src/jalview/ext/ensembl/EnsemblCdna.java

   1 package jalview.ext.ensembl;
   2
   3 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   4 import jalview.io.gff.SequenceOntologyFactory;
   5 import jalview.io.gff.SequenceOntologyI;
   6
   7 import java.util.List;
   8
   9 import com.stevesoft.pat.Regex;
  10
  11 /**
  12  * A client to fetch CDNA sequence from Ensembl (i.e. that part of the genomic
  13  * sequence that is transcribed to RNA, but not necessarily translated to
  14  * protein)
  15  *
  16  * @author gmcarstairs
  17  *
  18  */
  19 public class EnsemblCdna extends EnsemblSeqProxy
  20 {
  21   /*
  22    * accepts ENST or ENSTG with 11 digits
  23    * or ENSMUST or similar for other species
  24    * or CCDSnnnnn.nn with at least 3 digits
  25    */
  26   private static final Regex ACCESSION_REGEX = new Regex(
  27           "(ENS([A-Z]{3}|)[TG][0-9]{11}$)" + "|" + "(CCDS[0-9.]{3,}$)");
  28
  29   /*
  30    * fetch exon features on genomic sequence (to identify the cdna regions)
  31    * and cds and variation features (to retain)
  32    */
  33   private static final EnsemblFeatureType[] FEATURES_TO_FETCH = {
  34       EnsemblFeatureType.exon, EnsemblFeatureType.cds,
  35       EnsemblFeatureType.variation };
  36
  37   /**
  38    * Default constructor (to use rest.ensembl.org)
  39    */
  40   public EnsemblCdna()
  41   {
  42     super();
  43   }
  44
  45   /**
  46    * Constructor given the target domain to fetch data from
  47    *
  48    * @param d
  49    */
  50   public EnsemblCdna(String d)
  51   {
  52     super(d);
  53   }
  54
  55   @Override
  56   public String getDbName()
  57   {
  58     return "ENSEMBL (CDNA)";
  59   }
  60
  61   @Override
  62   protected EnsemblSeqType getSourceEnsemblType()
  63   {
  64     return EnsemblSeqType.CDNA;
  65   }
  66
  67   @Override
  68   public Regex getAccessionValidator()
  69   {
  70     return ACCESSION_REGEX;
  71   }
  72
  73   @Override
  74   protected EnsemblFeatureType[] getFeaturesToFetch()
  75   {
  76     return FEATURES_TO_FETCH;
  77   }
  78
  79   /**
  80    * Answers true unless the feature type is 'transcript' (or a sub-type in the
  81    * Sequence Ontology).
  82    */
  83   @Override
  84   protected boolean retainFeature(SequenceFeature sf, String accessionId)
  85   {
  86     if (isTranscript(sf.getType()))
  87     {
  88       return false;
  89     }
  90     return featureMayBelong(sf, accessionId);
  91   }
  92
  93   /**
  94    * Answers true if the sequence feature type is 'exon' (or a subtype of exon
  95    * in the Sequence Ontology), and the Parent of the feature is the transcript
  96    * we are retrieving
  97    */
  98   @Override
  99   protected boolean identifiesSequence(SequenceFeature sf, String accId)
 100   {
 101     if (SequenceOntologyFactory.getInstance().isA(sf.getType(),
 102             SequenceOntologyI.EXON))
 103     {
 104       String parentFeature = (String) sf.getValue(PARENT);
 105       if (("transcript:" + accId).equals(parentFeature))
 106       {
 107         return true;
 108       }
 109     }
 110     return false;
 111   }
 112
 113   @Override
 114   protected List<String> getCrossReferenceDatabases()
 115   {
 116     return super.getCrossReferenceDatabases();
 117     // 30/01/16 also found Vega_transcript, OTTT, ENS_LRG_transcript, UCSC,
 118     // HGNC_trans_name, RefSeq_mRNA, RefSeq_mRNA_predicted
 119   }
 120
 121 }