 \r
 633         //First check if this is a new annotation or not. If it is new,\r
 634         //we must add the annotation to the dataset\r
 635         boolean newAnnotation = true;\r
 636         if(seqRef.getDatasetSequence().getAnnotation()!=null)\r
 637         {\r
 638           for(int a=0; a<old.length; a++)\r
 639           {\r
 640             if(old[a] == aa)\r
 641             {\r
 642 \r
 643               newAnnotation = false;\r
 644               break;\r
 645             }\r
 646           }\r
 647         }\r
 648 \r
 649         if(newAnnotation)\r
 650          {\r
 651            seqRef.getDatasetSequence().addAlignmentAnnotation(aa);\r
 652          }\r
 653 \r
 654           AlignmentAnnotation copy = null;\r
 655           if (aa.graph > 0)\r
 656             copy = new AlignmentAnnotation(\r
 657                 aa.label, aa.description, aa.annotations, aa.graphMin,\r
 658                 aa.graphMax, aa.graph\r
 659                 );\r
 660           else\r
 661             copy = new AlignmentAnnotation(\r
 662                 aa.label, aa.description, aa.annotations\r
 663                 );\r
 664 \r
 665          copy.datasetAnnotation = aa;\r
 666 \r
 667          addAnnotation(copy);\r
 668 \r
 669          copy.sequenceRef = seqRef;\r
 670 \r
 671          return copy;\r
 672       }\r
 673       else\r
 674       {\r
 675         addAnnotation(aa);\r
 676         return aa;\r
 677       }\r
 678     }\r
 679 \r
 680     public void adjustSequenceAnnotations()\r
 681     {\r
 682       if(annotations!=null)\r
 683       {\r
 684         for (int a = 0; a < annotations.length; a++)\r
 685         {\r
 686           if (annotations[a].sequenceRef != null)\r
 687           {\r
 688             annotations[a].adjustForAlignment();\r
 689           }\r
 690         }\r
 691       }\r
 692     }\r
 693 \r
 694     /**\r
 695      * DOCUMENT ME!\r
 696      *\r
 697      * @param aa DOCUMENT ME!\r
 698      */\r
 699     public void addAnnotation(AlignmentAnnotation aa)\r
 700     {\r
 701         int aSize = 1;\r
 702         if (annotations != null)\r
 703         {\r
 704             aSize = annotations.length + 1;\r
 705         }\r
 706 \r
 707         AlignmentAnnotation[] temp = new AlignmentAnnotation[aSize];\r
 708 \r
 709         temp[aSize-1] = aa;\r
 710 \r
 711         int i = 0;\r
 712 \r
 713         if (aSize > 1)\r
 714         {\r
 715             for (i = 0; i < (aSize-1); i++)\r
 716             {\r
 717                 temp[i] = annotations[i];\r
 718             }\r
 719         }\r
 720 \r
 721         annotations = temp;\r
 722     }\r
 723 \r
 724     public void setAnnotationIndex(AlignmentAnnotation aa, int index)\r
 725     {\r
 726       if(aa==null || annotations==null || annotations.length-1<index)\r
 727         return;\r
 728 \r
 729       int aSize = annotations.length;\r
 730       AlignmentAnnotation[] temp = new AlignmentAnnotation[aSize];\r
 731 \r
 732       temp[index] = aa;\r
 733 \r
 734       for (int i = 0; i < aSize; i++)\r
 735       {\r
 736         if(i==index)\r
 737           continue;\r
 738 \r
 739         if(i<index)\r
 740           temp[i] = annotations[i];\r
 741         else\r
 742           temp[i] = annotations[i-1];\r
 743       }\r
 744 \r
 745         annotations = temp;\r
 746     }\r
 747 \r
 748     /**\r
 749      * DOCUMENT ME!\r
 750      *\r
 751      * @return DOCUMENT ME!\r
 752      */\r
 753     public AlignmentAnnotation[] getAlignmentAnnotation()\r
 754     {\r
 755         return annotations;\r
 756     }\r
 757 \r
 758     public void setNucleotide(boolean b)\r
 759     {\r
 760       if(b)\r
 761         type = NUCLEOTIDE;\r
 762       else\r
 763         type = PROTEIN;\r
 764     }\r
 765 \r
 766     public boolean isNucleotide()\r
 767     {\r
 768       if(type==NUCLEOTIDE)\r
 769         return true;\r
 770       else\r
 771         return false;\r
 772     }\r
 773 \r
 774     public void setDataset(Alignment data)\r
 775     {\r
 776       if(dataset==null && data==null)\r
 777       {\r
 778         // Create a new dataset for this alignment.\r
 779         // Can only be done once, if dataset is not null\r
 780         // This will not be performed\r
 781         Sequence[] seqs = new Sequence[getHeight()];\r
 782         for (int i = 0; i < getHeight(); i++)\r
 783         {\r
 784 \r
 785           seqs[i] = new Sequence(getSequenceAt(i).getName(),\r
 786                                  AlignSeq.extractGaps(\r
 787                                      jalview.util.Comparison.GapChars,\r
 788                                      getSequenceAt(i).getSequence()\r
 789                                  ),\r
 790                                  getSequenceAt(i).getStart(),\r
 791                                  getSequenceAt(i).getEnd());\r
 792 \r
 793           getSequenceAt(i).setDatasetSequence(seqs[i]);\r
 794         }\r
 795 \r
 796         dataset = new Alignment(seqs);\r
 797       }\r
 798       else if(dataset==null && data!=null)\r
 799       {\r
 800         dataset = data;\r
 801       }\r
 802     }\r
 803 \r
 804     public Alignment getDataset()\r
 805     {\r
 806       return dataset;\r
 807     }\r
 808 \r
 809     public boolean padGaps() {\r
 810       boolean modified=false;\r
 811       int Width = getWidth();\r
 812       SequenceI current;\r
 813       for (int i = 0; i < sequences.size();\r
 814            i++)\r
 815       {\r
 816         current = getSequenceAt(i);\r
 817 \r
 818         if (current.getLength() < Width)\r
 819         {\r
 820           current.insertCharAt(Width - 1, gapCharacter);\r
 821           modified=true;\r
 822         }\r
 823       }\r
 824       return modified;\r
 825     }\r
 826 }\r