src/jalview/datamodel/CigarCigar.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)\r
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.datamodel;\r
  20 \r
  21 public class CigarCigar extends CigarSimple\r
  22 {\r
  23   SeqCigar refCigar;\r
  24 \r
  25   /**\r
  26    * Apply CIGAR operations to the result of another cigar\r
  27    * \r
  28    * @param cigar\r
  29    *                Cigar\r
  30    */\r
  31   CigarCigar(SeqCigar cigar)\r
  32   {\r
  33     super();\r
  34     refCigar = cigar;\r
  35   }\r
  36 \r
  37   /**\r
  38    * \r
  39    * @return String formed by applying CIGAR operations to the reference object\r
  40    * @param GapChar\r
  41    *                char\r
  42    * @todo Implement this jalview.datamodel.Cigar method\r
  43    */\r
  44   public String getSequenceString(char GapChar)\r
  45   {\r
  46     if (length == 0)\r
  47     {\r
  48       return "";\r
  49     }\r
  50     String refString = refCigar.getSequenceString(GapChar);\r
  51     if (refString != null)\r
  52     {\r
  53       return (length == 0) ? "" : (String) getSequenceAndDeletions(\r
  54               refString, GapChar)[0];\r
  55     }\r
  56     else\r
  57     {\r
  58       return null;\r
  59     }\r
  60   }\r
  61 \r
  62 }\r