src/jalview/ext/jmol/JmolParser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.jmol;
  22
  23 import java.io.File;
  24 import java.io.IOException;
  25 import java.util.ArrayList;
  26 import java.util.HashMap;
  27 import java.util.List;
  28 import java.util.Locale;
  29 import java.util.Map;
  30 import java.util.Vector;
  31
  32 import org.jmol.api.JmolStatusListener;
  33 import org.jmol.api.JmolViewer;
  34 import org.jmol.c.CBK;
  35 import org.jmol.c.STR;
  36 import org.jmol.modelset.ModelSet;
  37 import org.jmol.viewer.Viewer;
  38
  39 import com.stevesoft.pat.Regex;
  40
  41 import jalview.bin.Console;
  42 import jalview.datamodel.Alignment;
  43 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  44 import jalview.datamodel.Annotation;
  45 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  46 import jalview.datamodel.SequenceI;
  47 import jalview.datamodel.annotations.AlphaFoldAnnotationRowBuilder;
  48 import jalview.datamodel.annotations.AnnotationRowBuilder;
  49 import jalview.io.DataSourceType;
  50 import jalview.io.FileParse;
  51 import jalview.io.StructureFile;
  52 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  53 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  54 import jalview.util.Format;
  55 import jalview.util.MessageManager;
  56 import jalview.ws.dbsources.EBIAlfaFold;
  57 import mc_view.Atom;
  58 import mc_view.PDBChain;
  59 import mc_view.Residue;
  60
  61 /**
  62  * Import and process files with Jmol for file like PDB, mmCIF
  63  *
  64  * @author jprocter
  65  *
  66  */
  67 public class JmolParser extends StructureFile implements JmolStatusListener
  68 {
  69   Viewer viewer = null;
  70
  71   public JmolParser(boolean immediate, Object inFile,
  72           DataSourceType sourceType) throws IOException
  73   {
  74     // BH 2018 File or String for filename
  75     super(immediate, inFile, sourceType);
  76
  77   }
  78
  79   public JmolParser(Object inFile, DataSourceType sourceType)
  80           throws IOException
  81   {
  82     this(inFile, sourceType, null);
  83   }
  84
  85   public JmolParser(Object inFile, DataSourceType sourceType,
  86           StructureImportSettings.TFType tempfacType) throws IOException
  87   {
  88     super(inFile, sourceType, tempfacType);
  89   }
  90
  91   public JmolParser(FileParse fp, boolean doXferSettings) throws IOException
  92   {
  93     super(fp, doXferSettings);
  94   }
  95
  96   public JmolParser(FileParse fp) throws IOException
  97   {
  98     super(fp);
  99   }
 100
 101   public JmolParser()
 102   {
 103   }
 104
 105   /**
 106    * Calls the Jmol library to parse the PDB/mmCIF file, and then inspects the
 107    * resulting object model to generate Jalview-style sequences, with secondary
 108    * structure annotation added where available (i.e. where it has been computed
 109    * by Jmol using DSSP).
 110    *
 111    * @see jalview.io.AlignFile#parse()
 112    */
 113   @Override
 114   public void parse() throws IOException
 115   {
 116     parse(true);
 117   }
 118
 119   @Override
 120   public void parse(boolean doXferSettings) throws IOException
 121   {
 122     setChains(new Vector<PDBChain>());
 123     Viewer jmolModel = getJmolData();
 124     jmolModel.openReader(getDataName(), getDataName(), getReader());
 125     waitForScript(jmolModel);
 126
 127     /*
 128      * Convert one or more Jmol Model objects to Jalview sequences
 129      */
 130     if (jmolModel.ms.mc > 0)
 131     {
 132       // ideally we do this
 133       // try
 134       // {
 135       // setStructureFileType(jmolModel.evalString("show _fileType"));
 136       // } catch (Exception q)
 137       // {
 138       // }
 139       // ;
 140       // instead, we distinguish .cif from non-.cif by filename
 141       setStructureFileType(
 142               getDataName().toLowerCase(Locale.ROOT).endsWith(".cif")
 143                       ? PDBEntry.Type.MMCIF.toString()
 144                       : "PDB");
 145
 146       transformJmolModelToJalview(jmolModel.ms, doXferSettings);
 147     }
 148   }
 149
 150   /**
 151    * create a headless jmol instance for dataprocessing
 152    *
 153    * @return
 154    */
 155   private Viewer getJmolData()
 156   {
 157     if (viewer == null)
 158     {
 159       try
 160       {
 161         /*
 162          * params -o (output to sysout) -n (nodisplay) -x (exit when finished)
 163          * see http://wiki.jmol.org/index.php/Jmol_Application
 164          */
 165
 166         viewer = JalviewJmolBinding.getJmolData(this);
 167         // ensure the 'new' (DSSP) not 'old' (Ramachandran) SS method is used
 168         viewer.setBooleanProperty("defaultStructureDSSP", true);
 169       } catch (ClassCastException x)
 170       {
 171         throw new Error(MessageManager.formatMessage(
 172                 "error.jmol_version_not_compatible_with_jalview_version",
 173                 new String[]
 174                 { JmolViewer.getJmolVersion() }), x);
 175       }
 176     }
 177     return viewer;
 178   }
 179
 180   public static Regex getNewAlphafoldValidator()
 181   {
 182     Regex validator = new Regex("(AF-[A-Z]+[0-9]+[A-Z0-9]+-F1)");
 183     validator.setIgnoreCase(true);
 184     return validator;
 185   }
 186
 187   PDBEntry.Type jmolFiletype = null;
 188
 189   /**
 190    * resolve a jmol filetype string and update the jmolFiletype field
 191    * accordingly
 192    *
 193    * @param jmolIdentifiedFileType
 194    * @return true if filetype was identified as MMCIF, PDB
 195    */
 196   public boolean updateFileType(String jmolIdentifiedFileType)
 197   {
 198     if (jmolIdentifiedFileType == null
 199             || jmolIdentifiedFileType.trim().equals(""))
 200     {
 201       return false;
 202     }
 203     if ("mmcif".equalsIgnoreCase(jmolIdentifiedFileType))
 204     {
 205       jmolFiletype = PDBEntry.Type.MMCIF;
 206       return true;
 207     }
 208     if ("pdb".equalsIgnoreCase(jmolIdentifiedFileType))
 209     {
 210       jmolFiletype = PDBEntry.Type.PDB;
 211       return true;
 212     }
 213     return false;
 214   }
 215
 216   public void transformJmolModelToJalview(ModelSet ms,
 217           boolean localDoXferSettings) throws IOException
 218   {
 219     try
 220     {
 221       Regex alphaFold = getNewAlphafoldValidator();
 222       String lastID = "";
 223       List<SequenceI> rna = new ArrayList<SequenceI>();
 224       List<SequenceI> prot = new ArrayList<SequenceI>();
 225       PDBChain tmpchain;
 226       String pdbId = (String) ms.getInfo(0, "title");
 227       boolean isMMCIF = false;
 228       String jmolFileType_String = (String) ms.getInfo(0, "fileType");
 229       if (updateFileType(jmolFileType_String))
 230       {
 231         setStructureFileType(jmolFiletype.toString());
 232       }
 233
 234       isMMCIF = PDBEntry.Type.MMCIF.equals(jmolFiletype);
 235
 236       if (pdbId == null)
 237       {
 238         setId(safeName(getDataName()));
 239         setPDBIdAvailable(false);
 240       }
 241       else
 242       {
 243         setId(pdbId);
 244         setPDBIdAvailable(true);
 245         setAlphafoldModel(alphaFold.search(pdbId) && isMMCIF);
 246       }
 247       List<Atom> significantAtoms = convertSignificantAtoms(ms);
 248       for (Atom tmpatom : significantAtoms)
 249       {
 250         if (tmpatom.resNumIns.trim().equals(lastID))
 251         {
 252           // phosphorylated protein - seen both CA and P..
 253           continue;
 254         }
 255         tmpchain = findChain(tmpatom.chain);
 256         if (tmpchain != null)
 257         {
 258           tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 259         }
 260         else
 261         {
 262           AnnotationRowBuilder builder = null;
 263           if (isAlphafoldModel()
 264                   || getTemperatureFactorType() == StructureImportSettings.TFType.PLDDT)
 265           {
 266             builder = new AlphaFoldAnnotationRowBuilder();
 267           }
 268
 269           tmpchain = new PDBChain(getId(), tmpatom.chain, builder);
 270           getChains().add(tmpchain);
 271           tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 272         }
 273         lastID = tmpatom.resNumIns.trim();
 274       }
 275       if (isParseImmediately() && localDoXferSettings)
 276       {
 277         // configure parsing settings from the static singleton
 278         xferSettings();
 279       }
 280
 281       makeResidueList();
 282       makeCaBondList();
 283
 284       for (PDBChain chain : getChains())
 285       {
 286         SequenceI chainseq = postProcessChain(chain);
 287         if (isRNA(chainseq))
 288         {
 289           rna.add(chainseq);
 290         }
 291         else
 292         {
 293           prot.add(chainseq);
 294         }
 295
 296         // look at local setting for adding secondary tructure
 297         if (predictSecondaryStructure)
 298         {
 299           createAnnotation(chainseq, chain, ms.at);
 300         }
 301       }
 302       // if Alphafold, fetch the PAE matrix if doesn't already have one
 303       if (isAlphafoldModel() && !hasPAEMatrix())
 304       {
 305         try
 306         {
 307           Console.info("Retrieving PAE for " + pdbId);
 308           File paeFile = EBIAlfaFold.fetchAlphaFoldPAE(pdbId, null);
 309           this.setPAEMatrix(paeFile.getAbsolutePath());
 310         } catch (Throwable t)
 311         {
 312           Console.error("Couldn't get the pAE for " + pdbId, t);
 313         }
 314       }
 315       // add a PAEMatrix if set (either by above or otherwise)
 316       if (hasPAEMatrix())
 317       {
 318         Alignment al = new Alignment(prot.toArray(new SequenceI[0]));
 319         EBIAlfaFold.addAlphaFoldPAE(al, new File(this.getPAEMatrix()), 0,
 320                 null, false, false, null);
 321
 322         if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
 323         {
 324           for (AlignmentAnnotation alann : al.getAlignmentAnnotation())
 325           {
 326             annotations.add(alann);
 327           }
 328         }
 329       }
 330     } catch (OutOfMemoryError er)
 331     {
 332       System.out.println(
 333               "OUT OF MEMORY LOADING TRANSFORMING JMOL MODEL TO JALVIEW MODEL");
 334       throw new IOException(MessageManager
 335               .getString("exception.outofmemory_loading_mmcif_file"));
 336     }
 337   }
 338
 339   private List<Atom> convertSignificantAtoms(ModelSet ms)
 340   {
 341     List<Atom> significantAtoms = new ArrayList<Atom>();
 342     HashMap<String, org.jmol.modelset.Atom> chainTerMap = new HashMap<String, org.jmol.modelset.Atom>();
 343     org.jmol.modelset.Atom prevAtom = null;
 344     for (org.jmol.modelset.Atom atom : ms.at)
 345     {
 346       if (atom.getAtomName().equalsIgnoreCase("CA")
 347               || atom.getAtomName().equalsIgnoreCase("P"))
 348       {
 349         if (!atomValidated(atom, prevAtom, chainTerMap))
 350         {
 351           continue;
 352         }
 353         Atom curAtom = new Atom(atom.x, atom.y, atom.z);
 354         curAtom.atomIndex = atom.getIndex();
 355         curAtom.chain = atom.getChainIDStr();
 356         curAtom.insCode = atom.group.getInsertionCode() == '\000' ? ' '
 357                 : atom.group.getInsertionCode();
 358         curAtom.name = atom.getAtomName();
 359         curAtom.number = atom.getAtomNumber();
 360         curAtom.resName = atom.getGroup3(true);
 361         curAtom.resNumber = atom.getResno();
 362         curAtom.occupancy = ms.occupancies != null
 363                 ? ms.occupancies[atom.getIndex()]
 364                 : Float.valueOf(atom.getOccupancy100());
 365         String fmt = new Format("%4i").form(curAtom.resNumber);
 366         curAtom.resNumIns = (fmt + curAtom.insCode);
 367         curAtom.tfactor = atom.getBfactor100() / 100f;
 368         curAtom.type = 0;
 369         // significantAtoms.add(curAtom);
 370         // ignore atoms from subsequent models
 371         if (!significantAtoms.contains(curAtom))
 372         {
 373           significantAtoms.add(curAtom);
 374         }
 375         prevAtom = atom;
 376       }
 377     }
 378     return significantAtoms;
 379   }
 380
 381   private boolean atomValidated(org.jmol.modelset.Atom curAtom,
 382           org.jmol.modelset.Atom prevAtom,
 383           HashMap<String, org.jmol.modelset.Atom> chainTerMap)
 384   {
 385     // System.out.println("Atom: " + curAtom.getAtomNumber()
 386     // + " Last atom index " + curAtom.group.lastAtomIndex);
 387     if (chainTerMap == null || prevAtom == null)
 388     {
 389       return true;
 390     }
 391     String curAtomChId = curAtom.getChainIDStr();
 392     String prevAtomChId = prevAtom.getChainIDStr();
 393     // new chain encoutered
 394     if (!prevAtomChId.equals(curAtomChId))
 395     {
 396       // On chain switch add previous chain termination to xTerMap if not exists
 397       if (!chainTerMap.containsKey(prevAtomChId))
 398       {
 399         chainTerMap.put(prevAtomChId, prevAtom);
 400       }
 401       // if current atom belongs to an already terminated chain and the resNum
 402       // diff < 5 then mark as valid and update termination Atom
 403       if (chainTerMap.containsKey(curAtomChId))
 404       {
 405         if (curAtom.getResno() < chainTerMap.get(curAtomChId).getResno())
 406         {
 407           return false;
 408         }
 409         if ((curAtom.getResno()
 410                 - chainTerMap.get(curAtomChId).getResno()) < 5)
 411         {
 412           chainTerMap.put(curAtomChId, curAtom);
 413           return true;
 414         }
 415         return false;
 416       }
 417     }
 418     // atom with previously terminated chain encountered
 419     else if (chainTerMap.containsKey(curAtomChId))
 420     {
 421       if (curAtom.getResno() < chainTerMap.get(curAtomChId).getResno())
 422       {
 423         return false;
 424       }
 425       if ((curAtom.getResno()
 426               - chainTerMap.get(curAtomChId).getResno()) < 5)
 427       {
 428         chainTerMap.put(curAtomChId, curAtom);
 429         return true;
 430       }
 431       return false;
 432     }
 433     // HETATM with resNum jump > 2
 434     return !(curAtom.isHetero()
 435             && ((curAtom.getResno() - prevAtom.getResno()) > 2));
 436   }
 437
 438   private void createAnnotation(SequenceI sequence, PDBChain chain,
 439           org.jmol.modelset.Atom[] jmolAtoms)
 440   {
 441     char[] secstr = new char[sequence.getLength()];
 442     char[] secstrcode = new char[sequence.getLength()];
 443
 444     // Ensure Residue size equals Seq size
 445     if (chain.residues.size() != sequence.getLength())
 446     {
 447       return;
 448     }
 449     int annotIndex = 0;
 450     for (Residue residue : chain.residues)
 451     {
 452       Atom repAtom = residue.getAtoms().get(0);
 453       STR proteinStructureSubType = jmolAtoms[repAtom.atomIndex].group
 454               .getProteinStructureSubType();
 455       setSecondaryStructure(proteinStructureSubType, annotIndex, secstr,
 456               secstrcode);
 457       ++annotIndex;
 458     }
 459     addSecondaryStructureAnnotation(chain.pdbid, sequence, secstr,
 460             secstrcode, chain.id, sequence.getStart());
 461   }
 462
 463   /**
 464    * Helper method that adds an AlignmentAnnotation for secondary structure to
 465    * the sequence, provided at least one secondary structure assignment has been
 466    * made
 467    *
 468    * @param modelTitle
 469    * @param seq
 470    * @param secstr
 471    * @param secstrcode
 472    * @param chainId
 473    * @param firstResNum
 474    * @return
 475    */
 476   protected void addSecondaryStructureAnnotation(String modelTitle,
 477           SequenceI sq, char[] secstr, char[] secstrcode, String chainId,
 478           int firstResNum)
 479   {
 480     int length = sq.getLength();
 481     boolean ssFound = false;
 482     Annotation asecstr[] = new Annotation[length + firstResNum - 1];
 483     for (int p = 0; p < length; p++)
 484     {
 485       if (secstr[p] >= 'A' && secstr[p] <= 'z')
 486       {
 487         try
 488         {
 489           asecstr[p] = new Annotation(null, null, secstrcode[p], Float.NaN);
 490           ssFound = true;
 491         } catch (Exception e)
 492         {
 493           // e.printStackTrace();
 494         }
 495       }
 496     }
 497
 498     if (ssFound)
 499     {
 500       String mt = modelTitle == null ? getDataName() : modelTitle;
 501       mt += chainId;
 502       AlignmentAnnotation ann = new AlignmentAnnotation(
 503               "Secondary Structure", "Secondary Structure for " + mt,
 504               asecstr);
 505       ann.belowAlignment = true;
 506       ann.visible = true;
 507       ann.autoCalculated = false;
 508       ann.setCalcId(getClass().getName());
 509       ann.adjustForAlignment();
 510       ann.validateRangeAndDisplay();
 511       annotations.add(ann);
 512       sq.addAlignmentAnnotation(ann);
 513     }
 514   }
 515
 516   private void waitForScript(Viewer jmd)
 517   {
 518     while (jmd.isScriptExecuting())
 519     {
 520       try
 521       {
 522         Thread.sleep(50);
 523
 524       } catch (InterruptedException x)
 525       {
 526       }
 527     }
 528   }
 529
 530   /**
 531    * Convert Jmol's secondary structure code to Jalview's, and stored it in the
 532    * secondary structure arrays at the given sequence position
 533    *
 534    * @param proteinStructureSubType
 535    * @param pos
 536    * @param secstr
 537    * @param secstrcode
 538    */
 539   protected void setSecondaryStructure(STR proteinStructureSubType, int pos,
 540           char[] secstr, char[] secstrcode)
 541   {
 542     switch (proteinStructureSubType)
 543     {
 544     case HELIX310:
 545       secstr[pos] = '3';
 546       break;
 547     case HELIX:
 548     case HELIXALPHA:
 549       secstr[pos] = 'H';
 550       break;
 551     case HELIXPI:
 552       secstr[pos] = 'P';
 553       break;
 554     case SHEET:
 555       secstr[pos] = 'E';
 556       break;
 557     default:
 558       secstr[pos] = 0;
 559     }
 560
 561     switch (proteinStructureSubType)
 562     {
 563     case HELIX310:
 564     case HELIXALPHA:
 565     case HELIXPI:
 566     case HELIX:
 567       secstrcode[pos] = 'H';
 568       break;
 569     case SHEET:
 570       secstrcode[pos] = 'E';
 571       break;
 572     default:
 573       secstrcode[pos] = 0;
 574     }
 575   }
 576
 577   /**
 578    * Convert any non-standard peptide codes to their standard code table
 579    * equivalent. (Initial version only does Selenomethionine MSE->MET.)
 580    *
 581    * @param threeLetterCode
 582    * @param seq
 583    * @param pos
 584    */
 585   protected void replaceNonCanonicalResidue(String threeLetterCode,
 586           char[] seq, int pos)
 587   {
 588     String canonical = ResidueProperties
 589             .getCanonicalAminoAcid(threeLetterCode);
 590     if (canonical != null && !canonical.equalsIgnoreCase(threeLetterCode))
 591     {
 592       seq[pos] = ResidueProperties.getSingleCharacterCode(canonical);
 593     }
 594   }
 595
 596   /**
 597    * Not implemented - returns null
 598    */
 599   @Override
 600   public String print(SequenceI[] seqs, boolean jvSuffix)
 601   {
 602     return null;
 603   }
 604
 605   /**
 606    * Not implemented
 607    */
 608   @Override
 609   public void setCallbackFunction(String callbackType,
 610           String callbackFunction)
 611   {
 612   }
 613
 614   @Override
 615   public void notifyCallback(CBK cbType, Object[] data)
 616   {
 617     String strInfo = (data == null || data[1] == null ? null
 618             : data[1].toString());
 619     switch (cbType)
 620     {
 621     case ECHO:
 622       sendConsoleEcho(strInfo);
 623       break;
 624     case SCRIPT:
 625       notifyScriptTermination((String) data[2],
 626               ((Integer) data[3]).intValue());
 627       break;
 628     case MEASURE:
 629       String mystatus = (String) data[3];
 630       if (mystatus.indexOf("Picked") >= 0
 631               || mystatus.indexOf("Sequence") >= 0)
 632       {
 633         // Picking mode
 634         sendConsoleMessage(strInfo);
 635       }
 636       else if (mystatus.indexOf("Completed") >= 0)
 637       {
 638         sendConsoleEcho(strInfo.substring(strInfo.lastIndexOf(",") + 2,
 639                 strInfo.length() - 1));
 640       }
 641       break;
 642     case MESSAGE:
 643       sendConsoleMessage(data == null ? null : strInfo);
 644       break;
 645     case PICK:
 646       sendConsoleMessage(strInfo);
 647       break;
 648     default:
 649       break;
 650     }
 651   }
 652
 653   String lastConsoleEcho = "";
 654
 655   private void sendConsoleEcho(String string)
 656   {
 657     lastConsoleEcho += string;
 658     lastConsoleEcho += "\n";
 659   }
 660
 661   String lastConsoleMessage = "";
 662
 663   private void sendConsoleMessage(String string)
 664   {
 665     lastConsoleMessage += string;
 666     lastConsoleMessage += "\n";
 667   }
 668
 669   int lastScriptTermination = -1;
 670
 671   String lastScriptMessage = "";
 672
 673   private void notifyScriptTermination(String string, int intValue)
 674   {
 675     lastScriptMessage += string;
 676     lastScriptMessage += "\n";
 677     lastScriptTermination = intValue;
 678   }
 679
 680   @Override
 681   public boolean notifyEnabled(CBK callbackPick)
 682   {
 683     switch (callbackPick)
 684     {
 685     case MESSAGE:
 686     case SCRIPT:
 687     case ECHO:
 688     case LOADSTRUCT:
 689     case ERROR:
 690       return true;
 691     default:
 692       return false;
 693     }
 694   }
 695
 696   /**
 697    * Not implemented - returns null
 698    */
 699   @Override
 700   public String eval(String strEval)
 701   {
 702     return null;
 703   }
 704
 705   /**
 706    * Not implemented - returns null
 707    */
 708   @Override
 709   public float[][] functionXY(String functionName, int x, int y)
 710   {
 711     return null;
 712   }
 713
 714   /**
 715    * Not implemented - returns null
 716    */
 717   @Override
 718   public float[][][] functionXYZ(String functionName, int nx, int ny,
 719           int nz)
 720   {
 721     return null;
 722   }
 723
 724   /**
 725    * Not implemented - returns null
 726    */
 727   @Override
 728   public String createImage(String fileName, String imageType,
 729           Object text_or_bytes, int quality)
 730   {
 731     return null;
 732   }
 733
 734   /**
 735    * Not implemented - returns null
 736    */
 737   @Override
 738   public Map<String, Object> getRegistryInfo()
 739   {
 740     return null;
 741   }
 742
 743   /**
 744    * Not implemented
 745    */
 746   @Override
 747   public void showUrl(String url)
 748   {
 749   }
 750
 751   /**
 752    * Not implemented - returns null
 753    */
 754   @Override
 755   public int[] resizeInnerPanel(String data)
 756   {
 757     return null;
 758   }
 759
 760   @Override
 761   public Map<String, Object> getJSpecViewProperty(String arg0)
 762   {
 763     return null;
 764   }
 765
 766   public boolean isPredictSecondaryStructure()
 767   {
 768     return predictSecondaryStructure;
 769   }
 770
 771   public void setPredictSecondaryStructure(
 772           boolean predictSecondaryStructure)
 773   {
 774     this.predictSecondaryStructure = predictSecondaryStructure;
 775   }
 776
 777   public boolean isVisibleChainAnnotation()
 778   {
 779     return visibleChainAnnotation;
 780   }
 781
 782   public void setVisibleChainAnnotation(boolean visibleChainAnnotation)
 783   {
 784     this.visibleChainAnnotation = visibleChainAnnotation;
 785   }
 786
 787 }