src/jalview/ext/ensembl/EnsemblCdna.java

   1 package jalview.ext.ensembl;
   2
   3 import jalview.ext.ensembl.SeqFetcher.EnsemblSeqType;
   4
   5 import com.stevesoft.pat.Regex;
   6
   7 public class EnsemblCdna extends EnsemblSeqProxy
   8 {
   9
  10   public EnsemblCdna()
  11   {
  12     super();
  13   }
  14
  15   @Override
  16   public String getDbName()
  17   {
  18     return "ENSEMBL (CDNA)";
  19   }
  20
  21   @Override
  22   protected EnsemblSeqType getSourceEnsemblType()
  23   {
  24     return EnsemblSeqType.CDNA;
  25   }
  26
  27   @Override
  28   public Regex getAccessionValidator()
  29   {
  30     return new Regex("((ENST|ENSG|CCDS)[0-9.]{3,})");
  31   }
  32
  33   @Override
  34   public String getTestQuery()
  35   {
  36     return "ENST00000288602";
  37   }
  38
  39 }