src/jalview/datamodel/SearchResults.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.datamodel;
  20
  21 public class SearchResults
  22 {
  23
  24   Match[] matches;
  25
  26   /**
  27    * This method replaces the old search results which merely
  28    * held an alignment index of search matches. This broke
  29    * when sequences were moved around the alignment
  30    * @param seq Sequence
  31    * @param start int
  32    * @param end int
  33    */
  34   public void addResult(SequenceI seq, int start, int end)
  35   {
  36     if (matches == null)
  37     {
  38       matches = new Match[]
  39           {
  40           new Match(seq, start, end)};
  41       return;
  42     }
  43
  44     int mSize = matches.length;
  45
  46     Match[] tmp = new Match[mSize + 1];
  47     int m;
  48     for (m = 0; m < mSize; m++)
  49     {
  50       tmp[m] = matches[m];
  51     }
  52
  53     tmp[m] = new Match(seq, start, end);
  54
  55     matches = tmp;
  56   }
  57
  58   /**
  59    * This Method returns the search matches which lie between the
  60    * start and end points of the sequence in question. It is
  61    * optimised for returning objects for drawing on SequenceCanvas
  62    */
  63   public int[] getResults(SequenceI sequence, int start, int end)
  64   {
  65     if (matches == null)
  66     {
  67       return null;
  68     }
  69
  70     int[] result = null;
  71     int[] tmp = null;
  72     int resultLength, matchStart=0, matchEnd=0;
  73     boolean mfound;
  74     for (int m = 0; m < matches.length; m++)
  75     {
  76       mfound=false;
  77       if (matches[m].sequence == sequence)
  78         {
  79         mfound = true;
  80         // locate aligned position
  81         matchStart = sequence.findIndex(matches[m].start) - 1;
  82         matchEnd = sequence.findIndex(matches[m].end) - 1;
  83         }
  84       else if (matches[m].sequence == sequence.getDatasetSequence()) {
  85         mfound = true;
  86         // locate region in local context
  87         matchStart = sequence.findIndex(matches[m].start) - 1;
  88         matchEnd = sequence.findIndex(matches[m].end) - 1;
  89       }
  90       if (mfound) {
  91         if (matchStart <= end && matchEnd >= start)
  92         {
  93           if (matchStart < start)
  94           {
  95             matchStart = start;
  96           }
  97
  98           if (matchEnd > end)
  99           {
 100             matchEnd = end;
 101           }
 102
 103           if (result == null)
 104           {
 105             result = new int[]
 106                 {
 107                 matchStart, matchEnd};
 108           }
 109           else
 110           {
 111             resultLength = result.length;
 112             tmp = new int[resultLength + 2];
 113             System.arraycopy(result, 0, tmp, 0, resultLength);
 114             result = tmp;
 115             result[resultLength] = matchStart;
 116             result[resultLength + 1] = matchEnd;
 117           }
 118         }
 119       }
 120     }
 121     return result;
 122   }
 123
 124   public int getSize()
 125   {
 126     return matches == null ? 0 : matches.length;
 127   }
 128
 129   public SequenceI getResultSequence(int index)
 130   {
 131     return matches[index].sequence;
 132   }
 133
 134   public int getResultStart(int index)
 135   {
 136     return matches[index].start;
 137   }
 138
 139   public int getResultEnd(int index)
 140   {
 141     return matches[index].end;
 142   }
 143
 144   class Match
 145   {
 146     SequenceI sequence;
 147     int start;
 148     int end;
 149
 150     public Match(SequenceI seq, int start, int end)
 151     {
 152       sequence = seq;
 153       this.start = start;
 154       this.end = end;
 155     }
 156   }
 157 }