src/jalview/gui/AlignFrame.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)\r
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  *  \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.gui;\r
  19 \r
  20 import jalview.analysis.AAFrequency;\r
  21 import jalview.analysis.AlignmentSorter;\r
  22 import jalview.analysis.Conservation;\r
  23 import jalview.analysis.CrossRef;\r
  24 import jalview.analysis.NJTree;\r
  25 import jalview.analysis.ParseProperties;\r
  26 import jalview.analysis.SequenceIdMatcher;\r
  27 import jalview.api.AlignViewControllerI;\r
  28 import jalview.bin.Cache;\r
  29 import jalview.commands.CommandI;\r
  30 import jalview.commands.EditCommand;\r
  31 import jalview.commands.OrderCommand;\r
  32 import jalview.commands.RemoveGapColCommand;\r
  33 import jalview.commands.RemoveGapsCommand;\r
  34 import jalview.commands.SlideSequencesCommand;\r
  35 import jalview.commands.TrimRegionCommand;\r
  36 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;\r
  37 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  38 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;\r
  39 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  40 import jalview.datamodel.AlignmentOrder;\r
  41 import jalview.datamodel.AlignmentView;\r
  42 import jalview.datamodel.ColumnSelection;\r
  43 import jalview.datamodel.PDBEntry;\r
  44 import jalview.datamodel.SeqCigar;\r
  45 import jalview.datamodel.Sequence;\r
  46 import jalview.datamodel.SequenceGroup;\r
  47 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  48 import jalview.io.AlignmentProperties;\r
  49 import jalview.io.AnnotationFile;\r
  50 import jalview.io.FeaturesFile;\r
  51 import jalview.io.FileLoader;\r
  52 import jalview.io.FormatAdapter;\r
  53 import jalview.io.HTMLOutput;\r
  54 import jalview.io.IdentifyFile;\r
  55 import jalview.io.JalviewFileChooser;\r
  56 import jalview.io.JalviewFileView;\r
  57 import jalview.io.JnetAnnotationMaker;\r
  58 import jalview.io.NewickFile;\r
  59 import jalview.io.TCoffeeScoreFile;\r
  60 import jalview.jbgui.GAlignFrame;\r
  61 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;\r
  62 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;\r
  63 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;\r
  64 import jalview.schemes.ColourSchemeI;\r
  65 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;\r
  66 import jalview.schemes.HelixColourScheme;\r
  67 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;\r
  68 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;\r
  69 import jalview.schemes.PIDColourScheme;\r
  70 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;\r
  71 import jalview.schemes.RNAHelicesColourChooser;\r
  72 import jalview.schemes.ResidueProperties;\r
  73 import jalview.schemes.StrandColourScheme;\r
  74 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;\r
  75 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;\r
  76 import jalview.schemes.TurnColourScheme;\r
  77 import jalview.schemes.UserColourScheme;\r
  78 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;\r
  79 import jalview.util.MessageManager;\r
  80 import jalview.ws.jws1.Discoverer;\r
  81 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer;\r
  82 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;\r
  83 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;\r
  84 \r
  85 import java.awt.BorderLayout;\r
  86 import java.awt.Color;\r
  87 import java.awt.Component;\r
  88 import java.awt.GridLayout;\r
  89 import java.awt.Rectangle;\r
  90 import java.awt.Toolkit;\r
  91 import java.awt.datatransfer.Clipboard;\r
  92 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;\r
  93 import java.awt.datatransfer.StringSelection;\r
  94 import java.awt.datatransfer.Transferable;\r
  95 import java.awt.dnd.DnDConstants;\r
  96 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;\r
  97 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;\r
  98 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;\r
  99 import java.awt.dnd.DropTargetListener;\r
 100 import java.awt.event.ActionEvent;\r
 101 import java.awt.event.ActionListener;\r
 102 import java.awt.event.KeyAdapter;\r
 103 import java.awt.event.KeyEvent;\r
 104 import java.awt.event.MouseAdapter;\r
 105 import java.awt.event.MouseEvent;\r
 106 import java.awt.print.PageFormat;\r
 107 import java.awt.print.PrinterJob;\r
 108 import java.beans.PropertyChangeEvent;\r
 109 import java.io.File;\r
 110 import java.net.URL;\r
 111 import java.util.ArrayList;\r
 112 import java.util.Enumeration;\r
 113 import java.util.Hashtable;\r
 114 import java.util.List;\r
 115 import java.util.Vector;\r
 116 \r
 117 import javax.swing.JButton;\r
 118 import javax.swing.JEditorPane;\r
 119 import javax.swing.JInternalFrame;\r
 120 import javax.swing.JLabel;\r
 121 import javax.swing.JLayeredPane;\r
 122 import javax.swing.JMenu;\r
 123 import javax.swing.JMenuItem;\r
 124 import javax.swing.JOptionPane;\r
 125 import javax.swing.JPanel;\r
 126 import javax.swing.JProgressBar;\r
 127 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;\r
 128 import javax.swing.JScrollPane;\r
 129 import javax.swing.SwingUtilities;\r
 130 \r
 131 /**\r
 132  * DOCUMENT ME!\r
 133  * \r
 134  * @author $author$\r
 135  * @version $Revision$\r
 136  */\r
 137 public class AlignFrame extends GAlignFrame implements DropTargetListener,\r
 138         IProgressIndicator\r
 139 {\r
 140 \r
 141   /** DOCUMENT ME!! */\r
 142   public static final int DEFAULT_WIDTH = 700;\r
 143 \r
 144   /** DOCUMENT ME!! */\r
 145   public static final int DEFAULT_HEIGHT = 500;\r
 146 \r
 147   public AlignmentPanel alignPanel;\r
 148 \r
 149   AlignViewport viewport;\r
 150  \r
 151   public AlignViewControllerI avc;\r
 152  \r
 153 \r
 154   Vector alignPanels = new Vector();\r
 155 \r
 156   /**\r
 157    * Last format used to load or save alignments in this window\r
 158    */\r
 159   String currentFileFormat = null;\r
 160 \r
 161   /**\r
 162    * Current filename for this alignment\r
 163    */\r
 164   String fileName = null;\r
 165 \r
 166   /**\r
 167    * Creates a new AlignFrame object with specific width and height.\r
 168    * \r
 169    * @param al\r
 170    * @param width\r
 171    * @param height\r
 172    */\r
 173   public AlignFrame(AlignmentI al, int width, int height)\r
 174   {\r
 175     this(al, null, width, height);\r
 176   }\r
 177 \r
 178   /**\r
 179    * Creates a new AlignFrame object with specific width, height and\r
 180    * sequenceSetId\r
 181    * \r
 182    * @param al\r
 183    * @param width\r
 184    * @param height\r
 185    * @param sequenceSetId\r
 186    */\r
 187   public AlignFrame(AlignmentI al, int width, int height,\r
 188           String sequenceSetId)\r
 189   {\r
 190     this(al, null, width, height, sequenceSetId);\r
 191   }\r
 192 \r
 193   /**\r
 194    * Creates a new AlignFrame object with specific width, height and\r
 195    * sequenceSetId\r
 196    * \r
 197    * @param al\r
 198    * @param width\r
 199    * @param height\r
 200    * @param sequenceSetId\r
 201    * @param viewId\r
 202    */\r
 203   public AlignFrame(AlignmentI al, int width, int height,\r
 204           String sequenceSetId, String viewId)\r
 205   {\r
 206     this(al, null, width, height, sequenceSetId, viewId);\r
 207   }\r
 208 \r
 209   /**\r
 210    * new alignment window with hidden columns\r
 211    * \r
 212    * @param al\r
 213    *          AlignmentI\r
 214    * @param hiddenColumns\r
 215    *          ColumnSelection or null\r
 216    * @param width\r
 217    *          Width of alignment frame\r
 218    * @param height\r
 219    *          height of frame.\r
 220    */\r
 221   public AlignFrame(AlignmentI al, ColumnSelection hiddenColumns,\r
 222           int width, int height)\r
 223   {\r
 224     this(al, hiddenColumns, width, height, null);\r
 225   }\r
 226 \r
 227   /**\r
 228    * Create alignment frame for al with hiddenColumns, a specific width and\r
 229    * height, and specific sequenceId\r
 230    * \r
 231    * @param al\r
 232    * @param hiddenColumns\r
 233    * @param width\r
 234    * @param height\r
 235    * @param sequenceSetId\r
 236    *          (may be null)\r
 237    */\r
 238   public AlignFrame(AlignmentI al, ColumnSelection hiddenColumns,\r
 239           int width, int height, String sequenceSetId)\r
 240   {\r
 241     this(al, hiddenColumns, width, height, sequenceSetId, null);\r
 242   }\r
 243 \r
 244   /**\r
 245    * Create alignment frame for al with hiddenColumns, a specific width and\r
 246    * height, and specific sequenceId\r
 247    * \r
 248    * @param al\r
 249    * @param hiddenColumns\r
 250    * @param width\r
 251    * @param height\r
 252    * @param sequenceSetId\r
 253    *          (may be null)\r
 254    * @param viewId\r
 255    *          (may be null)\r
 256    */\r
 257   public AlignFrame(AlignmentI al, ColumnSelection hiddenColumns,\r
 258           int width, int height, String sequenceSetId, String viewId)\r
 259   {\r
 260     setSize(width, height);\r
 261     viewport = new AlignViewport(al, hiddenColumns, sequenceSetId, viewId);\r
 262 \r
 263     alignPanel = new AlignmentPanel(this, viewport);\r
 264 \r
 265     if (al.getDataset() == null)\r
 266     {\r
 267       al.setDataset(null);\r
 268     }\r
 269 \r
 270     addAlignmentPanel(alignPanel, true);\r
 271     init();\r
 272   }\r
 273 \r
 274   /**\r
 275    * Make a new AlignFrame from exisiting alignmentPanels\r
 276    * \r
 277    * @param ap\r
 278    *          AlignmentPanel\r
 279    * @param av\r
 280    *          AlignViewport\r
 281    */\r
 282   public AlignFrame(AlignmentPanel ap)\r
 283   {\r
 284     viewport = ap.av;\r
 285     alignPanel = ap;\r
 286     addAlignmentPanel(ap, false);\r
 287     init();\r
 288   }\r
 289 \r
 290   /**\r
 291    * initalise the alignframe from the underlying viewport data and the\r
 292    * configurations\r
 293    */\r
 294   void init()\r
 295   {\r
 296     avc = new jalview.controller.AlignViewController(viewport, alignPanel);\r
 297     if (viewport.getAlignmentConservationAnnotation() == null)\r
 298     {\r
 299       BLOSUM62Colour.setEnabled(false);\r
 300       conservationMenuItem.setEnabled(false);\r
 301       modifyConservation.setEnabled(false);\r
 302       // PIDColour.setEnabled(false);\r
 303       // abovePIDThreshold.setEnabled(false);\r
 304       // modifyPID.setEnabled(false);\r
 305     }\r
 306 \r
 307     String sortby = jalview.bin.Cache.getDefault("SORT_ALIGNMENT",\r
 308             "No sort");\r
 309 \r
 310     if (sortby.equals("Id"))\r
 311     {\r
 312       sortIDMenuItem_actionPerformed(null);\r
 313     }\r
 314     else if (sortby.equals("Pairwise Identity"))\r
 315     {\r
 316       sortPairwiseMenuItem_actionPerformed(null);\r
 317     }\r
 318 \r
 319     if (Desktop.desktop != null)\r
 320     {\r
 321       this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(this, this));\r
 322       addServiceListeners();\r
 323       setGUINucleotide(viewport.getAlignment().isNucleotide());\r
 324     }\r
 325 \r
 326     setMenusFromViewport(viewport);\r
 327     buildSortByAnnotationScoresMenu();\r
 328     if (viewport.wrapAlignment)\r
 329     {\r
 330       wrapMenuItem_actionPerformed(null);\r
 331     }\r
 332 \r
 333     if (jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_OVERVIEW", false))\r
 334     {\r
 335       this.overviewMenuItem_actionPerformed(null);\r
 336     }\r
 337 \r
 338     addKeyListener();\r
 339     \r
 340   }\r
 341 \r
 342   /**\r
 343    * Change the filename and format for the alignment, and enable the 'reload'\r
 344    * button functionality.\r
 345    * \r
 346    * @param file\r
 347    *          valid filename\r
 348    * @param format\r
 349    *          format of file\r
 350    */\r
 351   public void setFileName(String file, String format)\r
 352   {\r
 353     fileName = file;\r
 354     currentFileFormat = format;\r
 355     reload.setEnabled(true);\r
 356   }\r
 357 \r
 358   void addKeyListener()\r
 359   {\r
 360     addKeyListener(new KeyAdapter()\r
 361     {\r
 362       @Override\r
 363       public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 364       {\r
 365         if (viewport.cursorMode\r
 366                 && ((evt.getKeyCode() >= KeyEvent.VK_0 && evt.getKeyCode() <= KeyEvent.VK_9) || (evt\r
 367                         .getKeyCode() >= KeyEvent.VK_NUMPAD0 && evt\r
 368                         .getKeyCode() <= KeyEvent.VK_NUMPAD9))\r
 369                 && Character.isDigit(evt.getKeyChar()))\r
 370           alignPanel.seqPanel.numberPressed(evt.getKeyChar());\r
 371 \r
 372         switch (evt.getKeyCode())\r
 373         {\r
 374 \r
 375         case 27: // escape key\r
 376           deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
 377 \r
 378           break;\r
 379 \r
 380         case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 381           if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 382             moveSelectedSequences(false);\r
 383           if (viewport.cursorMode)\r
 384             alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, 1);\r
 385           break;\r
 386 \r
 387         case KeyEvent.VK_UP:\r
 388           if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 389             moveSelectedSequences(true);\r
 390           if (viewport.cursorMode)\r
 391             alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, -1);\r
 392 \r
 393           break;\r
 394 \r
 395         case KeyEvent.VK_LEFT:\r
 396           if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 397             slideSequences(false, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 398           else\r
 399             alignPanel.seqPanel.moveCursor(-1, 0);\r
 400 \r
 401           break;\r
 402 \r
 403         case KeyEvent.VK_RIGHT:\r
 404           if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 405             slideSequences(true, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 406           else\r
 407             alignPanel.seqPanel.moveCursor(1, 0);\r
 408           break;\r
 409 \r
 410         case KeyEvent.VK_SPACE:\r
 411           if (viewport.cursorMode)\r
 412           {\r
 413             alignPanel.seqPanel.insertGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 414                     || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 415           }\r
 416           break;\r
 417 \r
 418         // case KeyEvent.VK_A:\r
 419         // if (viewport.cursorMode)\r
 420         // {\r
 421         // alignPanel.seqPanel.insertNucAtCursor(false,"A");\r
 422         // //System.out.println("A");\r
 423         // }\r
 424         // break;\r
 425         /*\r
 426          * case KeyEvent.VK_CLOSE_BRACKET: if (viewport.cursorMode) {\r
 427          * System.out.println("closing bracket"); } break;\r
 428          */\r
 429         case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 430         case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 431           if (!viewport.cursorMode)\r
 432           {\r
 433             cut_actionPerformed(null);\r
 434           }\r
 435           else\r
 436           {\r
 437             alignPanel.seqPanel.deleteGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 438                     || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 439           }\r
 440 \r
 441           break;\r
 442 \r
 443         case KeyEvent.VK_S:\r
 444           if (viewport.cursorMode)\r
 445           {\r
 446             alignPanel.seqPanel.setCursorRow();\r
 447           }\r
 448           break;\r
 449         case KeyEvent.VK_C:\r
 450           if (viewport.cursorMode && !evt.isControlDown())\r
 451           {\r
 452             alignPanel.seqPanel.setCursorColumn();\r
 453           }\r
 454           break;\r
 455         case KeyEvent.VK_P:\r
 456           if (viewport.cursorMode)\r
 457           {\r
 458             alignPanel.seqPanel.setCursorPosition();\r
 459           }\r
 460           break;\r
 461 \r
 462         case KeyEvent.VK_ENTER:\r
 463         case KeyEvent.VK_COMMA:\r
 464           if (viewport.cursorMode)\r
 465           {\r
 466             alignPanel.seqPanel.setCursorRowAndColumn();\r
 467           }\r
 468           break;\r
 469 \r
 470         case KeyEvent.VK_Q:\r
 471           if (viewport.cursorMode)\r
 472           {\r
 473             alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(true);\r
 474           }\r
 475           break;\r
 476         case KeyEvent.VK_M:\r
 477           if (viewport.cursorMode)\r
 478           {\r
 479             alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(false);\r
 480           }\r
 481           break;\r
 482 \r
 483         case KeyEvent.VK_F2:\r
 484           viewport.cursorMode = !viewport.cursorMode;\r
 485           statusBar.setText(MessageManager.formatMessage("label.keyboard_editing_mode", new String[]{(viewport.cursorMode ? "on" : "off")}));\r
 486           if (viewport.cursorMode)\r
 487           {\r
 488             alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorX = viewport.startRes;\r
 489             alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY = viewport.startSeq;\r
 490           }\r
 491           alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 492           break;\r
 493 \r
 494         case KeyEvent.VK_F1:\r
 495           try\r
 496           {\r
 497             ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();\r
 498             java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl,\r
 499                     "help/help");\r
 500             javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);\r
 501 \r
 502             javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();\r
 503             hb.setCurrentID("home");\r
 504             hb.setDisplayed(true);\r
 505           } catch (Exception ex)\r
 506           {\r
 507             ex.printStackTrace();\r
 508           }\r
 509           break;\r
 510         case KeyEvent.VK_H:\r
 511         {\r
 512           boolean toggleSeqs = !evt.isControlDown();\r
 513           boolean toggleCols = !evt.isShiftDown();\r
 514           toggleHiddenRegions(toggleSeqs, toggleCols);\r
 515           break;\r
 516         }\r
 517         case KeyEvent.VK_PAGE_UP:\r
 518           if (viewport.wrapAlignment)\r
 519           {\r
 520             alignPanel.scrollUp(true);\r
 521           }\r
 522           else\r
 523           {\r
 524             alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 525                     - viewport.endSeq + viewport.startSeq);\r
 526           }\r
 527           break;\r
 528         case KeyEvent.VK_PAGE_DOWN:\r
 529           if (viewport.wrapAlignment)\r
 530           {\r
 531             alignPanel.scrollUp(false);\r
 532           }\r
 533           else\r
 534           {\r
 535             alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 536                     + viewport.endSeq - viewport.startSeq);\r
 537           }\r
 538           break;\r
 539         }\r
 540       }\r
 541 \r
 542       @Override\r
 543       public void keyReleased(KeyEvent evt)\r
 544       {\r
 545         switch (evt.getKeyCode())\r
 546         {\r
 547         case KeyEvent.VK_LEFT:\r
 548           if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 549             viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport\r
 550                     .getAlignment().getSequences());\r
 551           break;\r
 552 \r
 553         case KeyEvent.VK_RIGHT:\r
 554           if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 555             viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport\r
 556                     .getAlignment().getSequences());\r
 557           break;\r
 558         }\r
 559       }\r
 560     });\r
 561   }\r
 562 \r
 563   public void addAlignmentPanel(final AlignmentPanel ap, boolean newPanel)\r
 564   {\r
 565     ap.alignFrame = this;\r
 566     avc = new jalview.controller.AlignViewController(viewport, alignPanel);\r
 567 \r
 568     alignPanels.addElement(ap);\r
 569 \r
 570     PaintRefresher.Register(ap, ap.av.getSequenceSetId());\r
 571 \r
 572     int aSize = alignPanels.size();\r
 573 \r
 574     tabbedPane.setVisible(aSize > 1 || ap.av.viewName != null);\r
 575 \r
 576     if (aSize == 1 && ap.av.viewName == null)\r
 577     {\r
 578       this.getContentPane().add(ap, BorderLayout.CENTER);\r
 579     }\r
 580     else\r
 581     {\r
 582       if (aSize == 2)\r
 583       {\r
 584         setInitialTabVisible();\r
 585       }\r
 586 \r
 587       expandViews.setEnabled(true);\r
 588       gatherViews.setEnabled(true);\r
 589       tabbedPane.addTab(ap.av.viewName, ap);\r
 590 \r
 591       ap.setVisible(false);\r
 592     }\r
 593 \r
 594     if (newPanel)\r
 595     {\r
 596       if (ap.av.isPadGaps())\r
 597       {\r
 598         ap.av.getAlignment().padGaps();\r
 599       }\r
 600       ap.av.updateConservation(ap);\r
 601       ap.av.updateConsensus(ap);\r
 602       ap.av.updateStrucConsensus(ap);\r
 603     }\r
 604   }\r
 605 \r
 606   public void setInitialTabVisible()\r
 607   {\r
 608     expandViews.setEnabled(true);\r
 609     gatherViews.setEnabled(true);\r
 610     tabbedPane.setVisible(true);\r
 611     AlignmentPanel first = (AlignmentPanel) alignPanels.firstElement();\r
 612     tabbedPane.addTab(first.av.viewName, first);\r
 613     this.getContentPane().add(tabbedPane, BorderLayout.CENTER);\r
 614   }\r
 615 \r
 616   public AlignViewport getViewport()\r
 617   {\r
 618     return viewport;\r
 619   }\r
 620 \r
 621   /* Set up intrinsic listeners for dynamically generated GUI bits. */\r
 622   private void addServiceListeners()\r
 623   {\r
 624     final java.beans.PropertyChangeListener thisListener;\r
 625     Desktop.instance.addJalviewPropertyChangeListener("services",\r
 626             thisListener = new java.beans.PropertyChangeListener()\r
 627             {\r
 628               @Override\r
 629               public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)\r
 630               {\r
 631                 // // System.out.println("Discoverer property change.");\r
 632                 // if (evt.getPropertyName().equals("services"))\r
 633                 {\r
 634                   SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 635                   {\r
 636 \r
 637                     @Override\r
 638                     public void run()\r
 639                     {\r
 640                       System.err\r
 641                               .println("Rebuild WS Menu for service change");\r
 642                       BuildWebServiceMenu();\r
 643                     }\r
 644 \r
 645                   });\r
 646                 }\r
 647               }\r
 648             });\r
 649     addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()\r
 650     {\r
 651       @Override\r
 652       public void internalFrameClosed(\r
 653               javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
 654       {\r
 655         System.out.println("deregistering discoverer listener");\r
 656         Desktop.instance.removeJalviewPropertyChangeListener("services",\r
 657                 thisListener);\r
 658         closeMenuItem_actionPerformed(true);\r
 659       };\r
 660     });\r
 661     // Finally, build the menu once to get current service state\r
 662     new Thread(new Runnable()\r
 663     {\r
 664       @Override\r
 665       public void run()\r
 666       {\r
 667         BuildWebServiceMenu();\r
 668       }\r
 669     }).start();\r
 670   }\r
 671 \r
 672   public void setGUINucleotide(boolean nucleotide)\r
 673   {\r
 674     showTranslation.setVisible(nucleotide);\r
 675     conservationMenuItem.setEnabled(!nucleotide);\r
 676     modifyConservation.setEnabled(!nucleotide);\r
 677     showGroupConservation.setEnabled(!nucleotide);\r
 678     rnahelicesColour.setEnabled(nucleotide);\r
 679     purinePyrimidineColour.setEnabled(nucleotide);\r
 680     // Remember AlignFrame always starts as protein\r
 681     // if (!nucleotide)\r
 682     // {\r
 683     // showTr\r
 684     // calculateMenu.remove(calculateMenu.getItemCount() - 2);\r
 685     // }\r
 686   }\r
 687 \r
 688   /**\r
 689    * set up menus for the currently viewport. This may be called after any\r
 690    * operation that affects the data in the current view (selection changed,\r
 691    * etc) to update the menus to reflect the new state.\r
 692    */\r
 693   public void setMenusForViewport()\r
 694   {\r
 695     setMenusFromViewport(viewport);\r
 696   }\r
 697 \r
 698   /**\r
 699    * Need to call this method when tabs are selected for multiple views, or when\r
 700    * loading from Jalview2XML.java\r
 701    * \r
 702    * @param av\r
 703    *          AlignViewport\r
 704    */\r
 705   void setMenusFromViewport(AlignViewport av)\r
 706   {\r
 707     padGapsMenuitem.setSelected(av.isPadGaps());\r
 708     colourTextMenuItem.setSelected(av.showColourText);\r
 709     abovePIDThreshold.setSelected(av.getAbovePIDThreshold());\r
 710     conservationMenuItem.setSelected(av.getConservationSelected());\r
 711     seqLimits.setSelected(av.getShowJVSuffix());\r
 712     idRightAlign.setSelected(av.rightAlignIds);\r
 713     centreColumnLabelsMenuItem.setState(av.centreColumnLabels);\r
 714     renderGapsMenuItem.setSelected(av.renderGaps);\r
 715     wrapMenuItem.setSelected(av.wrapAlignment);\r
 716     scaleAbove.setVisible(av.wrapAlignment);\r
 717     scaleLeft.setVisible(av.wrapAlignment);\r
 718     scaleRight.setVisible(av.wrapAlignment);\r
 719     annotationPanelMenuItem.setState(av.showAnnotation);\r
 720     viewBoxesMenuItem.setSelected(av.showBoxes);\r
 721     viewTextMenuItem.setSelected(av.showText);\r
 722     showNonconservedMenuItem.setSelected(av.getShowUnconserved());\r
 723     showGroupConsensus.setSelected(av.isShowGroupConsensus());\r
 724     showGroupConservation.setSelected(av.isShowGroupConservation());\r
 725     showConsensusHistogram.setSelected(av.isShowConsensusHistogram());\r
 726     showSequenceLogo.setSelected(av.isShowSequenceLogo());\r
 727     normaliseSequenceLogo.setSelected(av.isNormaliseSequenceLogo());\r
 728 \r
 729     setColourSelected(ColourSchemeProperty.getColourName(av\r
 730             .getGlobalColourScheme()));\r
 731 \r
 732     showSeqFeatures.setSelected(av.showSequenceFeatures);\r
 733     hiddenMarkers.setState(av.showHiddenMarkers);\r
 734     applyToAllGroups.setState(av.getColourAppliesToAllGroups());\r
 735     showNpFeatsMenuitem.setSelected(av.isShowNpFeats());\r
 736     showDbRefsMenuitem.setSelected(av.isShowDbRefs());\r
 737     autoCalculate.setSelected(av.autoCalculateConsensus);\r
 738     sortByTree.setSelected(av.sortByTree);\r
 739     listenToViewSelections.setSelected(av.followSelection);\r
 740     rnahelicesColour.setEnabled(av.getAlignment().hasRNAStructure());\r
 741     rnahelicesColour\r
 742             .setSelected(av.getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.RNAHelicesColour);\r
 743     setShowProductsEnabled();\r
 744     updateEditMenuBar();\r
 745   }\r
 746 \r
 747   // methods for implementing IProgressIndicator\r
 748   // need to refactor to a reusable stub class\r
 749   Hashtable progressBars, progressBarHandlers;\r
 750 \r
 751   /*\r
 752    * (non-Javadoc)\r
 753    * \r
 754    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)\r
 755    */\r
 756   @Override\r
 757   public void setProgressBar(String message, long id)\r
 758   {\r
 759     if (progressBars == null)\r
 760     {\r
 761       progressBars = new Hashtable();\r
 762       progressBarHandlers = new Hashtable();\r
 763     }\r
 764 \r
 765     JPanel progressPanel;\r
 766     Long lId = new Long(id);\r
 767     GridLayout layout = (GridLayout) statusPanel.getLayout();\r
 768     if (progressBars.get(lId) != null)\r
 769     {\r
 770       progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));\r
 771       statusPanel.remove(progressPanel);\r
 772       progressBars.remove(lId);\r
 773       progressPanel = null;\r
 774       if (message != null)\r
 775       {\r
 776         statusBar.setText(message);\r
 777       }\r
 778       if (progressBarHandlers.contains(lId))\r
 779       {\r
 780         progressBarHandlers.remove(lId);\r
 781       }\r
 782       layout.setRows(layout.getRows() - 1);\r
 783     }\r
 784     else\r
 785     {\r
 786       progressPanel = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));\r
 787 \r
 788       JProgressBar progressBar = new JProgressBar();\r
 789       progressBar.setIndeterminate(true);\r
 790 \r
 791       progressPanel.add(new JLabel(message), BorderLayout.WEST);\r
 792       progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);\r
 793 \r
 794       layout.setRows(layout.getRows() + 1);\r
 795       statusPanel.add(progressPanel);\r
 796 \r
 797       progressBars.put(lId, progressPanel);\r
 798     }\r
 799     // update GUI\r
 800     // setMenusForViewport();\r
 801     validate();\r
 802   }\r
 803 \r
 804   @Override\r
 805   public void registerHandler(final long id,\r
 806           final IProgressIndicatorHandler handler)\r
 807   {\r
 808     if (progressBarHandlers == null || !progressBars.contains(new Long(id)))\r
 809     {\r
 810       throw new Error(\r
 811               "call setProgressBar before registering the progress bar's handler.");\r
 812     }\r
 813     progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);\r
 814     final JPanel progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));\r
 815     if (handler.canCancel())\r
 816     {\r
 817       JButton cancel = new JButton(MessageManager.getString("action.cancel"));\r
 818       final IProgressIndicator us = this;\r
 819       cancel.addActionListener(new ActionListener()\r
 820       {\r
 821 \r
 822         @Override\r
 823         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 824         {\r
 825           handler.cancelActivity(id);\r
 826           us.setProgressBar(\r
 827                   "Cancelled "\r
 828                           + ((JLabel) progressPanel.getComponent(0))\r
 829                                   .getText(), id);\r
 830         }\r
 831       });\r
 832       progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);\r
 833     }\r
 834   }\r
 835 \r
 836   /**\r
 837    * \r
 838    * @return true if any progress bars are still active\r
 839    */\r
 840   @Override\r
 841   public boolean operationInProgress()\r
 842   {\r
 843     if (progressBars != null && progressBars.size() > 0)\r
 844     {\r
 845       return true;\r
 846     }\r
 847     return false;\r
 848   }\r
 849 \r
 850   /*\r
 851    * Added so Castor Mapping file can obtain Jalview Version\r
 852    */\r
 853   public String getVersion()\r
 854   {\r
 855     return jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION");\r
 856   }\r
 857 \r
 858   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()\r
 859   {\r
 860     return alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer();\r
 861   }\r
 862 \r
 863   @Override\r
 864   public void fetchSequence_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 865   {\r
 866     new SequenceFetcher(this);\r
 867   }\r
 868 \r
 869   @Override\r
 870   public void addFromFile_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 871   {\r
 872     Desktop.instance.inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(viewport);\r
 873   }\r
 874 \r
 875   @Override\r
 876   public void reload_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 877   {\r
 878     if (fileName != null)\r
 879     {\r
 880       // TODO: JAL-1108 - ensure all associated frames are closed regardless of\r
 881       // originating file's format\r
 882       // TODO: work out how to recover feature settings for correct view(s) when\r
 883       // file is reloaded.\r
 884       if (currentFileFormat.equals("Jalview"))\r
 885       {\r
 886         JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();\r
 887         for (int i = 0; i < frames.length; i++)\r
 888         {\r
 889           if (frames[i] instanceof AlignFrame && frames[i] != this\r
 890                   && ((AlignFrame) frames[i]).fileName != null\r
 891                   && ((AlignFrame) frames[i]).fileName.equals(fileName))\r
 892           {\r
 893             try\r
 894             {\r
 895               frames[i].setSelected(true);\r
 896               Desktop.instance.closeAssociatedWindows();\r
 897             } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)\r
 898             {\r
 899             }\r
 900           }\r
 901 \r
 902         }\r
 903         Desktop.instance.closeAssociatedWindows();\r
 904 \r
 905         FileLoader loader = new FileLoader();\r
 906         String protocol = fileName.startsWith("http:") ? "URL" : "File";\r
 907         loader.LoadFile(viewport, fileName, protocol, currentFileFormat);\r
 908       }\r
 909       else\r
 910       {\r
 911         Rectangle bounds = this.getBounds();\r
 912 \r
 913         FileLoader loader = new FileLoader();\r
 914         String protocol = fileName.startsWith("http:") ? "URL" : "File";\r
 915         AlignFrame newframe = loader.LoadFileWaitTillLoaded(fileName,\r
 916                 protocol, currentFileFormat);\r
 917 \r
 918         newframe.setBounds(bounds);\r
 919         if (featureSettings != null && featureSettings.isShowing())\r
 920         {\r
 921           final Rectangle fspos = featureSettings.frame.getBounds();\r
 922           // TODO: need a 'show feature settings' function that takes bounds -\r
 923           // need to refactor Desktop.addFrame\r
 924           newframe.featureSettings_actionPerformed(null);\r
 925           final FeatureSettings nfs = newframe.featureSettings;\r
 926           SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 927           {\r
 928             @Override\r
 929             public void run()\r
 930             {\r
 931               nfs.frame.setBounds(fspos);\r
 932             }\r
 933           });\r
 934           this.featureSettings.close();\r
 935           this.featureSettings = null;\r
 936         }\r
 937         this.closeMenuItem_actionPerformed(true);\r
 938       }\r
 939     }\r
 940   }\r
 941 \r
 942   @Override\r
 943   public void addFromText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 944   {\r
 945     Desktop.instance.inputTextboxMenuItem_actionPerformed(viewport);\r
 946   }\r
 947 \r
 948   @Override\r
 949   public void addFromURL_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 950   {\r
 951     Desktop.instance.inputURLMenuItem_actionPerformed(viewport);\r
 952   }\r
 953 \r
 954   @Override\r
 955   public void save_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 956   {\r
 957     if (fileName == null\r
 958             || (currentFileFormat == null || !jalview.io.FormatAdapter\r
 959                     .isValidIOFormat(currentFileFormat, true))\r
 960             || fileName.startsWith("http"))\r
 961     {\r
 962       saveAs_actionPerformed(null);\r
 963     }\r
 964     else\r
 965     {\r
 966       saveAlignment(fileName, currentFileFormat);\r
 967     }\r
 968   }\r
 969 \r
 970   /**\r
 971    * DOCUMENT ME!\r
 972    * \r
 973    * @param e\r
 974    *          DOCUMENT ME!\r
 975    */\r
 976   @Override\r
 977   public void saveAs_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 978   {\r
 979     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(\r
 980             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),\r
 981             jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITABLE_EXTENSIONS,\r
 982             jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITABLE_FNAMES,\r
 983             currentFileFormat, false);\r
 984 \r
 985     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 986     chooser.setDialogTitle("Save Alignment to file");\r
 987     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));\r
 988 \r
 989     int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 990 \r
 991     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 992     {\r
 993       currentFileFormat = chooser.getSelectedFormat();\r
 994       if (currentFileFormat == null)\r
 995       {\r
 996         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 997                 MessageManager.getString("label.select_file_format_before_saving"),\r
 998                 MessageManager.getString("label.file_format_not_specified"), JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 999         value = chooser.showSaveDialog(this);\r
1000         return;\r
1001       }\r
1002 \r
1003       fileName = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
1004 \r
1005       jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT",\r
1006               currentFileFormat);\r
1007 \r
1008       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", fileName);\r
1009       if (currentFileFormat.indexOf(" ") > -1)\r
1010       {\r
1011         currentFileFormat = currentFileFormat.substring(0,\r
1012                 currentFileFormat.indexOf(" "));\r
1013       }\r
1014       saveAlignment(fileName, currentFileFormat);\r
1015     }\r
1016   }\r
1017 \r
1018   public boolean saveAlignment(String file, String format)\r
1019   {\r
1020     boolean success = true;\r
1021 \r
1022     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
1023     {\r
1024       String shortName = title;\r
1025 \r
1026       if (shortName.indexOf(java.io.File.separatorChar) > -1)\r
1027       {\r
1028         shortName = shortName.substring(shortName\r
1029                 .lastIndexOf(java.io.File.separatorChar) + 1);\r
1030       }\r
1031 \r
1032       success = new Jalview2XML().SaveAlignment(this, file, shortName);\r
1033 \r
1034       statusBar.setText(MessageManager.formatMessage("label.successfully_saved_to_file_in_format",new String[]{fileName, format}));\r
1035 \r
1036 \r
1037     }\r
1038     else\r
1039     {\r
1040       if (!jalview.io.AppletFormatAdapter.isValidFormat(format, true))\r
1041       {\r
1042         warningMessage("Cannot save file " + fileName + " using format "\r
1043                 + format, "Alignment output format not supported");\r
1044         saveAs_actionPerformed(null);\r
1045         // JBPNote need to have a raise_gui flag here\r
1046         return false;\r
1047       }\r
1048 \r
1049       String[] omitHidden = null;\r
1050 \r
1051       if (viewport.hasHiddenColumns())\r
1052       {\r
1053         int reply = JOptionPane\r
1054                 .showInternalConfirmDialog(\r
1055                         Desktop.desktop,\r
1056                         MessageManager.getString("label.alignment_contains_hidden_columns"),\r
1057                         MessageManager.getString("action.save_omit_hidden_columns"),\r
1058                         JOptionPane.YES_NO_OPTION,\r
1059                         JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);\r
1060 \r
1061         if (reply == JOptionPane.YES_OPTION)\r
1062         {\r
1063           omitHidden = viewport.getViewAsString(false);\r
1064         }\r
1065       }\r
1066       FormatAdapter f = new FormatAdapter();\r
1067       String output = f.formatSequences(format,\r
1068               viewport.getAlignment(), // class cast exceptions will\r
1069               // occur in the distant future\r
1070               omitHidden, f.getCacheSuffixDefault(format),\r
1071               viewport.getColumnSelection());\r
1072 \r
1073       if (output == null)\r
1074       {\r
1075         success = false;\r
1076       }\r
1077       else\r
1078       {\r
1079         try\r
1080         {\r
1081           java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(\r
1082                   new java.io.FileWriter(file));\r
1083 \r
1084           out.print(output);\r
1085           out.close();\r
1086           this.setTitle(file);\r
1087           statusBar.setText(MessageManager.formatMessage("label.successfully_saved_to_file_in_format",new String[]{fileName, format}));\r
1088         } catch (Exception ex)\r
1089         {\r
1090           success = false;\r
1091           ex.printStackTrace();\r
1092         }\r
1093       }\r
1094     }\r
1095 \r
1096     if (!success)\r
1097     {\r
1098       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, MessageManager.formatMessage("label.couldnt_save_file", new String[]{fileName}),\r
1099               MessageManager.getString("label.error_saving_file"), JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1100     }\r
1101 \r
1102     return success;\r
1103   }\r
1104 \r
1105   private void warningMessage(String warning, String title)\r
1106   {\r
1107     if (new jalview.util.Platform().isHeadless())\r
1108     {\r
1109       System.err.println("Warning: " + title + "\nWarning: " + warning);\r
1110 \r
1111     }\r
1112     else\r
1113     {\r
1114       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, warning, title,\r
1115               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1116     }\r
1117     return;\r
1118   }\r
1119 \r
1120   /**\r
1121    * DOCUMENT ME!\r
1122    * \r
1123    * @param e\r
1124    *          DOCUMENT ME!\r
1125    */\r
1126   @Override\r
1127   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1128   {\r
1129     String[] omitHidden = null;\r
1130 \r
1131     if (viewport.hasHiddenColumns())\r
1132     {\r
1133       int reply = JOptionPane\r
1134               .showInternalConfirmDialog(\r
1135                       Desktop.desktop,\r
1136                       MessageManager.getString("label.alignment_contains_hidden_columns"),\r
1137                       MessageManager.getString("action.save_omit_hidden_columns"),\r
1138                       JOptionPane.YES_NO_OPTION,\r
1139                       JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);\r
1140 \r
1141       if (reply == JOptionPane.YES_OPTION)\r
1142       {\r
1143         omitHidden = viewport.getViewAsString(false);\r
1144       }\r
1145     }\r
1146 \r
1147     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
1148     cap.setForInput(null);\r
1149 \r
1150     try\r
1151     {\r
1152       cap.setText(new FormatAdapter().formatSequences(e.getActionCommand(),\r
1153               viewport.getAlignment(), omitHidden,\r
1154               viewport.getColumnSelection()));\r
1155       Desktop.addInternalFrame(cap,\r
1156               MessageManager.formatMessage("label.alignment_output_command", new String[]{e.getActionCommand()}), 600, 500);\r
1157     } catch (OutOfMemoryError oom)\r
1158     {\r
1159       new OOMWarning("Outputting alignment as " + e.getActionCommand(), oom);\r
1160       cap.dispose();\r
1161     }\r
1162 \r
1163   }\r
1164 \r
1165   /**\r
1166    * DOCUMENT ME!\r
1167    * \r
1168    * @param e\r
1169    *          DOCUMENT ME!\r
1170    */\r
1171   @Override\r
1172   protected void htmlMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1173   {\r
1174     new HTMLOutput(alignPanel,\r
1175             alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getSequenceRenderer(),\r
1176             alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());\r
1177   }\r
1178 \r
1179   public void createImageMap(File file, String image)\r
1180   {\r
1181     alignPanel.makePNGImageMap(file, image);\r
1182   }\r
1183 \r
1184   /**\r
1185    * DOCUMENT ME!\r
1186    * \r
1187    * @param e\r
1188    *          DOCUMENT ME!\r
1189    */\r
1190   @Override\r
1191   public void createPNG(File f)\r
1192   {\r
1193     alignPanel.makePNG(f);\r
1194   }\r
1195 \r
1196   /**\r
1197    * DOCUMENT ME!\r
1198    * \r
1199    * @param e\r
1200    *          DOCUMENT ME!\r
1201    */\r
1202   @Override\r
1203   public void createEPS(File f)\r
1204   {\r
1205     alignPanel.makeEPS(f);\r
1206   }\r
1207 \r
1208   @Override\r
1209   public void pageSetup_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1210   {\r
1211     PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();\r
1212     PrintThread.pf = printJob.pageDialog(printJob.defaultPage());\r
1213   }\r
1214 \r
1215   /**\r
1216    * DOCUMENT ME!\r
1217    * \r
1218    * @param e\r
1219    *          DOCUMENT ME!\r
1220    */\r
1221   @Override\r
1222   public void printMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1223   {\r
1224     // Putting in a thread avoids Swing painting problems\r
1225     PrintThread thread = new PrintThread(alignPanel);\r
1226     thread.start();\r
1227   }\r
1228 \r
1229   @Override\r
1230   public void exportFeatures_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1231   {\r
1232     new AnnotationExporter().exportFeatures(alignPanel);\r
1233   }\r
1234 \r
1235   @Override\r
1236   public void exportAnnotations_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1237   {\r
1238     new AnnotationExporter().exportAnnotations(alignPanel,\r
1239             viewport.showAnnotation ? viewport.getAlignment()\r
1240                     .getAlignmentAnnotation() : null, viewport\r
1241                     .getAlignment().getGroups(), ((Alignment) viewport\r
1242                     .getAlignment()).alignmentProperties);\r
1243   }\r
1244 \r
1245   @Override\r
1246   public void associatedData_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1247   {\r
1248     // Pick the tree file\r
1249     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(\r
1250             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));\r
1251     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
1252     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.load_jalview_annotations"));\r
1253     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("label.load_jalview_annotations"));\r
1254 \r
1255     int value = chooser.showOpenDialog(null);\r
1256 \r
1257     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
1258     {\r
1259       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
1260       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice);\r
1261       loadJalviewDataFile(choice, null, null, null);\r
1262     }\r
1263 \r
1264   }\r
1265 \r
1266   /**\r
1267    * Close the current view or all views in the alignment frame. If the frame\r
1268    * only contains one view then the alignment will be removed from memory.\r
1269    * \r
1270    * @param closeAllTabs\r
1271    */\r
1272   @Override\r
1273   public void closeMenuItem_actionPerformed(boolean closeAllTabs)\r
1274   {\r
1275     if (alignPanels != null && alignPanels.size() < 2)\r
1276     {\r
1277       closeAllTabs = true;\r
1278     }\r
1279 \r
1280     try\r
1281     {\r
1282       if (alignPanels != null)\r
1283       {\r
1284         if (closeAllTabs)\r
1285         {\r
1286           if (this.isClosed())\r
1287           {\r
1288             // really close all the windows - otherwise wait till\r
1289             // setClosed(true) is called\r
1290             for (int i = 0; i < alignPanels.size(); i++)\r
1291             {\r
1292               AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) alignPanels.elementAt(i);\r
1293               ap.closePanel();\r
1294             }\r
1295           }\r
1296         }\r
1297         else\r
1298         {\r
1299           closeView(alignPanel);\r
1300         }\r
1301       }\r
1302 \r
1303       if (closeAllTabs)\r
1304       {\r
1305         this.setClosed(true);\r
1306       }\r
1307     } catch (Exception ex)\r
1308     {\r
1309       ex.printStackTrace();\r
1310     }\r
1311   }\r
1312 \r
1313   /**\r
1314    * close alignPanel2 and shuffle tabs appropriately.\r
1315    * \r
1316    * @param alignPanel2\r
1317    */\r
1318   public void closeView(AlignmentPanel alignPanel2)\r
1319   {\r
1320     int index = tabbedPane.getSelectedIndex();\r
1321     int closedindex = tabbedPane.indexOfComponent(alignPanel2);\r
1322     alignPanels.removeElement(alignPanel2);\r
1323     // Unnecessary\r
1324     // if (viewport == alignPanel2.av)\r
1325     // {\r
1326     // viewport = null;\r
1327     // }\r
1328     alignPanel2.closePanel();\r
1329     alignPanel2 = null;\r
1330 \r
1331     tabbedPane.removeTabAt(closedindex);\r
1332     tabbedPane.validate();\r
1333 \r
1334     if (index > closedindex || index == tabbedPane.getTabCount())\r
1335     {\r
1336       // modify currently selected tab index if necessary.\r
1337       index--;\r
1338     }\r
1339 \r
1340     this.tabSelectionChanged(index);\r
1341   }\r
1342 \r
1343   /**\r
1344    * DOCUMENT ME!\r
1345    */\r
1346   void updateEditMenuBar()\r
1347   {\r
1348 \r
1349     if (viewport.historyList.size() > 0)\r
1350     {\r
1351       undoMenuItem.setEnabled(true);\r
1352       CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.peek();\r
1353       undoMenuItem.setText(MessageManager.formatMessage("label.undo_command", new String[]{command.getDescription()}));\r
1354     }\r
1355     else\r
1356     {\r
1357       undoMenuItem.setEnabled(false);\r
1358       undoMenuItem.setText(MessageManager.getString("action.undo"));\r
1359     }\r
1360 \r
1361     if (viewport.redoList.size() > 0)\r
1362     {\r
1363       redoMenuItem.setEnabled(true);\r
1364 \r
1365       CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.peek();\r
1366       redoMenuItem.setText(MessageManager.formatMessage("label.redo_command", new String[]{command.getDescription()}));\r
1367     }\r
1368     else\r
1369     {\r
1370       redoMenuItem.setEnabled(false);\r
1371       redoMenuItem.setText(MessageManager.getString("action.redo"));\r
1372     }\r
1373   }\r
1374 \r
1375   public void addHistoryItem(CommandI command)\r
1376   {\r
1377     if (command.getSize() > 0)\r
1378     {\r
1379       viewport.historyList.push(command);\r
1380       viewport.redoList.clear();\r
1381       updateEditMenuBar();\r
1382       viewport.updateHiddenColumns();\r
1383       // viewport.hasHiddenColumns = (viewport.getColumnSelection() != null\r
1384       // && viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null &&\r
1385       // viewport.getColumnSelection()\r
1386       // .getHiddenColumns().size() > 0);\r
1387     }\r
1388   }\r
1389 \r
1390   /**\r
1391    * \r
1392    * @return alignment objects for all views\r
1393    */\r
1394   AlignmentI[] getViewAlignments()\r
1395   {\r
1396     if (alignPanels != null)\r
1397     {\r
1398       Enumeration e = alignPanels.elements();\r
1399       AlignmentI[] als = new AlignmentI[alignPanels.size()];\r
1400       for (int i = 0; e.hasMoreElements(); i++)\r
1401       {\r
1402         als[i] = ((AlignmentPanel) e.nextElement()).av.getAlignment();\r
1403       }\r
1404       return als;\r
1405     }\r
1406     if (viewport != null)\r
1407     {\r
1408       return new AlignmentI[]\r
1409       { viewport.getAlignment() };\r
1410     }\r
1411     return null;\r
1412   }\r
1413 \r
1414   /**\r
1415    * DOCUMENT ME!\r
1416    * \r
1417    * @param e\r
1418    *          DOCUMENT ME!\r
1419    */\r
1420   @Override\r
1421   protected void undoMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1422   {\r
1423     if (viewport.historyList.empty())\r
1424       return;\r
1425     CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.pop();\r
1426     viewport.redoList.push(command);\r
1427     command.undoCommand(getViewAlignments());\r
1428 \r
1429     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1430     updateEditMenuBar();\r
1431 \r
1432     if (originalSource != null)\r
1433     {\r
1434       if (originalSource != viewport)\r
1435       {\r
1436         Cache.log\r
1437                 .warn("Implementation worry: mismatch of viewport origin for undo");\r
1438       }\r
1439       originalSource.updateHiddenColumns();\r
1440       // originalSource.hasHiddenColumns = (viewport.getColumnSelection() !=\r
1441       // null\r
1442       // && viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null &&\r
1443       // viewport.getColumnSelection()\r
1444       // .getHiddenColumns().size() > 0);\r
1445       originalSource.firePropertyChange("alignment", null, originalSource\r
1446               .getAlignment().getSequences());\r
1447     }\r
1448   }\r
1449 \r
1450   /**\r
1451    * DOCUMENT ME!\r
1452    * \r
1453    * @param e\r
1454    *          DOCUMENT ME!\r
1455    */\r
1456   @Override\r
1457   protected void redoMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1458   {\r
1459     if (viewport.redoList.size() < 1)\r
1460     {\r
1461       return;\r
1462     }\r
1463 \r
1464     CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.pop();\r
1465     viewport.historyList.push(command);\r
1466     command.doCommand(getViewAlignments());\r
1467 \r
1468     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1469     updateEditMenuBar();\r
1470 \r
1471     if (originalSource != null)\r
1472     {\r
1473 \r
1474       if (originalSource != viewport)\r
1475       {\r
1476         Cache.log\r
1477                 .warn("Implementation worry: mismatch of viewport origin for redo");\r
1478       }\r
1479       originalSource.updateHiddenColumns();\r
1480       // originalSource.hasHiddenColumns = (viewport.getColumnSelection() !=\r
1481       // null\r
1482       // && viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null &&\r
1483       // viewport.getColumnSelection()\r
1484       // .getHiddenColumns().size() > 0);\r
1485       originalSource.firePropertyChange("alignment", null, originalSource\r
1486               .getAlignment().getSequences());\r
1487     }\r
1488   }\r
1489 \r
1490   AlignViewport getOriginatingSource(CommandI command)\r
1491   {\r
1492     AlignViewport originalSource = null;\r
1493     // For sequence removal and addition, we need to fire\r
1494     // the property change event FROM the viewport where the\r
1495     // original alignment was altered\r
1496     AlignmentI al = null;\r
1497     if (command instanceof EditCommand)\r
1498     {\r
1499       EditCommand editCommand = (EditCommand) command;\r
1500       al = editCommand.getAlignment();\r
1501       Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
1502               .getSequenceSetId());\r
1503 \r
1504       for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
1505       {\r
1506         if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
1507         {\r
1508           if (al == ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av.getAlignment())\r
1509           {\r
1510             originalSource = ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av;\r
1511             break;\r
1512           }\r
1513         }\r
1514       }\r
1515     }\r
1516 \r
1517     if (originalSource == null)\r
1518     {\r
1519       // The original view is closed, we must validate\r
1520       // the current view against the closed view first\r
1521       if (al != null)\r
1522       {\r
1523         PaintRefresher.validateSequences(al, viewport.getAlignment());\r
1524       }\r
1525 \r
1526       originalSource = viewport;\r
1527     }\r
1528 \r
1529     return originalSource;\r
1530   }\r
1531 \r
1532   /**\r
1533    * DOCUMENT ME!\r
1534    * \r
1535    * @param up\r
1536    *          DOCUMENT ME!\r
1537    */\r
1538   public void moveSelectedSequences(boolean up)\r
1539   {\r
1540     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1541 \r
1542     if (sg == null)\r
1543     {\r
1544       return;\r
1545     }\r
1546     viewport.getAlignment().moveSelectedSequencesByOne(sg,\r
1547             viewport.getHiddenRepSequences(), up);\r
1548     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1549   }\r
1550 \r
1551   synchronized void slideSequences(boolean right, int size)\r
1552   {\r
1553     List<SequenceI> sg = new Vector();\r
1554     if (viewport.cursorMode)\r
1555     {\r
1556       sg.add(viewport.getAlignment().getSequenceAt(\r
1557               alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY));\r
1558     }\r
1559     else if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
1560             && viewport.getSelectionGroup().getSize() != viewport\r
1561                     .getAlignment().getHeight())\r
1562     {\r
1563       sg = viewport.getSelectionGroup().getSequences(\r
1564               viewport.getHiddenRepSequences());\r
1565     }\r
1566 \r
1567     if (sg.size() < 1)\r
1568     {\r
1569       return;\r
1570     }\r
1571 \r
1572     Vector invertGroup = new Vector();\r
1573 \r
1574     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getHeight(); i++)\r
1575     {\r
1576       if (!sg.contains(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
1577         invertGroup.add(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
1578     }\r
1579 \r
1580     SequenceI[] seqs1 = sg.toArray(new SequenceI[0]);\r
1581 \r
1582     SequenceI[] seqs2 = new SequenceI[invertGroup.size()];\r
1583     for (int i = 0; i < invertGroup.size(); i++)\r
1584       seqs2[i] = (SequenceI) invertGroup.elementAt(i);\r
1585 \r
1586     SlideSequencesCommand ssc;\r
1587     if (right)\r
1588       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs2, seqs1,\r
1589               size, viewport.getGapCharacter());\r
1590     else\r
1591       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs1, seqs2,\r
1592               size, viewport.getGapCharacter());\r
1593 \r
1594     int groupAdjustment = 0;\r
1595     if (ssc.getGapsInsertedBegin() && right)\r
1596     {\r
1597       if (viewport.cursorMode)\r
1598         alignPanel.seqPanel.moveCursor(size, 0);\r
1599       else\r
1600         groupAdjustment = size;\r
1601     }\r
1602     else if (!ssc.getGapsInsertedBegin() && !right)\r
1603     {\r
1604       if (viewport.cursorMode)\r
1605         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-size, 0);\r
1606       else\r
1607         groupAdjustment = -size;\r
1608     }\r
1609 \r
1610     if (groupAdjustment != 0)\r
1611     {\r
1612       viewport.getSelectionGroup().setStartRes(\r
1613               viewport.getSelectionGroup().getStartRes() + groupAdjustment);\r
1614       viewport.getSelectionGroup().setEndRes(\r
1615               viewport.getSelectionGroup().getEndRes() + groupAdjustment);\r
1616     }\r
1617 \r
1618     boolean appendHistoryItem = false;\r
1619     if (viewport.historyList != null && viewport.historyList.size() > 0\r
1620             && viewport.historyList.peek() instanceof SlideSequencesCommand)\r
1621     {\r
1622       appendHistoryItem = ssc\r
1623               .appendSlideCommand((SlideSequencesCommand) viewport.historyList\r
1624                       .peek());\r
1625     }\r
1626 \r
1627     if (!appendHistoryItem)\r
1628       addHistoryItem(ssc);\r
1629 \r
1630     repaint();\r
1631   }\r
1632 \r
1633   /**\r
1634    * DOCUMENT ME!\r
1635    * \r
1636    * @param e\r
1637    *          DOCUMENT ME!\r
1638    */\r
1639   @Override\r
1640   protected void copy_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1641   {\r
1642     System.gc();\r
1643     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
1644     {\r
1645       return;\r
1646     }\r
1647     // TODO: preserve the ordering of displayed alignment annotation in any\r
1648     // internal paste (particularly sequence associated annotation)\r
1649     SequenceI[] seqs = viewport.getSelectionAsNewSequence();\r
1650     String[] omitHidden = null;\r
1651 \r
1652     if (viewport.hasHiddenColumns())\r
1653     {\r
1654       omitHidden = viewport.getViewAsString(true);\r
1655     }\r
1656 \r
1657     String output = new FormatAdapter().formatSequences("Fasta", seqs,\r
1658             omitHidden);\r
1659 \r
1660     StringSelection ss = new StringSelection(output);\r
1661 \r
1662     try\r
1663     {\r
1664       jalview.gui.Desktop.internalCopy = true;\r
1665       // Its really worth setting the clipboard contents\r
1666       // to empty before setting the large StringSelection!!\r
1667       Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard()\r
1668               .setContents(new StringSelection(""), null);\r
1669 \r
1670       Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard()\r
1671               .setContents(ss, Desktop.instance);\r
1672     } catch (OutOfMemoryError er)\r
1673     {\r
1674       new OOMWarning("copying region", er);\r
1675       return;\r
1676     }\r
1677 \r
1678     Vector hiddenColumns = null;\r
1679     if (viewport.hasHiddenColumns())\r
1680     {\r
1681       hiddenColumns = new Vector();\r
1682       int hiddenOffset = viewport.getSelectionGroup().getStartRes(), hiddenCutoff = viewport\r
1683               .getSelectionGroup().getEndRes();\r
1684       for (int i = 0; i < viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns()\r
1685               .size(); i++)\r
1686       {\r
1687         int[] region = (int[]) viewport.getColumnSelection()\r
1688                 .getHiddenColumns().elementAt(i);\r
1689         if (region[0] >= hiddenOffset && region[1] <= hiddenCutoff)\r
1690         {\r
1691           hiddenColumns.addElement(new int[]\r
1692           { region[0] - hiddenOffset, region[1] - hiddenOffset });\r
1693         }\r
1694       }\r
1695     }\r
1696 \r
1697     Desktop.jalviewClipboard = new Object[]\r
1698     { seqs, viewport.getAlignment().getDataset(), hiddenColumns };\r
1699     statusBar.setText(MessageManager.formatMessage("label.copied_sequences_to_clipboard", new String[]{Integer.valueOf(seqs.length).toString()}));\r
1700   }\r
1701 \r
1702   /**\r
1703    * DOCUMENT ME!\r
1704    * \r
1705    * @param e\r
1706    *          DOCUMENT ME!\r
1707    */\r
1708   @Override\r
1709   protected void pasteNew_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1710   {\r
1711     paste(true);\r
1712   }\r
1713 \r
1714   /**\r
1715    * DOCUMENT ME!\r
1716    * \r
1717    * @param e\r
1718    *          DOCUMENT ME!\r
1719    */\r
1720   @Override\r
1721   protected void pasteThis_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1722   {\r
1723     paste(false);\r
1724   }\r
1725 \r
1726   /**\r
1727    * Paste contents of Jalview clipboard\r
1728    * \r
1729    * @param newAlignment\r
1730    *          true to paste to a new alignment, otherwise add to this.\r
1731    */\r
1732   void paste(boolean newAlignment)\r
1733   {\r
1734     boolean externalPaste = true;\r
1735     try\r
1736     {\r
1737       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();\r
1738       Transferable contents = c.getContents(this);\r
1739 \r
1740       if (contents == null)\r
1741       {\r
1742         return;\r
1743       }\r
1744 \r
1745       String str, format;\r
1746       try\r
1747       {\r
1748         str = (String) contents.getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);\r
1749         if (str.length() < 1)\r
1750         {\r
1751           return;\r
1752         }\r
1753 \r
1754         format = new IdentifyFile().Identify(str, "Paste");\r
1755 \r
1756       } catch (OutOfMemoryError er)\r
1757       {\r
1758         new OOMWarning("Out of memory pasting sequences!!", er);\r
1759         return;\r
1760       }\r
1761 \r
1762       SequenceI[] sequences;\r
1763       boolean annotationAdded = false;\r
1764       AlignmentI alignment = null;\r
1765 \r
1766       if (Desktop.jalviewClipboard != null)\r
1767       {\r
1768         // The clipboard was filled from within Jalview, we must use the\r
1769         // sequences\r
1770         // And dataset from the copied alignment\r
1771         SequenceI[] newseq = (SequenceI[]) Desktop.jalviewClipboard[0];\r
1772         // be doubly sure that we create *new* sequence objects.\r
1773         sequences = new SequenceI[newseq.length];\r
1774         for (int i = 0; i < newseq.length; i++)\r
1775         {\r
1776           sequences[i] = new Sequence(newseq[i]);\r
1777         }\r
1778         alignment = new Alignment(sequences);\r
1779         externalPaste = false;\r
1780       }\r
1781       else\r
1782       {\r
1783         // parse the clipboard as an alignment.\r
1784         alignment = new FormatAdapter().readFile(str, "Paste", format);\r
1785         sequences = alignment.getSequencesArray();\r
1786       }\r
1787 \r
1788       int alwidth = 0;\r
1789       ArrayList<Integer> newGraphGroups = new ArrayList<Integer>();\r
1790       int fgroup = -1;\r
1791 \r
1792       if (newAlignment)\r
1793       {\r
1794 \r
1795         if (Desktop.jalviewClipboard != null)\r
1796         {\r
1797           // dataset is inherited\r
1798           alignment.setDataset((Alignment) Desktop.jalviewClipboard[1]);\r
1799         }\r
1800         else\r
1801         {\r
1802           // new dataset is constructed\r
1803           alignment.setDataset(null);\r
1804         }\r
1805         alwidth = alignment.getWidth() + 1;\r
1806       }\r
1807       else\r
1808       {\r
1809         AlignmentI pastedal = alignment; // preserve pasted alignment object\r
1810         // Add pasted sequences and dataset into existing alignment.\r
1811         alignment = viewport.getAlignment();\r
1812         alwidth = alignment.getWidth() + 1;\r
1813         // decide if we need to import sequences from an existing dataset\r
1814         boolean importDs = Desktop.jalviewClipboard != null\r
1815                 && Desktop.jalviewClipboard[1] != alignment.getDataset();\r
1816         // importDs==true instructs us to copy over new dataset sequences from\r
1817         // an existing alignment\r
1818         Vector newDs = (importDs) ? new Vector() : null; // used to create\r
1819         // minimum dataset set\r
1820 \r
1821         for (int i = 0; i < sequences.length; i++)\r
1822         {\r
1823           if (importDs)\r
1824           {\r
1825             newDs.addElement(null);\r
1826           }\r
1827           SequenceI ds = sequences[i].getDatasetSequence(); // null for a simple\r
1828           // paste\r
1829           if (importDs && ds != null)\r
1830           {\r
1831             if (!newDs.contains(ds))\r
1832             {\r
1833               newDs.setElementAt(ds, i);\r
1834               ds = new Sequence(ds);\r
1835               // update with new dataset sequence\r
1836               sequences[i].setDatasetSequence(ds);\r
1837             }\r
1838             else\r
1839             {\r
1840               ds = sequences[newDs.indexOf(ds)].getDatasetSequence();\r
1841             }\r
1842           }\r
1843           else\r
1844           {\r
1845             // copy and derive new dataset sequence\r
1846             sequences[i] = sequences[i].deriveSequence();\r
1847             alignment.getDataset().addSequence(\r
1848                     sequences[i].getDatasetSequence());\r
1849             // TODO: avoid creation of duplicate dataset sequences with a\r
1850             // 'contains' method using SequenceI.equals()/SequenceI.contains()\r
1851           }\r
1852           alignment.addSequence(sequences[i]); // merges dataset\r
1853         }\r
1854         if (newDs != null)\r
1855         {\r
1856           newDs.clear(); // tidy up\r
1857         }\r
1858         if (alignment.getAlignmentAnnotation() != null)\r
1859         {\r
1860           for (AlignmentAnnotation alan : alignment\r
1861                   .getAlignmentAnnotation())\r
1862           {\r
1863             if (alan.graphGroup > fgroup)\r
1864             {\r
1865               fgroup = alan.graphGroup;\r
1866             }\r
1867           }\r
1868         }\r
1869         if (pastedal.getAlignmentAnnotation() != null)\r
1870         {\r
1871           // Add any annotation attached to alignment.\r
1872           AlignmentAnnotation[] alann = pastedal.getAlignmentAnnotation();\r
1873           for (int i = 0; i < alann.length; i++)\r
1874           {\r
1875             annotationAdded = true;\r
1876             if (alann[i].sequenceRef == null && !alann[i].autoCalculated)\r
1877             {\r
1878               AlignmentAnnotation newann = new AlignmentAnnotation(alann[i]);\r
1879               if (newann.graphGroup > -1)\r
1880               {\r
1881                 if (newGraphGroups.size() <= newann.graphGroup\r
1882                         || newGraphGroups.get(newann.graphGroup) == null)\r
1883                 {\r
1884                   for (int q = newGraphGroups.size(); q <= newann.graphGroup; q++)\r
1885                   {\r
1886                     newGraphGroups.add(q, null);\r
1887                   }\r
1888                   newGraphGroups.set(newann.graphGroup, new Integer(\r
1889                           ++fgroup));\r
1890                 }\r
1891                 newann.graphGroup = newGraphGroups.get(newann.graphGroup)\r
1892                         .intValue();\r
1893               }\r
1894 \r
1895               newann.padAnnotation(alwidth);\r
1896               alignment.addAnnotation(newann);\r
1897             }\r
1898           }\r
1899         }\r
1900       }\r
1901       if (!newAlignment)\r
1902       {\r
1903         // /////\r
1904         // ADD HISTORY ITEM\r
1905         //\r
1906         addHistoryItem(new EditCommand("Add sequences", EditCommand.PASTE,\r
1907                 sequences, 0, alignment.getWidth(), alignment));\r
1908       }\r
1909       // Add any annotations attached to sequences\r
1910       for (int i = 0; i < sequences.length; i++)\r
1911       {\r
1912         if (sequences[i].getAnnotation() != null)\r
1913         {\r
1914           AlignmentAnnotation newann;\r
1915           for (int a = 0; a < sequences[i].getAnnotation().length; a++)\r
1916           {\r
1917             annotationAdded = true;\r
1918             newann = sequences[i].getAnnotation()[a];\r
1919             newann.adjustForAlignment();\r
1920             newann.padAnnotation(alwidth);\r
1921             if (newann.graphGroup > -1)\r
1922             {\r
1923               if (newann.graphGroup > -1)\r
1924               {\r
1925                 if (newGraphGroups.size() <= newann.graphGroup\r
1926                         || newGraphGroups.get(newann.graphGroup) == null)\r
1927                 {\r
1928                   for (int q = newGraphGroups.size(); q <= newann.graphGroup; q++)\r
1929                   {\r
1930                     newGraphGroups.add(q, null);\r
1931                   }\r
1932                   newGraphGroups.set(newann.graphGroup, new Integer(\r
1933                           ++fgroup));\r
1934                 }\r
1935                 newann.graphGroup = newGraphGroups.get(newann.graphGroup)\r
1936                         .intValue();\r
1937               }\r
1938             }\r
1939             alignment.addAnnotation(sequences[i].getAnnotation()[a]); // annotation\r
1940             // was\r
1941             // duplicated\r
1942             // earlier\r
1943             alignment\r
1944                     .setAnnotationIndex(sequences[i].getAnnotation()[a], a);\r
1945           }\r
1946         }\r
1947       }\r
1948       if (!newAlignment)\r
1949       {\r
1950 \r
1951         // propagate alignment changed.\r
1952         viewport.setEndSeq(alignment.getHeight());\r
1953         if (annotationAdded)\r
1954         {\r
1955           // Duplicate sequence annotation in all views.\r
1956           AlignmentI[] alview = this.getViewAlignments();\r
1957           for (int i = 0; i < sequences.length; i++)\r
1958           {\r
1959             AlignmentAnnotation sann[] = sequences[i].getAnnotation();\r
1960             if (sann == null)\r
1961               continue;\r
1962             for (int avnum = 0; avnum < alview.length; avnum++)\r
1963             {\r
1964               if (alview[avnum] != alignment)\r
1965               {\r
1966                 // duplicate in a view other than the one with input focus\r
1967                 int avwidth = alview[avnum].getWidth() + 1;\r
1968                 // this relies on sann being preserved after we\r
1969                 // modify the sequence's annotation array for each duplication\r
1970                 for (int a = 0; a < sann.length; a++)\r
1971                 {\r
1972                   AlignmentAnnotation newann = new AlignmentAnnotation(\r
1973                           sann[a]);\r
1974                   sequences[i].addAlignmentAnnotation(newann);\r
1975                   newann.padAnnotation(avwidth);\r
1976                   alview[avnum].addAnnotation(newann); // annotation was\r
1977                   // duplicated earlier\r
1978                   // TODO JAL-1145 graphGroups are not updated for sequence\r
1979                   // annotation added to several views. This may cause\r
1980                   // strangeness\r
1981                   alview[avnum].setAnnotationIndex(newann, a);\r
1982                 }\r
1983               }\r
1984             }\r
1985           }\r
1986           buildSortByAnnotationScoresMenu();\r
1987         }\r
1988         viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
1989                 alignment.getSequences());\r
1990         if (alignPanels != null)\r
1991         {\r
1992           for (AlignmentPanel ap : ((Vector<AlignmentPanel>) alignPanels))\r
1993           {\r
1994             ap.validateAnnotationDimensions(false);\r
1995           }\r
1996         }\r
1997         else\r
1998         {\r
1999           alignPanel.validateAnnotationDimensions(false);\r
2000         }\r
2001 \r
2002       }\r
2003       else\r
2004       {\r
2005         AlignFrame af = new AlignFrame(alignment, DEFAULT_WIDTH,\r
2006                 DEFAULT_HEIGHT);\r
2007         String newtitle = new String("Copied sequences");\r
2008 \r
2009         if (Desktop.jalviewClipboard != null\r
2010                 && Desktop.jalviewClipboard[2] != null)\r
2011         {\r
2012           Vector hc = (Vector) Desktop.jalviewClipboard[2];\r
2013           for (int i = 0; i < hc.size(); i++)\r
2014           {\r
2015             int[] region = (int[]) hc.elementAt(i);\r
2016             af.viewport.hideColumns(region[0], region[1]);\r
2017           }\r
2018         }\r
2019 \r
2020         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is\r
2021         // found!!<<<\r
2022         af.alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer()\r
2023                 .transferSettings(\r
2024                         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());\r
2025 \r
2026         // TODO: maintain provenance of an alignment, rather than just make the\r
2027         // title a concatenation of operations.\r
2028         if (!externalPaste)\r
2029         {\r
2030           if (title.startsWith("Copied sequences"))\r
2031           {\r
2032             newtitle = title;\r
2033           }\r
2034           else\r
2035           {\r
2036             newtitle = newtitle.concat("- from " + title);\r
2037           }\r
2038         }\r
2039         else\r
2040         {\r
2041           newtitle = new String("Pasted sequences");\r
2042         }\r
2043 \r
2044         Desktop.addInternalFrame(af, newtitle, DEFAULT_WIDTH,\r
2045                 DEFAULT_HEIGHT);\r
2046 \r
2047       }\r
2048 \r
2049     } catch (Exception ex)\r
2050     {\r
2051       ex.printStackTrace();\r
2052       System.out.println("Exception whilst pasting: " + ex);\r
2053       // could be anything being pasted in here\r
2054     }\r
2055 \r
2056   }\r
2057 \r
2058   /**\r
2059    * DOCUMENT ME!\r
2060    * \r
2061    * @param e\r
2062    *          DOCUMENT ME!\r
2063    */\r
2064   @Override\r
2065   protected void cut_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2066   {\r
2067     copy_actionPerformed(null);\r
2068     delete_actionPerformed(null);\r
2069   }\r
2070 \r
2071   /**\r
2072    * DOCUMENT ME!\r
2073    * \r
2074    * @param e\r
2075    *          DOCUMENT ME!\r
2076    */\r
2077   @Override\r
2078   protected void delete_actionPerformed(ActionEvent evt)\r
2079   {\r
2080 \r
2081     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
2082     if (sg == null)\r
2083     {\r
2084       return;\r
2085     }\r
2086 \r
2087     Vector seqs = new Vector();\r
2088     SequenceI seq;\r
2089     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
2090     {\r
2091       seq = sg.getSequenceAt(i);\r
2092       seqs.addElement(seq);\r
2093     }\r
2094 \r
2095     // If the cut affects all sequences, remove highlighted columns\r
2096     if (sg.getSize() == viewport.getAlignment().getHeight())\r
2097     {\r
2098       viewport.getColumnSelection().removeElements(sg.getStartRes(),\r
2099               sg.getEndRes() + 1);\r
2100     }\r
2101 \r
2102     SequenceI[] cut = new SequenceI[seqs.size()];\r
2103     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
2104     {\r
2105       cut[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
2106     }\r
2107 \r
2108     /*\r
2109      * //ADD HISTORY ITEM\r
2110      */\r
2111     addHistoryItem(new EditCommand("Cut Sequences", EditCommand.CUT, cut,\r
2112             sg.getStartRes(), sg.getEndRes() - sg.getStartRes() + 1,\r
2113             viewport.getAlignment()));\r
2114 \r
2115     viewport.setSelectionGroup(null);\r
2116     viewport.sendSelection();\r
2117     viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
2118 \r
2119     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2120             .getSequences());\r
2121     if (viewport.getAlignment().getHeight() < 1)\r
2122     {\r
2123       try\r
2124       {\r
2125         this.setClosed(true);\r
2126       } catch (Exception ex)\r
2127       {\r
2128       }\r
2129     }\r
2130   }\r
2131 \r
2132   /**\r
2133    * DOCUMENT ME!\r
2134    * \r
2135    * @param e\r
2136    *          DOCUMENT ME!\r
2137    */\r
2138   @Override\r
2139   protected void deleteGroups_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2140   {\r
2141     if (avc.deleteGroups()) {\r
2142       PaintRefresher.Refresh(this, viewport.getSequenceSetId());\r
2143       alignPanel.updateAnnotation();\r
2144       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2145     }\r
2146   }\r
2147 \r
2148   /**\r
2149    * DOCUMENT ME!\r
2150    * \r
2151    * @param e\r
2152    *          DOCUMENT ME!\r
2153    */\r
2154   @Override\r
2155   public void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2156   {\r
2157     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
2158 \r
2159     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2160     {\r
2161       sg.addSequence(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
2162     }\r
2163 \r
2164     sg.setEndRes(viewport.getAlignment().getWidth() - 1);\r
2165     viewport.setSelectionGroup(sg);\r
2166     viewport.sendSelection();\r
2167     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2168     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
2169   }\r
2170 \r
2171   /**\r
2172    * DOCUMENT ME!\r
2173    * \r
2174    * @param e\r
2175    *          DOCUMENT ME!\r
2176    */\r
2177   @Override\r
2178   public void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2179   {\r
2180     if (viewport.cursorMode)\r
2181     {\r
2182       alignPanel.seqPanel.keyboardNo1 = null;\r
2183       alignPanel.seqPanel.keyboardNo2 = null;\r
2184     }\r
2185     viewport.setSelectionGroup(null);\r
2186     viewport.getColumnSelection().clear();\r
2187     viewport.setSelectionGroup(null);\r
2188     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
2189     alignPanel.idPanel.idCanvas.searchResults = null;\r
2190     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2191     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
2192     viewport.sendSelection();\r
2193   }\r
2194 \r
2195   /**\r
2196    * DOCUMENT ME!\r
2197    * \r
2198    * @param e\r
2199    *          DOCUMENT ME!\r
2200    */\r
2201   @Override\r
2202   public void invertSequenceMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2203   {\r
2204     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
2205 \r
2206     if (sg == null)\r
2207     {\r
2208       selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
2209 \r
2210       return;\r
2211     }\r
2212 \r
2213     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2214     {\r
2215       sg.addOrRemove(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
2216     }\r
2217 \r
2218     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2219     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
2220     viewport.sendSelection();\r
2221   }\r
2222 \r
2223   @Override\r
2224   public void invertColSel_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2225   {\r
2226     viewport.invertColumnSelection();\r
2227     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2228     viewport.sendSelection();\r
2229   }\r
2230 \r
2231   /**\r
2232    * DOCUMENT ME!\r
2233    * \r
2234    * @param e\r
2235    *          DOCUMENT ME!\r
2236    */\r
2237   @Override\r
2238   public void remove2LeftMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2239   {\r
2240     trimAlignment(true);\r
2241   }\r
2242 \r
2243   /**\r
2244    * DOCUMENT ME!\r
2245    * \r
2246    * @param e\r
2247    *          DOCUMENT ME!\r
2248    */\r
2249   @Override\r
2250   public void remove2RightMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2251   {\r
2252     trimAlignment(false);\r
2253   }\r
2254 \r
2255   void trimAlignment(boolean trimLeft)\r
2256   {\r
2257     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
2258     int column;\r
2259 \r
2260     if (colSel.size() > 0)\r
2261     {\r
2262       if (trimLeft)\r
2263       {\r
2264         column = colSel.getMin();\r
2265       }\r
2266       else\r
2267       {\r
2268         column = colSel.getMax();\r
2269       }\r
2270 \r
2271       SequenceI[] seqs;\r
2272       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2273       {\r
2274         seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2275                 viewport.getHiddenRepSequences());\r
2276       }\r
2277       else\r
2278       {\r
2279         seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2280       }\r
2281 \r
2282       TrimRegionCommand trimRegion;\r
2283       if (trimLeft)\r
2284       {\r
2285         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Left",\r
2286                 TrimRegionCommand.TRIM_LEFT, seqs, column,\r
2287                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
2288                 viewport.getSelectionGroup());\r
2289         viewport.setStartRes(0);\r
2290       }\r
2291       else\r
2292       {\r
2293         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Right",\r
2294                 TrimRegionCommand.TRIM_RIGHT, seqs, column,\r
2295                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
2296                 viewport.getSelectionGroup());\r
2297       }\r
2298 \r
2299       statusBar.setText(MessageManager.formatMessage("label.removed_columns", new String[]{Integer.valueOf(trimRegion.getSize()).toString()}));\r
2300 \r
2301       addHistoryItem(trimRegion);\r
2302 \r
2303       for (SequenceGroup sg : viewport.getAlignment().getGroups())\r
2304       {\r
2305         if ((trimLeft && !sg.adjustForRemoveLeft(column))\r
2306                 || (!trimLeft && !sg.adjustForRemoveRight(column)))\r
2307         {\r
2308           viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
2309         }\r
2310       }\r
2311 \r
2312       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport\r
2313               .getAlignment().getSequences());\r
2314     }\r
2315   }\r
2316 \r
2317   /**\r
2318    * DOCUMENT ME!\r
2319    * \r
2320    * @param e\r
2321    *          DOCUMENT ME!\r
2322    */\r
2323   @Override\r
2324   public void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2325   {\r
2326     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
2327 \r
2328     SequenceI[] seqs;\r
2329     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2330     {\r
2331       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2332               viewport.getHiddenRepSequences());\r
2333       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2334       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2335     }\r
2336     else\r
2337     {\r
2338       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2339     }\r
2340 \r
2341     RemoveGapColCommand removeGapCols = new RemoveGapColCommand(\r
2342             "Remove Gapped Columns", seqs, start, end,\r
2343             viewport.getAlignment());\r
2344 \r
2345     addHistoryItem(removeGapCols);\r
2346 \r
2347     statusBar.setText(MessageManager.formatMessage("label.removed_empty_columns", new String[]{Integer.valueOf(removeGapCols.getSize()).toString()}));\r
2348 \r
2349     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2350     // of first sequence\r
2351     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2352     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2353     // ShiftList shifts;\r
2354     // viewport.getAlignment().removeGaps(shifts=new ShiftList());\r
2355     // edit.alColumnChanges=shifts.getInverse();\r
2356     // if (viewport.hasHiddenColumns)\r
2357     // viewport.getColumnSelection().compensateForEdits(shifts);\r
2358     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2359     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2360             .getSequences());\r
2361 \r
2362   }\r
2363 \r
2364   /**\r
2365    * DOCUMENT ME!\r
2366    * \r
2367    * @param e\r
2368    *          DOCUMENT ME!\r
2369    */\r
2370   @Override\r
2371   public void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2372   {\r
2373     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
2374 \r
2375     SequenceI[] seqs;\r
2376     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2377     {\r
2378       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2379               viewport.getHiddenRepSequences());\r
2380       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2381       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2382     }\r
2383     else\r
2384     {\r
2385       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2386     }\r
2387 \r
2388     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2389     // of first sequence\r
2390     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2391     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2392 \r
2393     addHistoryItem(new RemoveGapsCommand("Remove Gaps", seqs, start, end,\r
2394             viewport.getAlignment()));\r
2395 \r
2396     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2397 \r
2398     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2399             .getSequences());\r
2400 \r
2401   }\r
2402 \r
2403   /**\r
2404    * DOCUMENT ME!\r
2405    * \r
2406    * @param e\r
2407    *          DOCUMENT ME!\r
2408    */\r
2409   @Override\r
2410   public void padGapsMenuitem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2411   {\r
2412     viewport.setPadGaps(padGapsMenuitem.isSelected());\r
2413     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2414             .getSequences());\r
2415   }\r
2416 \r
2417   // else\r
2418   {\r
2419     // if (justifySeqs>0)\r
2420     {\r
2421       // alignment.justify(justifySeqs!=RIGHT_JUSTIFY);\r
2422     }\r
2423   }\r
2424 \r
2425   // }\r
2426 \r
2427   /**\r
2428    * DOCUMENT ME!\r
2429    * \r
2430    * @param e\r
2431    *          DOCUMENT ME!\r
2432    */\r
2433   @Override\r
2434   public void findMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2435   {\r
2436     new Finder();\r
2437   }\r
2438 \r
2439   @Override\r
2440   public void newView_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2441   {\r
2442     newView(true);\r
2443   }\r
2444 \r
2445   /**\r
2446    * \r
2447    * @param copyAnnotation\r
2448    *          if true then duplicate all annnotation, groups and settings\r
2449    * @return new alignment panel, already displayed.\r
2450    */\r
2451   public AlignmentPanel newView(boolean copyAnnotation)\r
2452   {\r
2453     return newView(null, copyAnnotation);\r
2454   }\r
2455 \r
2456   /**\r
2457    * \r
2458    * @param viewTitle\r
2459    *          title of newly created view\r
2460    * @return new alignment panel, already displayed.\r
2461    */\r
2462   public AlignmentPanel newView(String viewTitle)\r
2463   {\r
2464     return newView(viewTitle, true);\r
2465   }\r
2466 \r
2467   /**\r
2468    * \r
2469    * @param viewTitle\r
2470    *          title of newly created view\r
2471    * @param copyAnnotation\r
2472    *          if true then duplicate all annnotation, groups and settings\r
2473    * @return new alignment panel, already displayed.\r
2474    */\r
2475   public AlignmentPanel newView(String viewTitle, boolean copyAnnotation)\r
2476   {\r
2477     AlignmentPanel newap = new Jalview2XML().copyAlignPanel(alignPanel,\r
2478             true);\r
2479     if (!copyAnnotation)\r
2480     {\r
2481       // just remove all the current annotation except for the automatic stuff\r
2482       newap.av.getAlignment().deleteAllGroups();\r
2483       for (AlignmentAnnotation alan : newap.av.getAlignment()\r
2484               .getAlignmentAnnotation())\r
2485       {\r
2486         if (!alan.autoCalculated)\r
2487         {\r
2488           newap.av.getAlignment().deleteAnnotation(alan);\r
2489         }\r
2490         ;\r
2491       }\r
2492     }\r
2493 \r
2494     newap.av.gatherViewsHere = false;\r
2495 \r
2496     if (viewport.viewName == null)\r
2497     {\r
2498       viewport.viewName = "Original";\r
2499     }\r
2500 \r
2501     newap.av.historyList = viewport.historyList;\r
2502     newap.av.redoList = viewport.redoList;\r
2503 \r
2504     int index = Desktop.getViewCount(viewport.getSequenceSetId());\r
2505     // make sure the new view has a unique name - this is essential for Jalview\r
2506     // 2 archives\r
2507     boolean addFirstIndex = false;\r
2508     if (viewTitle == null || viewTitle.trim().length() == 0)\r
2509     {\r
2510       viewTitle = "View";\r
2511       addFirstIndex = true;\r
2512     }\r
2513     else\r
2514     {\r
2515       index = 1;// we count from 1 if given a specific name\r
2516     }\r
2517     String newViewName = viewTitle + ((addFirstIndex) ? " " + index : "");\r
2518     Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
2519             .getSequenceSetId());\r
2520     Vector existingNames = new Vector();\r
2521     for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
2522     {\r
2523       if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
2524       {\r
2525         AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) comps.elementAt(i);\r
2526         if (!existingNames.contains(ap.av.viewName))\r
2527         {\r
2528           existingNames.addElement(ap.av.viewName);\r
2529         }\r
2530       }\r
2531     }\r
2532 \r
2533     while (existingNames.contains(newViewName))\r
2534     {\r
2535       newViewName = viewTitle + " " + (++index);\r
2536     }\r
2537 \r
2538     newap.av.viewName = newViewName;\r
2539 \r
2540     addAlignmentPanel(newap, true);\r
2541     newap.alignmentChanged();\r
2542     \r
2543     if (alignPanels.size() == 2)\r
2544     {\r
2545       viewport.gatherViewsHere = true;\r
2546     }\r
2547     tabbedPane.setSelectedIndex(tabbedPane.getTabCount() - 1);\r
2548     return newap;\r
2549   }\r
2550 \r
2551   @Override\r
2552   public void expandViews_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2553   {\r
2554     Desktop.instance.explodeViews(this);\r
2555   }\r
2556 \r
2557   @Override\r
2558   public void gatherViews_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2559   {\r
2560     Desktop.instance.gatherViews(this);\r
2561   }\r
2562 \r
2563   /**\r
2564    * DOCUMENT ME!\r
2565    * \r
2566    * @param e\r
2567    *          DOCUMENT ME!\r
2568    */\r
2569   @Override\r
2570   public void font_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2571   {\r
2572     new FontChooser(alignPanel);\r
2573   }\r
2574 \r
2575   /**\r
2576    * DOCUMENT ME!\r
2577    * \r
2578    * @param e\r
2579    *          DOCUMENT ME!\r
2580    */\r
2581   @Override\r
2582   protected void seqLimit_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2583   {\r
2584     viewport.setShowJVSuffix(seqLimits.isSelected());\r
2585 \r
2586     alignPanel.idPanel.idCanvas.setPreferredSize(alignPanel\r
2587             .calculateIdWidth());\r
2588     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2589   }\r
2590 \r
2591   @Override\r
2592   public void idRightAlign_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2593   {\r
2594     viewport.rightAlignIds = idRightAlign.isSelected();\r
2595     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2596   }\r
2597 \r
2598   @Override\r
2599   public void centreColumnLabels_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2600   {\r
2601     viewport.centreColumnLabels = centreColumnLabelsMenuItem.getState();\r
2602     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2603   }\r
2604 \r
2605   /*\r
2606    * (non-Javadoc)\r
2607    * \r
2608    * @see jalview.jbgui.GAlignFrame#followHighlight_actionPerformed()\r
2609    */\r
2610   @Override\r
2611   protected void followHighlight_actionPerformed()\r
2612   {\r
2613     if (viewport.followHighlight = this.followHighlightMenuItem.getState())\r
2614     {\r
2615       alignPanel.scrollToPosition(\r
2616               alignPanel.seqPanel.seqCanvas.searchResults, false);\r
2617     }\r
2618   }\r
2619 \r
2620   /**\r
2621    * DOCUMENT ME!\r
2622    * \r
2623    * @param e\r
2624    *          DOCUMENT ME!\r
2625    */\r
2626   @Override\r
2627   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2628   {\r
2629     viewport.setColourText(colourTextMenuItem.isSelected());\r
2630     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2631   }\r
2632 \r
2633   /**\r
2634    * DOCUMENT ME!\r
2635    * \r
2636    * @param e\r
2637    *          DOCUMENT ME!\r
2638    */\r
2639   @Override\r
2640   public void wrapMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2641   {\r
2642     scaleAbove.setVisible(wrapMenuItem.isSelected());\r
2643     scaleLeft.setVisible(wrapMenuItem.isSelected());\r
2644     scaleRight.setVisible(wrapMenuItem.isSelected());\r
2645     viewport.setWrapAlignment(wrapMenuItem.isSelected());\r
2646     alignPanel.setWrapAlignment(wrapMenuItem.isSelected());\r
2647   }\r
2648 \r
2649   @Override\r
2650   public void showAllSeqs_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2651   {\r
2652     viewport.showAllHiddenSeqs();\r
2653   }\r
2654 \r
2655   @Override\r
2656   public void showAllColumns_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2657   {\r
2658     viewport.showAllHiddenColumns();\r
2659     repaint();\r
2660   }\r
2661 \r
2662   @Override\r
2663   public void hideSelSequences_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2664   {\r
2665     viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
2666     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2667   }\r
2668 \r
2669   /**\r
2670    * called by key handler and the hide all/show all menu items\r
2671    * \r
2672    * @param toggleSeqs\r
2673    * @param toggleCols\r
2674    */\r
2675   private void toggleHiddenRegions(boolean toggleSeqs, boolean toggleCols)\r
2676   {\r
2677 \r
2678     boolean hide = false;\r
2679     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
2680     if (!toggleSeqs && !toggleCols)\r
2681     {\r
2682       // Hide everything by the current selection - this is a hack - we do the\r
2683       // invert and then hide\r
2684       // first check that there will be visible columns after the invert.\r
2685       if ((viewport.getColumnSelection() != null\r
2686               && viewport.getColumnSelection().getSelected() != null && viewport\r
2687               .getColumnSelection().getSelected().size() > 0)\r
2688               || (sg != null && sg.getSize() > 0 && sg.getStartRes() <= sg\r
2689                       .getEndRes()))\r
2690       {\r
2691         // now invert the sequence set, if required - empty selection implies\r
2692         // that no hiding is required.\r
2693         if (sg != null)\r
2694         {\r
2695           invertSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
2696           sg = viewport.getSelectionGroup();\r
2697           toggleSeqs = true;\r
2698 \r
2699         }\r
2700         viewport.expandColSelection(sg, true);\r
2701         // finally invert the column selection and get the new sequence\r
2702         // selection.\r
2703         invertColSel_actionPerformed(null);\r
2704         toggleCols = true;\r
2705       }\r
2706     }\r
2707 \r
2708     if (toggleSeqs)\r
2709     {\r
2710       if (sg != null && sg.getSize() != viewport.getAlignment().getHeight())\r
2711       {\r
2712         hideSelSequences_actionPerformed(null);\r
2713         hide = true;\r
2714       }\r
2715       else if (!(toggleCols && viewport.getColumnSelection().getSelected()\r
2716               .size() > 0))\r
2717       {\r
2718         showAllSeqs_actionPerformed(null);\r
2719       }\r
2720     }\r
2721 \r
2722     if (toggleCols)\r
2723     {\r
2724       if (viewport.getColumnSelection().getSelected().size() > 0)\r
2725       {\r
2726         hideSelColumns_actionPerformed(null);\r
2727         if (!toggleSeqs)\r
2728         {\r
2729           viewport.setSelectionGroup(sg);\r
2730         }\r
2731       }\r
2732       else if (!hide)\r
2733       {\r
2734         showAllColumns_actionPerformed(null);\r
2735       }\r
2736     }\r
2737   }\r
2738 \r
2739   /*\r
2740    * (non-Javadoc)\r
2741    * \r
2742    * @see\r
2743    * jalview.jbgui.GAlignFrame#hideAllButSelection_actionPerformed(java.awt.\r
2744    * event.ActionEvent)\r
2745    */\r
2746   @Override\r
2747   public void hideAllButSelection_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2748   {\r
2749     toggleHiddenRegions(false, false);\r
2750   }\r
2751 \r
2752   /*\r
2753    * (non-Javadoc)\r
2754    * \r
2755    * @see\r
2756    * jalview.jbgui.GAlignFrame#hideAllSelection_actionPerformed(java.awt.event\r
2757    * .ActionEvent)\r
2758    */\r
2759   @Override\r
2760   public void hideAllSelection_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2761   {\r
2762     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
2763     viewport.expandColSelection(sg, false);\r
2764     viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
2765     viewport.hideSelectedColumns();\r
2766     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2767   }\r
2768 \r
2769   /*\r
2770    * (non-Javadoc)\r
2771    * \r
2772    * @see\r
2773    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showAllhidden_actionPerformed(java.awt.event.\r
2774    * ActionEvent)\r
2775    */\r
2776   @Override\r
2777   public void showAllhidden_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2778   {\r
2779     viewport.showAllHiddenColumns();\r
2780     viewport.showAllHiddenSeqs();\r
2781     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2782   }\r
2783 \r
2784   @Override\r
2785   public void hideSelColumns_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2786   {\r
2787     viewport.hideSelectedColumns();\r
2788     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2789   }\r
2790 \r
2791   @Override\r
2792   public void hiddenMarkers_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2793   {\r
2794     viewport.setShowHiddenMarkers(hiddenMarkers.isSelected());\r
2795     repaint();\r
2796   }\r
2797 \r
2798   /**\r
2799    * DOCUMENT ME!\r
2800    * \r
2801    * @param e\r
2802    *          DOCUMENT ME!\r
2803    */\r
2804   @Override\r
2805   protected void scaleAbove_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2806   {\r
2807     viewport.setScaleAboveWrapped(scaleAbove.isSelected());\r
2808     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2809   }\r
2810 \r
2811   /**\r
2812    * DOCUMENT ME!\r
2813    * \r
2814    * @param e\r
2815    *          DOCUMENT ME!\r
2816    */\r
2817   @Override\r
2818   protected void scaleLeft_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2819   {\r
2820     viewport.setScaleLeftWrapped(scaleLeft.isSelected());\r
2821     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2822   }\r
2823 \r
2824   /**\r
2825    * DOCUMENT ME!\r
2826    * \r
2827    * @param e\r
2828    *          DOCUMENT ME!\r
2829    */\r
2830   @Override\r
2831   protected void scaleRight_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2832   {\r
2833     viewport.setScaleRightWrapped(scaleRight.isSelected());\r
2834     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2835   }\r
2836 \r
2837   /**\r
2838    * DOCUMENT ME!\r
2839    * \r
2840    * @param e\r
2841    *          DOCUMENT ME!\r
2842    */\r
2843   @Override\r
2844   public void viewBoxesMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2845   {\r
2846     viewport.setShowBoxes(viewBoxesMenuItem.isSelected());\r
2847     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2848   }\r
2849 \r
2850   /**\r
2851    * DOCUMENT ME!\r
2852    * \r
2853    * @param e\r
2854    *          DOCUMENT ME!\r
2855    */\r
2856   @Override\r
2857   public void viewTextMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2858   {\r
2859     viewport.setShowText(viewTextMenuItem.isSelected());\r
2860     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2861   }\r
2862 \r
2863   /**\r
2864    * DOCUMENT ME!\r
2865    * \r
2866    * @param e\r
2867    *          DOCUMENT ME!\r
2868    */\r
2869   @Override\r
2870   protected void renderGapsMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2871   {\r
2872     viewport.setRenderGaps(renderGapsMenuItem.isSelected());\r
2873     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2874   }\r
2875 \r
2876   public FeatureSettings featureSettings;\r
2877 \r
2878   @Override\r
2879   public void featureSettings_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2880   {\r
2881     if (featureSettings != null)\r
2882     {\r
2883       featureSettings.close();\r
2884       featureSettings = null;\r
2885     }\r
2886     if (!showSeqFeatures.isSelected())\r
2887     {\r
2888       // make sure features are actually displayed\r
2889       showSeqFeatures.setSelected(true);\r
2890       showSeqFeatures_actionPerformed(null);\r
2891     }\r
2892     featureSettings = new FeatureSettings(this);\r
2893   }\r
2894 \r
2895   /**\r
2896    * Set or clear 'Show Sequence Features'\r
2897    * \r
2898    * @param evt\r
2899    *          DOCUMENT ME!\r
2900    */\r
2901   @Override\r
2902   public void showSeqFeatures_actionPerformed(ActionEvent evt)\r
2903   {\r
2904     viewport.setShowSequenceFeatures(showSeqFeatures.isSelected());\r
2905     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2906     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
2907     {\r
2908       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
2909     }\r
2910   }\r
2911 \r
2912   /**\r
2913    * Set or clear 'Show Sequence Features'\r
2914    * \r
2915    * @param evt\r
2916    *          DOCUMENT ME!\r
2917    */\r
2918   @Override\r
2919   public void showSeqFeaturesHeight_actionPerformed(ActionEvent evt)\r
2920   {\r
2921     viewport.setShowSequenceFeaturesHeight(showSeqFeaturesHeight\r
2922             .isSelected());\r
2923     if (viewport.getShowSequenceFeaturesHeight())\r
2924     {\r
2925       // ensure we're actually displaying features\r
2926       viewport.setShowSequenceFeatures(true);\r
2927       showSeqFeatures.setSelected(true);\r
2928     }\r
2929     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2930     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
2931     {\r
2932       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
2933     }\r
2934   }\r
2935 \r
2936   /**\r
2937    * DOCUMENT ME!\r
2938    * \r
2939    * @param e\r
2940    *          DOCUMENT ME!\r
2941    */\r
2942   @Override\r
2943   public void annotationPanelMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2944   {\r
2945     viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.isSelected());\r
2946     alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.isSelected());\r
2947   }\r
2948 \r
2949   @Override\r
2950   public void alignmentProperties()\r
2951   {\r
2952     JEditorPane editPane = new JEditorPane("text/html", "");\r
2953     editPane.setEditable(false);\r
2954     StringBuffer contents = new AlignmentProperties(viewport.getAlignment())\r
2955             .formatAsHtml();\r
2956     editPane.setText(MessageManager.formatMessage("label.html_content", new String[]{contents.toString()}));\r
2957     JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
2958     frame.getContentPane().add(new JScrollPane(editPane));\r
2959 \r
2960     Desktop.instance.addInternalFrame(frame, MessageManager.formatMessage("label.alignment_properties", new String[]{getTitle()}), 500, 400);\r
2961   }\r
2962 \r
2963   /**\r
2964    * DOCUMENT ME!\r
2965    * \r
2966    * @param e\r
2967    *          DOCUMENT ME!\r
2968    */\r
2969   @Override\r
2970   public void overviewMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2971   {\r
2972     if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2973     {\r
2974       return;\r
2975     }\r
2976 \r
2977     JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
2978     OverviewPanel overview = new OverviewPanel(alignPanel);\r
2979     frame.setContentPane(overview);\r
2980     Desktop.addInternalFrame(frame, MessageManager.formatMessage("label.overview_params", new String[]{this.getTitle()}),\r
2981             frame.getWidth(), frame.getHeight());\r
2982     frame.pack();\r
2983     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
2984     frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()\r
2985     {\r
2986       @Override\r
2987       public void internalFrameClosed(\r
2988               javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
2989       {\r
2990         alignPanel.setOverviewPanel(null);\r
2991       };\r
2992     });\r
2993 \r
2994     alignPanel.setOverviewPanel(overview);\r
2995   }\r
2996 \r
2997   @Override\r
2998   public void textColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2999   {\r
3000     new TextColourChooser().chooseColour(alignPanel, null);\r
3001   }\r
3002 \r
3003   /**\r
3004    * DOCUMENT ME!\r
3005    * \r
3006    * @param e\r
3007    *          DOCUMENT ME!\r
3008    */\r
3009   @Override\r
3010   protected void noColourmenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3011   {\r
3012     changeColour(null);\r
3013   }\r
3014 \r
3015   /**\r
3016    * DOCUMENT ME!\r
3017    * \r
3018    * @param e\r
3019    *          DOCUMENT ME!\r
3020    */\r
3021   @Override\r
3022   public void clustalColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3023   {\r
3024     changeColour(new ClustalxColourScheme(viewport.getAlignment(),\r
3025             viewport.getHiddenRepSequences()));\r
3026   }\r
3027 \r
3028   /**\r
3029    * DOCUMENT ME!\r
3030    * \r
3031    * @param e\r
3032    *          DOCUMENT ME!\r
3033    */\r
3034   @Override\r
3035   public void zappoColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3036   {\r
3037     changeColour(new ZappoColourScheme());\r
3038   }\r
3039 \r
3040   /**\r
3041    * DOCUMENT ME!\r
3042    * \r
3043    * @param e\r
3044    *          DOCUMENT ME!\r
3045    */\r
3046   @Override\r
3047   public void taylorColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3048   {\r
3049     changeColour(new TaylorColourScheme());\r
3050   }\r
3051 \r
3052   /**\r
3053    * DOCUMENT ME!\r
3054    * \r
3055    * @param e\r
3056    *          DOCUMENT ME!\r
3057    */\r
3058   @Override\r
3059   public void hydrophobicityColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3060   {\r
3061     changeColour(new HydrophobicColourScheme());\r
3062   }\r
3063 \r
3064   /**\r
3065    * DOCUMENT ME!\r
3066    * \r
3067    * @param e\r
3068    *          DOCUMENT ME!\r
3069    */\r
3070   @Override\r
3071   public void helixColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3072   {\r
3073     changeColour(new HelixColourScheme());\r
3074   }\r
3075 \r
3076   /**\r
3077    * DOCUMENT ME!\r
3078    * \r
3079    * @param e\r
3080    *          DOCUMENT ME!\r
3081    */\r
3082   @Override\r
3083   public void strandColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3084   {\r
3085     changeColour(new StrandColourScheme());\r
3086   }\r
3087 \r
3088   /**\r
3089    * DOCUMENT ME!\r
3090    * \r
3091    * @param e\r
3092    *          DOCUMENT ME!\r
3093    */\r
3094   @Override\r
3095   public void turnColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3096   {\r
3097     changeColour(new TurnColourScheme());\r
3098   }\r
3099 \r
3100   /**\r
3101    * DOCUMENT ME!\r
3102    * \r
3103    * @param e\r
3104    *          DOCUMENT ME!\r
3105    */\r
3106   @Override\r
3107   public void buriedColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3108   {\r
3109     changeColour(new BuriedColourScheme());\r
3110   }\r
3111 \r
3112   /**\r
3113    * DOCUMENT ME!\r
3114    * \r
3115    * @param e\r
3116    *          DOCUMENT ME!\r
3117    */\r
3118   @Override\r
3119   public void nucleotideColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3120   {\r
3121     changeColour(new NucleotideColourScheme());\r
3122   }\r
3123 \r
3124   @Override\r
3125   public void purinePyrimidineColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3126   {\r
3127     changeColour(new PurinePyrimidineColourScheme());\r
3128   }\r
3129 \r
3130   /*\r
3131    * public void covariationColour_actionPerformed(ActionEvent e) {\r
3132    * changeColour(new\r
3133    * CovariationColourScheme(viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation\r
3134    * ()[0])); }\r
3135    */\r
3136   @Override\r
3137   public void annotationColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3138   {\r
3139     new AnnotationColourChooser(viewport, alignPanel);\r
3140   }\r
3141 \r
3142   @Override\r
3143   public void rnahelicesColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3144   {\r
3145     new RNAHelicesColourChooser(viewport, alignPanel);\r
3146   }\r
3147 \r
3148   /**\r
3149    * DOCUMENT ME!\r
3150    * \r
3151    * @param e\r
3152    *          DOCUMENT ME!\r
3153    */\r
3154   @Override\r
3155   protected void applyToAllGroups_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3156   {\r
3157     viewport.setColourAppliesToAllGroups(applyToAllGroups.isSelected());\r
3158   }\r
3159 \r
3160   /**\r
3161    * DOCUMENT ME!\r
3162    * \r
3163    * @param cs\r
3164    *          DOCUMENT ME!\r
3165    */\r
3166   public void changeColour(ColourSchemeI cs)\r
3167   {\r
3168     // TODO: compare with applet and pull up to model method\r
3169     int threshold = 0;\r
3170 \r
3171     if (cs != null)\r
3172     {\r
3173       if (viewport.getAbovePIDThreshold())\r
3174       {\r
3175         threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, cs,\r
3176                 "Background");\r
3177 \r
3178         cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
3179 \r
3180         viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
3181       }\r
3182       else\r
3183       {\r
3184         cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
3185       }\r
3186 \r
3187       if (viewport.getConservationSelected())\r
3188       {\r
3189 \r
3190         Alignment al = (Alignment) viewport.getAlignment();\r
3191         Conservation c = new Conservation("All",\r
3192                 ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
3193                 al.getWidth() - 1);\r
3194 \r
3195         c.calculate();\r
3196         c.verdict(false, viewport.getConsPercGaps());\r
3197 \r
3198         cs.setConservation(c);\r
3199 \r
3200         cs.setConservationInc(SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
3201                 cs, "Background"));\r
3202       }\r
3203       else\r
3204       {\r
3205         cs.setConservation(null);\r
3206       }\r
3207 \r
3208       cs.setConsensus(viewport.getSequenceConsensusHash());\r
3209     }\r
3210 \r
3211     viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
3212 \r
3213     if (viewport.getColourAppliesToAllGroups())\r
3214     {\r
3215 \r
3216       for (SequenceGroup sg : viewport.getAlignment().getGroups())\r
3217       {\r
3218         if (cs == null)\r
3219         {\r
3220           sg.cs = null;\r
3221           continue;\r
3222         }\r
3223 \r
3224         if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
3225         {\r
3226           sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg,\r
3227                   viewport.getHiddenRepSequences());\r
3228         }\r
3229         else if (cs instanceof UserColourScheme)\r
3230         {\r
3231           sg.cs = new UserColourScheme(((UserColourScheme) cs).getColours());\r
3232         }\r
3233         else\r
3234         {\r
3235           try\r
3236           {\r
3237             sg.cs = cs.getClass().newInstance();\r
3238           } catch (Exception ex)\r
3239           {\r
3240           }\r
3241         }\r
3242 \r
3243         if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
3244                 || cs instanceof PIDColourScheme\r
3245                 || cs instanceof Blosum62ColourScheme)\r
3246         {\r
3247           sg.cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
3248 \r
3249           sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(\r
3250                   sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()),\r
3251                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1));\r
3252         }\r
3253         else\r
3254         {\r
3255           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
3256         }\r
3257 \r
3258         if (viewport.getConservationSelected())\r
3259         {\r
3260           Conservation c = new Conservation("Group",\r
3261                   ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences(viewport\r
3262                           .getHiddenRepSequences()), sg.getStartRes(),\r
3263                   sg.getEndRes() + 1);\r
3264           c.calculate();\r
3265           c.verdict(false, viewport.getConsPercGaps());\r
3266           sg.cs.setConservation(c);\r
3267         }\r
3268         else\r
3269         {\r
3270           sg.cs.setConservation(null);\r
3271         }\r
3272       }\r
3273     }\r
3274 \r
3275     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
3276     {\r
3277       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
3278     }\r
3279 \r
3280     alignPanel.paintAlignment(true);\r
3281   }\r
3282 \r
3283   /**\r
3284    * DOCUMENT ME!\r
3285    * \r
3286    * @param e\r
3287    *          DOCUMENT ME!\r
3288    */\r
3289   @Override\r
3290   protected void modifyPID_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3291   {\r
3292     if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
3293             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
3294     {\r
3295       SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel,\r
3296               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
3297       SliderPanel.showPIDSlider();\r
3298     }\r
3299   }\r
3300 \r
3301   /**\r
3302    * DOCUMENT ME!\r
3303    * \r
3304    * @param e\r
3305    *          DOCUMENT ME!\r
3306    */\r
3307   @Override\r
3308   protected void modifyConservation_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3309   {\r
3310     if (viewport.getConservationSelected()\r
3311             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
3312     {\r
3313       SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
3314               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
3315       SliderPanel.showConservationSlider();\r
3316     }\r
3317   }\r
3318 \r
3319   /**\r
3320    * DOCUMENT ME!\r
3321    * \r
3322    * @param e\r
3323    *          DOCUMENT ME!\r
3324    */\r
3325   @Override\r
3326   protected void conservationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3327   {\r
3328     viewport.setConservationSelected(conservationMenuItem.isSelected());\r
3329 \r
3330     viewport.setAbovePIDThreshold(false);\r
3331     abovePIDThreshold.setSelected(false);\r
3332 \r
3333     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
3334 \r
3335     modifyConservation_actionPerformed(null);\r
3336   }\r
3337 \r
3338   /**\r
3339    * DOCUMENT ME!\r
3340    * \r
3341    * @param e\r
3342    *          DOCUMENT ME!\r
3343    */\r
3344   @Override\r
3345   public void abovePIDThreshold_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3346   {\r
3347     viewport.setAbovePIDThreshold(abovePIDThreshold.isSelected());\r
3348 \r
3349     conservationMenuItem.setSelected(false);\r
3350     viewport.setConservationSelected(false);\r
3351 \r
3352     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
3353 \r
3354     modifyPID_actionPerformed(null);\r
3355   }\r
3356 \r
3357   /**\r
3358    * DOCUMENT ME!\r
3359    * \r
3360    * @param e\r
3361    *          DOCUMENT ME!\r
3362    */\r
3363   @Override\r
3364   public void userDefinedColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3365   {\r
3366     if (e.getActionCommand().equals(MessageManager.getString("action.user_defined")))\r
3367     {\r
3368       new UserDefinedColours(alignPanel, null);\r
3369     }\r
3370     else\r
3371     {\r
3372       UserColourScheme udc = (UserColourScheme) UserDefinedColours\r
3373               .getUserColourSchemes().get(e.getActionCommand());\r
3374 \r
3375       changeColour(udc);\r
3376     }\r
3377   }\r
3378 \r
3379   public void updateUserColourMenu()\r
3380   {\r
3381 \r
3382     Component[] menuItems = colourMenu.getMenuComponents();\r
3383     int i, iSize = menuItems.length;\r
3384     for (i = 0; i < iSize; i++)\r
3385     {\r
3386       if (menuItems[i].getName() != null\r
3387               && menuItems[i].getName().equals("USER_DEFINED"))\r
3388       {\r
3389         colourMenu.remove(menuItems[i]);\r
3390         iSize--;\r
3391       }\r
3392     }\r
3393     if (jalview.gui.UserDefinedColours.getUserColourSchemes() != null)\r
3394     {\r
3395       java.util.Enumeration userColours = jalview.gui.UserDefinedColours\r
3396               .getUserColourSchemes().keys();\r
3397 \r
3398       while (userColours.hasMoreElements())\r
3399       {\r
3400         final JRadioButtonMenuItem radioItem = new JRadioButtonMenuItem(\r
3401                 userColours.nextElement().toString());\r
3402         radioItem.setName("USER_DEFINED");\r
3403         radioItem.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
3404         {\r
3405           @Override\r
3406           public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
3407           {\r
3408             if (evt.isControlDown()\r
3409                     || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
3410             {\r
3411               radioItem.removeActionListener(radioItem.getActionListeners()[0]);\r
3412 \r
3413               int option = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(\r
3414                       jalview.gui.Desktop.desktop,\r
3415                       MessageManager.getString("label.remove_from_default_list"),\r
3416                       MessageManager.getString("label.remove_user_defined_colour"),\r
3417                       JOptionPane.YES_NO_OPTION);\r
3418               if (option == JOptionPane.YES_OPTION)\r
3419               {\r
3420                 jalview.gui.UserDefinedColours\r
3421                         .removeColourFromDefaults(radioItem.getText());\r
3422                 colourMenu.remove(radioItem);\r
3423               }\r
3424               else\r
3425               {\r
3426                 radioItem.addActionListener(new ActionListener()\r
3427                 {\r
3428                   @Override\r
3429                   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
3430                   {\r
3431                     userDefinedColour_actionPerformed(evt);\r
3432                   }\r
3433                 });\r
3434               }\r
3435             }\r
3436           }\r
3437         });\r
3438         radioItem.addActionListener(new ActionListener()\r
3439         {\r
3440           @Override\r
3441           public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
3442           {\r
3443             userDefinedColour_actionPerformed(evt);\r
3444           }\r
3445         });\r
3446 \r
3447         colourMenu.insert(radioItem, 15);\r
3448         colours.add(radioItem);\r
3449       }\r
3450     }\r
3451   }\r
3452 \r
3453   /**\r
3454    * DOCUMENT ME!\r
3455    * \r
3456    * @param e\r
3457    *          DOCUMENT ME!\r
3458    */\r
3459   @Override\r
3460   public void PIDColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3461   {\r
3462     changeColour(new PIDColourScheme());\r
3463   }\r
3464 \r
3465   /**\r
3466    * DOCUMENT ME!\r
3467    * \r
3468    * @param e\r
3469    *          DOCUMENT ME!\r
3470    */\r
3471   @Override\r
3472   public void BLOSUM62Colour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3473   {\r
3474     changeColour(new Blosum62ColourScheme());\r
3475   }\r
3476 \r
3477   /**\r
3478    * DOCUMENT ME!\r
3479    * \r
3480    * @param e\r
3481    *          DOCUMENT ME!\r
3482    */\r
3483   @Override\r
3484   public void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3485   {\r
3486     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
3487     AlignmentSorter.sortByPID(viewport.getAlignment(), viewport\r
3488             .getAlignment().getSequenceAt(0), null);\r
3489     addHistoryItem(new OrderCommand("Pairwise Sort", oldOrder,\r
3490             viewport.getAlignment()));\r
3491     alignPanel.paintAlignment(true);\r
3492   }\r
3493 \r
3494   /**\r
3495    * DOCUMENT ME!\r
3496    * \r
3497    * @param e\r
3498    *          DOCUMENT ME!\r
3499    */\r
3500   @Override\r
3501   public void sortIDMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3502   {\r
3503     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
3504     AlignmentSorter.sortByID(viewport.getAlignment());\r
3505     addHistoryItem(new OrderCommand("ID Sort", oldOrder,\r
3506             viewport.getAlignment()));\r
3507     alignPanel.paintAlignment(true);\r
3508   }\r
3509 \r
3510   /**\r
3511    * DOCUMENT ME!\r
3512    * \r
3513    * @param e\r
3514    *          DOCUMENT ME!\r
3515    */\r
3516   @Override\r
3517   public void sortLengthMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3518   {\r
3519     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
3520     AlignmentSorter.sortByLength(viewport.getAlignment());\r
3521     addHistoryItem(new OrderCommand("Length Sort", oldOrder,\r
3522             viewport.getAlignment()));\r
3523     alignPanel.paintAlignment(true);\r
3524   }\r
3525 \r
3526   /**\r
3527    * DOCUMENT ME!\r
3528    * \r
3529    * @param e\r
3530    *          DOCUMENT ME!\r
3531    */\r
3532   @Override\r
3533   public void sortGroupMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3534   {\r
3535     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
3536     AlignmentSorter.sortByGroup(viewport.getAlignment());\r
3537     addHistoryItem(new OrderCommand("Group Sort", oldOrder,\r
3538             viewport.getAlignment()));\r
3539 \r
3540     alignPanel.paintAlignment(true);\r
3541   }\r
3542 \r
3543   /**\r
3544    * DOCUMENT ME!\r
3545    * \r
3546    * @param e\r
3547    *          DOCUMENT ME!\r
3548    */\r
3549   @Override\r
3550   public void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3551   {\r
3552     new RedundancyPanel(alignPanel, this);\r
3553   }\r
3554 \r
3555   /**\r
3556    * DOCUMENT ME!\r
3557    * \r
3558    * @param e\r
3559    *          DOCUMENT ME!\r
3560    */\r
3561   @Override\r
3562   public void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3563   {\r
3564     if ((viewport.getSelectionGroup() == null)\r
3565             || (viewport.getSelectionGroup().getSize() < 2))\r
3566     {\r
3567       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this,\r
3568               MessageManager.getString("label.you_must_select_least_two_sequences"), MessageManager.getString("label.invalid_selection"),\r
3569               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
3570     }\r
3571     else\r
3572     {\r
3573       JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
3574       frame.setContentPane(new PairwiseAlignPanel(viewport));\r
3575       Desktop.addInternalFrame(frame, MessageManager.getString("action.pairwise_alignment"), 600, 500);\r
3576     }\r
3577   }\r
3578 \r
3579   /**\r
3580    * DOCUMENT ME!\r
3581    * \r
3582    * @param e\r
3583    *          DOCUMENT ME!\r
3584    */\r
3585   @Override\r
3586   public void PCAMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3587   {\r
3588     if (((viewport.getSelectionGroup() != null)\r
3589             && (viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4) && (viewport\r
3590             .getSelectionGroup().getSize() > 0))\r
3591             || (viewport.getAlignment().getHeight() < 4))\r
3592     {\r
3593       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this,\r
3594               MessageManager.getString("label.principal_component_analysis_must_take_least_four_input_sequences"),\r
3595               MessageManager.getString("label.sequence_selection_insufficient"),\r
3596               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
3597 \r
3598       return;\r
3599     }\r
3600 \r
3601     new PCAPanel(alignPanel);\r
3602   }\r
3603 \r
3604   @Override\r
3605   public void autoCalculate_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3606   {\r
3607     viewport.autoCalculateConsensus = autoCalculate.isSelected();\r
3608     if (viewport.autoCalculateConsensus)\r
3609     {\r
3610       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport\r
3611               .getAlignment().getSequences());\r
3612     }\r
3613   }\r
3614 \r
3615   @Override\r
3616   public void sortByTreeOption_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3617   {\r
3618     viewport.sortByTree = sortByTree.isSelected();\r
3619   }\r
3620 \r
3621   @Override\r
3622   protected void listenToViewSelections_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3623   {\r
3624     viewport.followSelection = listenToViewSelections.isSelected();\r
3625   }\r
3626 \r
3627   /**\r
3628    * DOCUMENT ME!\r
3629    * \r
3630    * @param e\r
3631    *          DOCUMENT ME!\r
3632    */\r
3633   @Override\r
3634   public void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3635   {\r
3636     NewTreePanel("AV", "PID", "Average distance tree using PID");\r
3637   }\r
3638 \r
3639   /**\r
3640    * DOCUMENT ME!\r
3641    * \r
3642    * @param e\r
3643    *          DOCUMENT ME!\r
3644    */\r
3645   @Override\r
3646   public void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3647   {\r
3648     NewTreePanel("NJ", "PID", "Neighbour joining tree using PID");\r
3649   }\r
3650 \r
3651   /**\r
3652    * DOCUMENT ME!\r
3653    * \r
3654    * @param e\r
3655    *          DOCUMENT ME!\r
3656    */\r
3657   @Override\r
3658   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3659   {\r
3660     NewTreePanel("NJ", "BL", "Neighbour joining tree using BLOSUM62");\r
3661   }\r
3662 \r
3663   /**\r
3664    * DOCUMENT ME!\r
3665    * \r
3666    * @param e\r
3667    *          DOCUMENT ME!\r
3668    */\r
3669   @Override\r
3670   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
3671   {\r
3672     NewTreePanel("AV", "BL", "Average distance tree using BLOSUM62");\r
3673   }\r
3674 \r
3675   /**\r
3676    * DOCUMENT ME!\r
3677    * \r
3678    * @param type\r
3679    *          DOCUMENT ME!\r
3680    * @param pwType\r
3681    *          DOCUMENT ME!\r
3682    * @param title\r
3683    *          DOCUMENT ME!\r
3684    */\r
3685   void NewTreePanel(String type, String pwType, String title)\r
3686   {\r
3687     TreePanel tp;\r
3688 \r
3689     if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
3690             && viewport.getSelectionGroup().getSize() > 0)\r
3691     {\r
3692       if (viewport.getSelectionGroup().getSize() < 3)\r
3693       {\r
3694         JOptionPane\r
3695                 .showMessageDialog(\r
3696                         Desktop.desktop,\r
3697                         MessageManager.getString("label.you_need_more_two_sequences_selected_build_tree"),\r
3698                         MessageManager.getString("label.not_enough_sequences"), JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
3699         return;\r
3700       }\r
3701 \r
3702       SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
3703 \r
3704       /* Decide if the selection is a column region */\r
3705       for (SequenceI _s : sg.getSequences())\r
3706       {\r
3707         if (_s.getLength() < sg.getEndRes())\r
3708         {\r
3709           JOptionPane\r
3710                   .showMessageDialog(\r
3711                           Desktop.desktop,\r
3712                           MessageManager.getString("label.selected_region_to_tree_may_only_contain_residues_or_gaps"),\r
3713                           MessageManager.getString("label.sequences_selection_not_aligned"),\r
3714                           JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
3715 \r
3716           return;\r
3717         }\r
3718       }\r
3719 \r
3720       title = title + " on region";\r
3721       tp = new TreePanel(alignPanel, type, pwType);\r
3722     }\r
3723     else\r
3724     {\r
3725       // are the visible sequences aligned?\r
3726       if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
3727       {\r
3728         JOptionPane\r
3729                 .showMessageDialog(\r
3730                         Desktop.desktop,\r
3731                         MessageManager.getString("label.sequences_must_be_aligned_before_creating_tree"),\r
3732                         MessageManager.getString("label.sequences_not_aligned"),\r
3733                         JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
3734 \r
3735         return;\r
3736       }\r
3737 \r
3738       if (viewport.getAlignment().getHeight() < 2)\r
3739       {\r
3740         return;\r
3741       }\r
3742 \r
3743       tp = new TreePanel(alignPanel, type, pwType);\r
3744     }\r
3745 \r
3746     title += " from ";\r
3747 \r
3748     if (viewport.viewName != null)\r
3749     {\r
3750       title += viewport.viewName + " of ";\r
3751     }\r
3752 \r
3753     title += this.title;\r
3754 \r
3755     Desktop.addInternalFrame(tp, title, 600, 500);\r
3756   }\r
3757 \r
3758   /**\r
3759    * DOCUMENT ME!\r
3760    * \r
3761    * @param title\r
3762    *          DOCUMENT ME!\r
3763    * @param order\r
3764    *          DOCUMENT ME!\r
3765    */\r
3766   public void addSortByOrderMenuItem(String title,\r
3767           final AlignmentOrder order)\r
3768   {\r
3769     final JMenuItem item = new JMenuItem("by " + title);\r
3770     sort.add(item);\r
3771     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
3772     {\r
3773       @Override\r
3774       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
3775       {\r
3776         SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
3777 \r
3778         // TODO: JBPNote - have to map order entries to curent SequenceI\r
3779         // pointers\r
3780         AlignmentSorter.sortBy(viewport.getAlignment(), order);\r
3781 \r
3782         addHistoryItem(new OrderCommand(order.getName(), oldOrder, viewport\r
3783                 .getAlignment()));\r
3784 \r
3785         alignPanel.paintAlignment(true);\r
3786       }\r
3787     });\r
3788   }\r
3789 \r
3790   /**\r
3791    * Add a new sort by annotation score menu item\r
3792    * \r
3793    * @param sort\r
3794    *          the menu to add the option to\r
3795    * @param scoreLabel\r
3796    *          the label used to retrieve scores for each sequence on the\r
3797    *          alignment\r
3798    */\r
3799   public void addSortByAnnotScoreMenuItem(JMenu sort,\r
3800           final String scoreLabel)\r
3801   {\r
3802     final JMenuItem item = new JMenuItem(scoreLabel);\r
3803     sort.add(item);\r
3804     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
3805     {\r
3806       @Override\r
3807       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
3808       {\r
3809         SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
3810         AlignmentSorter.sortByAnnotationScore(scoreLabel,\r
3811                 viewport.getAlignment());// ,viewport.getSelectionGroup());\r
3812         addHistoryItem(new OrderCommand("Sort by " + scoreLabel, oldOrder,\r
3813                 viewport.getAlignment()));\r
3814         alignPanel.paintAlignment(true);\r
3815       }\r
3816     });\r
3817   }\r
3818 \r
3819   /**\r
3820    * last hash for alignment's annotation array - used to minimise cost of\r
3821    * rebuild.\r
3822    */\r
3823   protected int _annotationScoreVectorHash;\r
3824 \r
3825   /**\r
3826    * search the alignment and rebuild the sort by annotation score submenu the\r
3827    * last alignment annotation vector hash is stored to minimize cost of\r
3828    * rebuilding in subsequence calls.\r
3829    * \r
3830    */\r
3831   @Override\r
3832   public void buildSortByAnnotationScoresMenu()\r
3833   {\r
3834     if (viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation() == null)\r
3835     {\r
3836       return;\r
3837     }\r
3838 \r
3839     if (viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation().hashCode() != _annotationScoreVectorHash)\r
3840     {\r
3841       sortByAnnotScore.removeAll();\r
3842       // almost certainly a quicker way to do this - but we keep it simple\r
3843       Hashtable scoreSorts = new Hashtable();\r
3844       AlignmentAnnotation aann[];\r
3845       for (SequenceI sqa : viewport.getAlignment().getSequences())\r
3846       {\r
3847         aann = sqa.getAnnotation();\r
3848         for (int i = 0; aann != null && i < aann.length; i++)\r
3849         {\r
3850           if (aann[i].hasScore() && aann[i].sequenceRef != null)\r
3851           {\r
3852             scoreSorts.put(aann[i].label, aann[i].label);\r
3853           }\r
3854         }\r
3855       }\r
3856       Enumeration labels = scoreSorts.keys();\r
3857       while (labels.hasMoreElements())\r
3858       {\r
3859         addSortByAnnotScoreMenuItem(sortByAnnotScore,\r
3860                 (String) labels.nextElement());\r
3861       }\r
3862       sortByAnnotScore.setVisible(scoreSorts.size() > 0);\r
3863       scoreSorts.clear();\r
3864 \r
3865       _annotationScoreVectorHash = viewport.getAlignment()\r
3866               .getAlignmentAnnotation().hashCode();\r
3867     }\r
3868   }\r
3869 \r
3870   /**\r
3871    * Maintain the Order by->Displayed Tree menu. Creates a new menu item for a\r
3872    * TreePanel with an appropriate <code>jalview.analysis.AlignmentSorter</code>\r
3873    * call. Listeners are added to remove the menu item when the treePanel is\r
3874    * closed, and adjust the tree leaf to sequence mapping when the alignment is\r
3875    * modified.\r
3876    * \r
3877    * @param treePanel\r
3878    *          Displayed tree window.\r
3879    * @param title\r
3880    *          SortBy menu item title.\r
3881    */\r
3882   @Override\r
3883   public void buildTreeMenu()\r
3884   {\r
3885     sortByTreeMenu.removeAll();\r
3886 \r
3887     Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
3888             .getSequenceSetId());\r
3889     Vector treePanels = new Vector();\r
3890     int i, iSize = comps.size();\r
3891     for (i = 0; i < iSize; i++)\r
3892     {\r
3893       if (comps.elementAt(i) instanceof TreePanel)\r
3894       {\r
3895         treePanels.add(comps.elementAt(i));\r
3896       }\r
3897     }\r
3898 \r
3899     iSize = treePanels.size();\r
3900 \r
3901     if (iSize < 1)\r
3902     {\r
3903       sortByTreeMenu.setVisible(false);\r
3904       return;\r
3905     }\r
3906 \r
3907     sortByTreeMenu.setVisible(true);\r
3908 \r
3909     for (i = 0; i < treePanels.size(); i++)\r
3910     {\r
3911       final TreePanel tp = (TreePanel) treePanels.elementAt(i);\r
3912       final JMenuItem item = new JMenuItem(tp.getTitle());\r
3913       final NJTree tree = ((TreePanel) treePanels.elementAt(i)).getTree();\r
3914       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
3915       {\r
3916         @Override\r
3917         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
3918         {\r
3919           tp.sortByTree_actionPerformed(null);\r
3920           addHistoryItem(tp.sortAlignmentIn(alignPanel));\r
3921 \r
3922         }\r
3923       });\r
3924 \r
3925       sortByTreeMenu.add(item);\r
3926     }\r
3927   }\r
3928 \r
3929   public boolean sortBy(AlignmentOrder alorder, String undoname)\r
3930   {\r
3931     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
3932     AlignmentSorter.sortBy(viewport.getAlignment(), alorder);\r
3933     if (undoname != null)\r
3934     {\r
3935       addHistoryItem(new OrderCommand(undoname, oldOrder,\r
3936               viewport.getAlignment()));\r
3937     }\r
3938     alignPanel.paintAlignment(true);\r
3939     return true;\r
3940   }\r
3941 \r
3942   /**\r
3943    * Work out whether the whole set of sequences or just the selected set will\r
3944    * be submitted for multiple alignment.\r
3945    * \r
3946    */\r
3947   public jalview.datamodel.AlignmentView gatherSequencesForAlignment()\r
3948   {\r
3949     // Now, check we have enough sequences\r
3950     AlignmentView msa = null;\r
3951 \r
3952     if ((viewport.getSelectionGroup() != null)\r
3953             && (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1))\r
3954     {\r
3955       // JBPNote UGLY! To prettify, make SequenceGroup and Alignment conform to\r
3956       // some common interface!\r
3957       /*\r
3958        * SequenceGroup seqs = viewport.getSelectionGroup(); int sz; msa = new\r
3959        * SequenceI[sz = seqs.getSize(false)];\r
3960        * \r
3961        * for (int i = 0; i < sz; i++) { msa[i] = (SequenceI)\r
3962        * seqs.getSequenceAt(i); }\r
3963        */\r
3964       msa = viewport.getAlignmentView(true);\r
3965     }\r
3966     else\r
3967     {\r
3968       /*\r
3969        * Vector seqs = viewport.getAlignment().getSequences();\r
3970        * \r
3971        * if (seqs.size() > 1) { msa = new SequenceI[seqs.size()];\r
3972        * \r
3973        * for (int i = 0; i < seqs.size(); i++) { msa[i] = (SequenceI)\r
3974        * seqs.elementAt(i); } }\r
3975        */\r
3976       msa = viewport.getAlignmentView(false);\r
3977     }\r
3978     return msa;\r
3979   }\r
3980 \r
3981   /**\r
3982    * Decides what is submitted to a secondary structure prediction service: the\r
3983    * first sequence in the alignment, or in the current selection, or, if the\r
3984    * alignment is 'aligned' (ie padded with gaps), then the currently selected\r
3985    * region or the whole alignment. (where the first sequence in the set is the\r
3986    * one that the prediction will be for).\r
3987    */\r
3988   public AlignmentView gatherSeqOrMsaForSecStrPrediction()\r
3989   {\r
3990     AlignmentView seqs = null;\r
3991 \r
3992     if ((viewport.getSelectionGroup() != null)\r
3993             && (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 0))\r
3994     {\r
3995       seqs = viewport.getAlignmentView(true);\r
3996     }\r
3997     else\r
3998     {\r
3999       seqs = viewport.getAlignmentView(false);\r
4000     }\r
4001     // limit sequences - JBPNote in future - could spawn multiple prediction\r
4002     // jobs\r
4003     // TODO: viewport.getAlignment().isAligned is a global state - the local\r
4004     // selection may well be aligned - we preserve 2.0.8 behaviour for moment.\r
4005     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
4006     {\r
4007       seqs.setSequences(new SeqCigar[]\r
4008       { seqs.getSequences()[0] });\r
4009       // TODO: if seqs.getSequences().length>1 then should really have warned\r
4010       // user!\r
4011 \r
4012     }\r
4013     return seqs;\r
4014   }\r
4015 \r
4016   /**\r
4017    * DOCUMENT ME!\r
4018    * \r
4019    * @param e\r
4020    *          DOCUMENT ME!\r
4021    */\r
4022   @Override\r
4023   protected void LoadtreeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
4024   {\r
4025     // Pick the tree file\r
4026     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(\r
4027             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));\r
4028     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
4029     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.select_newick_like_tree_file"));\r
4030     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("label.load_tree_file"));\r
4031 \r
4032     int value = chooser.showOpenDialog(null);\r
4033 \r
4034     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
4035     {\r
4036       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
4037       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice);\r
4038       jalview.io.NewickFile fin = null;\r
4039       try\r
4040       {\r
4041         fin = new jalview.io.NewickFile(choice, "File");\r
4042         viewport.setCurrentTree(ShowNewickTree(fin, choice).getTree());\r
4043       } catch (Exception ex)\r
4044       {\r
4045         JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, ex.getMessage(),\r
4046                 MessageManager.getString("label.problem_reading_tree_file"), JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
4047         ex.printStackTrace();\r
4048       }\r
4049       if (fin != null && fin.hasWarningMessage())\r
4050       {\r
4051         JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,\r
4052                 fin.getWarningMessage(), MessageManager.getString("label.possible_problem_with_tree_file"),\r
4053                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
4054       }\r
4055     }\r
4056   }\r
4057 \r
4058   @Override\r
4059   protected void tcoffeeColorScheme_actionPerformed(ActionEvent e)\r
4060   {\r
4061     changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
4062   }\r
4063 \r
4064   public TreePanel ShowNewickTree(NewickFile nf, String title)\r
4065   {\r
4066     return ShowNewickTree(nf, title, 600, 500, 4, 5);\r
4067   }\r
4068 \r
4069   public TreePanel ShowNewickTree(NewickFile nf, String title,\r
4070           AlignmentView input)\r
4071   {\r
4072     return ShowNewickTree(nf, title, input, 600, 500, 4, 5);\r
4073   }\r
4074 \r
4075   public TreePanel ShowNewickTree(NewickFile nf, String title, int w,\r
4076           int h, int x, int y)\r
4077   {\r
4078     return ShowNewickTree(nf, title, null, w, h, x, y);\r
4079   }\r
4080 \r
4081   /**\r
4082    * Add a treeviewer for the tree extracted from a newick file object to the\r
4083    * current alignment view\r
4084    * \r
4085    * @param nf\r
4086    *          the tree\r
4087    * @param title\r
4088    *          tree viewer title\r
4089    * @param input\r
4090    *          Associated alignment input data (or null)\r
4091    * @param w\r
4092    *          width\r
4093    * @param h\r
4094    *          height\r
4095    * @param x\r
4096    *          position\r
4097    * @param y\r
4098    *          position\r
4099    * @return TreePanel handle\r
4100    */\r
4101   public TreePanel ShowNewickTree(NewickFile nf, String title,\r
4102           AlignmentView input, int w, int h, int x, int y)\r
4103   {\r
4104     TreePanel tp = null;\r
4105 \r
4106     try\r
4107     {\r
4108       nf.parse();\r
4109 \r
4110       if (nf.getTree() != null)\r
4111       {\r
4112         tp = new TreePanel(alignPanel, "FromFile", title, nf, input);\r
4113 \r
4114         tp.setSize(w, h);\r
4115 \r
4116         if (x > 0 && y > 0)\r
4117         {\r
4118           tp.setLocation(x, y);\r
4119         }\r
4120 \r
4121         Desktop.addInternalFrame(tp, title, w, h);\r
4122       }\r
4123     } catch (Exception ex)\r
4124     {\r
4125       ex.printStackTrace();\r
4126     }\r
4127 \r
4128     return tp;\r
4129   }\r
4130 \r
4131   private boolean buildingMenu = false;\r
4132 \r
4133   /**\r
4134    * Generates menu items and listener event actions for web service clients\r
4135    * \r
4136    */\r
4137   public void BuildWebServiceMenu()\r
4138   {\r
4139     while (buildingMenu)\r
4140     {\r
4141       try\r
4142       {\r
4143         System.err.println("Waiting for building menu to finish.");\r
4144         Thread.sleep(10);\r
4145       } catch (Exception e)\r
4146       {\r
4147       }\r
4148       ;\r
4149     }\r
4150     final AlignFrame me = this;\r
4151     buildingMenu = true;\r
4152     new Thread(new Runnable()\r
4153     {\r
4154       @Override\r
4155       public void run()\r
4156       {\r
4157         final List<JMenuItem> legacyItems=new ArrayList<JMenuItem>();\r
4158         try\r
4159         {\r
4160           System.err.println("Building ws menu again "\r
4161                   + Thread.currentThread());\r
4162           // TODO: add support for context dependent disabling of services based\r
4163           // on\r
4164           // alignment and current selection\r
4165           // TODO: add additional serviceHandle parameter to specify abstract\r
4166           // handler\r
4167           // class independently of AbstractName\r
4168           // TODO: add in rediscovery GUI function to restart discoverer\r
4169           // TODO: group services by location as well as function and/or\r
4170           // introduce\r
4171           // object broker mechanism.\r
4172           final Vector<JMenu> wsmenu = new Vector<JMenu>();\r
4173           final IProgressIndicator af = me;\r
4174           final JMenu msawsmenu = new JMenu("Alignment");\r
4175           final JMenu secstrmenu = new JMenu(\r
4176                   "Secondary Structure Prediction");\r
4177           final JMenu seqsrchmenu = new JMenu("Sequence Database Search");\r
4178           final JMenu analymenu = new JMenu("Analysis");\r
4179           final JMenu dismenu = new JMenu("Protein Disorder");\r
4180           // JAL-940 - only show secondary structure prediction services from\r
4181           // the legacy server\r
4182           if (// Cache.getDefault("SHOW_JWS1_SERVICES", true)\r
4183               // &&\r
4184           Discoverer.services != null && (Discoverer.services.size() > 0))\r
4185           {\r
4186             // TODO: refactor to allow list of AbstractName/Handler bindings to\r
4187             // be\r
4188             // stored or retrieved from elsewhere\r
4189             // No MSAWS used any more:\r
4190             // Vector msaws = null; // (Vector) Discoverer.services.get("MsaWS");\r
4191             Vector secstrpr = (Vector) Discoverer.services\r
4192                     .get("SecStrPred");\r
4193             if (secstrpr != null)\r
4194             {\r
4195               // Add any secondary structure prediction services\r
4196               for (int i = 0, j = secstrpr.size(); i < j; i++)\r
4197               {\r
4198                 final ext.vamsas.ServiceHandle sh = (ext.vamsas.ServiceHandle) secstrpr\r
4199                         .get(i);\r
4200                 jalview.ws.WSMenuEntryProviderI impl = jalview.ws.jws1.Discoverer\r
4201                         .getServiceClient(sh);\r
4202                 int p=secstrmenu.getItemCount();\r
4203                 impl.attachWSMenuEntry(secstrmenu, me);\r
4204                 int q=secstrmenu.getItemCount();\r
4205                 for (int litm=p;litm<q; litm++)\r
4206                 {\r
4207                   legacyItems.add(secstrmenu.getItem(litm));\r
4208                 }\r
4209               }\r
4210             }\r
4211           }\r
4212           \r
4213           // Add all submenus in the order they should appear on the web\r
4214           // services menu\r
4215           wsmenu.add(msawsmenu);\r
4216           wsmenu.add(secstrmenu);\r
4217           wsmenu.add(dismenu);\r
4218           wsmenu.add(analymenu);\r
4219           // No search services yet\r
4220           // wsmenu.add(seqsrchmenu);\r
4221 \r
4222           javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
4223           {\r
4224             @Override\r
4225             public void run()\r
4226             {\r
4227               try\r
4228               {\r
4229                 webService.removeAll();\r
4230                 // first, add discovered services onto the webservices menu\r
4231                 if (wsmenu.size() > 0)\r
4232                 {\r
4233                   for (int i = 0, j = wsmenu.size(); i < j; i++)\r
4234                   {\r
4235                     webService.add(wsmenu.get(i));\r
4236                   }\r
4237                 }\r
4238                 else\r
4239                 {\r
4240                   webService.add(me.webServiceNoServices);\r
4241                 }\r
4242                 // TODO: move into separate menu builder class.\r
4243                 boolean new_sspred=false;\r
4244                 if (Cache.getDefault("SHOW_JWS2_SERVICES", true))\r
4245                 {\r
4246                   Jws2Discoverer jws2servs = Jws2Discoverer.getDiscoverer();\r
4247                   if (jws2servs != null)\r
4248                   {\r
4249                     if (jws2servs.hasServices())\r
4250                     {\r
4251                       jws2servs.attachWSMenuEntry(webService, me);\r
4252                       for (Jws2Instance sv:jws2servs.getServices()) {\r
4253                         if (sv.description.toLowerCase().contains("jpred"))\r
4254                         {\r
4255                           for (JMenuItem jmi:legacyItems)\r
4256                           {\r
4257                             jmi.setVisible(false);\r
4258                           }\r
4259                         }\r
4260                       }\r
4261                       \r
4262                     }\r
4263                     if (jws2servs.isRunning())\r
4264                     {\r
4265                       JMenuItem tm = new JMenuItem(\r
4266                               "Still discovering JABA Services");\r
4267                       tm.setEnabled(false);\r
4268                       webService.add(tm);\r
4269                     }\r
4270                   }\r
4271                 }\r
4272                 build_urlServiceMenu(me.webService);\r
4273                 build_fetchdbmenu(webService);\r
4274                 for (JMenu item : wsmenu)\r
4275                 {\r
4276                   if (item.getItemCount() == 0)\r
4277                   {\r
4278                     item.setEnabled(false);\r
4279                   }\r
4280                   else\r
4281                   {\r
4282                     item.setEnabled(true);\r
4283                   }\r
4284                 }\r
4285               } catch (Exception e)\r
4286               {\r
4287                 Cache.log\r
4288                         .debug("Exception during web service menu building process.",\r
4289                                 e);\r
4290               }\r
4291               ;\r
4292             }\r
4293           });\r
4294         } catch (Exception e)\r
4295         {\r
4296         }\r
4297         ;\r
4298 \r
4299         buildingMenu = false;\r
4300       }\r
4301     }).start();\r
4302 \r
4303   }\r
4304 \r
4305   /**\r
4306    * construct any groupURL type service menu entries.\r
4307    * \r
4308    * @param webService\r
4309    */\r
4310   private void build_urlServiceMenu(JMenu webService)\r
4311   {\r
4312     // TODO: remove this code when 2.7 is released\r
4313     // DEBUG - alignmentView\r
4314     /*\r
4315      * JMenuItem testAlView = new JMenuItem("Test AlignmentView"); final\r
4316      * AlignFrame af = this; testAlView.addActionListener(new ActionListener() {\r
4317      * \r
4318      * @Override public void actionPerformed(ActionEvent e) {\r
4319      * jalview.datamodel.AlignmentView\r
4320      * .testSelectionViews(af.viewport.getAlignment(),\r
4321      * af.viewport.getColumnSelection(), af.viewport.selectionGroup); }\r
4322      * \r
4323      * }); webService.add(testAlView);\r
4324      */\r
4325     // TODO: refactor to RestClient discoverer and merge menu entries for\r
4326     // rest-style services with other types of analysis/calculation service\r
4327     // SHmmr test client - still being implemented.\r
4328     // DEBUG - alignmentView\r
4329 \r
4330     for (jalview.ws.rest.RestClient client : jalview.ws.rest.RestClient\r
4331             .getRestClients())\r
4332     {\r
4333       client.attachWSMenuEntry(\r
4334               JvSwingUtils.findOrCreateMenu(webService, client.getAction()),\r
4335               this);\r
4336     }\r
4337 \r
4338     if (Cache.getDefault("SHOW_ENFIN_SERVICES", true))\r
4339     {\r
4340       jalview.ws.EnfinEnvision2OneWay.getInstance().attachWSMenuEntry(\r
4341               webService, this);\r
4342     }\r
4343   }\r
4344 \r
4345   /*\r
4346    * public void vamsasStore_actionPerformed(ActionEvent e) { JalviewFileChooser\r
4347    * chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
4348    * getProperty("LAST_DIRECTORY"));\r
4349    * \r
4350    * chooser.setFileView(new JalviewFileView()); chooser.setDialogTitle("Export\r
4351    * to Vamsas file"); chooser.setToolTipText("Export");\r
4352    * \r
4353    * int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
4354    * \r
4355    * if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION) {\r
4356    * jalview.io.VamsasDatastore vs = new jalview.io.VamsasDatastore(viewport);\r
4357    * //vs.store(chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath() ); vs.storeJalview(\r
4358    * chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath(), this); } }\r
4359    */\r
4360   /**\r
4361    * prototype of an automatically enabled/disabled analysis function\r
4362    * \r
4363    */\r
4364   protected void setShowProductsEnabled()\r
4365   {\r
4366     SequenceI[] selection = viewport.getSequenceSelection();\r
4367     if (canShowProducts(selection, viewport.getSelectionGroup() != null,\r
4368             viewport.getAlignment().getDataset()))\r
4369     {\r
4370       showProducts.setEnabled(true);\r
4371 \r
4372     }\r
4373     else\r
4374     {\r
4375       showProducts.setEnabled(false);\r
4376     }\r
4377   }\r
4378 \r
4379   /**\r
4380    * search selection for sequence xRef products and build the show products\r
4381    * menu.\r
4382    * \r
4383    * @param selection\r
4384    * @param dataset\r
4385    * @return true if showProducts menu should be enabled.\r
4386    */\r
4387   public boolean canShowProducts(SequenceI[] selection,\r
4388           boolean isRegionSelection, Alignment dataset)\r
4389   {\r
4390     boolean showp = false;\r
4391     try\r
4392     {\r
4393       showProducts.removeAll();\r
4394       final boolean dna = viewport.getAlignment().isNucleotide();\r
4395       final Alignment ds = dataset;\r
4396       String[] ptypes = (selection == null || selection.length == 0) ? null\r
4397               : CrossRef.findSequenceXrefTypes(dna, selection, dataset);\r
4398       // Object[] prods =\r
4399       // CrossRef.buildXProductsList(viewport.getAlignment().isNucleotide(),\r
4400       // selection, dataset, true);\r
4401       final SequenceI[] sel = selection;\r
4402       for (int t = 0; ptypes != null && t < ptypes.length; t++)\r
4403       {\r
4404         showp = true;\r
4405         final boolean isRegSel = isRegionSelection;\r
4406         final AlignFrame af = this;\r
4407         final String source = ptypes[t];\r
4408         JMenuItem xtype = new JMenuItem(ptypes[t]);\r
4409         xtype.addActionListener(new ActionListener()\r
4410         {\r
4411 \r
4412           @Override\r
4413           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
4414           {\r
4415             // TODO: new thread for this call with vis-delay\r
4416             af.showProductsFor(af.viewport.getSequenceSelection(), ds,\r
4417                     isRegSel, dna, source);\r
4418           }\r
4419 \r
4420         });\r
4421         showProducts.add(xtype);\r
4422       }\r
4423       showProducts.setVisible(showp);\r
4424       showProducts.setEnabled(showp);\r
4425     } catch (Exception e)\r
4426     {\r
4427       jalview.bin.Cache.log\r
4428               .warn("canTranslate threw an exception - please report to help@jalview.org",\r
4429                       e);\r
4430       return false;\r
4431     }\r
4432     return showp;\r
4433   }\r
4434 \r
4435   protected void showProductsFor(SequenceI[] sel, Alignment ds,\r
4436           boolean isRegSel, boolean dna, String source)\r
4437   {\r
4438     final boolean fisRegSel = isRegSel;\r
4439     final boolean fdna = dna;\r
4440     final String fsrc = source;\r
4441     final AlignFrame ths = this;\r
4442     final SequenceI[] fsel = sel;\r
4443     Runnable foo = new Runnable()\r
4444     {\r
4445 \r
4446       @Override\r
4447       public void run()\r
4448       {\r
4449         final long sttime = System.currentTimeMillis();\r
4450         ths.setProgressBar("Searching for sequences from " + fsrc, sttime);\r
4451         try\r
4452         {\r
4453           Alignment ds = ths.getViewport().getAlignment().getDataset(); // update\r
4454           // our local\r
4455           // dataset\r
4456           // reference\r
4457           Alignment prods = CrossRef\r
4458                   .findXrefSequences(fsel, fdna, fsrc, ds);\r
4459           if (prods != null)\r
4460           {\r
4461             SequenceI[] sprods = new SequenceI[prods.getHeight()];\r
4462             for (int s = 0; s < sprods.length; s++)\r
4463             {\r
4464               sprods[s] = (prods.getSequenceAt(s)).deriveSequence();\r
4465               if (ds.getSequences() == null\r
4466                       || !ds.getSequences().contains(\r
4467                               sprods[s].getDatasetSequence()))\r
4468                 ds.addSequence(sprods[s].getDatasetSequence());\r
4469               sprods[s].updatePDBIds();\r
4470             }\r
4471             Alignment al = new Alignment(sprods);\r
4472             AlignedCodonFrame[] cf = prods.getCodonFrames();\r
4473             al.setDataset(ds);\r
4474             for (int s = 0; cf != null && s < cf.length; s++)\r
4475             {\r
4476               al.addCodonFrame(cf[s]);\r
4477               cf[s] = null;\r
4478             }\r
4479             AlignFrame naf = new AlignFrame(al, DEFAULT_WIDTH,\r
4480                     DEFAULT_HEIGHT);\r
4481             String newtitle = "" + ((fdna) ? "Proteins " : "Nucleotides ")\r
4482                     + " for " + ((fisRegSel) ? "selected region of " : "")\r
4483                     + getTitle();\r
4484             Desktop.addInternalFrame(naf, newtitle, DEFAULT_WIDTH,\r
4485                     DEFAULT_HEIGHT);\r
4486           }\r
4487           else\r
4488           {\r
4489             System.err.println("No Sequences generated for xRef type "\r
4490                     + fsrc);\r
4491           }\r
4492         } catch (Exception e)\r
4493         {\r
4494           jalview.bin.Cache.log.error(\r
4495                   "Exception when finding crossreferences", e);\r
4496         } catch (OutOfMemoryError e)\r
4497         {\r
4498           new OOMWarning("whilst fetching crossreferences", e);\r
4499         } catch (Error e)\r
4500         {\r
4501           jalview.bin.Cache.log.error("Error when finding crossreferences",\r
4502                   e);\r
4503         }\r
4504         ths.setProgressBar("Finished searching for sequences from " + fsrc,\r
4505                 sttime);\r
4506       }\r
4507 \r
4508     };\r
4509     Thread frunner = new Thread(foo);\r
4510     frunner.start();\r
4511   }\r
4512 \r
4513   public boolean canShowTranslationProducts(SequenceI[] selection,\r
4514           AlignmentI alignment)\r
4515   {\r
4516     // old way\r
4517     try\r
4518     {\r
4519       return (jalview.analysis.Dna.canTranslate(selection,\r
4520               viewport.getViewAsVisibleContigs(true)));\r
4521     } catch (Exception e)\r
4522     {\r
4523       jalview.bin.Cache.log\r
4524               .warn("canTranslate threw an exception - please report to help@jalview.org",\r
4525                       e);\r
4526       return false;\r
4527     }\r
4528   }\r
4529 \r
4530   @Override\r
4531   public void showProducts_actionPerformed(ActionEvent e)\r
4532   {\r
4533     // /////////////////////////////\r
4534     // Collect Data to be translated/transferred\r
4535 \r
4536     SequenceI[] selection = viewport.getSequenceSelection();\r
4537     AlignmentI al = null;\r
4538     try\r
4539     {\r
4540       al = jalview.analysis.Dna.CdnaTranslate(selection, viewport\r
4541               .getViewAsVisibleContigs(true), viewport.getGapCharacter(),\r
4542               viewport.getAlignment().getDataset());\r
4543     } catch (Exception ex)\r
4544     {\r
4545       al = null;\r
4546       jalview.bin.Cache.log.debug("Exception during translation.", ex);\r
4547     }\r
4548     if (al == null)\r
4549     {\r
4550       JOptionPane\r
4551               .showMessageDialog(\r
4552                       Desktop.desktop,\r
4553                       MessageManager.getString("label.select_at_least_three_bases_in_at_least_one_sequence_to_cDNA_translation"),\r
4554                       MessageManager.getString("label.translation_failed"), JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
4555     }\r
4556     else\r
4557     {\r
4558       AlignFrame af = new AlignFrame(al, DEFAULT_WIDTH, DEFAULT_HEIGHT);\r
4559       Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage("label.translation_of_params", new String[]{this.getTitle()}),\r
4560               DEFAULT_WIDTH, DEFAULT_HEIGHT);\r
4561     }\r
4562   }\r
4563 \r
4564   @Override\r
4565   public void showTranslation_actionPerformed(ActionEvent e)\r
4566   {\r
4567     // /////////////////////////////\r
4568     // Collect Data to be translated/transferred\r
4569 \r
4570     SequenceI[] selection = viewport.getSequenceSelection();\r
4571     String[] seqstring = viewport.getViewAsString(true);\r
4572     AlignmentI al = null;\r
4573     try\r
4574     {\r
4575       al = jalview.analysis.Dna.CdnaTranslate(selection, seqstring,\r
4576               viewport.getViewAsVisibleContigs(true), viewport\r
4577                       .getGapCharacter(), viewport.getAlignment()\r
4578                       .getAlignmentAnnotation(), viewport.getAlignment()\r
4579                       .getWidth(), viewport.getAlignment().getDataset());\r
4580     } catch (Exception ex)\r
4581     {\r
4582       al = null;\r
4583       jalview.bin.Cache.log.error("Exception during translation. Please report this !", ex);\r
4584       JOptionPane\r
4585       .showMessageDialog(\r
4586               Desktop.desktop,\r
4587               MessageManager.getString("label.error_when_translating_sequences_submit_bug_report"),\r
4588               MessageManager.getString("label.implementation_error") + MessageManager.getString("translation_failed"), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);\r
4589       return;\r
4590     }\r
4591     if (al == null)\r
4592     {\r
4593       JOptionPane\r
4594               .showMessageDialog(\r
4595                       Desktop.desktop,\r
4596                       MessageManager.getString("label.select_at_least_three_bases_in_at_least_one_sequence_to_cDNA_translation"),\r
4597                       MessageManager.getString("label.translation_failed"), JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
4598     }\r
4599     else\r
4600     {\r
4601       AlignFrame af = new AlignFrame(al, DEFAULT_WIDTH, DEFAULT_HEIGHT);\r
4602       Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage("label.translation_of_params", new String[]{this.getTitle()}),\r
4603               DEFAULT_WIDTH, DEFAULT_HEIGHT);\r
4604     }\r
4605   }\r
4606 \r
4607   /**\r
4608    * Try to load a features file onto the alignment.\r
4609    * \r
4610    * @param file\r
4611    *          contents or path to retrieve file\r
4612    * @param type\r
4613    *          access mode of file (see jalview.io.AlignFile)\r
4614    * @return true if features file was parsed corectly.\r
4615    */\r
4616   public boolean parseFeaturesFile(String file, String type)\r
4617   {\r
4618     boolean featuresFile = false;\r
4619     try\r
4620     {\r
4621       featuresFile = new FeaturesFile(file, type).parse(viewport\r
4622               .getAlignment().getDataset(), alignPanel.seqPanel.seqCanvas\r
4623               .getFeatureRenderer().featureColours, false,\r
4624               jalview.bin.Cache.getDefault("RELAXEDSEQIDMATCHING", false));\r
4625     } catch (Exception ex)\r
4626     {\r
4627       ex.printStackTrace();\r
4628     }\r
4629 \r
4630     if (featuresFile)\r
4631     {\r
4632       viewport.showSequenceFeatures = true;\r
4633       showSeqFeatures.setSelected(true);\r
4634       if (alignPanel.seqPanel.seqCanvas.fr != null)\r
4635       {\r
4636         // update the min/max ranges where necessary\r
4637         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.fr.findAllFeatures(true);\r
4638       }\r
4639       if (featureSettings != null)\r
4640       {\r
4641         featureSettings.setTableData();\r
4642       }\r
4643       alignPanel.paintAlignment(true);\r
4644     }\r
4645 \r
4646     return featuresFile;\r
4647   }\r
4648 \r
4649   @Override\r
4650   public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)\r
4651   {\r
4652   }\r
4653 \r
4654   @Override\r
4655   public void dragExit(DropTargetEvent evt)\r
4656   {\r
4657   }\r
4658 \r
4659   @Override\r
4660   public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)\r
4661   {\r
4662   }\r
4663 \r
4664   @Override\r
4665   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)\r
4666   {\r
4667   }\r
4668 \r
4669   @Override\r
4670   public void drop(DropTargetDropEvent evt)\r
4671   {\r
4672     Transferable t = evt.getTransferable();\r
4673     java.util.List files = null;\r
4674 \r
4675     try\r
4676     {\r
4677       DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor(\r
4678               "text/uri-list;class=java.lang.String");\r
4679       if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))\r
4680       {\r
4681         // Works on Windows and MacOSX\r
4682         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);\r
4683         files = (java.util.List) t\r
4684                 .getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);\r
4685       }\r
4686       else if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))\r
4687       {\r
4688         // This is used by Unix drag system\r
4689         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);\r
4690         String data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);\r
4691         files = new java.util.ArrayList(1);\r
4692         for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(\r
4693                 data, "\r\n"); st.hasMoreTokens();)\r
4694         {\r
4695           String s = st.nextToken();\r
4696           if (s.startsWith("#"))\r
4697           {\r
4698             // the line is a comment (as per the RFC 2483)\r
4699             continue;\r
4700           }\r
4701 \r
4702           java.net.URI uri = new java.net.URI(s);\r
4703           // check to see if we can handle this kind of URI\r
4704           if (uri.getScheme().toLowerCase().startsWith("http"))\r
4705           {\r
4706             files.add(uri.toString());\r
4707           }\r
4708           else\r
4709           {\r
4710             // otherwise preserve old behaviour: catch all for file objects\r
4711             java.io.File file = new java.io.File(uri);\r
4712             files.add(file.toString());\r
4713           }\r
4714         }\r
4715       }\r
4716     } catch (Exception e)\r
4717     {\r
4718       e.printStackTrace();\r
4719     }\r
4720     if (files != null)\r
4721     {\r
4722       try\r
4723       {\r
4724         // check to see if any of these files have names matching sequences in\r
4725         // the alignment\r
4726         SequenceIdMatcher idm = new SequenceIdMatcher(viewport\r
4727                 .getAlignment().getSequencesArray());\r
4728         /**\r
4729          * Object[] { String,SequenceI}\r
4730          */\r
4731         ArrayList<Object[]> filesmatched = new ArrayList<Object[]>();\r
4732         ArrayList<String> filesnotmatched = new ArrayList<String>();\r
4733         for (int i = 0; i < files.size(); i++)\r
4734         {\r
4735           String file = files.get(i).toString();\r
4736           String pdbfn = "";\r
4737           String protocol = FormatAdapter.checkProtocol(file);\r
4738           if (protocol == jalview.io.FormatAdapter.FILE)\r
4739           {\r
4740             File fl = new File(file);\r
4741             pdbfn = fl.getName();\r
4742           }\r
4743           else if (protocol == jalview.io.FormatAdapter.URL)\r
4744           {\r
4745             URL url = new URL(file);\r
4746             pdbfn = url.getFile();\r
4747           }\r
4748           if (pdbfn.length() > 0)\r
4749           {\r
4750             // attempt to find a match in the alignment\r
4751             SequenceI[] mtch = idm.findAllIdMatches(pdbfn);\r
4752             int l = 0, c = pdbfn.indexOf(".");\r
4753             while (mtch == null && c != -1)\r
4754             {\r
4755               do\r
4756               {\r
4757                 l = c;\r
4758               } while ((c = pdbfn.indexOf(".", l)) > l);\r
4759               if (l > -1)\r
4760               {\r
4761                 pdbfn = pdbfn.substring(0, l);\r
4762               }\r
4763               mtch = idm.findAllIdMatches(pdbfn);\r
4764             }\r
4765             if (mtch != null)\r
4766             {\r
4767               String type = null;\r
4768               try\r
4769               {\r
4770                 type = new IdentifyFile().Identify(file, protocol);\r
4771               } catch (Exception ex)\r
4772               {\r
4773                 type = null;\r
4774               }\r
4775               if (type != null)\r
4776               {\r
4777                 if (type.equalsIgnoreCase("PDB"))\r
4778                 {\r
4779                   filesmatched.add(new Object[]\r
4780                   { file, protocol, mtch });\r
4781                   continue;\r
4782                 }\r
4783               }\r
4784             }\r
4785             // File wasn't named like one of the sequences or wasn't a PDB file.\r
4786             filesnotmatched.add(file);\r
4787           }\r
4788         }\r
4789         int assocfiles = 0;\r
4790         if (filesmatched.size() > 0)\r
4791         {\r
4792           if (Cache.getDefault("AUTOASSOCIATE_PDBANDSEQS", false)\r
4793                   || JOptionPane\r
4794                           .showConfirmDialog(\r
4795                                   this,\r
4796                                   MessageManager.formatMessage("label.automatically_associate_pdb_files_with_sequences_same_name",\r
4797                                                   new String[]{Integer.valueOf(filesmatched.size()).toString()}),\r
4798                                   MessageManager.getString("label.automatically_associate_pdb_files_by_name"),\r
4799                                   JOptionPane.YES_NO_OPTION) == JOptionPane.YES_OPTION)\r
4800 \r
4801           {\r
4802             for (Object[] fm : filesmatched)\r
4803             {\r
4804               // try and associate\r
4805               // TODO: may want to set a standard ID naming formalism for\r
4806               // associating PDB files which have no IDs.\r
4807               for (SequenceI toassoc : (SequenceI[]) fm[2])\r
4808               {\r
4809                 PDBEntry pe = new AssociatePdbFileWithSeq()\r
4810                         .associatePdbWithSeq((String) fm[0],\r
4811                                 (String) fm[1], toassoc, false);\r
4812                 if (pe != null)\r
4813                 {\r
4814                   System.err.println("Associated file : "\r
4815                           + ((String) fm[0]) + " with "\r
4816                           + toassoc.getDisplayId(true));\r
4817                   assocfiles++;\r
4818                 }\r
4819               }\r
4820               alignPanel.paintAlignment(true);\r
4821             }\r
4822           }\r
4823         }\r
4824         if (filesnotmatched.size() > 0)\r
4825         {\r
4826           if (assocfiles > 0\r
4827                   && (Cache.getDefault(\r
4828                           "AUTOASSOCIATE_PDBANDSEQS_IGNOREOTHERS", false) || JOptionPane\r
4829                           .showConfirmDialog(\r
4830                                   this,\r
4831                                   MessageManager.formatMessage("label.ignore_unmatched_dropped_files_info", new String[]{Integer.valueOf(filesnotmatched.size()).toString()}),\r
4832                                   MessageManager.getString("label.ignore_unmatched_dropped_files"),\r
4833                                   JOptionPane.YES_NO_OPTION) == JOptionPane.YES_OPTION))\r
4834           {\r
4835             return;\r
4836           }\r
4837           for (String fn : filesnotmatched)\r
4838           {\r
4839             loadJalviewDataFile(fn, null, null, null);\r
4840           }\r
4841 \r
4842         }\r
4843       } catch (Exception ex)\r
4844       {\r
4845         ex.printStackTrace();\r
4846       }\r
4847     }\r
4848   }\r
4849 \r
4850   /**\r
4851    * Attempt to load a "dropped" file or URL string: First by testing whether\r
4852    * it's and Annotation file, then a JNet file, and finally a features file. If\r
4853    * all are false then the user may have dropped an alignment file onto this\r
4854    * AlignFrame.\r
4855    * \r
4856    * @param file\r
4857    *          either a filename or a URL string.\r
4858    */\r
4859   public void loadJalviewDataFile(String file, String protocol,\r
4860           String format, SequenceI assocSeq)\r
4861   {\r
4862     try\r
4863     {\r
4864       if (protocol == null)\r
4865       {\r
4866         protocol = jalview.io.FormatAdapter.checkProtocol(file);\r
4867       }\r
4868       // if the file isn't identified, or not positively identified as some\r
4869       // other filetype (PFAM is default unidentified alignment file type) then\r
4870       // try to parse as annotation.\r
4871       boolean isAnnotation = (format == null || format\r
4872               .equalsIgnoreCase("PFAM")) ? new AnnotationFile()\r
4873               .readAnnotationFile(viewport.getAlignment(), file, protocol)\r
4874               : false;\r
4875 \r
4876       if (!isAnnotation)\r
4877       {\r
4878         // first see if its a T-COFFEE score file\r
4879         TCoffeeScoreFile tcf = null;\r
4880         try\r
4881         {\r
4882           tcf = new TCoffeeScoreFile(file, protocol);\r
4883           if (tcf.isValid())\r
4884           {\r
4885             if (tcf.annotateAlignment(viewport.getAlignment(), true))\r
4886             {\r
4887               tcoffeeColour.setEnabled(true);\r
4888               tcoffeeColour.setSelected(true);\r
4889               changeColour(new TCoffeeColourScheme(viewport.getAlignment()));\r
4890               isAnnotation = true;\r
4891               statusBar.setText(MessageManager.getString("label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment"));\r
4892             }\r
4893             else\r
4894             {\r
4895               // some problem - if no warning its probable that the ID matching\r
4896               // process didn't work\r
4897               JOptionPane\r
4898                       .showMessageDialog(\r
4899                               Desktop.desktop,\r
4900                               tcf.getWarningMessage() == null ? MessageManager.getString("label.check_file_matches_sequence_ids_alignment")\r
4901                                       : tcf.getWarningMessage(),\r
4902                               MessageManager.getString("label.problem_reading_tcoffee_score_file"),\r
4903                               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
4904             }\r
4905           }\r
4906           else\r
4907           {\r
4908             tcf = null;\r
4909           }\r
4910         } catch (Exception x)\r
4911         {\r
4912           Cache.log\r
4913                   .debug("Exception when processing data source as T-COFFEE score file",\r
4914                           x);\r
4915           tcf = null;\r
4916         }\r
4917         if (tcf == null)\r
4918         {\r
4919           // try to see if its a JNet 'concise' style annotation file *before*\r
4920           // we\r
4921           // try to parse it as a features file\r
4922           if (format == null)\r
4923           {\r
4924             format = new IdentifyFile().Identify(file, protocol);\r
4925           }\r
4926           if (format.equalsIgnoreCase("JnetFile"))\r
4927           {\r
4928             jalview.io.JPredFile predictions = new jalview.io.JPredFile(\r
4929                     file, protocol);\r
4930             new JnetAnnotationMaker().add_annotation(predictions,\r
4931                     viewport.getAlignment(), 0, false);\r
4932             isAnnotation = true;\r
4933           }\r
4934           else\r
4935           {\r
4936             /*\r
4937              * if (format.equalsIgnoreCase("PDB")) {\r
4938              * \r
4939              * String pdbfn = ""; // try to match up filename with sequence id\r
4940              * try { if (protocol == jalview.io.FormatAdapter.FILE) { File fl =\r
4941              * new File(file); pdbfn = fl.getName(); } else if (protocol ==\r
4942              * jalview.io.FormatAdapter.URL) { URL url = new URL(file); pdbfn =\r
4943              * url.getFile(); } } catch (Exception e) { } ; if (assocSeq ==\r
4944              * null) { SequenceIdMatcher idm = new SequenceIdMatcher(viewport\r
4945              * .getAlignment().getSequencesArray()); if (pdbfn.length() > 0) {\r
4946              * // attempt to find a match in the alignment SequenceI mtch =\r
4947              * idm.findIdMatch(pdbfn); int l = 0, c = pdbfn.indexOf("."); while\r
4948              * (mtch == null && c != -1) { while ((c = pdbfn.indexOf(".", l)) >\r
4949              * l) { l = c; } if (l > -1) { pdbfn = pdbfn.substring(0, l); } mtch\r
4950              * = idm.findIdMatch(pdbfn); } if (mtch != null) { // try and\r
4951              * associate // prompt ? PDBEntry pe = new AssociatePdbFileWithSeq()\r
4952              * .associatePdbWithSeq(file, protocol, mtch, true); if (pe != null)\r
4953              * { System.err.println("Associated file : " + file + " with " +\r
4954              * mtch.getDisplayId(true)); alignPanel.paintAlignment(true); } } //\r
4955              * TODO: maybe need to load as normal otherwise return; } }\r
4956              */\r
4957             // try to parse it as a features file\r
4958             boolean isGroupsFile = parseFeaturesFile(file, protocol);\r
4959             // if it wasn't a features file then we just treat it as a general\r
4960             // alignment file to load into the current view.\r
4961             if (!isGroupsFile)\r
4962             {\r
4963               new FileLoader().LoadFile(viewport, file, protocol, format);\r
4964             }\r
4965             else\r
4966             {\r
4967               alignPanel.paintAlignment(true);\r
4968             }\r
4969           }\r
4970         }\r
4971       }\r
4972       if (isAnnotation)\r
4973       {\r
4974 \r
4975         alignPanel.adjustAnnotationHeight();\r
4976         viewport.updateSequenceIdColours();\r
4977         buildSortByAnnotationScoresMenu();\r
4978         alignPanel.paintAlignment(true);\r
4979       }\r
4980     } catch (Exception ex)\r
4981     {\r
4982       ex.printStackTrace();\r
4983     } catch (OutOfMemoryError oom)\r
4984     {\r
4985       try\r
4986       {\r
4987         System.gc();\r
4988       } catch (Exception x)\r
4989       {\r
4990       }\r
4991       ;\r
4992       new OOMWarning(\r
4993               "loading data "\r
4994                       + (protocol != null ? (protocol.equals(FormatAdapter.PASTE) ? "from clipboard."\r
4995                               : "using " + protocol + " from " + file)\r
4996                               : ".")\r
4997                       + (format != null ? "(parsing as '" + format\r
4998                               + "' file)" : ""), oom, Desktop.desktop);\r
4999     }\r
5000   }\r
5001 \r
5002   @Override\r
5003   public void tabSelectionChanged(int index)\r
5004   {\r
5005     if (index > -1)\r
5006     {\r
5007       alignPanel = (AlignmentPanel) alignPanels.elementAt(index);\r
5008       viewport = alignPanel.av;\r
5009       avc.setViewportAndAlignmentPanel(viewport, alignPanel);\r
5010       setMenusFromViewport(viewport);\r
5011     }\r
5012   }\r
5013 \r
5014   @Override\r
5015   public void tabbedPane_mousePressed(MouseEvent e)\r
5016   {\r
5017     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(e))\r
5018     {\r
5019       String reply = JOptionPane.showInternalInputDialog(this,\r
5020               MessageManager.getString("label.enter_view_name"), MessageManager.getString("label.enter_view_name"),\r
5021               JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);\r
5022 \r
5023       if (reply != null)\r
5024       {\r
5025         viewport.viewName = reply;\r
5026         tabbedPane.setTitleAt(tabbedPane.getSelectedIndex(), reply);\r
5027       }\r
5028     }\r
5029   }\r
5030 \r
5031   public AlignViewport getCurrentView()\r
5032   {\r
5033     return viewport;\r
5034   }\r
5035 \r
5036   /**\r
5037    * Open the dialog for regex description parsing.\r
5038    */\r
5039   @Override\r
5040   protected void extractScores_actionPerformed(ActionEvent e)\r
5041   {\r
5042     ParseProperties pp = new jalview.analysis.ParseProperties(\r
5043             viewport.getAlignment());\r
5044     // TODO: verify regex and introduce GUI dialog for version 2.5\r
5045     // if (pp.getScoresFromDescription("col", "score column ",\r
5046     // "\\W*([-+]?\\d*\\.?\\d*e?-?\\d*)\\W+([-+]?\\d*\\.?\\d*e?-?\\d*)",\r
5047     // true)>0)\r
5048     if (pp.getScoresFromDescription("description column",\r
5049             "score in description column ", "\\W*([-+eE0-9.]+)", true) > 0)\r
5050     {\r
5051       buildSortByAnnotationScoresMenu();\r
5052     }\r
5053   }\r
5054 \r
5055   /*\r
5056    * (non-Javadoc)\r
5057    * \r
5058    * @see\r
5059    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showDbRefs_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent\r
5060    * )\r
5061    */\r
5062   @Override\r
5063   protected void showDbRefs_actionPerformed(ActionEvent e)\r
5064   {\r
5065     viewport.setShowDbRefs(showDbRefsMenuitem.isSelected());\r
5066   }\r
5067 \r
5068   /*\r
5069    * (non-Javadoc)\r
5070    * \r
5071    * @seejalview.jbgui.GAlignFrame#showNpFeats_actionPerformed(java.awt.event.\r
5072    * ActionEvent)\r
5073    */\r
5074   @Override\r
5075   protected void showNpFeats_actionPerformed(ActionEvent e)\r
5076   {\r
5077     viewport.setShowNpFeats(showNpFeatsMenuitem.isSelected());\r
5078   }\r
5079 \r
5080   /**\r
5081    * find the viewport amongst the tabs in this alignment frame and close that\r
5082    * tab\r
5083    * \r
5084    * @param av\r
5085    */\r
5086   public boolean closeView(AlignViewport av)\r
5087   {\r
5088     if (viewport == av)\r
5089     {\r
5090       this.closeMenuItem_actionPerformed(false);\r
5091       return true;\r
5092     }\r
5093     Component[] comp = tabbedPane.getComponents();\r
5094     for (int i = 0; comp != null && i < comp.length; i++)\r
5095     {\r
5096       if (comp[i] instanceof AlignmentPanel)\r
5097       {\r
5098         if (((AlignmentPanel) comp[i]).av == av)\r
5099         {\r
5100           // close the view.\r
5101           closeView((AlignmentPanel) comp[i]);\r
5102           return true;\r
5103         }\r
5104       }\r
5105     }\r
5106     return false;\r
5107   }\r
5108 \r
5109   protected void build_fetchdbmenu(JMenu webService)\r
5110   {\r
5111     // Temporary hack - DBRef Fetcher always top level ws entry.\r
5112     // TODO We probably want to store a sequence database checklist in\r
5113     // preferences and have checkboxes.. rather than individual sources selected\r
5114     // here\r
5115     final JMenu rfetch = new JMenu(MessageManager.getString("action.fetch_db_references"));\r
5116     rfetch.setToolTipText(MessageManager.getString("label.retrieve_parse_sequence_database_records_alignment_or_selected_sequences"));\r
5117     webService.add(rfetch);\r
5118 \r
5119     JMenuItem fetchr = new JMenuItem(MessageManager.getString("label.standard_databases"));\r
5120     fetchr.setToolTipText(MessageManager.getString("label.fetch_embl_uniprot"));\r
5121     fetchr.addActionListener(new ActionListener()\r
5122     {\r
5123 \r
5124       @Override\r
5125       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
5126       {\r
5127         new Thread(new Runnable()\r
5128         {\r
5129 \r
5130           @Override\r
5131           public void run()\r
5132           {\r
5133             new jalview.ws.DBRefFetcher(alignPanel.av\r
5134                     .getSequenceSelection(), alignPanel.alignFrame)\r
5135                     .fetchDBRefs(false);\r
5136           }\r
5137         }).start();\r
5138 \r
5139       }\r
5140 \r
5141     });\r
5142     rfetch.add(fetchr);\r
5143     final AlignFrame me = this;\r
5144     new Thread(new Runnable()\r
5145     {\r
5146       @Override\r
5147       public void run()\r
5148       {\r
5149         final jalview.ws.SequenceFetcher sf = SequenceFetcher\r
5150                 .getSequenceFetcherSingleton(me);\r
5151         javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
5152         {\r
5153           @Override\r
5154           public void run()\r
5155           {\r
5156             String[] dbclasses = sf.getOrderedSupportedSources();\r
5157             // sf.getDbInstances(jalview.ws.dbsources.DasSequenceSource.class);\r
5158             // jalview.util.QuickSort.sort(otherdb, otherdb);\r
5159             List<DbSourceProxy> otherdb;\r
5160             JMenu dfetch = new JMenu();\r
5161             JMenu ifetch = new JMenu();\r
5162             JMenuItem fetchr = null;\r
5163             int comp = 0, icomp = 0, mcomp = 15;\r
5164             String mname = null;\r
5165             int dbi = 0;\r
5166             for (String dbclass : dbclasses)\r
5167             {\r
5168               otherdb = sf.getSourceProxy(dbclass);\r
5169               // add a single entry for this class, or submenu allowing 'fetch\r
5170               // all' or pick one\r
5171               if (otherdb == null || otherdb.size() < 1)\r
5172               {\r
5173                 continue;\r
5174               }\r
5175               // List<DbSourceProxy> dbs=otherdb;\r
5176               // otherdb=new ArrayList<DbSourceProxy>();\r
5177               // for (DbSourceProxy db:dbs)\r
5178               // {\r
5179               // if (!db.isA(DBRefSource.ALIGNMENTDB)\r
5180               // }\r
5181               if (mname == null)\r
5182               {\r
5183                 mname = "From " + dbclass;\r
5184               }\r
5185               if (otherdb.size() == 1)\r
5186               {\r
5187                 final DbSourceProxy[] dassource = otherdb\r
5188                         .toArray(new DbSourceProxy[0]);\r
5189                 DbSourceProxy src = otherdb.get(0);\r
5190                 fetchr = new JMenuItem(src.getDbSource());\r
5191                 fetchr.addActionListener(new ActionListener()\r
5192                 {\r
5193 \r
5194                   @Override\r
5195                   public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
5196                   {\r
5197                     new Thread(new Runnable()\r
5198                     {\r
5199 \r
5200                       @Override\r
5201                       public void run()\r
5202                       {\r
5203                         new jalview.ws.DBRefFetcher(alignPanel.av\r
5204                                 .getSequenceSelection(),\r
5205                                 alignPanel.alignFrame, dassource)\r
5206                                 .fetchDBRefs(false);\r
5207                       }\r
5208                     }).start();\r
5209                   }\r
5210 \r
5211                 });\r
5212                 fetchr.setToolTipText("<html>"\r
5213                         + JvSwingUtils.wrapTooltip("Retrieve from "\r
5214                                 + src.getDbName()) + "<html>");\r
5215                 dfetch.add(fetchr);\r
5216                 comp++;\r
5217               }\r
5218               else\r
5219               {\r
5220                 final DbSourceProxy[] dassource = otherdb\r
5221                         .toArray(new DbSourceProxy[0]);\r
5222                 // fetch all entry\r
5223                 DbSourceProxy src = otherdb.get(0);\r
5224                 fetchr = new JMenuItem(MessageManager.formatMessage("label.fetch_all_param", new String[]{src.getDbSource()}));\r
5225                 fetchr.addActionListener(new ActionListener()\r
5226                 {\r
5227                   @Override\r
5228                   public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
5229                   {\r
5230                     new Thread(new Runnable()\r
5231                     {\r
5232 \r
5233                       @Override\r
5234                       public void run()\r
5235                       {\r
5236                         new jalview.ws.DBRefFetcher(alignPanel.av\r
5237                                 .getSequenceSelection(),\r
5238                                 alignPanel.alignFrame, dassource)\r
5239                                 .fetchDBRefs(false);\r
5240                       }\r
5241                     }).start();\r
5242                   }\r
5243                 });\r
5244 \r
5245                 fetchr.setToolTipText("<html>"\r
5246                         + JvSwingUtils.wrapTooltip("Retrieve from all "\r
5247                                 + otherdb.size() + " sources in "\r
5248                                 + src.getDbSource() + "<br>First is :"\r
5249                                 + src.getDbName()) + "<html>");\r
5250                 dfetch.add(fetchr);\r
5251                 comp++;\r
5252                 // and then build the rest of the individual menus\r
5253                 ifetch = new JMenu("Sources from " + src.getDbSource());\r
5254                 icomp = 0;\r
5255                 String imname = null;\r
5256                 int i = 0;\r
5257                 for (DbSourceProxy sproxy : otherdb)\r
5258                 {\r
5259                   String dbname = sproxy.getDbName();\r
5260                   String sname = dbname.length() > 5 ? dbname.substring(0,\r
5261                           5) + "..." : dbname;\r
5262                   String msname = dbname.length() > 10 ? dbname.substring(\r
5263                           0, 10) + "..." : dbname;\r
5264                   if (imname == null)\r
5265                   {\r
5266                     imname = "from '" + sname + "'";\r
5267                   }\r
5268                   fetchr = new JMenuItem(msname);\r
5269                   final DbSourceProxy[] dassrc =\r
5270                   { sproxy };\r
5271                   fetchr.addActionListener(new ActionListener()\r
5272                   {\r
5273 \r
5274                     @Override\r
5275                     public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
5276                     {\r
5277                       new Thread(new Runnable()\r
5278                       {\r
5279 \r
5280                         @Override\r
5281                         public void run()\r
5282                         {\r
5283                           new jalview.ws.DBRefFetcher(alignPanel.av\r
5284                                   .getSequenceSelection(),\r
5285                                   alignPanel.alignFrame, dassrc)\r
5286                                   .fetchDBRefs(false);\r
5287                         }\r
5288                       }).start();\r
5289                     }\r
5290 \r
5291                   });\r
5292                   fetchr.setToolTipText("<html>"\r
5293                           + JvSwingUtils.wrapTooltip("Retrieve from "\r
5294                                   + dbname) + "</html>");\r
5295                   ifetch.add(fetchr);\r
5296                   ++i;\r
5297                   if (++icomp >= mcomp || i == (otherdb.size()))\r
5298                   {\r
5299                     ifetch.setText(MessageManager.formatMessage("label.source_to_target",new String[]{imname,sname}));\r
5300                     dfetch.add(ifetch);\r
5301                     ifetch = new JMenu();\r
5302                     imname = null;\r
5303                     icomp = 0;\r
5304                     comp++;\r
5305                   }\r
5306                 }\r
5307               }\r
5308               ++dbi;\r
5309               if (comp >= mcomp || dbi >= (dbclasses.length))\r
5310               {\r
5311                 dfetch.setText(MessageManager.formatMessage("label.source_to_target",new String[]{mname,dbclass}));\r
5312                 rfetch.add(dfetch);\r
5313                 dfetch = new JMenu();\r
5314                 mname = null;\r
5315                 comp = 0;\r
5316               }\r
5317             }\r
5318           }\r
5319         });\r
5320       }\r
5321     }).start();\r
5322 \r
5323   }\r
5324 \r
5325   /**\r
5326    * Left justify the whole alignment.\r
5327    */\r
5328   @Override\r
5329   protected void justifyLeftMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
5330   {\r
5331     AlignmentI al = viewport.getAlignment();\r
5332     al.justify(false);\r
5333     viewport.firePropertyChange("alignment", null, al);\r
5334   }\r
5335 \r
5336   /**\r
5337    * Right justify the whole alignment.\r
5338    */\r
5339   @Override\r
5340   protected void justifyRightMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
5341   {\r
5342     AlignmentI al = viewport.getAlignment();\r
5343     al.justify(true);\r
5344     viewport.firePropertyChange("alignment", null, al);\r
5345   }\r
5346 \r
5347   public void setShowSeqFeatures(boolean b)\r
5348   {\r
5349     showSeqFeatures.setSelected(true);\r
5350     viewport.setShowSequenceFeatures(true);\r
5351   }\r
5352 \r
5353   /*\r
5354    * (non-Javadoc)\r
5355    * \r
5356    * @see\r
5357    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showUnconservedMenuItem_actionPerformed(java.\r
5358    * awt.event.ActionEvent)\r
5359    */\r
5360   @Override\r
5361   protected void showUnconservedMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
5362   {\r
5363     viewport.setShowUnconserved(showNonconservedMenuItem.getState());\r
5364     alignPanel.paintAlignment(true);\r
5365   }\r
5366 \r
5367   /*\r
5368    * (non-Javadoc)\r
5369    * \r
5370    * @see\r
5371    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showGroupConsensus_actionPerformed(java.awt.event\r
5372    * .ActionEvent)\r
5373    */\r
5374   @Override\r
5375   protected void showGroupConsensus_actionPerformed(ActionEvent e)\r
5376   {\r
5377     viewport.setShowGroupConsensus(showGroupConsensus.getState());\r
5378     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
5379 \r
5380   }\r
5381 \r
5382   /*\r
5383    * (non-Javadoc)\r
5384    * \r
5385    * @see\r
5386    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showGroupConservation_actionPerformed(java.awt\r
5387    * .event.ActionEvent)\r
5388    */\r
5389   @Override\r
5390   protected void showGroupConservation_actionPerformed(ActionEvent e)\r
5391   {\r
5392     viewport.setShowGroupConservation(showGroupConservation.getState());\r
5393     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
5394   }\r
5395 \r
5396   /*\r
5397    * (non-Javadoc)\r
5398    * \r
5399    * @see\r
5400    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusHistogram_actionPerformed(java.awt\r
5401    * .event.ActionEvent)\r
5402    */\r
5403   @Override\r
5404   protected void showConsensusHistogram_actionPerformed(ActionEvent e)\r
5405   {\r
5406     viewport.setShowConsensusHistogram(showConsensusHistogram.getState());\r
5407     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
5408   }\r
5409 \r
5410   /*\r
5411    * (non-Javadoc)\r
5412    * \r
5413    * @see\r
5414    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusProfile_actionPerformed(java.awt\r
5415    * .event.ActionEvent)\r
5416    */\r
5417   @Override\r
5418   protected void showSequenceLogo_actionPerformed(ActionEvent e)\r
5419   {\r
5420     viewport.setShowSequenceLogo(showSequenceLogo.getState());\r
5421     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
5422   }\r
5423 \r
5424   @Override\r
5425   protected void normaliseSequenceLogo_actionPerformed(ActionEvent e)\r
5426   {\r
5427     showSequenceLogo.setState(true);\r
5428     viewport.setShowSequenceLogo(true);\r
5429     viewport.setNormaliseSequenceLogo(normaliseSequenceLogo.getState());\r
5430     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
5431   }\r
5432 \r
5433   @Override\r
5434   protected void applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed(ActionEvent e)\r
5435   {\r
5436     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
5437   }\r
5438 \r
5439   /*\r
5440    * (non-Javadoc)\r
5441    * \r
5442    * @see\r
5443    * jalview.jbgui.GAlignFrame#makeGrpsFromSelection_actionPerformed(java.awt\r
5444    * .event.ActionEvent)\r
5445    */\r
5446   @Override\r
5447   protected void makeGrpsFromSelection_actionPerformed(ActionEvent e)\r
5448   {\r
5449     if (avc.makeGroupsFromSelection()) {\r
5450       PaintRefresher.Refresh(this, viewport.getSequenceSetId());\r
5451       alignPanel.updateAnnotation();\r
5452       alignPanel.paintAlignment(true);\r
5453     }\r
5454   }\r
5455 \r
5456   @Override\r
5457   protected void createGroup_actionPerformed(ActionEvent e)\r
5458   {\r
5459     if (avc.createGroup())\r
5460     {\r
5461       alignPanel.alignmentChanged();\r
5462     }\r
5463   }\r
5464 \r
5465   @Override\r
5466   protected void unGroup_actionPerformed(ActionEvent e)\r
5467   {\r
5468     if (avc.unGroup())\r
5469     {\r
5470       alignPanel.alignmentChanged();\r
5471     }\r
5472   }\r
5473 \r
5474   /**\r
5475    * make the given alignmentPanel the currently selected tab\r
5476    * \r
5477    * @param alignmentPanel\r
5478    */\r
5479   public void setDisplayedView(AlignmentPanel alignmentPanel)\r
5480   {\r
5481     if (!viewport.getSequenceSetId().equals(\r
5482             alignmentPanel.av.getSequenceSetId()))\r
5483     {\r
5484       throw new Error(\r
5485               "Implementation error: cannot show a view from another alignment in an AlignFrame.");\r
5486     }\r
5487     if (tabbedPane != null\r
5488             & alignPanels.indexOf(alignmentPanel) != tabbedPane\r
5489                     .getSelectedIndex())\r
5490     {\r
5491       tabbedPane.setSelectedIndex(alignPanels.indexOf(alignmentPanel));\r
5492     }\r
5493   }\r
5494 }\r
5495 \r
5496 class PrintThread extends Thread\r
5497 {\r
5498   AlignmentPanel ap;\r
5499 \r
5500   public PrintThread(AlignmentPanel ap)\r
5501   {\r
5502     this.ap = ap;\r
5503   }\r
5504 \r
5505   static PageFormat pf;\r
5506 \r
5507   @Override\r
5508   public void run()\r
5509   {\r
5510     PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();\r
5511 \r
5512     if (pf != null)\r
5513     {\r
5514       printJob.setPrintable(ap, pf);\r
5515     }\r
5516     else\r
5517     {\r
5518       printJob.setPrintable(ap);\r
5519     }\r
5520 \r
5521     if (printJob.printDialog())\r
5522     {\r
5523       try\r
5524       {\r
5525         printJob.print();\r
5526       } catch (Exception PrintException)\r
5527       {\r
5528         PrintException.printStackTrace();\r
5529       }\r
5530     }\r
5531   }\r
5532 }\r