src/jalview/datamodel/Sequence.java

   1 package jalview.datamodel;\r
   2 \r
   3 \r
   4 import java.awt.*;\r
   5 \r
   6 public class Sequence implements SequenceI {\r
   7   protected String   name;\r
   8   protected String   sequence;\r
   9   protected int      start;\r
  10   protected int      end;\r
  11   protected String   description;\r
  12   protected int      charHeight;\r
  13   protected String   displayId;\r
  14   protected Color    color = Color.black;\r
  15 \r
  16   public Sequence(String name, String sequence, int start, int end)\r
  17   {\r
  18 \r
  19     this.name     = name;\r
  20     this.sequence = sequence;\r
  21     this.start    = start;\r
  22     this.end      = end;\r
  23 \r
  24     setDisplayId();\r
  25 \r
  26   }\r
  27 \r
  28   public Sequence(String name,String sequence) {\r
  29     this(name,sequence,1,sequence.length());\r
  30   }\r
  31   public Sequence(SequenceI seq) {\r
  32     this(seq.getName(),seq.getSequence(),seq.getStart(),seq.getEnd());\r
  33   }\r
  34   public String getDisplayId() {\r
  35     return displayId;\r
  36   }\r
  37   public void setDisplayId() {\r
  38     displayId = name + "/" + start + "-" + end;\r
  39   }\r
  40   public void setName(String name) {\r
  41     this.name = name;\r
  42     setDisplayId();\r
  43   }\r
  44   public String getName() {\r
  45     return this.name;\r
  46   }\r
  47   public void setStart(int start) {\r
  48     this.start = start;\r
  49     setDisplayId();\r
  50   }\r
  51   public int getStart() {\r
  52     return this.start;\r
  53   }\r
  54   public void setEnd(int end) {\r
  55     this.end = end;\r
  56     setDisplayId();\r
  57   }\r
  58   public int getEnd() {\r
  59     return this.end;\r
  60   }\r
  61   public int getLength() {\r
  62     return this.sequence.length();\r
  63   }\r
  64   public void setSequence(String seq) {\r
  65     this.sequence = seq;\r
  66   }\r
  67   public String getSequence() {\r
  68     return this.sequence;\r
  69   }\r
  70   public String getSequence(int start,int end) {\r
  71     return this.sequence.substring(start,end);\r
  72   }\r
  73 \r
  74   public char getCharAt(int i) {\r
  75     if (i < sequence.length()) {\r
  76       return sequence.charAt(i);\r
  77     } else {\r
  78       return ' ';\r
  79     }\r
  80   }\r
  81   public void setDescription(String desc) {\r
  82     this.description = desc;\r
  83   }\r
  84   public String getDescription() {\r
  85     return this.description;\r
  86   }\r
  87 \r
  88   public int findIndex(int pos) {\r
  89     // returns the alignment position for a residue\r
  90     int j = start;\r
  91     int i = 0;\r
  92 \r
  93     while (i< sequence.length() && j <= end && j <= pos) {\r
  94 \r
  95       String s = sequence.substring(i,i+1);\r
  96 \r
  97       if (!(s.equals(".") || s.equals("-") || s.equals(" "))) {\r
  98         j++;\r
  99       }\r
 100       i++;\r
 101     }\r
 102     if (j == end && j < pos) {\r
 103       return end+1;\r
 104     } else {\r
 105 \r
 106       return i;\r
 107     }\r
 108   }\r
 109 \r
 110   public int findPosition(int i) {\r
 111     // Returns the sequence position for an alignment position\r
 112     int j   = 0;\r
 113     int pos = start;\r
 114 \r
 115     while (j < i) {\r
 116       String s = sequence.substring(j,j+1);\r
 117 \r
 118       if (!(s.equals(".") || s.equals("-") || s.equals(" "))) {\r
 119         pos++;\r
 120       }\r
 121       j++;\r
 122     }\r
 123     return pos;\r
 124   }\r
 125   public void deleteCharAt(int i)\r
 126   {\r
 127     StringBuffer sbuffer = new StringBuffer(sequence);\r
 128     sbuffer.deleteCharAt(i);\r
 129     sequence = sbuffer.toString();\r
 130   }\r
 131 \r
 132   public void insertCharAt(int i, char c)\r
 133   {\r
 134     insertCharAt(i,c,true);\r
 135   }\r
 136 \r
 137   public void insertCharAt(int i,char c,boolean chop) {\r
 138 \r
 139     String tmp = new String(sequence);\r
 140 \r
 141     if (i < sequence.length()) {\r
 142       sequence = tmp.substring(0,i) + String.valueOf(c) + tmp.substring(i);\r
 143     } else {\r
 144       sequence = tmp + String.valueOf(c);\r
 145     }\r
 146 \r
 147   }\r
 148 \r
 149   public void        setColor(Color c) {\r
 150     this.color = c;\r
 151   }\r
 152 \r
 153   public Color       getColor() {\r
 154     return color;\r
 155   }\r
 156 \r
 157 }\r