src/jalview/datamodel/HiddenSequences.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.datamodel;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 public class HiddenSequences\r
  25 {\r
  26   public SequenceI []  hiddenSequences;\r
  27   AlignmentI alignment;\r
  28 \r
  29   public HiddenSequences(AlignmentI al)\r
  30   {\r
  31     alignment = al;\r
  32   }\r
  33 \r
  34   public int getSize()\r
  35   {\r
  36     if(hiddenSequences==null)\r
  37     {\r
  38       System.out.println("H is null");\r
  39       return 0;\r
  40     }\r
  41     int count = 0;\r
  42     for(int i=0; i<hiddenSequences.length; i++)\r
  43       if(hiddenSequences[i] !=null )\r
  44         count ++;\r
  45 \r
  46     return count;\r
  47   }\r
  48 \r
  49   public int getWidth()\r
  50   {\r
  51     int width = 0;\r
  52     for (int i = 0; i < hiddenSequences.length; i++)\r
  53       if (hiddenSequences[i] != null && hiddenSequences[i].getLength()>width)\r
  54         width = hiddenSequences[i].getLength();\r
  55 \r
  56     return width;\r
  57   }\r
  58 \r
  59   /**\r
  60    * Call this method if sequences are removed from the\r
  61    * main alignment\r
  62    */\r
  63   public void adjustHeightSequenceDeleted(int seqIndex)\r
  64   {\r
  65     if(hiddenSequences==null)\r
  66     {\r
  67       return;\r
  68     }\r
  69 \r
  70     int alHeight = alignment.getHeight();\r
  71 \r
  72     SequenceI [] tmp = new SequenceI [alHeight + getSize()];\r
  73     int deletionIndex = adjustForHiddenSeqs(seqIndex);\r
  74 \r
  75     for (int i = 0; i < hiddenSequences.length; i++)\r
  76     {\r
  77       if (i > deletionIndex)\r
  78         tmp[i-1] = hiddenSequences[i];\r
  79       else\r
  80         tmp[i] = hiddenSequences[i];\r
  81     }\r
  82 \r
  83    hiddenSequences = tmp;\r
  84 \r
  85   }\r
  86 \r
  87   /**\r
  88    * Call this method if sequences are added to or removed from the\r
  89    * main alignment\r
  90    */\r
  91   public void adjustHeightSequenceAdded()\r
  92   {\r
  93     if(hiddenSequences==null)\r
  94     {\r
  95       return;\r
  96     }\r
  97 \r
  98     int alHeight = alignment.getHeight();\r
  99 \r
 100     SequenceI [] tmp = new SequenceI [alHeight + getSize()];\r
 101     System.arraycopy(hiddenSequences,0,tmp,0,hiddenSequences.length);\r
 102     hiddenSequences = tmp;\r
 103   }\r
 104 \r
 105 \r
 106   public void hideSequence(SequenceI sequence)\r
 107   {\r
 108     if(hiddenSequences==null)\r
 109       hiddenSequences = new SequenceI[alignment.getHeight()];\r
 110 \r
 111     int alignmentIndex = alignment.findIndex(sequence);\r
 112     alignmentIndex = adjustForHiddenSeqs(alignmentIndex);\r
 113 \r
 114     if(hiddenSequences[alignmentIndex]!=null)\r
 115     System.out.println("ERROR!!!!!!!!!!!");\r
 116 \r
 117     hiddenSequences[alignmentIndex] = sequence;\r
 118 \r
 119     alignment.deleteSequence(sequence);\r
 120   }\r
 121 \r
 122   public Vector showAll()\r
 123   {\r
 124    Vector revealedSeqs = new Vector();\r
 125    for(int i=0; i<hiddenSequences.length; i++)\r
 126     {\r
 127       if(hiddenSequences[i]!=null)\r
 128       {\r
 129         Vector tmp = showSequence(i);\r
 130         for (int t = 0; t < tmp.size(); t++)\r
 131           revealedSeqs.addElement(tmp.elementAt(t));\r
 132       }\r
 133     }\r
 134     return revealedSeqs;\r
 135   }\r
 136 \r
 137   public Vector showSequence(int alignmentIndex)\r
 138   {\r
 139     Vector revealedSeqs = new Vector();\r
 140     SequenceI repSequence = alignment.getSequenceAt(alignmentIndex);\r
 141     if(repSequence!=null\r
 142        && repSequence.getHiddenSequences()==null\r
 143        && alignmentIndex>0)\r
 144       repSequence = alignment.getSequenceAt(alignmentIndex-1);\r
 145 \r
 146     if(repSequence!=null\r
 147        && repSequence.getHiddenSequences()==null)\r
 148       repSequence = null;\r
 149 \r
 150     int start = adjustForHiddenSeqs(alignmentIndex-1);\r
 151     int end = adjustForHiddenSeqs(alignmentIndex);\r
 152     if(end>=hiddenSequences.length)\r
 153       end = hiddenSequences.length-1;\r
 154 \r
 155     for(int index = end; index > start; index--)\r
 156     {\r
 157       SequenceI seq =  hiddenSequences[index];\r
 158       hiddenSequences[index] = null;\r
 159 \r
 160       if(seq!=null)\r
 161       {\r
 162         revealedSeqs.addElement(seq);\r
 163         alignment.getSequences().insertElementAt(seq, alignmentIndex);\r
 164         if(repSequence!=null)\r
 165         {\r
 166           repSequence.showHiddenSequence(seq);\r
 167         }\r
 168       }\r
 169 \r
 170     }\r
 171 \r
 172     return revealedSeqs;\r
 173   }\r
 174 \r
 175   public SequenceI getHiddenSequence(int alignmentIndex)\r
 176   {\r
 177     return hiddenSequences[alignmentIndex];\r
 178   }\r
 179 \r
 180   public int findIndexWithoutHiddenSeqs(int alignmentIndex)\r
 181   {\r
 182     int index = 0;\r
 183     int hiddenSeqs = 0;\r
 184     if(hiddenSequences.length<=alignmentIndex)\r
 185       System.out.println(alignmentIndex+" "+hiddenSequences.length);\r
 186 \r
 187     while(index <= alignmentIndex)\r
 188     {\r
 189      if(hiddenSequences[index]!=null)\r
 190      {\r
 191        hiddenSeqs ++;\r
 192      }\r
 193       index ++;\r
 194     };\r
 195 \r
 196     return (alignmentIndex - hiddenSeqs) ;\r
 197   }\r
 198 \r
 199   public int adjustForHiddenSeqs(int alignmentIndex)\r
 200   {\r
 201     int index = 0;\r
 202     int hSize = hiddenSequences.length;\r
 203     while(index <= alignmentIndex && index<hSize)\r
 204     {\r
 205       if(hiddenSequences[index]!=null)\r
 206       {\r
 207         alignmentIndex ++;\r
 208       }\r
 209       index ++;\r
 210     };\r
 211 \r
 212     return alignmentIndex ;\r
 213   }\r
 214 \r
 215 \r
 216   public AlignmentI getFullAlignment()\r
 217   {\r
 218     int isize = hiddenSequences.length;\r
 219     SequenceI [] seq = new Sequence[isize];\r
 220 \r
 221     int index = 0;\r
 222     for(int i=0; i<hiddenSequences.length; i++)\r
 223     {\r
 224       if(hiddenSequences[i]!=null)\r
 225         seq[i] = hiddenSequences[i];\r
 226       else\r
 227       {\r
 228         seq[i] = alignment.getSequenceAt(index);\r
 229         index++;\r
 230       }\r
 231     }\r
 232 \r
 233     return new Alignment(seq);\r
 234   }\r
 235 \r
 236   public boolean isHidden(SequenceI seq)\r
 237   {\r
 238     for(int i=0; i<hiddenSequences.length; i++)\r
 239       if(hiddenSequences[i] !=null && hiddenSequences[i]==seq)\r
 240         return true;\r
 241 \r
 242     return false;\r
 243   }\r
 244 }\r