src/jalview/ext/ensembl/EnsemblCds.java

   1 package jalview.ext.ensembl;
   2
   3 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   4 import jalview.io.gff.SequenceOntology;
   5
   6 public class EnsemblCds extends EnsemblSeqProxy
   7 {
   8   /*
   9    * fetch cds features on genomic sequence (to identify the CDS regions)
  10    * and variation features (to retain)
  11    */
  12   private static final EnsemblFeatureType[] FEATURES_TO_FETCH = {
  13       EnsemblFeatureType.cds, EnsemblFeatureType.variation };
  14
  15   /**
  16    * Constructor
  17    */
  18   public EnsemblCds()
  19   {
  20     super();
  21   }
  22
  23   @Override
  24   public String getDbName()
  25   {
  26     return "ENSEMBL (CDS)";
  27   }
  28
  29   @Override
  30   protected EnsemblSeqType getSourceEnsemblType()
  31   {
  32     return EnsemblSeqType.CDS;
  33   }
  34
  35   @Override
  36   protected EnsemblFeatureType[] getFeaturesToFetch()
  37   {
  38     return FEATURES_TO_FETCH;
  39   }
  40
  41   /**
  42    * Answers true unless the feature type is 'CDS' (or a sub-type of CDS in the
  43    * Sequence Ontology). CDS features are only retrieved in order to identify
  44    * the cds sequence range, and are redundant information on the cds sequence
  45    * itself.
  46    */
  47   @Override
  48   protected boolean retainFeature(SequenceFeature sf, String accessionId)
  49   {
  50     if (SequenceOntology.getInstance().isA(sf.getType(),
  51             SequenceOntology.CDS))
  52     {
  53       return false;
  54     }
  55     return featureMayBelong(sf, accessionId);
  56   }
  57
  58   /**
  59    * Answers true if the sequence feature type is 'CDS' (or a subtype of CDS in
  60    * the Sequence Ontology), and the Parent of the feature is the transcript we
  61    * are retrieving
  62    */
  63   @Override
  64   protected boolean identifiesSequence(SequenceFeature sf, String accId)
  65   {
  66     if (SequenceOntology.getInstance().isA(sf.getType(),
  67             SequenceOntology.CDS))
  68     {
  69       String parentFeature = (String) sf.getValue(PARENT);
  70       if (("transcript:" + accId).equals(parentFeature))
  71       {
  72         return true;
  73       }
  74     }
  75     return false;
  76   }
  77
  78 }