src/jalview/datamodel/ContactMatrix.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import java.util.ArrayList;
   4 import java.util.List;
   5 import java.util.StringTokenizer;
   6
   7 import jalview.bin.Console;
   8
   9 public abstract class ContactMatrix implements ContactMatrixI
  10 {
  11   /**
  12    * are contacts reflexive ?
  13    */
  14   boolean symmetric = true;
  15
  16   public ContactMatrix(boolean symmetric)
  17   {
  18     this.symmetric = symmetric;
  19   }
  20
  21   List<List<Float>> contacts = null;
  22
  23   int width = 0, numcontacts = 0;
  24
  25   float min = 0f, max = 0f;
  26
  27   public void addContact(int left, int right, float strength)
  28   {
  29     if (left < 0 || right < 0)
  30     {
  31       throw new Error(new RuntimeException(
  32               "Cannot have negative indices for contact left=" + left
  33                       + " right=" + right + " strength=" + strength));
  34     }
  35     if (symmetric)
  36     {
  37       if (left > right)
  38       {
  39         // swap
  40         int r = right;
  41         right = left;
  42         left = r;
  43       }
  44     }
  45     if (contacts == null)
  46     {
  47       // TODO: use sparse list for efficiency ?
  48       contacts = new ArrayList<List<Float>>();
  49     }
  50     List<Float> clist = contacts.get(left);
  51     if (clist == null)
  52     {
  53       clist = new ArrayList<Float>();
  54       contacts.set(left, clist);
  55     }
  56     Float last = clist.set(right, strength);
  57     // TODO: if last is non null, may need to recompute range
  58     checkBounds(strength);
  59     if (last == null)
  60     {
  61       numcontacts++;
  62     }
  63   }
  64
  65   private void checkBounds(float strength)
  66   {
  67     if (min > strength)
  68     {
  69       min = strength;
  70     }
  71     if (max < strength)
  72     {
  73       max = strength;
  74     }
  75   }
  76
  77   @Override
  78   public ContactListI getContactList(final int column)
  79   {
  80     if (column < 0 || column >= width)
  81     {
  82       return null;
  83     }
  84
  85     return new ContactListImpl(new ContactListProviderI()
  86     {
  87       int p = column;
  88
  89       @Override
  90       public int getPosition()
  91       {
  92         return p;
  93       }
  94
  95       @Override
  96       public int getContactHeight()
  97       {
  98         return width;
  99
 100       }
 101
 102       @Override
 103       public double getContactAt(int column)
 104       {
 105         List<Float> clist;
 106         Float cl = null;
 107         if (symmetric)
 108         {
 109           if (p < column)
 110           {
 111             clist = contacts.get(p);
 112             cl = clist.get(column);
 113           }
 114           else
 115           {
 116             clist = contacts.get(column);
 117             cl = clist.get(p);
 118           }
 119         }
 120         else
 121         {
 122           clist = contacts.get(p);
 123           cl = clist.get(column);
 124         }
 125         if (cl == null)
 126         {
 127           // return 0 not NaN ?
 128           return Double.NaN;
 129         }
 130         return cl.doubleValue();
 131       }
 132     });
 133   }
 134
 135   @Override
 136   public float getMin()
 137   {
 138     return min;
 139   }
 140
 141   @Override
 142   public float getMax()
 143   {
 144     return max;
 145   }
 146
 147   @Override
 148   public boolean hasReferenceSeq()
 149   {
 150     // TODO Auto-generated method stub
 151     return false;
 152   }
 153
 154   @Override
 155   public SequenceI getReferenceSeq()
 156   {
 157     // TODO Auto-generated method stub
 158     return null;
 159   }
 160
 161   @Override
 162   public String getAnnotLabel()
 163   {
 164     return "Contact Matrix";
 165   }
 166
 167   @Override
 168   public String getAnnotDescr()
 169   {
 170     return "Contact Matrix";
 171   }
 172
 173   public static String contactToFloatString(ContactMatrixI cm)
 174   {
 175     StringBuilder sb = new StringBuilder();
 176     for (int c = 0; c < cm.getWidth(); c++)
 177     {
 178       ContactListI cl = cm.getContactList(c);
 179       if (cl != null)
 180       {
 181         for (int h = 0; h <= cl.getContactHeight(); h++)
 182         {
 183           if (sb.length() > 0)
 184           {
 185             sb.append('\t');
 186           }
 187           sb.append(cl.getContactAt(h));
 188         }
 189       }
 190     }
 191     return sb.toString();
 192   }
 193
 194   public static float[][] fromFloatStringToContacts(String values, int cols,
 195           int rows)
 196   {
 197     float[][] vals = new float[cols][rows];
 198     StringTokenizer tabsep = new StringTokenizer(values, "" + '\t');
 199     int c = 0, r = 0;
 200
 201     while (tabsep.hasMoreTokens())
 202     {
 203       double elem = Double.valueOf(tabsep.nextToken());
 204       vals[c][r++] = (float) elem;
 205       if (r >= vals[c].length)
 206       {
 207         r = 0;
 208         c++;
 209       }
 210       if (c >= vals.length)
 211       {
 212
 213         break;
 214       }
 215     }
 216     if (tabsep.hasMoreElements())
 217     {
 218       Console.warn(
 219               "Ignoring additional elements for Float string to contact matrix parsing.");
 220     }
 221
 222     return vals;
 223   }
 224 }