src/jalview/datamodel/ContactMapHolder.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import java.util.Collection;
   4 import java.util.Collections;
   5 import java.util.HashMap;
   6 import java.util.HashSet;
   7 import java.util.Map;
   8
   9 import jalview.ws.datamodel.MappableContactMatrixI;
  10
  11 public class ContactMapHolder implements ContactMapHolderI
  12 {
  13
  14   Map<Object, ContactMatrixI> contactmaps = new HashMap<>();
  15
  16   @Override
  17   public Collection<ContactMatrixI> getContactMaps()
  18   {
  19     if (contactmaps != null && contactmaps.size() > 0)
  20     {
  21       // defensive copy, and return non redundant set of ContactMatrixI instances
  22       return new HashSet<ContactMatrixI>(contactmaps.values());
  23     }
  24     return Collections.EMPTY_LIST;
  25   }
  26
  27   @Override
  28   public ContactListI getContactListFor(AlignmentAnnotation _aa, int column)
  29   {
  30     ContactMatrixI cm = contactmaps.get(_aa.annotationId);
  31     if (cm == null)
  32     {
  33       return null;
  34     }
  35     if (cm instanceof MappableContactMatrixI)
  36     {
  37       if (_aa.sequenceRef != null)
  38       {
  39         return ((MappableContactMatrixI) cm)
  40                 .getMappableContactList(_aa.sequenceRef, column);
  41       }
  42     }
  43     // TODO: could resolve sequence position to column position here
  44     // TODO: what about for complexes - where contactMatrix may involve two or
  45     // more sequences
  46     return cm.getContactList(column);
  47   }
  48
  49   @Override
  50   public AlignmentAnnotation addContactList(ContactMatrixI cm)
  51   {
  52
  53     AlignmentAnnotation aa = new AlignmentAnnotation(cm.getAnnotLabel(),
  54             cm.getAnnotDescr(), new Annotation[0]);
  55     aa.graph = AlignmentAnnotation.CONTACT_MAP;
  56     aa.graphMin = cm.getMin();
  57     aa.graphMax = cm.getMax();
  58     aa.editable = false;
  59     aa.calcId = cm.getType();
  60
  61     contactmaps.put(aa.annotationId, cm);
  62     // TODO: contact matrices could be intra or inter - more than one refseq
  63     // possible!
  64     if (cm instanceof MappableContactMatrixI)
  65     {
  66       aa.setSequenceRef(((MappableContactMatrixI) cm).getReferenceSeq());
  67     }
  68     return aa;
  69   }
  70
  71   @Override
  72   public ContactMatrixI getContactMatrixFor(AlignmentAnnotation ann)
  73   {
  74     return contactmaps == null ? null : contactmaps.get(ann.annotationId);
  75   }
  76
  77   @Override
  78   public void addContactListFor(AlignmentAnnotation annotation,
  79           ContactMatrixI cm)
  80   {
  81     // update annotation with data from contact map
  82     annotation.graphMin = cm.getMin();
  83     annotation.graphMax = cm.getMax();
  84     annotation.editable = false;
  85     annotation.graph = AlignmentAnnotation.CONTACT_MAP;
  86     annotation.calcId = cm.getType();
  87     if (annotation.label == null || "".equals(annotation.label))
  88     {
  89       annotation.label = cm.getAnnotLabel();
  90
  91     }
  92     if (annotation.description == null || "".equals(annotation.description))
  93     {
  94       annotation.description = cm.getAnnotDescr();
  95     }
  96     contactmaps.put(annotation.annotationId, cm);
  97   }
  98 }