src/jalview/datamodel/VisibleContigsIterator.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import java.util.ArrayList;
   4 import java.util.Iterator;
   5 import java.util.List;
   6
   7 /**
   8  * An iterator which iterates over visible regions in a range.
   9  */
  10 public class VisibleContigsIterator implements Iterator<int[]>
  11 {
  12   private List<int[]> vcontigs = new ArrayList<>();
  13
  14   private int currentPosition = 0;
  15
  16   private boolean endsAtHidden = false;
  17
  18   VisibleContigsIterator(int start, int end,
  19           List<int[]> hiddenColumns)
  20   {
  21     if (hiddenColumns != null && hiddenColumns.size() > 0)
  22     {
  23       int vstart = start;
  24       int hideStart;
  25       int hideEnd;
  26
  27       for (int[] region : hiddenColumns)
  28       {
  29         endsAtHidden = false;
  30         hideStart = region[0];
  31         hideEnd = region[1];
  32
  33         // navigate to start
  34         if (hideEnd < vstart)
  35         {
  36           continue;
  37         }
  38         if (hideStart > vstart)
  39         {
  40           int[] contig = new int[] { vstart, hideStart - 1 };
  41           vcontigs.add(contig);
  42           endsAtHidden = true;
  43         }
  44         vstart = hideEnd + 1;
  45
  46         // exit if we're past the end
  47         if (vstart >= end)
  48         {
  49           break;
  50         }
  51       }
  52
  53       if (vstart < end)
  54       {
  55         int[] contig = new int[] { vstart, end - 1 };
  56         vcontigs.add(contig);
  57         endsAtHidden = false;
  58       }
  59     }
  60     else
  61     {
  62       int[] contig = new int[] { start, end - 1 };
  63       vcontigs.add(contig);
  64     }
  65   }
  66
  67   @Override
  68   public boolean hasNext()
  69   {
  70     return (currentPosition < vcontigs.size());
  71   }
  72
  73   @Override
  74   public int[] next()
  75   {
  76     int[] result = vcontigs.get(currentPosition);
  77     currentPosition++;
  78     return result;
  79   }
  80
  81   public boolean endsAtHidden()
  82   {
  83     return endsAtHidden;
  84   }
  85 }
  86