src/jalview/datamodel/AlignmentColsCollection.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import java.util.Iterator;
  24
  25 public class AlignmentColsCollection implements Iterable<Integer>
  26 {
  27   int start;
  28   int end;
  29   ColumnSelection hidden;
  30
  31   public AlignmentColsCollection(int s, int e, ColumnSelection colsel)
  32   {
  33     start = s;
  34     end = e;
  35     hidden = colsel;
  36   }
  37
  38   @Override
  39   public Iterator<Integer> iterator()
  40   {
  41     return new AllColsIterator(start,end,hidden);
  42   }
  43
  44   /**
  45    * Answers if the column at the the current position is hidden.
  46    */
  47   public boolean isHidden(int c)
  48   {
  49     return !hidden.isVisible(c);
  50   }
  51 }