src/jalview/datamodel/SearchResultMatchI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 /**
  24  * An interface that describes one matched region of an alignment, as one
  25  * contiguous portion of a single dataset sequence
  26  */
  27 public interface SearchResultMatchI
  28 {
  29   /**
  30    * Returns the matched sequence
  31    *
  32    * @return
  33    */
  34   SequenceI getSequence();
  35
  36   /**
  37    * Returns the start position of the match in the sequence (base 1)
  38    *
  39    * @return
  40    */
  41   int getStart();
  42
  43   /**
  44    * Returns the end position of the match in the sequence (base 1)
  45    *
  46    * @return
  47    */
  48   int getEnd();
  49
  50   /**
  51    * Answers true if this match is for the given sequence and includes (matches
  52    * or encloses) the given start-end range
  53    *
  54    * @param seq
  55    * @param start
  56    * @param end
  57    * @return
  58    */
  59   boolean contains(SequenceI seq, int start, int end);
  60
  61   /**
  62    *
  63    * @param seq
  64    * @param from - first position to highlight
  65    * @param to - last position to highlight (assumed higher than from)
  66    * @return true iff from-to intersects or marks positions either side of start/end
  67    */
  68   boolean adjacent(SequenceI seq, int from, int to);
  69 }