src/jalview/datamodel/AlignmentView.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 /**
   4  * <p>Title: </p>
   5  *
   6  * <p>Description: </p>
   7  *
   8  * <p>Copyright: Copyright (c) 2004</p>
   9  *
  10  * <p>Company: Dundee University</p>
  11  *
  12  * @author not attributable
  13  * @version 1.0
  14  */
  15 public class AlignmentView
  16 {
  17     /**
  18      * Transient object compactly representing a 'view' of an alignment - with discontinuities marked.
  19      */
  20     private SeqCigar[] sequences = null;
  21   private int[] contigs = null;
  22   public AlignmentView(CigarArray seqcigararray)
  23   {
  24     if (!seqcigararray.isSeqCigarArray())
  25       throw new Error("Implementation Error - can only make an alignment view from a CigarArray of sequences.");
  26     //contigs = seqcigararray.applyDeletions();
  27     contigs = seqcigararray.getDeletedRegions();
  28     sequences = seqcigararray.getSeqCigarArray();
  29   }
  30
  31   public void setSequences(SeqCigar[] sequences)
  32   {
  33     this.sequences = sequences;
  34   }
  35
  36   public void setContigs(int[] contigs)
  37   {
  38     this.contigs = contigs;
  39   }
  40
  41   public SeqCigar[] getSequences()
  42   {
  43     return sequences;
  44   }
  45
  46   public int[] getContigs()
  47   {
  48     return contigs;
  49   }
  50   public Object[] getAlignmentAndColumnSelection(char gapCharacter) {
  51     ColumnSelection colsel = new ColumnSelection();
  52
  53     return new Object[] { SeqCigar.createAlignmentSequences(sequences, gapCharacter, colsel, contigs), colsel};
  54   }
  55   /**
  56    * getSequenceStrings
  57    *
  58    * @param c char
  59    * @return String[]
  60    */
  61   public String[] getSequenceStrings(char c)
  62   {
  63     String[] seqs=new String[sequences.length];
  64     for (int n=0; n<sequences.length; n++) {
  65       seqs[n] = sequences[n].getSequenceString(c);
  66     }
  67     return seqs;
  68   }
  69 }