src/jalview/ext/ensembl/EnsemblCdna.java

   1 package jalview.ext.ensembl;
   2
   3 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   4 import jalview.io.gff.SequenceOntologyFactory;
   5 import jalview.io.gff.SequenceOntologyI;
   6
   7 import java.util.List;
   8
   9 import com.stevesoft.pat.Regex;
  10
  11 public class EnsemblCdna extends EnsemblSeqProxy
  12 {
  13   // TODO modify to accept other species e.g. ENSMUSPnnn
  14   private static final Regex ACCESSION_REGEX = new Regex(
  15           "(ENST|ENSG|CCDS)[0-9.]{3,}$");
  16
  17   /*
  18    * fetch exon features on genomic sequence (to identify the cdna regions)
  19    * and cds and variation features (to retain)
  20    */
  21   private static final EnsemblFeatureType[] FEATURES_TO_FETCH = {
  22       EnsemblFeatureType.exon, EnsemblFeatureType.cds,
  23       EnsemblFeatureType.variation };
  24
  25   public EnsemblCdna()
  26   {
  27     super();
  28   }
  29
  30   @Override
  31   public String getDbName()
  32   {
  33     return "ENSEMBL (CDNA)";
  34   }
  35
  36   @Override
  37   protected EnsemblSeqType getSourceEnsemblType()
  38   {
  39     return EnsemblSeqType.CDNA;
  40   }
  41
  42   @Override
  43   public Regex getAccessionValidator()
  44   {
  45     return ACCESSION_REGEX;
  46   }
  47
  48   @Override
  49   protected EnsemblFeatureType[] getFeaturesToFetch()
  50   {
  51     return FEATURES_TO_FETCH;
  52   }
  53
  54   /**
  55    * Answers true unless the feature type is 'transcript' (or a sub-type in the
  56    * Sequence Ontology).
  57    */
  58   @Override
  59   protected boolean retainFeature(SequenceFeature sf, String accessionId)
  60   {
  61     if (isTranscript(sf.getType()))
  62     {
  63       return false;
  64     }
  65     return featureMayBelong(sf, accessionId);
  66   }
  67
  68   /**
  69    * Answers true if the sequence feature type is 'exon' (or a subtype of exon
  70    * in the Sequence Ontology), and the Parent of the feature is the transcript
  71    * we are retrieving
  72    */
  73   @Override
  74   protected boolean identifiesSequence(SequenceFeature sf, String accId)
  75   {
  76     if (SequenceOntologyFactory.getInstance().isA(sf.getType(),
  77             SequenceOntologyI.EXON))
  78     {
  79       String parentFeature = (String) sf.getValue(PARENT);
  80       if (("transcript:" + accId).equals(parentFeature))
  81       {
  82         return true;
  83       }
  84     }
  85     return false;
  86   }
  87
  88   @Override
  89   protected List<String> getCrossReferenceDatabases()
  90   {
  91     return super.getCrossReferenceDatabases();
  92     // 30/01/16 also found Vega_transcript, OTTT, ENS_LRG_transcript, UCSC,
  93     // HGNC_trans_name, RefSeq_mRNA, RefSeq_mRNA_predicted
  94   }
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  96 }