src/jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.datamodel;\r
  20 \r
  21 \r
  22 /**\r
  23  * DOCUMENT ME!\r
  24  *\r
  25  * @author $author$\r
  26  * @version $Revision$\r
  27  */\r
  28 public class AlignmentAnnotation\r
  29 {\r
  30     public SequenceI sequenceRef;\r
  31 \r
  32     /** DOCUMENT ME!! */\r
  33     public String label;\r
  34 \r
  35     /** DOCUMENT ME!! */\r
  36     public String description;\r
  37 \r
  38     /** DOCUMENT ME!! */\r
  39     public Annotation[] annotations;\r
  40 \r
  41     public java.util.Hashtable sequenceMapping;\r
  42 \r
  43     /** DOCUMENT ME!! */\r
  44     public float graphMin;\r
  45 \r
  46     /** DOCUMENT ME!! */\r
  47     public float graphMax;\r
  48 \r
  49     public GraphLine threshold;\r
  50 \r
  51     // Graphical hints and tips\r
  52 \r
  53     /** DOCUMENT ME!! */\r
  54     public boolean editable = false;\r
  55 \r
  56     /** DOCUMENT ME!! */\r
  57     public boolean hasIcons; //\r
  58 \r
  59     /** DOCUMENT ME!! */\r
  60     public boolean hasText;\r
  61 \r
  62     /** DOCUMENT ME!! */\r
  63     public boolean visible = true;\r
  64 \r
  65     public int graphGroup = -1;\r
  66 \r
  67     /** DOCUMENT ME!! */\r
  68     public int height = 0;\r
  69 \r
  70     public int graph = 0;\r
  71 \r
  72     public int graphHeight = 40;\r
  73 \r
  74     public static final int NO_GRAPH = 0;\r
  75 \r
  76     public static final int BAR_GRAPH = 1;\r
  77 \r
  78     public static final int LINE_GRAPH = 2;\r
  79 \r
  80     public static int getGraphValueFromString(String string)\r
  81     {\r
  82       if(string.equalsIgnoreCase("BAR_GRAPH"))\r
  83         return BAR_GRAPH;\r
  84       else if(string.equalsIgnoreCase("LINE_GRAPH"))\r
  85         return LINE_GRAPH;\r
  86       else\r
  87         return NO_GRAPH;\r
  88     }\r
  89 \r
  90     /**\r
  91      * Creates a new AlignmentAnnotation object.\r
  92      *\r
  93      * @param label DOCUMENT ME!\r
  94      * @param description DOCUMENT ME!\r
  95      * @param annotations DOCUMENT ME!\r
  96      */\r
  97     public AlignmentAnnotation(String label, String description,\r
  98         Annotation[] annotations)\r
  99     {\r
 100         // always editable?\r
 101         editable = true;\r
 102         this.label = label;\r
 103         this.description = description;\r
 104         this.annotations = annotations;\r
 105 \r
 106         for (int i = 0; i < annotations.length; i++)\r
 107         {\r
 108             if ((annotations[i] != null) &&\r
 109                     ((annotations[i].secondaryStructure == 'H') ||\r
 110                     (annotations[i].secondaryStructure == 'E')))\r
 111             {\r
 112                 hasIcons = true;\r
 113             }\r
 114 \r
 115             if ((annotations[i] != null) &&\r
 116                     (annotations[i].displayCharacter.length() > 0))\r
 117             {\r
 118                 hasText = true;\r
 119             }\r
 120         }\r
 121     }\r
 122 \r
 123     /**\r
 124      * Creates a new AlignmentAnnotation object.\r
 125      *\r
 126      * @param label DOCUMENT ME!\r
 127      * @param description DOCUMENT ME!\r
 128      * @param annotations DOCUMENT ME!\r
 129      * @param min DOCUMENT ME!\r
 130      * @param max DOCUMENT ME!\r
 131      * @param winLength DOCUMENT ME!\r
 132      */\r
 133     public AlignmentAnnotation(String label, String description,\r
 134         Annotation[] annotations, float min, float max, int graphType)\r
 135     {\r
 136         // graphs are not editable\r
 137         this.label = label;\r
 138         this.description = description;\r
 139         this.annotations = annotations;\r
 140         graph = graphType;\r
 141 \r
 142         if (min == max)\r
 143         {\r
 144             min = 999999999;\r
 145             for (int i = 0; i < annotations.length; i++)\r
 146             {\r
 147                 if (annotations[i] == null)\r
 148                 {\r
 149                     continue;\r
 150                 }\r
 151 \r
 152                 if (annotations[i].value > max)\r
 153                 {\r
 154                     max = annotations[i].value;\r
 155                 }\r
 156 \r
 157                 if (annotations[i].value < min)\r
 158                 {\r
 159                     min = annotations[i].value;\r
 160                 }\r
 161             }\r
 162         }\r
 163 \r
 164         graphMin = min;\r
 165         graphMax = max;\r
 166 \r
 167         for (int i = 0; i < annotations.length; i++)\r
 168         {\r
 169             if ((annotations[i] != null) &&\r
 170                     ((annotations[i].secondaryStructure == 'H') ||\r
 171                     (annotations[i].secondaryStructure == 'E')))\r
 172             {\r
 173                 hasIcons = true;\r
 174             }\r
 175 \r
 176             if ((annotations[i] != null) &&\r
 177                     (annotations[i].displayCharacter.length() > 0))\r
 178             {\r
 179                 hasText = true;\r
 180             }\r
 181         }\r
 182     }\r
 183 \r
 184     /**\r
 185      * DOCUMENT ME!\r
 186      *\r
 187      * @return DOCUMENT ME!\r
 188      */\r
 189     public String toString()\r
 190     {\r
 191         StringBuffer buffer = new StringBuffer();\r
 192 \r
 193         for (int i = 0; i < annotations.length; i++)\r
 194         {\r
 195             if (annotations[i] != null)\r
 196             {\r
 197                 if (graph!=0)\r
 198                 {\r
 199                     buffer.append(annotations[i].value);\r
 200                 }\r
 201                 else if (hasIcons)\r
 202                 {\r
 203                     buffer.append(annotations[i].secondaryStructure);\r
 204                 }\r
 205                 else\r
 206                 {\r
 207                     buffer.append(annotations[i].displayCharacter);\r
 208                 }\r
 209             }\r
 210 \r
 211             buffer.append(", ");\r
 212         }\r
 213 \r
 214         if (label.equals("Consensus"))\r
 215         {\r
 216             buffer.append("\n");\r
 217 \r
 218             for (int i = 0; i < annotations.length; i++)\r
 219             {\r
 220                 if (annotations[i] != null)\r
 221                 {\r
 222                     buffer.append(annotations[i].description);\r
 223                 }\r
 224 \r
 225                 buffer.append(", ");\r
 226             }\r
 227         }\r
 228 \r
 229         return buffer.toString();\r
 230       }\r
 231 \r
 232       public void setThreshold(GraphLine line)\r
 233       {\r
 234         threshold = line;\r
 235       }\r
 236 \r
 237       public GraphLine getThreshold()\r
 238       {\r
 239           return threshold;\r
 240       }\r
 241 \r
 242       /**\r
 243        * This\r
 244        */\r
 245       public void createSequenceMapping(SequenceI seqRef, int startRes)\r
 246       {\r
 247         if(seqRef == null)\r
 248           return;\r
 249 \r
 250         sequenceMapping = new java.util.Hashtable();\r
 251 \r
 252         sequenceRef = seqRef;\r
 253 \r
 254         if(startRes < sequenceRef.getStart())\r
 255           startRes = sequenceRef.getStart();\r
 256 \r
 257         int seqPos;\r
 258 \r
 259         int fileOffset = 0;\r
 260         if(startRes > sequenceRef.getStart())\r
 261         {\r
 262           fileOffset = startRes - sequenceRef.getStart();\r
 263         }\r
 264 \r
 265         for(int i = 0; i < annotations.length; i++)\r
 266         {\r
 267             seqPos = sequenceRef.findPosition(i + fileOffset);\r
 268             if(seqPos<annotations.length)\r
 269             {\r
 270               if (annotations[i] != null)\r
 271               {\r
 272                   sequenceMapping.put(new Integer(seqPos),\r
 273                                       annotations[i]);\r
 274               }\r
 275             }\r
 276          }\r
 277 \r
 278         adjustForAlignment();\r
 279 \r
 280       }\r
 281 \r
 282       public void adjustForAlignment()\r
 283       {\r
 284           int a=0, aSize = sequenceRef.getLength();\r
 285 \r
 286           int position;\r
 287           Annotation[] temp = new Annotation[aSize];\r
 288           Integer index;\r
 289           for (a = sequenceRef.getStart(); a <= sequenceRef.getEnd(); a++)\r
 290           {\r
 291               index = new Integer(a);\r
 292               if(sequenceMapping.containsKey(index))\r
 293               {\r
 294                 position = sequenceRef.findIndex(a)-1;\r
 295 \r
 296                 temp[position] = (Annotation)sequenceMapping.get(index);\r
 297               }\r
 298           }\r
 299 \r
 300           annotations = temp;\r
 301       }\r
 302 }\r
 303 \r
 304 \r