src/jalview/datamodel/Annotation.java

   1 /*
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 *
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 * of the License, or (at your option) any later version.
   9 *
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 * GNU General Public License for more details.
  14 *
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */
  19
  20 package jalview.datamodel;
  21 import java.awt.*;
  22
  23 public class Annotation
  24 {
  25   public String displayCharacter="";
  26   public String description="";       // currently used as mouse over
  27   public char secondaryStructure=' '; // recognises H and E
  28   public float value;
  29
  30   // add visual cues here
  31   public Color colour = Color.black;
  32
  33   public Annotation(String displayChar, String desc, char ss, float val)
  34   {
  35     displayCharacter = displayChar;
  36     description = desc;
  37     secondaryStructure = ss;
  38     value = val;
  39   }
  40   public Annotation(String displayChar, String desc, char ss, float val, Color colour) {
  41     this(displayChar, desc, ss, val);
  42     this.colour = colour;
  43   }
  44 }