src/jalview/ext/rbvi/chimera/ChimeraCommands.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.rbvi.chimera;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.api.FeatureRenderer;
  26 import jalview.api.SequenceRenderer;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  29 import jalview.datamodel.MappedFeatures;
  30 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.gui.Desktop;
  33 import jalview.renderer.seqfeatures.FeatureColourFinder;
  34 import jalview.structure.StructureCommandsBase;
  35 import jalview.structure.StructureMapping;
  36 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  37 import jalview.util.ColorUtils;
  38 import jalview.util.Comparison;
  39
  40 import java.awt.Color;
  41 import java.util.ArrayList;
  42 import java.util.HashMap;
  43 import java.util.LinkedHashMap;
  44 import java.util.List;
  45 import java.util.Map;
  46 import java.util.Map.Entry;
  47
  48 /**
  49  * Routines for generating Chimera commands for Jalview/Chimera binding
  50  *
  51  * @author JimP
  52  *
  53  */
  54 public class ChimeraCommands extends StructureCommandsBase
  55 {
  56   public static final String NAMESPACE_PREFIX = "jv_";
  57
  58   protected static final String CMD_SEPARATOR = ";";
  59
  60   private static final String CMD_COLOUR_BY_CHARGE = "color white;color red ::ASP;color red ::GLU;color blue ::LYS;color blue ::ARG;color yellow ::CYS";
  61
  62   private static final String CMD_COLOUR_BY_CHAIN = "rainbow chain";
  63
  64   @Override
  65   public String[] colourBySequence(
  66           StructureSelectionManager ssm, String[] files,
  67           SequenceI[][] sequence, SequenceRenderer sr,
  68           AlignmentViewPanel viewPanel)
  69   {
  70     Map<Object, AtomSpecModel> colourMap = buildColoursMap(ssm, files,
  71             sequence, sr, viewPanel);
  72
  73     List<String> colourCommands = buildColourCommands(colourMap);
  74
  75     return colourCommands.toArray(new String[colourCommands.size()]);
  76   }
  77
  78   /**
  79    * Traverse the map of colours/models/chains/positions to construct a list of
  80    * 'color' commands (one per distinct colour used). The format of each command
  81    * is
  82    *
  83    * <pre>
  84    * <blockquote>
  85    * color colorname #modelnumber:range.chain
  86    * e.g. color #00ff00 #0:2.B,4.B,9-12.B|#1:1.A,2-6.A,...
  87    * </blockquote>
  88    * </pre>
  89    *
  90    * @param colourMap
  91    * @return
  92    */
  93   protected List<String> buildColourCommands(
  94           Map<Object, AtomSpecModel> colourMap)
  95   {
  96     /*
  97      * This version concatenates all commands into a single String (semi-colon
  98      * delimited). If length limit issues arise, refactor to return one color
  99      * command per colour.
 100      */
 101     List<String> commands = new ArrayList<>();
 102     StringBuilder sb = new StringBuilder(256);
 103     boolean firstColour = true;
 104     for (Object key : colourMap.keySet())
 105     {
 106       Color colour = (Color) key;
 107       String colourCode = ColorUtils.toTkCode(colour);
 108       if (!firstColour)
 109       {
 110         sb.append("; ");
 111       }
 112       firstColour = false;
 113       final AtomSpecModel colourData = colourMap.get(colour);
 114       sb.append(getColourCommand(colourData, colourCode));
 115     }
 116     commands.add(sb.toString());
 117     return commands;
 118   }
 119
 120   protected String getColourCommand(AtomSpecModel colourData,
 121           String colourCode)
 122   {
 123     return "color " + colourCode + " " + colourData.getAtomSpec();
 124   }
 125
 126   /**
 127    * Traverses a map of { modelNumber, {chain, {list of from-to ranges} } } and
 128    * builds a Chimera format atom spec
 129    *
 130    * @param modelAndChainRanges
 131    */
 132   protected static String getAtomSpec(
 133           Map<Integer, Map<String, List<int[]>>> modelAndChainRanges)
 134   {
 135     StringBuilder sb = new StringBuilder(128);
 136     boolean firstModelForColour = true;
 137     for (Integer model : modelAndChainRanges.keySet())
 138     {
 139       boolean firstPositionForModel = true;
 140       if (!firstModelForColour)
 141       {
 142         sb.append("|");
 143       }
 144       firstModelForColour = false;
 145       sb.append("#").append(model).append(":");
 146
 147       final Map<String, List<int[]>> modelData = modelAndChainRanges
 148               .get(model);
 149       for (String chain : modelData.keySet())
 150       {
 151         boolean hasChain = !"".equals(chain.trim());
 152         for (int[] range : modelData.get(chain))
 153         {
 154           if (!firstPositionForModel)
 155           {
 156             sb.append(",");
 157           }
 158           if (range[0] == range[1])
 159           {
 160             sb.append(range[0]);
 161           }
 162           else
 163           {
 164             sb.append(range[0]).append("-").append(range[1]);
 165           }
 166           if (hasChain)
 167           {
 168             sb.append(".").append(chain);
 169           }
 170           firstPositionForModel = false;
 171         }
 172       }
 173     }
 174     return sb.toString();
 175   }
 176
 177   /**
 178    * <pre>
 179    * Build a data structure which records contiguous subsequences for each colour.
 180    * From this we can easily generate the Chimera command for colour by sequence.
 181    * Color
 182    *     Model number
 183    *         Chain
 184    *             list of start/end ranges
 185    * Ordering is by order of addition (for colours and positions), natural ordering (for models and chains)
 186    * </pre>
 187    *
 188    * @param ssm
 189    * @param files
 190    * @param sequence
 191    * @param sr
 192    * @param viewPanel
 193    * @return
 194    */
 195   protected static Map<Object, AtomSpecModel> buildColoursMap(
 196           StructureSelectionManager ssm, String[] files,
 197           SequenceI[][] sequence, SequenceRenderer sr,
 198           AlignmentViewPanel viewPanel)
 199   {
 200     FeatureRenderer fr = viewPanel.getFeatureRenderer();
 201     FeatureColourFinder finder = new FeatureColourFinder(fr);
 202     AlignViewportI viewport = viewPanel.getAlignViewport();
 203     HiddenColumns cs = viewport.getAlignment().getHiddenColumns();
 204     AlignmentI al = viewport.getAlignment();
 205     Map<Object, AtomSpecModel> colourMap = new LinkedHashMap<>();
 206     Color lastColour = null;
 207
 208     for (int pdbfnum = 0; pdbfnum < files.length; pdbfnum++)
 209     {
 210       final int modelNumber = pdbfnum + getModelStartNo();
 211       StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(files[pdbfnum]);
 212
 213       if (mapping == null || mapping.length < 1)
 214       {
 215         continue;
 216       }
 217
 218       int startPos = -1, lastPos = -1;
 219       String lastChain = "";
 220       for (int s = 0; s < sequence[pdbfnum].length; s++)
 221       {
 222         for (int sp, m = 0; m < mapping.length; m++)
 223         {
 224           final SequenceI seq = sequence[pdbfnum][s];
 225           if (mapping[m].getSequence() == seq
 226                   && (sp = al.findIndex(seq)) > -1)
 227           {
 228             SequenceI asp = al.getSequenceAt(sp);
 229             for (int r = 0; r < asp.getLength(); r++)
 230             {
 231               // no mapping to gaps in sequence
 232               if (Comparison.isGap(asp.getCharAt(r)))
 233               {
 234                 continue;
 235               }
 236               int pos = mapping[m].getPDBResNum(asp.findPosition(r));
 237
 238               if (pos < 1 || pos == lastPos)
 239               {
 240                 continue;
 241               }
 242
 243               Color colour = sr.getResidueColour(seq, r, finder);
 244
 245               /*
 246                * darker colour for hidden regions
 247                */
 248               if (!cs.isVisible(r))
 249               {
 250                 colour = Color.GRAY;
 251               }
 252
 253               final String chain = mapping[m].getChain();
 254
 255               /*
 256                * Just keep incrementing the end position for this colour range
 257                * _unless_ colour, PDB model or chain has changed, or there is a
 258                * gap in the mapped residue sequence
 259                */
 260               final boolean newColour = !colour.equals(lastColour);
 261               final boolean nonContig = lastPos + 1 != pos;
 262               final boolean newChain = !chain.equals(lastChain);
 263               if (newColour || nonContig || newChain)
 264               {
 265                 if (startPos != -1)
 266                 {
 267                   addAtomSpecRange(colourMap, lastColour, modelNumber,
 268                           startPos, lastPos, lastChain);
 269                 }
 270                 startPos = pos;
 271               }
 272               lastColour = colour;
 273               lastPos = pos;
 274               lastChain = chain;
 275             }
 276             // final colour range
 277             if (lastColour != null)
 278             {
 279               addAtomSpecRange(colourMap, lastColour, modelNumber, startPos,
 280                       lastPos, lastChain);
 281             }
 282             // break;
 283           }
 284         }
 285       }
 286     }
 287     return colourMap;
 288   }
 289
 290   /**
 291    * Returns the lowest model number used by the structure viewer
 292    *
 293    * @return
 294    */
 295   protected static int getModelStartNo()
 296   {
 297     return 0;
 298   }
 299
 300   /**
 301    * Helper method to add one contiguous range to the AtomSpec model for the given
 302    * value (creating the model if necessary). As used by Jalview, {@code value} is
 303    * <ul>
 304    * <li>a colour, when building a 'colour structure by sequence' command</li>
 305    * <li>a feature value, when building a 'set Chimera attributes from features'
 306    * command</li>
 307    * </ul>
 308    *
 309    * @param map
 310    * @param value
 311    * @param model
 312    * @param startPos
 313    * @param endPos
 314    * @param chain
 315    */
 316   protected static final void addAtomSpecRange(
 317           Map<Object, AtomSpecModel> map,
 318           Object value, int model, int startPos, int endPos, String chain)
 319   {
 320     /*
 321      * Get/initialize map of data for the colour
 322      */
 323     AtomSpecModel atomSpec = map.get(value);
 324     if (atomSpec == null)
 325     {
 326       atomSpec = new AtomSpecModel();
 327       map.put(value, atomSpec);
 328     }
 329
 330     atomSpec.addRange(model, startPos, endPos, chain);
 331   }
 332
 333   /**
 334    * Constructs and returns Chimera commands to set attributes on residues
 335    * corresponding to features in Jalview. Attribute names are the Jalview feature
 336    * type, with a "jv_" prefix.
 337    *
 338    * @param ssm
 339    * @param files
 340    * @param seqs
 341    * @param viewPanel
 342    * @return
 343    */
 344   @Override
 345   public String[] setAttributesForFeatures(
 346           StructureSelectionManager ssm, String[] files, SequenceI[][] seqs,
 347           AlignmentViewPanel viewPanel)
 348   {
 349     Map<String, Map<Object, AtomSpecModel>> featureMap = buildFeaturesMap(
 350             ssm, files, seqs, viewPanel);
 351
 352     List<String> commands = buildSetAttributeCommands(featureMap);
 353
 354     return commands.toArray(new String[commands.size()]);
 355   }
 356
 357   /**
 358    * <pre>
 359    * Helper method to build a map of
 360    *   { featureType, { feature value, AtomSpecModel } }
 361    * </pre>
 362    *
 363    * @param ssm
 364    * @param files
 365    * @param seqs
 366    * @param viewPanel
 367    * @return
 368    */
 369   protected static Map<String, Map<Object, AtomSpecModel>> buildFeaturesMap(
 370           StructureSelectionManager ssm, String[] files, SequenceI[][] seqs,
 371           AlignmentViewPanel viewPanel)
 372   {
 373     Map<String, Map<Object, AtomSpecModel>> theMap = new LinkedHashMap<>();
 374
 375     FeatureRenderer fr = viewPanel.getFeatureRenderer();
 376     if (fr == null)
 377     {
 378       return theMap;
 379     }
 380
 381     AlignViewportI viewport = viewPanel.getAlignViewport();
 382     List<String> visibleFeatures = fr.getDisplayedFeatureTypes();
 383
 384     /*
 385      * if alignment is showing features from complement, we also transfer
 386      * these features to the corresponding mapped structure residues
 387      */
 388     boolean showLinkedFeatures = viewport.isShowComplementFeatures();
 389     List<String> complementFeatures = new ArrayList<>();
 390     FeatureRenderer complementRenderer = null;
 391     if (showLinkedFeatures)
 392     {
 393       AlignViewportI comp = fr.getViewport().getCodingComplement();
 394       if (comp != null)
 395       {
 396         complementRenderer = Desktop.getAlignFrameFor(comp)
 397                 .getFeatureRenderer();
 398         complementFeatures = complementRenderer.getDisplayedFeatureTypes();
 399       }
 400     }
 401     if (visibleFeatures.isEmpty() && complementFeatures.isEmpty())
 402     {
 403       return theMap;
 404     }
 405
 406     AlignmentI alignment = viewPanel.getAlignment();
 407     for (int pdbfnum = 0; pdbfnum < files.length; pdbfnum++)
 408     {
 409       final int modelNumber = pdbfnum + getModelStartNo();
 410       StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(files[pdbfnum]);
 411
 412       if (mapping == null || mapping.length < 1)
 413       {
 414         continue;
 415       }
 416
 417       for (int seqNo = 0; seqNo < seqs[pdbfnum].length; seqNo++)
 418       {
 419         for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 420         {
 421           final SequenceI seq = seqs[pdbfnum][seqNo];
 422           int sp = alignment.findIndex(seq);
 423           StructureMapping structureMapping = mapping[m];
 424           if (structureMapping.getSequence() == seq && sp > -1)
 425           {
 426             /*
 427              * found a sequence with a mapping to a structure;
 428              * now scan its features
 429              */
 430             if (!visibleFeatures.isEmpty())
 431             {
 432               scanSequenceFeatures(visibleFeatures, structureMapping, seq,
 433                       theMap, modelNumber);
 434             }
 435             if (showLinkedFeatures)
 436             {
 437               scanComplementFeatures(complementRenderer, structureMapping,
 438                       seq, theMap, modelNumber);
 439             }
 440           }
 441         }
 442       }
 443     }
 444     return theMap;
 445   }
 446
 447   /**
 448    * Scans visible features in mapped positions of the CDS/peptide complement, and
 449    * adds any found to the map of attribute values/structure positions
 450    *
 451    * @param complementRenderer
 452    * @param structureMapping
 453    * @param seq
 454    * @param theMap
 455    * @param modelNumber
 456    */
 457   protected static void scanComplementFeatures(
 458           FeatureRenderer complementRenderer,
 459           StructureMapping structureMapping, SequenceI seq,
 460           Map<String, Map<Object, AtomSpecModel>> theMap, int modelNumber)
 461   {
 462     /*
 463      * for each sequence residue mapped to a structure position...
 464      */
 465     for (int seqPos : structureMapping.getMapping().keySet())
 466     {
 467       /*
 468        * find visible complementary features at mapped position(s)
 469        */
 470       MappedFeatures mf = complementRenderer
 471               .findComplementFeaturesAtResidue(seq, seqPos);
 472       if (mf != null)
 473       {
 474         for (SequenceFeature sf : mf.features)
 475         {
 476           String type = sf.getType();
 477
 478           /*
 479            * Don't copy features which originated from Chimera
 480            */
 481           if (JalviewChimeraBinding.CHIMERA_FEATURE_GROUP
 482                   .equals(sf.getFeatureGroup()))
 483           {
 484             continue;
 485           }
 486
 487           /*
 488            * record feature 'value' (score/description/type) as at the
 489            * corresponding structure position
 490            */
 491           List<int[]> mappedRanges = structureMapping
 492                   .getPDBResNumRanges(seqPos, seqPos);
 493
 494           if (!mappedRanges.isEmpty())
 495           {
 496             String value = sf.getDescription();
 497             if (value == null || value.length() == 0)
 498             {
 499               value = type;
 500             }
 501             float score = sf.getScore();
 502             if (score != 0f && !Float.isNaN(score))
 503             {
 504               value = Float.toString(score);
 505             }
 506             Map<Object, AtomSpecModel> featureValues = theMap.get(type);
 507             if (featureValues == null)
 508             {
 509               featureValues = new HashMap<>();
 510               theMap.put(type, featureValues);
 511             }
 512             for (int[] range : mappedRanges)
 513             {
 514               addAtomSpecRange(featureValues, value, modelNumber, range[0],
 515                       range[1], structureMapping.getChain());
 516             }
 517           }
 518         }
 519       }
 520     }
 521   }
 522
 523   /**
 524    * Inspect features on the sequence; for each feature that is visible, determine
 525    * its mapped ranges in the structure (if any) according to the given mapping,
 526    * and add them to the map.
 527    *
 528    * @param visibleFeatures
 529    * @param mapping
 530    * @param seq
 531    * @param theMap
 532    * @param modelNumber
 533    */
 534   protected static void scanSequenceFeatures(List<String> visibleFeatures,
 535           StructureMapping mapping, SequenceI seq,
 536           Map<String, Map<Object, AtomSpecModel>> theMap, int modelNumber)
 537   {
 538     List<SequenceFeature> sfs = seq.getFeatures().getPositionalFeatures(
 539             visibleFeatures.toArray(new String[visibleFeatures.size()]));
 540     for (SequenceFeature sf : sfs)
 541     {
 542       String type = sf.getType();
 543
 544       /*
 545        * Don't copy features which originated from Chimera
 546        */
 547       if (JalviewChimeraBinding.CHIMERA_FEATURE_GROUP
 548               .equals(sf.getFeatureGroup()))
 549       {
 550         continue;
 551       }
 552
 553       List<int[]> mappedRanges = mapping.getPDBResNumRanges(sf.getBegin(),
 554               sf.getEnd());
 555
 556       if (!mappedRanges.isEmpty())
 557       {
 558         String value = sf.getDescription();
 559         if (value == null || value.length() == 0)
 560         {
 561           value = type;
 562         }
 563         float score = sf.getScore();
 564         if (score != 0f && !Float.isNaN(score))
 565         {
 566           value = Float.toString(score);
 567         }
 568         Map<Object, AtomSpecModel> featureValues = theMap.get(type);
 569         if (featureValues == null)
 570         {
 571           featureValues = new HashMap<>();
 572           theMap.put(type, featureValues);
 573         }
 574         for (int[] range : mappedRanges)
 575         {
 576           addAtomSpecRange(featureValues, value, modelNumber, range[0],
 577                   range[1], mapping.getChain());
 578         }
 579       }
 580     }
 581   }
 582
 583   /**
 584    * Traverse the map of features/values/models/chains/positions to construct a
 585    * list of 'setattr' commands (one per distinct feature type and value).
 586    * <p>
 587    * The format of each command is
 588    *
 589    * <pre>
 590    * <blockquote> setattr r <featureName> " " #modelnumber:range.chain
 591    * e.g. setattr r jv_chain &lt;value&gt; #0:2.B,4.B,9-12.B|#1:1.A,2-6.A,...
 592    * </blockquote>
 593    * </pre>
 594    *
 595    * @param featureMap
 596    * @return
 597    */
 598   protected List<String> buildSetAttributeCommands(
 599           Map<String, Map<Object, AtomSpecModel>> featureMap)
 600   {
 601     List<String> commands = new ArrayList<>();
 602     for (String featureType : featureMap.keySet())
 603     {
 604       String attributeName = makeAttributeName(featureType);
 605
 606       /*
 607        * clear down existing attributes for this feature
 608        */
 609       // 'problem' - sets attribute to None on all residues - overkill?
 610       // commands.add("~setattr r " + attributeName + " :*");
 611
 612       Map<Object, AtomSpecModel> values = featureMap.get(featureType);
 613       for (Object value : values.keySet())
 614       {
 615         /*
 616          * for each distinct value recorded for this feature type,
 617          * add a command to set the attribute on the mapped residues
 618          * Put values in single quotes, encoding any embedded single quotes
 619          */
 620         AtomSpecModel atomSpecModel = values.get(value);
 621         String featureValue = value.toString();
 622         featureValue = featureValue.replaceAll("\\'", "&#39;");
 623         String cmd = getSetAttributeCommand(attributeName, featureValue,
 624                 atomSpecModel);
 625         commands.add(cmd);
 626       }
 627     }
 628
 629     return commands;
 630   }
 631
 632   /**
 633    * Returns a viewer command to set the given residue attribute value on
 634    * residues specified by the AtomSpecModel, for example
 635    *
 636    * <pre>
 637    * setatr res jv_chain 'primary' #1:12-34,48-55.B
 638    * </pre>
 639    *
 640    * @param attributeName
 641    * @param attributeValue
 642    * @param atomSpecModel
 643    * @return
 644    */
 645   protected String getSetAttributeCommand(String attributeName,
 646           String attributeValue,
 647           AtomSpecModel atomSpecModel)
 648   {
 649     StringBuilder sb = new StringBuilder(128);
 650     sb.append("setattr res ").append(attributeName).append(" '")
 651             .append(attributeValue).append("' ");
 652     sb.append(atomSpecModel.getAtomSpec());
 653     return sb.toString();
 654   }
 655
 656   /**
 657    * Makes a prefixed and valid Chimera attribute name. A jv_ prefix is applied
 658    * for a 'Jalview' namespace, and any non-alphanumeric character is converted
 659    * to an underscore.
 660    *
 661    * @param featureType
 662    * @return
 663    * @see https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/midas/setattr.html
 664    */
 665   protected static String makeAttributeName(String featureType)
 666   {
 667     StringBuilder sb = new StringBuilder();
 668     if (featureType != null)
 669     {
 670       for (char c : featureType.toCharArray())
 671       {
 672         sb.append(Character.isLetterOrDigit(c) ? c : '_');
 673       }
 674     }
 675     String attName = NAMESPACE_PREFIX + sb.toString();
 676
 677     /*
 678      * Chimera treats an attribute name ending in 'color' as colour-valued;
 679      * Jalview doesn't, so prevent this by appending an underscore
 680      */
 681     if (attName.toUpperCase().endsWith("COLOR"))
 682     {
 683       attName += "_";
 684     }
 685
 686     return attName;
 687   }
 688
 689   @Override
 690   public String colourByChain()
 691   {
 692     return CMD_COLOUR_BY_CHAIN;
 693   }
 694
 695   @Override
 696   public String colourByCharge()
 697   {
 698     return CMD_COLOUR_BY_CHARGE;
 699   }
 700
 701   @Override
 702   public String colourByResidues(Map<String, Color> colours)
 703   {
 704     StringBuilder cmd = new StringBuilder(12 * colours.size());
 705
 706     /*
 707      * concatenate commands like
 708      * color #4949b6 ::VAL
 709      */
 710     for (Entry<String, Color> entry : colours.entrySet())
 711     {
 712       String colorSpec = ColorUtils.toTkCode(entry.getValue());
 713       String resCode = entry.getKey();
 714       cmd.append("color ").append(colorSpec).append(" ::").append(resCode)
 715               .append(CMD_SEPARATOR);
 716     }
 717     return cmd.toString();
 718   }
 719
 720   @Override
 721   public String setBackgroundColour(Color col)
 722   {
 723     return "set bgColor " + ColorUtils.toTkCode(col);
 724   }
 725
 726   @Override
 727   public String focusView()
 728   {
 729     return "focus";
 730   }
 731
 732   @Override
 733   public String showChains(List<String> toShow)
 734   {
 735     /*
 736      * Construct a chimera command like
 737      *
 738      * ~display #*;~ribbon #*;ribbon :.A,:.B
 739      */
 740     StringBuilder cmd = new StringBuilder(64);
 741     boolean first = true;
 742     for (String chain : toShow)
 743     {
 744       String[] tokens = chain.split(":");
 745       if (tokens.length == 2)
 746       {
 747         String showChainCmd = tokens[0] + ":." + tokens[1];
 748         if (!first)
 749         {
 750           cmd.append(",");
 751         }
 752         cmd.append(showChainCmd);
 753         first = false;
 754       }
 755     }
 756
 757     /*
 758      * could append ";focus" to this command to resize the display to fill the
 759      * window, but it looks more helpful not to (easier to relate chains to the
 760      * whole)
 761      */
 762     final String command = "~display #*; ~ribbon #*; ribbon :"
 763             + cmd.toString();
 764     return command;
 765   }
 766
 767 }