src/jalview/datamodel/DBRefEntry.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.datamodel;
  20
  21 public class DBRefEntry
  22 {
  23   String source="", version="", accessionId="";
  24   /**
  25    * maps from associated sequence to the database sequence's coordinate system
  26    */
  27   Mapping map=null;
  28   public DBRefEntry() {
  29
  30   }
  31   public DBRefEntry(String source, String version, String accessionId)
  32   {
  33     this.source = source;
  34     this.version = version;
  35     this.accessionId = accessionId;
  36   }
  37   public boolean equals(DBRefEntry entry) {
  38       if (entry==this)
  39           return true;
  40       if (entry==null)
  41           return false;
  42       if ((source!=null && entry.source!=null && source.equals(entry.source))
  43           &&
  44           (accessionId!=null && entry.accessionId!=null && accessionId.equals(entry.accessionId))
  45           &&
  46           (version!=null && entry.version!=null && version.equals(entry.version))
  47           &&
  48           ((map==null && entry.map==null) || (map!=null && entry.map!=null && map.equals(entry.map)))) {
  49               return true;
  50           }
  51       return false;
  52   }
  53   public String getSource()
  54   {
  55     return source;
  56   }
  57
  58   public String getVersion()
  59   {
  60     return version;
  61   }
  62
  63   public String getAccessionId()
  64   {
  65     return accessionId;
  66   }
  67 /**
  68  * @param accessionId the accessionId to set
  69  */
  70 public void setAccessionId(String accessionId) {
  71     this.accessionId = accessionId;
  72 }
  73 /**
  74  * @param source the source to set
  75  */
  76 public void setSource(String source) {
  77     this.source = source;
  78 }
  79 /**
  80  * @param version the version to set
  81  */
  82 public void setVersion(String version) {
  83     this.version = version;
  84 }
  85 /**
  86  * @return the map
  87  */
  88 public Mapping getMap() {
  89     return map;
  90 }
  91 /**
  92  * @param map the map to set
  93  */
  94 public void setMap(Mapping map) {
  95     this.map = map;
  96 }
  97 }