JAL-3253-applet JAL-3383
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / VisibleColsCollection.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
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8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.datamodel;
22
23 import jalview.api.AlignmentColsCollectionI;
24
25 import java.util.BitSet;
26 import java.util.Iterator;
27
28 public class VisibleColsCollection implements AlignmentColsCollectionI
29 {
30   int start;
31
32   int end;
33
34   HiddenColumns hidden;
35
36   private BitSet bsVisible;
37
38   public VisibleColsCollection(int s, int e, HiddenColumns h)
39   {
40     start = s;
41     end = e;
42     hidden = h;
43   }
44
45   @Override
46   public Iterator<Integer> iterator()
47   {
48     return hidden.getVisibleColsIterator(start, end);
49   }
50
51   @Override
52   public boolean isHidden(int c)
53   {
54     return false;
55   }
56
57   @Override
58   public boolean hasHidden()
59   {
60     return false;
61   }
62
63   /**
64    * Only the visible columns.
65    */
66   @Override
67   public BitSet getOverviewBitSet()
68   {
69     if (bsVisible == null)
70     {
71       bsVisible = new BitSet(end + 1);
72     }
73     bsVisible.clear();
74     bsVisible.set(start, end + 1);
75     bsVisible.andNot(hidden.getBitset());
76
77     return bsVisible;
78   }
79
80   @Override
81   public BitSet getHiddenBitSet()
82   {
83     return new BitSet();
84   }
85
86 }