src/jalview/datamodel/AlignmentOrder.java

   1 /*
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 *
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 * of the License, or (at your option) any later version.
   9 *
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 * GNU General Public License for more details.
  14 *
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */\r
  19 package jalview.datamodel;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 \r
  24 /**
  25  * <p>Title: </p>
  26  *
  27  * <p>Description: </p>
  28  *
  29  * <p>Copyright: Copyright (c) 2004</p>
  30  *
  31  * <p>Company: Dundee University</p>
  32  *
  33  * @author not attributable
  34  * @version 1.0
  35  */\r
  36 public class AlignmentOrder {\r
  37     // JBPNote : this method would return a vector containing all sequences in seqset\r
  38     // with those also contained in order at the beginning of the vector in the order\r
  39     // given by order. AlignmentSorter.vectorSubsetToArray already does this, but that method\r
  40     // should be here for completeness.\r
  41 \r
  42     /*  public Vector getOrder(AlignmentI seqset)
  43   {
  44     Vector perm = new Vector(seqset.getHeight());
  45     for (i=0, o = 0, n=seqset.getHeight(), p = Order.size(); i<n; i++)
  46       perm.setElement(i,...).
  47     return Order;
  48   }
  49  */\r
  50     public static final int FILE = 0;\r
  51     public static final int MSA = 1;\r
  52     public static final int USER = 2;\r
  53     private int Type = 0;\r
  54     private String Name;\r
  55     private Vector Order = null;\r
  56 \r
  57     public AlignmentOrder() {\r
  58     }\r
  59 \r
  60     /**
  61  * AlignmentOrder
  62  *
  63  * @param anOrder Vector
  64  */\r
  65     public AlignmentOrder(Vector anOrder) {\r
  66         Order = anOrder;\r
  67     }\r
  68 \r
  69     /**
  70  * AlignmentOrder
  71  *
  72  * @param orderFrom AlignmentI
  73  */\r
  74     public AlignmentOrder(AlignmentI orderFrom) {\r
  75         Order = new Vector();\r
  76 \r
  77         for (int i = 0, ns = orderFrom.getHeight(); i < ns; i++)\r
  78             Order.addElement(orderFrom.getSequenceAt(i));\r
  79     }\r
  80 \r
  81     public AlignmentOrder(SequenceI[] orderFrom) {\r
  82         Order = new Vector();\r
  83 \r
  84         for (int i = 0, ns = orderFrom.length; i < ns; i++)\r
  85             Order.addElement(orderFrom[i]);\r
  86     }\r
  87 \r
  88     public void setType(int Type) {\r
  89         this.Type = Type;\r
  90     }\r
  91 \r
  92     public int getType() {\r
  93         return Type;\r
  94     }\r
  95 \r
  96     public void setName(String Name) {\r
  97         this.Name = Name;\r
  98     }\r
  99 \r
 100     public String getName() {\r
 101         return Name;\r
 102     }\r
 103 \r
 104     public void setOrder(Vector Order) {\r
 105         this.Order = Order;\r
 106     }\r
 107 \r
 108     public Vector getOrder() {\r
 109         return Order;\r
 110     }\r
 111 \r
 112     /**
 113  * AlignmentOrder
 114  *
 115  * @param orderThis AlignmentI
 116  * @param byThat AlignmentI
 117  */\r
 118 \r
 119     /* public AlignmentOrder(AlignmentI orderThis, AlignmentI byThat)
 120 {
 121   // Vector is an ordering of this alignment using the order of sequence objects in byThat,
 122   // where ids and unaligned sequences must match
 123
 124 } */\r
 125 }\r