src/jalview/datamodel/SequenceI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import jalview.datamodel.features.SequenceFeaturesI;
  24 import jalview.util.MapList;
  25
  26 import java.util.BitSet;
  27 import java.util.List;
  28 import java.util.Vector;
  29
  30 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  31
  32 /**
  33  * Methods for manipulating a sequence, its metadata and related annotation in
  34  * an alignment or dataset.
  35  *
  36  * @author $author$
  37  * @version $Revision$
  38  */
  39 public interface SequenceI extends ASequenceI
  40 {
  41   /**
  42    * Set the display name for the sequence
  43    *
  44    * @param name
  45    */
  46   public void setName(String name);
  47
  48   public HiddenMarkovModel getHMM();
  49
  50   public void setHMM(HiddenMarkovModel hmm);
  51
  52   /**
  53    * Get the display name
  54    */
  55   public String getName();
  56
  57   /**
  58    * Set start position of first non-gapped symbol in sequence
  59    *
  60    * @param start
  61    *          new start position
  62    */
  63   public void setStart(int start);
  64
  65   /**
  66    * get start position of first non-gapped residue in sequence
  67    *
  68    * @return
  69    */
  70   public int getStart();
  71
  72   /**
  73    * get the displayed id of the sequence
  74    *
  75    * @return true means the id will be returned in the form
  76    *         DisplayName/Start-End
  77    */
  78   public String getDisplayId(boolean jvsuffix);
  79
  80   /**
  81    * set end position for last residue in sequence
  82    *
  83    * @param end
  84    */
  85   public void setEnd(int end);
  86
  87   /**
  88    * get end position for last residue in sequence getEnd()>getStart() unless
  89    * sequence only consists of gap characters
  90    *
  91    * @return
  92    */
  93   public int getEnd();
  94
  95   /**
  96    * @return length of sequence including gaps
  97    *
  98    */
  99   public int getLength();
 100
 101   /**
 102    * Replace the sequence with the given string
 103    *
 104    * @param sequence
 105    *          new sequence string
 106    */
 107   public void setSequence(String sequence);
 108
 109   /**
 110    * @return sequence as string
 111    */
 112   public String getSequenceAsString();
 113
 114   /**
 115    * get a range on the sequence as a string
 116    *
 117    * @param start
 118    *          position relative to start of sequence including gaps (from 0)
 119    * @param end
 120    *          position relative to start of sequence including gaps (from 0)
 121    *
 122    * @return String containing all gap and symbols in specified range
 123    */
 124   public String getSequenceAsString(int start, int end);
 125
 126   /**
 127    * Answers a copy of the sequence as a character array
 128    *
 129    * @return
 130    */
 131   public char[] getSequence();
 132
 133   /**
 134    * get stretch of sequence characters in an array
 135    *
 136    * @param start
 137    *          absolute index into getSequence()
 138    * @param end
 139    *          exclusive index of last position in segment to be returned.
 140    *
 141    * @return char[max(0,end-start)];
 142    */
 143   public char[] getSequence(int start, int end);
 144
 145   /**
 146    * create a new sequence object with a subsequence of this one but sharing the
 147    * same dataset sequence
 148    *
 149    * @param start
 150    *          int index for start position (base 0, inclusive)
 151    * @param end
 152    *          int index for end position (base 0, exclusive)
 153    *
 154    * @return SequenceI
 155    * @note implementations may use getSequence to get the sequence data
 156    */
 157   public SequenceI getSubSequence(int start, int end);
 158
 159   /**
 160    * get the i'th character in this sequence's local reference frame (ie from
 161    * 0-number of characters lying from start-end)
 162    *
 163    * @param i
 164    *          index
 165    * @return character or ' '
 166    */
 167   public char getCharAt(int i);
 168
 169   /**
 170    * DOCUMENT ME!
 171    *
 172    * @param desc
 173    *          DOCUMENT ME!
 174    */
 175   public void setDescription(String desc);
 176
 177   /**
 178    * DOCUMENT ME!
 179    *
 180    * @return DOCUMENT ME!
 181    */
 182   public String getDescription();
 183
 184   /**
 185    * Return the alignment column (from 1..) for a sequence position
 186    *
 187    * @param pos
 188    *          lying from start to end
 189    *
 190    * @return aligned column for residue (0 if residue is upstream from
 191    *         alignment, -1 if residue is downstream from alignment) note.
 192    *         Sequence object returns sequence.getEnd() for positions upstream
 193    *         currently. TODO: change sequence for
 194    *         assert(findIndex(seq.getEnd()+1)==-1) and fix incremental bugs
 195    *
 196    */
 197   public int findIndex(int pos);
 198
 199   /**
 200    * Returns the sequence position for an alignment (column) position. If at a
 201    * gap, returns the position of the next residue to the right. If beyond the
 202    * end of the sequence, returns 1 more than the last residue position.
 203    *
 204    * @param i
 205    *          column index in alignment (from 0..<length)
 206    *
 207    * @return
 208    */
 209   public int findPosition(int i);
 210
 211   /**
 212    * Returns the from-to sequence positions (start..) for the given column
 213    * positions (1..), or null if no residues are included in the range
 214    *
 215    * @param fromColum
 216    * @param toColumn
 217    * @return
 218    */
 219   public Range findPositions(int fromColum, int toColumn);
 220
 221   /**
 222    * Returns an int array where indices correspond to each residue in the
 223    * sequence and the element value gives its position in the alignment
 224    *
 225    * @return int[SequenceI.getEnd()-SequenceI.getStart()+1] or null if no
 226    *         residues in SequenceI object
 227    */
 228   public int[] gapMap();
 229
 230   /**
 231    * Returns an int array where indices correspond to each position in sequence
 232    * char array and the element value gives the result of findPosition for that
 233    * index in the sequence.
 234    *
 235    * @return int[SequenceI.getLength()]
 236    */
 237   public int[] findPositionMap();
 238
 239   /**
 240    * Answers true if the sequence is composed of amino acid characters. Note
 241    * that implementations may use heuristic methods which are not guaranteed to
 242    * give the biologically 'right' answer.
 243    *
 244    * @return
 245    */
 246   public boolean isProtein();
 247
 248   /**
 249    * Delete a range of aligned sequence columns, creating a new dataset sequence
 250    * if necessary and adjusting start and end positions accordingly.
 251    *
 252    * @param i
 253    *          first column in range to delete (inclusive)
 254    * @param j
 255    *          last column in range to delete (exclusive)
 256    */
 257   public void deleteChars(int i, int j);
 258
 259   /**
 260    * DOCUMENT ME!
 261    *
 262    * @param i
 263    *          alignment column number
 264    * @param c
 265    *          character to insert
 266    */
 267   public void insertCharAt(int i, char c);
 268
 269   /**
 270    * insert given character at alignment column position
 271    *
 272    * @param position
 273    *          alignment column number
 274    * @param count
 275    *          length of insert
 276    * @param ch
 277    *          character to insert
 278    */
 279   public void insertCharAt(int position, int count, char ch);
 280
 281   /**
 282    * Answers a list of all sequence features associated with this sequence. The
 283    * list may be held by the sequence's dataset sequence if that is defined.
 284    *
 285    * @return
 286    */
 287   public List<SequenceFeature> getSequenceFeatures();
 288
 289   /**
 290    * Answers the object holding features for the sequence
 291    *
 292    * @return
 293    */
 294   SequenceFeaturesI getFeatures();
 295
 296   /**
 297    * Replaces the sequence features associated with this sequence with the given
 298    * features. If this sequence has a dataset sequence, then this method will
 299    * update the dataset sequence's features instead.
 300    *
 301    * @param features
 302    */
 303   public void setSequenceFeatures(List<SequenceFeature> features);
 304
 305   /**
 306    * DOCUMENT ME!
 307    *
 308    * @param id
 309    *          DOCUMENT ME!
 310    */
 311   public void setPDBId(Vector<PDBEntry> ids);
 312
 313   /**
 314    * Returns a list
 315    *
 316    * @return DOCUMENT ME!
 317    */
 318   public Vector<PDBEntry> getAllPDBEntries();
 319
 320   /**
 321    * Adds the entry to the *normalised* list of PDBIds.
 322    *
 323    * If a PDBEntry is passed with the same entry.getID() string as one already
 324    * in the list, or one is added that appears to be the same but has a chain ID
 325    * appended, then the existing PDBEntry will be updated with the new
 326    * attributes instead, unless the entries have distinct chain codes or
 327    * associated structure files.
 328    *
 329    * @param entry
 330    * @return true if the entry was added, false if updated
 331    */
 332   public boolean addPDBId(PDBEntry entry);
 333
 334   /**
 335    * update the list of PDBEntrys to include any DBRefEntrys citing structural
 336    * databases
 337    *
 338    * @return true if PDBEntry list was modified
 339    */
 340   public boolean updatePDBIds();
 341
 342   public String getVamsasId();
 343
 344   public void setVamsasId(String id);
 345
 346   /**
 347    * set the array of Database references for the sequence.
 348    *
 349    * @param dbs
 350    * @deprecated - use is discouraged since side-effects may occur if DBRefEntry
 351    *             set are not normalised.
 352    */
 353   @Deprecated
 354   public void setDBRefs(DBRefEntry[] dbs);
 355
 356   public DBRefEntry[] getDBRefs();
 357
 358   /**
 359    * add the given entry to the list of DBRefs for this sequence, or replace a
 360    * similar one if entry contains a map object and the existing one doesnt.
 361    *
 362    * @param entry
 363    */
 364   public void addDBRef(DBRefEntry entry);
 365
 366   /**
 367    * Adds the given sequence feature and returns true, or returns false if it is
 368    * already present on the sequence, or if the feature type is null.
 369    *
 370    * @param sf
 371    * @return
 372    */
 373   public boolean addSequenceFeature(SequenceFeature sf);
 374
 375   public void deleteFeature(SequenceFeature sf);
 376
 377   public void setDatasetSequence(SequenceI seq);
 378
 379   public SequenceI getDatasetSequence();
 380
 381   /**
 382    * Returns a new array containing this sequence's annotations, or null.
 383    */
 384   public AlignmentAnnotation[] getAnnotation();
 385
 386   /**
 387    * Returns true if this sequence has the given annotation (by object
 388    * identity).
 389    */
 390   public boolean hasAnnotation(AlignmentAnnotation ann);
 391
 392   /**
 393    * Add the given annotation, if not already added, and set its sequence ref to
 394    * be this sequence. Does nothing if this sequence's annotations already
 395    * include this annotation (by identical object reference).
 396    */
 397   public void addAlignmentAnnotation(AlignmentAnnotation annotation);
 398
 399   public void removeAlignmentAnnotation(AlignmentAnnotation annotation);
 400
 401   /**
 402    * Derive a sequence (using this one's dataset or as the dataset)
 403    *
 404    * @return duplicate sequence with valid dataset sequence
 405    */
 406   public SequenceI deriveSequence();
 407
 408   /**
 409    * set the array of associated AlignmentAnnotation for this sequenceI
 410    *
 411    * @param revealed
 412    */
 413   public void setAlignmentAnnotation(AlignmentAnnotation[] annotation);
 414
 415   /**
 416    * Get one or more alignment annotations with a particular label.
 417    *
 418    * @param label
 419    *          string which each returned annotation must have as a label.
 420    * @return null or array of annotations.
 421    */
 422   public AlignmentAnnotation[] getAnnotation(String label);
 423
 424   /**
 425    * Returns a (possibly empty) list of any annotations that match on given
 426    * calcId (source) and label (type). Null values do not match.
 427    *
 428    * @param calcId
 429    * @param label
 430    */
 431   public List<AlignmentAnnotation> getAlignmentAnnotations(String calcId,
 432           String label);
 433
 434   /**
 435    * create a new dataset sequence (if necessary) for this sequence and sets
 436    * this sequence to refer to it. This call will move any features or
 437    * references on the sequence onto the dataset. It will also make a duplicate
 438    * of existing annotation rows for the dataset sequence, rather than relocate
 439    * them in order to preserve external references (since 2.8.2).
 440    *
 441    * @return dataset sequence for this sequence
 442    */
 443   public SequenceI createDatasetSequence();
 444
 445   /**
 446    * Transfer any database references or annotation from entry under a sequence
 447    * mapping. <br/>
 448    * <strong>Note: DOES NOT transfer sequence associated alignment annotation
 449    * </strong><br/>
 450    *
 451    * @param entry
 452    * @param mp
 453    *          null or mapping from entry's numbering to local start/end
 454    */
 455   public void transferAnnotation(SequenceI entry, Mapping mp);
 456
 457   /**
 458    * @return The RNA of the sequence in the alignment
 459    */
 460
 461   public RNA getRNA();
 462
 463   /**
 464    * @param rna
 465    *          The RNA.
 466    */
 467   public void setRNA(RNA rna);
 468
 469   /**
 470    *
 471    * @return list of insertions (gap characters) in sequence
 472    */
 473   public List<int[]> getInsertions();
 474
 475   /**
 476    * Given a pdbId String, return the equivalent PDBEntry if available in the
 477    * given sequence
 478    *
 479    * @param pdbId
 480    * @return
 481    */
 482   public PDBEntry getPDBEntry(String pdbId);
 483
 484   /**
 485    * Get all primary database/accessions for this sequence's data. These
 486    * DBRefEntry are expected to resolve to a valid record in the associated
 487    * external database, either directly or via a provided 1:1 Mapping.
 488    *
 489    * @return just the primary references (if any) for this sequence, or an empty
 490    *         list
 491    */
 492   public List<DBRefEntry> getPrimaryDBRefs();
 493
 494   public void updateHMMMapping();
 495
 496   boolean isHMMConsensusSequence();
 497
 498   void setIsHMMConsensusSequence(boolean isHMMConsensusSequence);
 499
 500   boolean hasHMMAnnotation();
 501
 502   void setHasInfo(boolean status);
 503
 504   /**
 505    * Returns a (possibly empty) list of sequence features that overlap the given
 506    * alignment column range, optionally restricted to one or more specified
 507    * feature types. If the range is all gaps, then features which enclose it are
 508    * included (but not contact features).
 509    *
 510    * @param fromCol
 511    *          start column of range inclusive (1..)
 512    * @param toCol
 513    *          end column of range inclusive (1..)
 514    * @param types
 515    *          optional feature types to restrict results to
 516    * @return
 517    */
 518   List<SequenceFeature> findFeatures(int fromCol, int toCol, String... types);
 519
 520   /**
 521    * Method to call to indicate that the sequence (characters or alignment/gaps)
 522    * has been modified. Provided to allow any cursors on residue/column
 523    * positions to be invalidated.
 524    */
 525   void sequenceChanged();
 526
 527   /**
 528    *
 529    * @return BitSet corresponding to index [0,length) where Comparison.isGap()
 530    *         returns true.
 531    */
 532   BitSet getInsertionsAsBits();
 533
 534   void mapToReference(AlignmentAnnotation rf);
 535
 536   /**
 537    * Replaces every occurrence of c1 in the sequence with c2 and returns the
 538    * number of characters changed
 539    *
 540    * @param c1
 541    * @param c2
 542    */
 543   int replace(char c1, char c2);
 544
 545   /**
 546    * Answers the GeneLociI, or null if not known
 547    *
 548    * @return
 549    */
 550   GeneLociI getGeneLoci();
 551
 552   /**
 553    * Sets the mapping to gene loci for the sequence
 554    *
 555    * @param speciesId
 556    * @param assemblyId
 557    * @param chromosomeId
 558    * @param map
 559    */
 560   void setGeneLoci(String speciesId, String assemblyId,
 561           String chromosomeId, MapList map);
 562 }