src/jalview/datamodel/SequenceNode.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.datamodel;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 \r
  23 \r
  24 /**\r
  25  * DOCUMENT ME!\r
  26  *\r
  27  * @author $author$\r
  28  * @version $Revision$\r
  29  */\r
  30 public class SequenceNode extends BinaryNode\r
  31 {\r
  32     /** DOCUMENT ME!! */\r
  33     public float dist;\r
  34 \r
  35     /** DOCUMENT ME!! */\r
  36     public int count;\r
  37 \r
  38     /** DOCUMENT ME!! */\r
  39     public float height;\r
  40 \r
  41     /** DOCUMENT ME!! */\r
  42     public float ycount;\r
  43 \r
  44     /** DOCUMENT ME!! */\r
  45     public Color color = Color.black;\r
  46 \r
  47     /** DOCUMENT ME!! */\r
  48     public boolean dummy = false;\r
  49     private boolean placeholder = false;\r
  50 \r
  51     /**\r
  52      * Creates a new SequenceNode object.\r
  53      */\r
  54     public SequenceNode()\r
  55     {\r
  56         super();\r
  57     }\r
  58 \r
  59     /**\r
  60      * Creates a new SequenceNode object.\r
  61      *\r
  62      * @param val DOCUMENT ME!\r
  63      * @param parent DOCUMENT ME!\r
  64      * @param dist DOCUMENT ME!\r
  65      * @param name DOCUMENT ME!\r
  66      */\r
  67     public SequenceNode(Object val, SequenceNode parent, float dist, String name)\r
  68     {\r
  69         super(val, parent, name);\r
  70         this.dist = dist;\r
  71     }\r
  72 \r
  73     /**\r
  74      * Creates a new SequenceNode object.\r
  75      *\r
  76      * @param val DOCUMENT ME!\r
  77      * @param parent DOCUMENT ME!\r
  78      * @param name DOCUMENT ME!\r
  79      * @param dist DOCUMENT ME!\r
  80      * @param bootstrap DOCUMENT ME!\r
  81      * @param dummy DOCUMENT ME!\r
  82      */\r
  83     public SequenceNode(Object val, SequenceNode parent, String name,\r
  84         float dist, int bootstrap, boolean dummy)\r
  85     {\r
  86         super(val, parent, name);\r
  87         this.dist = dist;\r
  88         this.bootstrap = bootstrap;\r
  89         this.dummy = dummy;\r
  90     }\r
  91 \r
  92     /**\r
  93      * @param dummy true if node is created for the representation of polytomous trees\r
  94      */\r
  95     public boolean isDummy()\r
  96     {\r
  97         return dummy;\r
  98     }\r
  99 \r
 100     /* @param placeholder is true if the sequence refered to in the\r
 101      *  element node is not actually present in the associated alignment\r
 102      */\r
 103     public boolean isPlaceholder()\r
 104     {\r
 105         return placeholder;\r
 106     }\r
 107 \r
 108     /**\r
 109      * DOCUMENT ME!\r
 110      *\r
 111      * @param newstate DOCUMENT ME!\r
 112      *\r
 113      * @return DOCUMENT ME!\r
 114      */\r
 115     public boolean setDummy(boolean newstate)\r
 116     {\r
 117         boolean oldstate = dummy;\r
 118         dummy = newstate;\r
 119 \r
 120         return oldstate;\r
 121     }\r
 122 \r
 123     /**\r
 124      * DOCUMENT ME!\r
 125      *\r
 126      * @param Placeholder DOCUMENT ME!\r
 127      */\r
 128     public void setPlaceholder(boolean Placeholder)\r
 129     {\r
 130         this.placeholder = Placeholder;\r
 131     }\r
 132 \r
 133     /**\r
 134      * ascends the tree but doesn't stop until a non-dummy node is discovered.\r
 135      * This will probably break if the tree is a mixture of BinaryNodes and SequenceNodes.\r
 136      */\r
 137     public SequenceNode AscendTree()\r
 138     {\r
 139         SequenceNode c = this;\r
 140 \r
 141         do\r
 142         {\r
 143             c = (SequenceNode) c.parent();\r
 144         }\r
 145         while ((c != null) && c.dummy);\r
 146 \r
 147         return c;\r
 148     }\r
 149 }\r