src/jalview/datamodel/ContactMatrix.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import java.math.BigInteger;
   4 import java.util.ArrayList;
   5 import java.util.List;
   6 import java.util.Spliterator;
   7 import java.util.StringTokenizer;
   8
   9 import jalview.bin.Console;
  10
  11 public abstract class ContactMatrix implements ContactMatrixI
  12 {
  13   /**
  14    * are contacts reflexive ?
  15    */
  16   boolean symmetric = true;
  17
  18   public ContactMatrix(boolean symmetric)
  19   {
  20     this.symmetric = symmetric;
  21   }
  22
  23   List<List<Float>> contacts = null;
  24
  25   int width = 0, numcontacts = 0;
  26
  27   float min = 0f, max = 0f;
  28
  29   public void addContact(int left, int right, float strength)
  30   {
  31     if (left < 0 || right < 0)
  32     {
  33       throw new Error(new RuntimeException(
  34               "Cannot have negative indices for contact left=" + left
  35                       + " right=" + right + " strength=" + strength));
  36     }
  37     if (symmetric)
  38     {
  39       if (left > right)
  40       {
  41         // swap
  42         int r = right;
  43         right = left;
  44         left = r;
  45       }
  46     }
  47     if (contacts == null)
  48     {
  49       // TODO: use sparse list for efficiency ?
  50       contacts = new ArrayList<List<Float>>();
  51     }
  52     List<Float> clist = contacts.get(left);
  53     if (clist == null)
  54     {
  55       clist = new ArrayList<Float>();
  56       contacts.set(left, clist);
  57     }
  58     Float last = clist.set(right, strength);
  59     // TODO: if last is non null, may need to recompute range
  60     checkBounds(strength);
  61     if (last == null)
  62     {
  63       numcontacts++;
  64     }
  65   }
  66
  67   private void checkBounds(float strength)
  68   {
  69     if (min > strength)
  70     {
  71       min = strength;
  72     }
  73     if (max < strength)
  74     {
  75       max = strength;
  76     }
  77   }
  78
  79   @Override
  80   public ContactListI getContactList(final int column)
  81   {
  82     if (column < 0 || column >= width)
  83     {
  84       return null;
  85     }
  86
  87     return new ContactListImpl(new ContactListProviderI()
  88     {
  89       int p = column;
  90
  91       @Override
  92       public int getPosition()
  93       {
  94         return p;
  95       }
  96
  97       @Override
  98       public int getContactHeight()
  99       {
 100         return width;
 101
 102       }
 103
 104       @Override
 105       public double getContactAt(int column)
 106       {
 107         List<Float> clist;
 108         Float cl = null;
 109         if (symmetric)
 110         {
 111           if (p < column)
 112           {
 113             clist = contacts.get(p);
 114             cl = clist.get(column);
 115           }
 116           else
 117           {
 118             clist = contacts.get(column);
 119             cl = clist.get(p);
 120           }
 121         }
 122         else
 123         {
 124           clist = contacts.get(p);
 125           cl = clist.get(column);
 126         }
 127         if (cl == null)
 128         {
 129           // return 0 not NaN ?
 130           return Double.NaN;
 131         }
 132         return cl.doubleValue();
 133       }
 134     });
 135   }
 136
 137   @Override
 138   public float getMin()
 139   {
 140     return min;
 141   }
 142
 143   @Override
 144   public float getMax()
 145   {
 146     return max;
 147   }
 148
 149   @Override
 150   public boolean hasReferenceSeq()
 151   {
 152     // TODO Auto-generated method stub
 153     return false;
 154   }
 155
 156   @Override
 157   public SequenceI getReferenceSeq()
 158   {
 159     // TODO Auto-generated method stub
 160     return null;
 161   }
 162
 163   @Override
 164   public String getAnnotLabel()
 165   {
 166     return "Contact Matrix";
 167   }
 168
 169   @Override
 170   public String getAnnotDescr()
 171   {
 172     return "Contact Matrix";
 173   }
 174
 175   public static String contactToFloatString(ContactMatrixI cm)
 176   {
 177     StringBuilder sb = new StringBuilder();
 178     for (int c=0;c<cm.getWidth();c++)
 179     {
 180       ContactListI cl=cm.getContactList(c);
 181       if (cl!=null) {
 182       for (int h=0;h<=cl.getContactHeight();h++)
 183       {
 184         if (sb.length()>0) {
 185           sb.append('\t');
 186         }
 187         sb.append(cl.getContactAt(h));
 188       }
 189       }
 190     }
 191     return sb.toString();
 192   }
 193
 194   public static float[][] fromFloatStringToContacts(String values, int cols,
 195           int rows)
 196   {
 197     float[][] vals = new float[cols][rows];
 198     StringTokenizer tabsep = new StringTokenizer(values,""+'\t');
 199     int c=0,r=0;
 200
 201     while (tabsep.hasMoreTokens())
 202     {
 203       double elem = Double.valueOf(tabsep.nextToken());
 204       vals[c][r++]=(float) elem;
 205       if (r>=vals[c].length)
 206       {
 207         r=0;
 208         c++;
 209       }
 210       if (c>=vals.length)
 211       {
 212
 213         break;
 214       }
 215     }
 216     if (tabsep.hasMoreElements())
 217     {
 218       Console.warn("Ignoring additional elements for Float string to contact matrix parsing.");
 219     }
 220
 221     return vals;
 222   }
 223 }