src/jalview/datamodel/ContactListImpl.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 /**
   4  * helper class to compute min/max/mean for a range on a contact list
   5  *
   6  * @author jprocter
   7  *
   8  */
   9 public class ContactListImpl implements ContactListI
  10 {
  11   ContactListProviderI clist;
  12
  13   public static ContactListI newContactList(ContactListProviderI list)
  14   {
  15     return new ContactListImpl(list);
  16   }
  17
  18   public ContactListImpl(ContactListProviderI list)
  19   {
  20     clist = list;
  21   }
  22
  23   @Override
  24   public int getPosition()
  25   {
  26     return clist.getPosition();
  27   }
  28
  29   @Override
  30   public double getContactAt(int column)
  31   {
  32     return clist.getContactAt(column);
  33   }
  34
  35   @Override
  36   public int getContactHeight()
  37   {
  38     return clist.getContactHeight();
  39   }
  40
  41   @Override
  42   public ContactRange getRangeFor(int from_column, int to_column)
  43   {
  44     // TODO: consider caching ContactRange for a particular call ?
  45     if (clist instanceof ContactListI)
  46     {
  47       // clist may implement getRangeFor in a more efficient way, so use theirs
  48       return ((ContactListI) clist).getRangeFor(from_column, to_column);
  49     }
  50     if (from_column < 0)
  51     {
  52       from_column = 0;
  53     }
  54     if (to_column > getContactHeight())
  55     {
  56       to_column = getContactHeight();
  57     }
  58     ContactRange cr = new ContactRange();
  59     cr.setFrom_column(from_column);
  60     cr.setTo_column(to_column);
  61     double tot = 0;
  62     for (int i = from_column; i <= to_column; i++)
  63     {
  64       double contact = getContactAt(i);
  65       tot += contact;
  66       if (i == from_column)
  67       {
  68         cr.setMin(contact);
  69         cr.setMax(contact);
  70         cr.setMinPos(i);
  71         cr.setMaxPos(i);
  72       }
  73       else
  74       {
  75         if (cr.getMax() < contact)
  76         {
  77           cr.setMax(contact);
  78           cr.setMaxPos(i);
  79         }
  80         if (cr.getMin() < contact)
  81         {
  82           cr.setMin(contact);
  83           cr.setMinPos(i);
  84         }
  85       }
  86     }
  87     if (tot > 0)
  88     {
  89       cr.setMean(tot / (1 + to_column - from_column));
  90     }
  91     else
  92     {
  93       cr.setMean(tot);
  94     }
  95     return cr;
  96   }
  97
  98 }