src/jalview/datamodel/BinarySequence.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.datamodel;
  19
  20 import jalview.schemes.*;
  21
  22 /**
  23  * DOCUMENT ME!
  24  *
  25  * @author $author$
  26  * @version $Revision$
  27  */
  28 public class BinarySequence extends Sequence
  29 {
  30   int[] binary;
  31
  32   double[] dbinary;
  33
  34   /**
  35    * Creates a new BinarySequence object.
  36    *
  37    * @param s
  38    *          DOCUMENT ME!
  39    */
  40   public BinarySequence(String s)
  41   {
  42     super("", s, 0, s.length());
  43   }
  44
  45   /**
  46    * DOCUMENT ME!
  47    */
  48   public void encode()
  49   {
  50     // Set all matrix to 0
  51     dbinary = new double[getSequence().length * 21];
  52
  53     int nores = 21;
  54
  55     for (int i = 0; i < dbinary.length; i++)
  56     {
  57       dbinary[i] = 0.0;
  58     }
  59
  60     for (int i = 0; i < getSequence().length; i++)
  61     {
  62       int aanum = 20;
  63
  64       try
  65       {
  66         aanum = ResidueProperties.aaIndex[getCharAt(i)];
  67       } catch (NullPointerException e)
  68       {
  69         aanum = 20;
  70       }
  71
  72       if (aanum > 20)
  73       {
  74         aanum = 20;
  75       }
  76
  77       dbinary[(i * nores) + aanum] = 1.0;
  78     }
  79   }
  80
  81   /**
  82    * ancode using substitution matrix given in matrix
  83    *
  84    * @param matrix
  85    */
  86   public void matrixEncode(ScoreMatrix matrix)
  87   {
  88     matrixEncode(matrix.isDNA() ? ResidueProperties.nucleotideIndex
  89             : ResidueProperties.aaIndex, matrix.getMatrix());
  90   }
  91
  92   /**
  93    * DOCUMENT ME!
  94    */
  95   public void blosumEncode()
  96   {
  97     matrixEncode(ResidueProperties.aaIndex, ResidueProperties.getBLOSUM62());
  98   }
  99
 100   private void matrixEncode(int[] aaIndex, int[][] matrix)
 101   {
 102     // Set all matrix to 0
 103     dbinary = new double[getSequence().length * 21];
 104
 105     int nores = 21;
 106
 107     // for (int i = 0; i < dbinary.length; i++) {
 108     // dbinary[i] = 0.0;
 109     // }
 110     for (int i = 0; i < getSequence().length; i++)
 111     {
 112       int aanum = 20;
 113
 114       try
 115       {
 116         aanum = aaIndex[getCharAt(i)];
 117       } catch (NullPointerException e)
 118       {
 119         aanum = 20;
 120       }
 121
 122       if (aanum > 20)
 123       {
 124         aanum = 20;
 125       }
 126
 127       // Do the blosum thing
 128
 129       for (int j = 0; j < 20; j++)
 130       {
 131         dbinary[(i * nores) + j] = matrix[aanum][j];
 132       }
 133     }
 134   }
 135
 136   /**
 137    * DOCUMENT ME!
 138    *
 139    * @return DOCUMENT ME!
 140    */
 141   public String toBinaryString()
 142   {
 143     String out = "";
 144
 145     for (int i = 0; i < binary.length; i++)
 146     {
 147       out += (new Integer(binary[i])).toString();
 148
 149       if (i < (binary.length - 1))
 150       {
 151         out += " ";
 152       }
 153     }
 154
 155     return out;
 156   }
 157
 158   /**
 159    * DOCUMENT ME!
 160    *
 161    * @return DOCUMENT ME!
 162    */
 163   public double[] getDBinary()
 164   {
 165     return dbinary;
 166   }
 167
 168 }