src/jalview/datamodel/Sequence.java

   1 package jalview.datamodel;\r
   2 \r
   3 import jalview.analysis.*;\r
   4 import java.awt.*;\r
   5 import java.util.*;\r
   6 import MCview.*;\r
   7 \r
   8 \r
   9 public class Sequence implements SequenceI\r
  10 {\r
  11   protected String name;\r
  12   protected String sequence;\r
  13   protected String description;\r
  14   protected int start;\r
  15   protected int end;\r
  16   protected String displayId;\r
  17   protected Color color = Color.white;\r
  18   String pdbId;\r
  19 \r
  20    public Vector sequenceFeatures = new Vector();\r
  21    public void setSequenceFeatures(Vector v)\r
  22    {\r
  23      sequenceFeatures = v;\r
  24    }\r
  25 \r
  26    public Vector getSequenceFeatures()\r
  27    {return sequenceFeatures; }\r
  28 \r
  29    public void setPDBId(String id)\r
  30    {\r
  31      pdbId = id;\r
  32    }\r
  33    public String getPDBId()\r
  34    {\r
  35      return pdbId;\r
  36    }\r
  37 \r
  38 \r
  39   public Sequence(String name, String sequence, int start, int end)\r
  40   {\r
  41 \r
  42     this.name     = name;\r
  43     this.sequence = sequence;\r
  44     this.start    = start;\r
  45     this.end      = end;\r
  46 \r
  47     setDisplayId();\r
  48 \r
  49   }\r
  50 \r
  51   public Sequence(String name,String sequence) {\r
  52     this(name,sequence,1,sequence.length());\r
  53   }\r
  54   public Sequence(SequenceI seq) {\r
  55     this(seq.getName(),seq.getSequence(),seq.getStart(),seq.getEnd());\r
  56   }\r
  57   public String getDisplayId() {\r
  58     return displayId;\r
  59   }\r
  60   public void setDisplayId() {\r
  61     displayId = name + "/" + start + "-" + end;\r
  62   }\r
  63   public void setName(String name) {\r
  64     this.name = name;\r
  65     setDisplayId();\r
  66   }\r
  67   public String getName() {\r
  68     return this.name;\r
  69   }\r
  70   public void setStart(int start) {\r
  71     this.start = start;\r
  72     setDisplayId();\r
  73   }\r
  74   public int getStart() {\r
  75     return this.start;\r
  76   }\r
  77   public void setEnd(int end) {\r
  78     this.end = end;\r
  79     setDisplayId();\r
  80   }\r
  81   public int getEnd() {\r
  82     return this.end;\r
  83   }\r
  84   public int getLength() {\r
  85     return this.sequence.length();\r
  86   }\r
  87   public void setSequence(String seq) {\r
  88     this.sequence = seq;\r
  89   }\r
  90   public String getSequence() {\r
  91     return this.sequence;\r
  92   }\r
  93   public String getSequence(int start,int end) {\r
  94     // JBPNote - left to user to pad the result here (TODO:Decide on this policy)\r
  95     if(start>=sequence.length())\r
  96       return "";\r
  97 \r
  98     if(end>=sequence.length())\r
  99       end = sequence.length();\r
 100 \r
 101     return this.sequence.substring(start,end);\r
 102   }\r
 103 \r
 104   public char getCharAt(int i) {\r
 105     if (i < sequence.length()) {\r
 106       return sequence.charAt(i);\r
 107     } else {\r
 108       return ' ';\r
 109     }\r
 110   }\r
 111   public void setDescription(String desc) {\r
 112     this.description = desc;\r
 113   }\r
 114   public String getDescription() {\r
 115     return this.description;\r
 116   }\r
 117 \r
 118   public int findIndex(int pos) {\r
 119     // returns the alignment position for a residue\r
 120     int j = start;\r
 121     int i = 0;\r
 122 \r
 123     while (i< sequence.length() && j <= end && j <= pos) {\r
 124 \r
 125       char c = sequence.charAt(i);\r
 126 \r
 127       if (!jalview.util.Comparison.isGap((c)))\r
 128         j++;\r
 129 \r
 130       i++;\r
 131     }\r
 132     if (j == end && j < pos)\r
 133       return end+1;\r
 134     else\r
 135       return i;\r
 136 \r
 137   }\r
 138 \r
 139   public int findPosition(int i) {\r
 140     // Returns the sequence position for an alignment position\r
 141     int j   = 0;\r
 142     int pos = start;\r
 143 \r
 144     while (j < i && j<sequence.length())\r
 145     {\r
 146       char c = sequence.charAt(j);\r
 147       if (!jalview.util.Comparison.isGap((c)))\r
 148         pos++;\r
 149 \r
 150       j++;\r
 151     }\r
 152     return pos;\r
 153   }\r
 154 \r
 155   public int[] gapMap() {\r
 156     // Returns an int array giving the position of each residue in the sequence in the alignment\r
 157     String seq = jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps("-. ",sequence);\r
 158     int[] map = new int[seq.length()];\r
 159     int j=0;\r
 160     int p=0;\r
 161     while (j<sequence.length()) {\r
 162       if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence.charAt(j))) {\r
 163         map[p++]=j;\r
 164       }\r
 165       j++;\r
 166     }\r
 167     return map;\r
 168   }\r
 169 \r
 170   public void deleteCharAt(int i)\r
 171   {\r
 172     if (i>=sequence.length())\r
 173       return;\r
 174     sequence = sequence.substring(0,i) + sequence.substring(i+1);\r
 175   }\r
 176 \r
 177   public void deleteChars(int i, int j)\r
 178   {\r
 179     if (i>=sequence.length())\r
 180       return;\r
 181     if (j>=sequence.length())\r
 182       sequence = sequence.substring(0,i);\r
 183     else\r
 184       sequence = sequence.substring(0,i) + sequence.substring(j);\r
 185   }\r
 186 \r
 187   public void insertCharAt(int i, char c)\r
 188   {\r
 189     insertCharAt(i,c,true);\r
 190   }\r
 191 \r
 192   public void insertCharAt(int i,char c,boolean chop) {\r
 193 \r
 194     String tmp = new String(sequence);\r
 195 \r
 196     if (i < sequence.length()) {\r
 197       sequence = tmp.substring(0,i) + String.valueOf(c) + tmp.substring(i);\r
 198     } else {\r
 199       // JBPNote : padding char at end of sequence. We'll not get away with this when we insert residues, I bet!\r
 200       char[] ch = new char[1+i-sequence.length()];\r
 201       for (int j=0, k=ch.length; j<k; j++)\r
 202         ch[j] = c;\r
 203       sequence = tmp + String.valueOf(ch);\r
 204     }\r
 205 \r
 206   }\r
 207 \r
 208   public void        setColor(Color c) {\r
 209     this.color = c;\r
 210   }\r
 211 \r
 212   public Color       getColor() {\r
 213     return color;\r
 214   }\r
 215 \r
 216 }\r