src/jalview/ext/ensembl/EnsemblCds.java

   1 package jalview.ext.ensembl;
   2
   3 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 import jalview.io.gff.SequenceOntology;
   6
   7 import java.util.List;
   8
   9 public class EnsemblCds extends EnsemblSeqProxy
  10 {
  11   /*
  12    * fetch cds features on genomic sequence (to identify the CDS regions)
  13    * and exon and variation features (to retain for display)
  14    */
  15   private static final EnsemblFeatureType[] FEATURES_TO_FETCH = {
  16       EnsemblFeatureType.cds, EnsemblFeatureType.exon,
  17       EnsemblFeatureType.variation };
  18
  19   /**
  20    * Constructor
  21    */
  22   public EnsemblCds()
  23   {
  24     super();
  25   }
  26
  27   @Override
  28   public String getDbName()
  29   {
  30     return "ENSEMBL (CDS)";
  31   }
  32
  33   @Override
  34   protected EnsemblSeqType getSourceEnsemblType()
  35   {
  36     return EnsemblSeqType.CDS;
  37   }
  38
  39   @Override
  40   protected EnsemblFeatureType[] getFeaturesToFetch()
  41   {
  42     return FEATURES_TO_FETCH;
  43   }
  44
  45   /**
  46    * Answers true unless the feature type is 'CDS' (or a sub-type of CDS in the
  47    * Sequence Ontology). CDS features are only retrieved in order to identify
  48    * the cds sequence range, and are redundant information on the cds sequence
  49    * itself.
  50    */
  51   @Override
  52   protected boolean retainFeature(SequenceFeature sf, String accessionId)
  53   {
  54     if (SequenceOntology.getInstance().isA(sf.getType(),
  55             SequenceOntology.CDS))
  56     {
  57       return false;
  58     }
  59     return featureMayBelong(sf, accessionId);
  60   }
  61
  62   /**
  63    * Answers true if the sequence feature type is 'CDS' (or a subtype of CDS in
  64    * the Sequence Ontology), and the Parent of the feature is the transcript we
  65    * are retrieving
  66    */
  67   @Override
  68   protected boolean identifiesSequence(SequenceFeature sf, String accId)
  69   {
  70     if (SequenceOntology.getInstance().isA(sf.getType(),
  71             SequenceOntology.CDS))
  72     {
  73       String parentFeature = (String) sf.getValue(PARENT);
  74       if (("transcript:" + accId).equals(parentFeature))
  75       {
  76         return true;
  77       }
  78     }
  79     return false;
  80   }
  81
  82   /**
  83    * Overrides this method to trivially return a range which is the whole of the
  84    * nucleotide sequence. This is both faster than scanning for CDS features,
  85    * and also means we don't need to keep CDS features on CDS sequence (where
  86    * they are redundant information).
  87    */
  88   @Override
  89   protected int getCdsRanges(SequenceI dnaSeq, List<int[]> ranges)
  90   {
  91     int len = dnaSeq.getLength();
  92     ranges.add(new int[] { 1, len });
  93     return len;
  94   }
  95
  96 }