src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java

   1 package jalview.datamodel;\r
   2 \r
   3 import jalview.schemes.*;\r
   4 import jalview.analysis.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import java.util.Vector;\r
   7 \r
   8 public class SequenceGroup\r
   9 {\r
  10   String groupName;\r
  11   boolean isSelected;\r
  12   boolean displayBoxes;\r
  13   boolean displayText;\r
  14   boolean colourText;\r
  15   boolean display;\r
  16   Conservation conserve;\r
  17   Vector aaFrequency;\r
  18   boolean aaFrequencyValid = false;\r
  19   public Vector sequences = new Vector();\r
  20   int width = -1;\r
  21   public ColourSchemeI cs;\r
  22   int startRes = 20;\r
  23   int endRes = 35;\r
  24 \r
  25   public SequenceGroup()\r
  26   {\r
  27     groupName = "Group";\r
  28     this.isSelected = false;\r
  29     this.displayBoxes = true;\r
  30     this.displayText = true;\r
  31     this.colourText = false;\r
  32     this.display = true;\r
  33     cs = null;\r
  34   }\r
  35 \r
  36   public SequenceGroup(String groupName, ColourSchemeI scheme,\r
  37                        boolean isSelected,\r
  38                        boolean displayBoxes, boolean displayText,\r
  39                        boolean colourText,\r
  40                        boolean display)\r
  41   {\r
  42 \r
  43     this.groupName = groupName;\r
  44     this.isSelected = isSelected;\r
  45     this.displayBoxes = displayBoxes;\r
  46     this.displayText = displayText;\r
  47     this.colourText = colourText;\r
  48     this.display = display;\r
  49     this.cs = scheme;\r
  50   }\r
  51 \r
  52   public String getName()\r
  53   {\r
  54     return groupName;\r
  55   }\r
  56 \r
  57   public void setName(String name)\r
  58   {\r
  59     groupName = name;\r
  60   }\r
  61 \r
  62   public Conservation getConservation()\r
  63   {\r
  64     return conserve;\r
  65   }\r
  66 \r
  67   public void setConservation(Conservation c)\r
  68   {\r
  69     conserve = c;\r
  70   }\r
  71 \r
  72   public void addSequence(SequenceI s)\r
  73   {\r
  74     sequences.addElement(s);\r
  75   }\r
  76 \r
  77   public void deleteSequence(SequenceI s)\r
  78   {\r
  79     sequences.removeElement(s);\r
  80   }\r
  81 \r
  82   public void setColourText(boolean state)\r
  83   {\r
  84     colourText = state;\r
  85   }\r
  86 \r
  87   public boolean getColourText()\r
  88   {\r
  89     return colourText;\r
  90   }\r
  91 \r
  92   public void setDisplayText(boolean state)\r
  93   {\r
  94     displayText = state;\r
  95   }\r
  96 \r
  97   public boolean getDisplayText()\r
  98   {\r
  99     return displayText;\r
 100   }\r
 101 \r
 102   public void setDisplayBoxes(boolean state)\r
 103   {\r
 104     displayBoxes = state;\r
 105   }\r
 106 \r
 107   public boolean getDisplayBoxes()\r
 108   {\r
 109     return displayBoxes;\r
 110   }\r
 111 \r
 112   public int getStartRes()\r
 113   {\r
 114     return startRes;\r
 115   }\r
 116 \r
 117   public int getEndRes()\r
 118   {\r
 119     return endRes;\r
 120   }\r
 121 \r
 122   public void setStartRes(int i)\r
 123   {\r
 124     startRes = i;\r
 125   }\r
 126 \r
 127   public void setEndRes(int i)\r
 128   {\r
 129     endRes = i;\r
 130   }\r
 131 \r
 132   public int getSize()\r
 133   {\r
 134     return sequences.size();\r
 135   }\r
 136 \r
 137   public SequenceI getSequenceAt(int i)\r
 138   {\r
 139     return (SequenceI) sequences.elementAt(i);\r
 140   }\r
 141 \r
 142   public Vector getAAFrequency()\r
 143   {\r
 144     if (aaFrequency == null || aaFrequencyValid == false)\r
 145     {\r
 146       aaFrequency = AAFrequency.calculate(sequences, 0, getWidth());\r
 147       aaFrequencyValid = true;\r
 148     }\r
 149     return aaFrequency;\r
 150   }\r
 151 \r
 152   public int getWidth()\r
 153   {\r
 154     System.out.println("it is called");\r
 155     // MC This needs to get reset when characters are inserted and deleted\r
 156     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)\r
 157     {\r
 158       SequenceI seq = (SequenceI) sequences.elementAt(i);\r
 159       if (seq.getLength() > width)\r
 160         width = seq.getLength();\r
 161     }\r
 162     return width;\r
 163   }\r
 164 }\r