src/jalview/datamodel/ontology/OntologyBase.java

   1 package jalview.datamodel.ontology;
   2
   3 import java.util.ArrayList;
   4 import java.util.HashMap;
   5 import java.util.HashSet;
   6 import java.util.List;
   7 import java.util.Map;
   8 import java.util.Set;
   9
  10 /**
  11  * A base class for models of Sequence Ontology and others
  12  *
  13  * @author gmcarstairs
  14  *
  15  */
  16 public abstract class OntologyBase implements OntologyI
  17 {
  18   protected Map<String, List<String>> rootParents = new HashMap<>();
  19
  20   @Override
  21   public Set<String> getParentTerms(Set<String> terms)
  22   {
  23     Set<String> parents = new HashSet<>(terms);
  24
  25     boolean childRemoved = true;
  26     while (childRemoved)
  27     {
  28       childRemoved = removeChild(parents);
  29     }
  30     return parents;
  31   }
  32
  33   /**
  34    * Removes the first term in the given set found which is a child of another
  35    * term in the set. Answers true if a child was found and removed, else false.
  36    *
  37    * @param terms
  38    * @return
  39    */
  40   boolean removeChild(Set<String> terms)
  41   {
  42     for (String t1 : terms)
  43     {
  44       for (String t2 : terms)
  45       {
  46         if (t1 != t2)
  47         {
  48           if (isA(t1, t2))
  49           {
  50             terms.remove(t1);
  51             return true;
  52           }
  53           if (isA(t2, t1))
  54           {
  55             terms.remove(t2);
  56             return true;
  57           }
  58         }
  59       }
  60     }
  61     return false;
  62   }
  63
  64   @Override
  65   public List<String> getChildTerms(String parent, List<String> terms)
  66   {
  67     List<String> children = new ArrayList<>();
  68     for (String term : terms)
  69     {
  70       if (!term.equals(parent) && isA(term, parent))
  71       {
  72         children.add(term);
  73       }
  74     }
  75     return children;
  76   }
  77 }