src/jalview/datamodel/Sequence.java

   1 /*
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 *
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 * of the License, or (at your option) any later version.
   9 *
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 * GNU General Public License for more details.
  14 *
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */
  19 package jalview.datamodel;
  20
  21 import java.awt.*;
  22
  23 import java.util.*;
  24
  25
  26 /**
  27  * DOCUMENT ME!
  28  *
  29  * @author $author$
  30  * @version $Revision$
  31  */
  32 public class Sequence implements SequenceI
  33 {
  34   SequenceI datasetSequence;
  35   String name;
  36   private String sequence;
  37   String description;
  38   int start;
  39   int end;
  40   Color color = Color.white;
  41   Vector pdbIds;
  42   String vamsasId;
  43   DBRefEntry[] dbrefs;
  44
  45   /** This annotation is displayed below the alignment but the
  46    * positions are tied to the residues of this sequence */
  47   Vector annotation;
  48
  49   /** DOCUMENT ME!! */
  50   public SequenceFeature[] sequenceFeatures;
  51
  52   /** This array holds hidden sequences
  53    * of which this sequence is the representitive member of a group
  54    */
  55   SequenceGroup hiddenSequences;
  56
  57   /**
  58    * Creates a new Sequence object.
  59    *
  60    * @param name DOCUMENT ME!
  61    * @param sequence DOCUMENT ME!
  62    * @param start DOCUMENT ME!
  63    * @param end DOCUMENT ME!
  64    */
  65   public Sequence(String name, String sequence, int start, int end)
  66   {
  67     this.name = name;
  68     this.sequence = sequence;
  69     this.start = start;
  70     this.end = end;
  71
  72     parseId();
  73
  74     checkValidRange();
  75   }
  76
  77   com.stevesoft.pat.Regex limitrx = new com.stevesoft.pat.Regex(
  78       "[/][0-9]{1,}[-][0-9]{1,}$");
  79   com.stevesoft.pat.Regex endrx = new com.stevesoft.pat.Regex(
  80       "[0-9]{1,}$");
  81
  82   void parseId()
  83   {
  84     // Does sequence have the /start-end signiature?
  85     if (limitrx.search(name))
  86     {
  87       name = limitrx.left();
  88       endrx.search(limitrx.stringMatched());
  89       setStart(Integer.parseInt(limitrx.stringMatched().substring(1,
  90           endrx.matchedFrom() - 1)));
  91       setEnd(Integer.parseInt(endrx.stringMatched()));
  92     }
  93   }
  94
  95   void checkValidRange()
  96   {
  97     if (end < 1)
  98     {
  99       int endRes = 0;
 100       char ch;
 101       for (int j = 0; j < sequence.length(); j++)
 102       {
 103         ch = sequence.charAt(j);
 104         if (!jalview.util.Comparison.isGap( (ch)))
 105         {
 106           endRes++;
 107         }
 108       }
 109       if (endRes > 0)
 110       {
 111         endRes += start - 1;
 112       }
 113
 114       this.end = endRes;
 115     }
 116
 117   }
 118
 119   /**
 120    * Creates a new Sequence object.
 121    *
 122    * @param name DOCUMENT ME!
 123    * @param sequence DOCUMENT ME!
 124    */
 125   public Sequence(String name, String sequence)
 126   {
 127     this(name, sequence, 1, -1);
 128   }
 129
 130   /**
 131    * Creates a new Sequence object.
 132    *
 133    * @param seq DOCUMENT ME!
 134    */
 135   public Sequence(SequenceI seq)
 136   {
 137     this(seq.getName(), seq.getSequence(), seq.getStart(), seq.getEnd());
 138   }
 139
 140   /**
 141    * DOCUMENT ME!
 142    *
 143    * @param v DOCUMENT ME!
 144    */
 145   public void setSequenceFeatures(SequenceFeature[] features)
 146   {
 147     sequenceFeatures = features;
 148   }
 149
 150   public synchronized void addSequenceFeature(SequenceFeature sf)
 151   {
 152     if (sequenceFeatures == null)
 153     {
 154       sequenceFeatures = new SequenceFeature[0];
 155     }
 156
 157     for (int i = 0; i < sequenceFeatures.length; i++)
 158     {
 159       if (sequenceFeatures[i].equals(sf))
 160       {
 161         return;
 162       }
 163     }
 164
 165     SequenceFeature[] temp = new SequenceFeature[sequenceFeatures.length + 1];
 166     System.arraycopy(sequenceFeatures, 0, temp, 0, sequenceFeatures.length);
 167     temp[sequenceFeatures.length] = sf;
 168
 169     sequenceFeatures = temp;
 170   }
 171
 172   /**
 173    * DOCUMENT ME!
 174    *
 175    * @return DOCUMENT ME!
 176    */
 177   public SequenceFeature[] getSequenceFeatures()
 178   {
 179     return sequenceFeatures;
 180   }
 181
 182   public void addPDBId(PDBEntry entry)
 183   {
 184     if (pdbIds == null)
 185       pdbIds = new Vector();
 186
 187     pdbIds.addElement(entry);
 188   }
 189
 190   /**
 191    * DOCUMENT ME!
 192    *
 193    * @param id DOCUMENT ME!
 194    */
 195   public void setPDBId(Vector id)
 196   {
 197     pdbIds = id;
 198   }
 199
 200   /**
 201    * DOCUMENT ME!
 202    *
 203    * @return DOCUMENT ME!
 204    */
 205   public Vector getPDBId()
 206   {
 207     return pdbIds;
 208   }
 209
 210   /**
 211    * DOCUMENT ME!
 212    *
 213    * @return DOCUMENT ME!
 214    */
 215   public String getDisplayId(boolean jvsuffix)
 216   {
 217     StringBuffer result = new StringBuffer(name);
 218     if (jvsuffix)
 219     {
 220       result.append("/" + start + "-" + end);
 221     }
 222
 223     return result.toString();
 224   }
 225
 226   /**
 227    * DOCUMENT ME!
 228    *
 229    * @param name DOCUMENT ME!
 230    */
 231   public void setName(String name)
 232   {
 233     this.name = name;
 234     this.parseId();
 235   }
 236
 237   /**
 238    * DOCUMENT ME!
 239    *
 240    * @return DOCUMENT ME!
 241    */
 242   public String getName()
 243   {
 244     return this.name;
 245   }
 246
 247   /**
 248    * DOCUMENT ME!
 249    *
 250    * @param start DOCUMENT ME!
 251    */
 252   public void setStart(int start)
 253   {
 254     this.start = start;
 255   }
 256
 257   /**
 258    * DOCUMENT ME!
 259    *
 260    * @return DOCUMENT ME!
 261    */
 262   public int getStart()
 263   {
 264     return this.start;
 265   }
 266
 267   /**
 268    * DOCUMENT ME!
 269    *
 270    * @param end DOCUMENT ME!
 271    */
 272   public void setEnd(int end)
 273   {
 274     this.end = end;
 275   }
 276
 277   /**
 278    * DOCUMENT ME!
 279    *
 280    * @return DOCUMENT ME!
 281    */
 282   public int getEnd()
 283   {
 284     return this.end;
 285   }
 286
 287   /**
 288    * DOCUMENT ME!
 289    *
 290    * @return DOCUMENT ME!
 291    */
 292   public int getLength()
 293   {
 294     return this.sequence.length();
 295   }
 296
 297   /**
 298    * DOCUMENT ME!
 299    *
 300    * @param seq DOCUMENT ME!
 301    */
 302   public void setSequence(String seq)
 303   {
 304     this.sequence = seq;
 305     checkValidRange();
 306   }
 307
 308   /**
 309    * DOCUMENT ME!
 310    *
 311    * @return DOCUMENT ME!
 312    */
 313   public String getSequence()
 314   {
 315     return this.sequence;
 316   }
 317
 318   /**
 319    * DOCUMENT ME!
 320    *
 321    * @param start DOCUMENT ME!
 322    * @param end DOCUMENT ME!
 323    *
 324    * @return DOCUMENT ME!
 325    */
 326   public String getSequence(int start, int end)
 327   {
 328     // JBPNote - left to user to pad the result here (TODO:Decide on this policy)
 329     if (start >= sequence.length())
 330     {
 331       return "";
 332     }
 333
 334     if (end >= sequence.length())
 335     {
 336       end = sequence.length();
 337     }
 338
 339     return this.sequence.substring(start, end);
 340   }
 341
 342   /**
 343    * make a new Sequence object from start to end (including gaps) over this seqeunce
 344    * @param start int
 345    * @param end int
 346    * @return SequenceI
 347    */
 348   public SequenceI getSubSequence(int start, int end)
 349   {
 350     if (start < 0)
 351       start = 0;
 352     String seq = getSequence(start, end);
 353     if (seq == "")
 354       return null;
 355     int nstart = findPosition(start);
 356     int nend = findPosition(end) - 1;
 357     // JBPNote - this is an incomplete copy.
 358     SequenceI nseq = new Sequence(this.getName(), seq, nstart, nend);
 359     nseq.setDatasetSequence(getDatasetSequence());
 360     return nseq;
 361   }
 362
 363   /**
 364    * DOCUMENT ME!
 365    *
 366    * @param i DOCUMENT ME!
 367    *
 368    * @return DOCUMENT ME!
 369    */
 370   public char getCharAt(int i)
 371   {
 372     if (i < sequence.length())
 373     {
 374       return sequence.charAt(i);
 375     }
 376     else
 377     {
 378       return ' ';
 379     }
 380   }
 381
 382   /**
 383    * DOCUMENT ME!
 384    *
 385    * @param desc DOCUMENT ME!
 386    */
 387   public void setDescription(String desc)
 388   {
 389     this.description = desc;
 390   }
 391
 392   /**
 393    * DOCUMENT ME!
 394    *
 395    * @return DOCUMENT ME!
 396    */
 397   public String getDescription()
 398   {
 399     return this.description;
 400   }
 401
 402   /**
 403    * DOCUMENT ME!
 404    *
 405    * @param pos DOCUMENT ME!
 406    *
 407    * @return DOCUMENT ME!
 408    */
 409   public int findIndex(int pos)
 410   {
 411     // returns the alignment position for a residue
 412     int j = start;
 413     int i = 0;
 414
 415     while ( (i < sequence.length()) && (j <= end) && (j <= pos))
 416     {
 417       if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence.charAt(i)))
 418       {
 419         j++;
 420       }
 421
 422       i++;
 423     }
 424
 425     if ( (j == end) && (j < pos))
 426     {
 427       return end + 1;
 428     }
 429     else
 430     {
 431       return i;
 432     }
 433   }
 434
 435   /**
 436    * Returns the sequence position for an alignment position
 437    *
 438    * @param i column index in alignment (from 1)
 439    *
 440    * @return residue number for residue (left of and) nearest ith column
 441    */
 442   public int findPosition(int i)
 443   {
 444     int j = 0;
 445     int pos = start;
 446     int seqlen = sequence.length();
 447     while ( (j < i) && (j < seqlen))
 448     {
 449       if (!jalview.util.Comparison.isGap( (sequence.charAt(j))))
 450       {
 451         pos++;
 452       }
 453
 454       j++;
 455     }
 456
 457     return pos;
 458   }
 459
 460   /**
 461    * Returns an int array where indices correspond to each residue in the sequence and the element value gives its position in the alignment
 462    *
 463    * @return int[SequenceI.getEnd()-SequenceI.getStart()+1] or null if no residues in SequenceI object
 464    */
 465   public int[] gapMap()
 466   {
 467     String seq = jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps(jalview.util.Comparison.
 468         GapChars, sequence);
 469     int[] map = new int[seq.length()];
 470     int j = 0;
 471     int p = 0;
 472
 473     while (j < sequence.length())
 474     {
 475       if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence.charAt(j)))
 476       {
 477         map[p++] = j;
 478       }
 479
 480       j++;
 481     }
 482
 483     return map;
 484   }
 485
 486   /**
 487    * DOCUMENT ME!
 488    *
 489    * @param i DOCUMENT ME!
 490    */
 491   public void deleteCharAt(int i)
 492   {
 493     if (i >= sequence.length())
 494     {
 495       return;
 496     }
 497
 498     sequence = sequence.substring(0, i) + sequence.substring(i + 1);
 499   }
 500
 501   /**
 502    * DOCUMENT ME!
 503    *
 504    * @param i DOCUMENT ME!
 505    * @param j DOCUMENT ME!
 506    */
 507   public void deleteChars(int i, int j)
 508   {
 509     if (i >= sequence.length())
 510     {
 511       return;
 512     }
 513
 514     if (j >= sequence.length())
 515     {
 516       sequence = sequence.substring(0, i);
 517     }
 518     else
 519     {
 520       sequence = sequence.substring(0, i) + sequence.substring(j);
 521     }
 522   }
 523
 524   /**
 525    * DOCUMENT ME!
 526    *
 527    * @param i DOCUMENT ME!
 528    * @param c DOCUMENT ME!
 529    * @param chop DOCUMENT ME!
 530    */
 531   public void insertCharAt(int i, int length, char c)
 532   {
 533     StringBuffer tmp;
 534
 535     if (i >= sequence.length())
 536     {
 537       length = i - sequence.length() + 1;
 538       tmp = new StringBuffer(sequence);
 539     }
 540     else
 541       tmp = new StringBuffer(sequence.substring(0, i));
 542
 543     while (length > 0)
 544     {
 545       tmp.append(c);
 546       length--;
 547     }
 548
 549     if (i < sequence.length())
 550     {
 551       tmp.append(sequence.substring(i));
 552     }
 553
 554     sequence = tmp.toString();
 555   }
 556
 557   public void insertCharAt(int i, char c)
 558   {
 559     insertCharAt(i, 1, c);
 560   }
 561
 562   /**
 563    * DOCUMENT ME!
 564    *
 565    * @param c DOCUMENT ME!
 566    */
 567   public void setColor(Color c)
 568   {
 569     this.color = c;
 570   }
 571
 572   /**
 573    * DOCUMENT ME!
 574    *
 575    * @return DOCUMENT ME!
 576    */
 577   public Color getColor()
 578   {
 579     return color;
 580   }
 581
 582   public String getVamsasId()
 583   {
 584     return vamsasId;
 585   }
 586
 587   public void setVamsasId(String id)
 588   {
 589     vamsasId = id;
 590   }
 591
 592   public void setDBRef(DBRefEntry[] dbref)
 593   {
 594     dbrefs = dbref;
 595   }
 596
 597   public DBRefEntry[] getDBRef()
 598   {
 599     return dbrefs;
 600   }
 601
 602   public void addDBRef(DBRefEntry entry)
 603   {
 604     if (dbrefs == null)
 605       dbrefs = new DBRefEntry[0];
 606
 607     DBRefEntry[] temp = new DBRefEntry[dbrefs.length + 1];
 608     System.arraycopy(dbrefs, 0, temp, 0, dbrefs.length);
 609
 610     temp[temp.length - 1] = entry;
 611
 612     dbrefs = temp;
 613   }
 614
 615   public void setDatasetSequence(SequenceI seq)
 616   {
 617     datasetSequence = seq;
 618   }
 619
 620   public SequenceI getDatasetSequence()
 621   {
 622     return datasetSequence;
 623   }
 624
 625   public AlignmentAnnotation[] getAnnotation()
 626   {
 627     if (annotation == null)
 628       return null;
 629
 630     AlignmentAnnotation[] ret = new AlignmentAnnotation[annotation.size()];
 631     for (int r = 0; r < ret.length; r++)
 632       ret[r] = (AlignmentAnnotation) annotation.elementAt(r);
 633
 634     return ret;
 635   }
 636
 637   public void addAlignmentAnnotation(AlignmentAnnotation annotation)
 638   {
 639     if (this.annotation == null)
 640       this.annotation = new Vector();
 641
 642     this.annotation.addElement(annotation);
 643   }
 644
 645   public SequenceGroup getHiddenSequences()
 646   {
 647     return hiddenSequences;
 648   }
 649
 650   public void addHiddenSequence(SequenceI seq)
 651   {
 652     if (hiddenSequences == null)
 653     {
 654       hiddenSequences = new SequenceGroup();
 655     }
 656     hiddenSequences.addSequence(seq, false);
 657   }
 658
 659   public void showHiddenSequence(SequenceI seq)
 660   {
 661     hiddenSequences.deleteSequence(seq, false);
 662     if (hiddenSequences.getSize(false) < 1)
 663     {
 664       hiddenSequences = null;
 665     }
 666   }
 667 }
 668
 669