src/jalview/datamodel/VisibleColsCollection.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentColsCollectionI;
  24
  25 import java.util.BitSet;
  26 import java.util.Iterator;
  27
  28 public class VisibleColsCollection implements AlignmentColsCollectionI
  29 {
  30   int start;
  31
  32   int end;
  33
  34   HiddenColumns hidden;
  35
  36   private BitSet bsVisible;
  37
  38   public VisibleColsCollection(int s, int e, HiddenColumns h)
  39   {
  40     start = s;
  41     end = e;
  42     hidden = h;
  43   }
  44
  45   @Override
  46   public Iterator<Integer> iterator()
  47   {
  48     return hidden.getVisibleColsIterator(start, end);
  49   }
  50
  51   @Override
  52   public boolean isHidden(int c)
  53   {
  54     return false;
  55   }
  56
  57   @Override
  58   public boolean hasHidden()
  59   {
  60     return false;
  61   }
  62
  63   /**
  64    * Only the visible columns.
  65    */
  66   @Override
  67   public BitSet getOverviewBitSet()
  68   {
  69     if (bsVisible == null)
  70     {
  71       bsVisible = new BitSet(end + 1);
  72     }
  73     bsVisible.clear();
  74     bsVisible.set(start, end + 1);
  75     bsVisible.andNot(hidden.getBitset());
  76
  77     return bsVisible;
  78   }
  79
  80   @Override
  81   public BitSet getHiddenBitSet()
  82   {
  83     return new BitSet();
  84   }
  85
  86 }