src/jalview/gui/AlignFrame.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Softwarechang\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.beans.*;\r
  22 import java.io.*;\r
  23 import java.util.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.datatransfer.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 import java.awt.print.*;\r
  29 import javax.swing.*;\r
  30 import javax.swing.event.*;\r
  31 \r
  32 import jalview.analysis.*;\r
  33 import jalview.datamodel.*;\r
  34 import jalview.io.*;\r
  35 import jalview.jbgui.*;\r
  36 import jalview.schemes.*;\r
  37 import jalview.ws.*;\r
  38 \r
  39 /**\r
  40  * DOCUMENT ME!\r
  41  *\r
  42  * @author $author$\r
  43  * @version $Revision$\r
  44  */\r
  45 public class AlignFrame\r
  46     extends GAlignFrame\r
  47 {\r
  48   /** DOCUMENT ME!! */\r
  49   public static final int NEW_WINDOW_WIDTH = 700;\r
  50 \r
  51   /** DOCUMENT ME!! */\r
  52   public static final int NEW_WINDOW_HEIGHT = 500;\r
  53   final AlignmentPanel alignPanel;\r
  54   final AlignViewport viewport;\r
  55 \r
  56   /** DOCUMENT ME!! */\r
  57   public String currentFileFormat = null;\r
  58   Stack historyList = new Stack();\r
  59   Stack redoList = new Stack();\r
  60   private int treeCount = 0;\r
  61 \r
  62   /**\r
  63    * Creates a new AlignFrame object.\r
  64    *\r
  65    * @param al DOCUMENT ME!\r
  66    */\r
  67   public AlignFrame(AlignmentI al)\r
  68   {\r
  69     viewport = new AlignViewport(al);\r
  70 \r
  71     alignPanel = new AlignmentPanel(this, viewport);\r
  72     alignPanel.annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
  73     alignPanel.annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(alignPanel.\r
  74         annotationPanel.getPreferredSize());\r
  75     alignPanel.annotationScroller.setPreferredSize(alignPanel.annotationPanel.\r
  76         getPreferredSize());\r
  77     alignPanel.setAnnotationVisible(viewport.getShowAnnotation());\r
  78 \r
  79     String sortby = jalview.bin.Cache.getDefault("SORT_ALIGNMENT", "No sort");\r
  80 \r
  81     if(sortby.equals("Id"))\r
  82       sortIDMenuItem_actionPerformed(null);\r
  83     else if(sortby.equals("Pairwise Identity"))\r
  84       sortPairwiseMenuItem_actionPerformed(null);\r
  85 \r
  86     getContentPane().add(alignPanel, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
  87 \r
  88     viewport.addPropertyChangeListener(new PropertyChangeListener()\r
  89     {\r
  90      public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)\r
  91      {\r
  92        if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))\r
  93        {\r
  94          alignmentChanged();\r
  95        }\r
  96      }\r
  97    });\r
  98 \r
  99     addServiceListeners();\r
 100   }\r
 101 \r
 102   /* Set up intrinsic listeners for dynamically generated GUI bits. */\r
 103   private void addServiceListeners()\r
 104   {\r
 105     final java.beans.PropertyChangeListener thisListener;\r
 106     // Do this once to get current state\r
 107     BuildWebServiceMenu();\r
 108     Desktop.discoverer.addPropertyChangeListener(\r
 109         thisListener = new java.beans.PropertyChangeListener()\r
 110     {\r
 111       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)\r
 112       {\r
 113         // System.out.println("Discoverer property change.");\r
 114         if (evt.getPropertyName().equals("services"))\r
 115         {\r
 116           // System.out.println("Rebuilding web service menu");\r
 117           BuildWebServiceMenu();\r
 118         }\r
 119       }\r
 120     });\r
 121     addInternalFrameListener(new javax.swing.event.\r
 122                              InternalFrameAdapter()\r
 123     {\r
 124       public void internalFrameClosed(\r
 125           javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
 126       {\r
 127         // System.out.println("deregistering discoverer listener");\r
 128         Desktop.discoverer.removePropertyChangeListener(thisListener);\r
 129         closeMenuItem_actionPerformed(null);\r
 130       }\r
 131       ;\r
 132     });\r
 133 \r
 134   }\r
 135 \r
 136   /**\r
 137    * DOCUMENT ME!\r
 138    *\r
 139    * @param String DOCUMENT ME!\r
 140    */\r
 141 \r
 142   public void parseGroupsFile(String file)\r
 143   {\r
 144     try\r
 145     {\r
 146       BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader(file));\r
 147       SequenceI seq = null;\r
 148       String line, text, token;\r
 149       UserColourScheme ucs;\r
 150       int index, start, end;\r
 151       StringTokenizer st;\r
 152       SequenceGroup sg;\r
 153       while ( (line = in.readLine()) != null)\r
 154       {\r
 155         st = new StringTokenizer(line, "\t");\r
 156         if (st.countTokens() != 6)\r
 157         {\r
 158           System.out.println("Groups file " + file +\r
 159                              " is invalid. Read help file.");\r
 160           System.exit(1);\r
 161         }\r
 162 \r
 163         while (st.hasMoreElements())\r
 164         {\r
 165           text = st.nextToken();\r
 166           token = st.nextToken();\r
 167           if (!token.equals("ID_NOT_SPECIFIED"))\r
 168           {\r
 169             index = viewport.alignment.findIndex(viewport.alignment.findName(\r
 170                 token));\r
 171             st.nextToken();\r
 172           }\r
 173           else\r
 174           {\r
 175             index = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 176           }\r
 177 \r
 178           start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 179           end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 180           ucs = new UserColourScheme(st.nextToken());\r
 181 \r
 182           seq = viewport.alignment.getSequenceAt(index);\r
 183           start = seq.findIndex(start) - 1;\r
 184           end = seq.findIndex(end) - 1;\r
 185 \r
 186           sg = new SequenceGroup(text, ucs, true, true, false, start, end);\r
 187           sg.addSequence(seq, true);\r
 188 \r
 189           viewport.alignment.addGroup(sg);\r
 190         }\r
 191       }\r
 192 \r
 193     }\r
 194     catch (Exception ex)\r
 195     {\r
 196       System.out.println("Error parsing groups file: " + ex);\r
 197     }\r
 198   }\r
 199 \r
 200   /**\r
 201    * DOCUMENT ME!\r
 202    *\r
 203    * @param e DOCUMENT ME!\r
 204    */\r
 205   public void saveAlignmentMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 206   {\r
 207     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
 208         getProperty(\r
 209             "LAST_DIRECTORY"),\r
 210         new String[]\r
 211         {\r
 212         "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",\r
 213         "jar"\r
 214     },\r
 215         new String[]\r
 216         {\r
 217         "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"\r
 218     }, currentFileFormat);\r
 219 \r
 220     chooser.setAcceptAllFileFilterUsed(false);\r
 221     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 222     chooser.setDialogTitle("Save Alignment to file");\r
 223     chooser.setToolTipText("Save");\r
 224 \r
 225     int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 226 \r
 227     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 228     {\r
 229       currentFileFormat = chooser.getSelectedFormat();\r
 230       jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT",\r
 231                                     currentFileFormat);\r
 232 \r
 233       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 234       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice);\r
 235 \r
 236       saveAlignment(choice, currentFileFormat);\r
 237     }\r
 238   }\r
 239 \r
 240   public boolean saveAlignment(String file, String format)\r
 241   {\r
 242     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
 243     {\r
 244       String shortName = title;\r
 245 \r
 246       if (shortName.indexOf(java.io.File.separatorChar) > -1)\r
 247       {\r
 248         shortName = shortName.substring(shortName.lastIndexOf(\r
 249             java.io.File.separatorChar) + 1);\r
 250       }\r
 251 \r
 252       Jalview2XML.SaveAlignment(this, file, shortName);\r
 253 \r
 254       // USE Jalview2XML to save this file\r
 255       return true;\r
 256     }\r
 257     else\r
 258     {\r
 259       String output = FormatAdapter.formatSequences(format,\r
 260           viewport.getAlignment().\r
 261           getSequences());\r
 262       if (output == null)\r
 263       {\r
 264         return false;\r
 265       }\r
 266 \r
 267       try\r
 268       {\r
 269         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(\r
 270             new java.io.FileWriter(file));\r
 271 \r
 272         out.print(output);\r
 273         out.close();\r
 274         return true;\r
 275       }\r
 276       catch (Exception ex)\r
 277       {\r
 278         ex.printStackTrace();\r
 279       }\r
 280     }\r
 281     return false;\r
 282   }\r
 283 \r
 284   /**\r
 285    * DOCUMENT ME!\r
 286    *\r
 287    * @param e DOCUMENT ME!\r
 288    */\r
 289   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 290   {\r
 291     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 292     Desktop.addInternalFrame(cap,\r
 293                              "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600,\r
 294                              500);\r
 295     cap.setText(FormatAdapter.formatSequences(e.getActionCommand(),\r
 296                                               viewport.getAlignment().\r
 297                                               getSequences()));\r
 298   }\r
 299 \r
 300   /**\r
 301    * DOCUMENT ME!\r
 302    *\r
 303    * @param e DOCUMENT ME!\r
 304    */\r
 305   protected void htmlMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 306   {\r
 307     new HTMLOutput(viewport);\r
 308   }\r
 309 \r
 310   public void createImageMap(File file, String image)\r
 311   {\r
 312     alignPanel.makePNGImageMap(file, image);\r
 313   }\r
 314 \r
 315   /**\r
 316    * DOCUMENT ME!\r
 317    *\r
 318    * @param e DOCUMENT ME!\r
 319    */\r
 320   public void createPNG(File f)\r
 321   {\r
 322     alignPanel.makePNG(f);\r
 323   }\r
 324 \r
 325   /**\r
 326    * DOCUMENT ME!\r
 327    *\r
 328    * @param e DOCUMENT ME!\r
 329    */\r
 330   public void createEPS(File f)\r
 331   {\r
 332     alignPanel.makeEPS(f);\r
 333   }\r
 334 \r
 335   /**\r
 336    * DOCUMENT ME!\r
 337    *\r
 338    * @param e DOCUMENT ME!\r
 339    */\r
 340   public void printMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 341   {\r
 342     //Putting in a thread avoids Swing painting problems\r
 343     PrintThread thread = new PrintThread();\r
 344     thread.start();\r
 345   }\r
 346 \r
 347   /**\r
 348    * DOCUMENT ME!\r
 349    *\r
 350    * @param e DOCUMENT ME!\r
 351    */\r
 352   public void closeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 353   {\r
 354     try\r
 355     {\r
 356       PaintRefresher.components.remove(viewport.alignment);\r
 357       this.setClosed(true);\r
 358     }\r
 359     catch (Exception ex)\r
 360     {\r
 361     }\r
 362   }\r
 363 \r
 364   /**\r
 365    * DOCUMENT ME!\r
 366    */\r
 367   void updateEditMenuBar()\r
 368   {\r
 369     if (historyList.size() > 0)\r
 370     {\r
 371       undoMenuItem.setEnabled(true);\r
 372 \r
 373       HistoryItem hi = (HistoryItem) historyList.peek();\r
 374       undoMenuItem.setText("Undo " + hi.getDescription());\r
 375     }\r
 376     else\r
 377     {\r
 378       undoMenuItem.setEnabled(false);\r
 379       undoMenuItem.setText("Undo");\r
 380     }\r
 381 \r
 382     if (redoList.size() > 0)\r
 383     {\r
 384       redoMenuItem.setEnabled(true);\r
 385 \r
 386       HistoryItem hi = (HistoryItem) redoList.peek();\r
 387       redoMenuItem.setText("Redo " + hi.getDescription());\r
 388     }\r
 389     else\r
 390     {\r
 391       redoMenuItem.setEnabled(false);\r
 392       redoMenuItem.setText("Redo");\r
 393     }\r
 394   }\r
 395 \r
 396   /**\r
 397    * DOCUMENT ME!\r
 398    *\r
 399    * @param hi DOCUMENT ME!\r
 400    */\r
 401   public void addHistoryItem(HistoryItem hi)\r
 402   {\r
 403     historyList.push(hi);\r
 404     updateEditMenuBar();\r
 405   }\r
 406 \r
 407   /**\r
 408    * DOCUMENT ME!\r
 409    *\r
 410    * @param e DOCUMENT ME!\r
 411    */\r
 412   protected void undoMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 413   {\r
 414     HistoryItem hi = (HistoryItem) historyList.pop();\r
 415     redoList.push(new HistoryItem(hi.getDescription(), viewport.alignment,\r
 416                                   HistoryItem.HIDE));\r
 417     restoreHistoryItem(hi);\r
 418     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 419   }\r
 420 \r
 421   /**\r
 422    * DOCUMENT ME!\r
 423    *\r
 424    * @param e DOCUMENT ME!\r
 425    */\r
 426   protected void redoMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 427   {\r
 428     HistoryItem hi = (HistoryItem) redoList.pop();\r
 429     restoreHistoryItem(hi);\r
 430     updateEditMenuBar();\r
 431     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 432   }\r
 433 \r
 434   // used by undo and redo\r
 435   void restoreHistoryItem(HistoryItem hi)\r
 436   {\r
 437     if (hi.getType() == HistoryItem.SORT)\r
 438     {\r
 439       for (int i = 0; i < hi.getSequences().size(); i++)\r
 440       {\r
 441         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(hi.getSequences()\r
 442             .elementAt(i),\r
 443             i);\r
 444       }\r
 445     }\r
 446     else\r
 447     {\r
 448       for (int i = 0; i < hi.getSequences().size(); i++)\r
 449       {\r
 450         SequenceI restore = (SequenceI) hi.getSequences().elementAt(i);\r
 451 \r
 452         if (restore.getLength() == 0)\r
 453         {\r
 454           restore.setSequence(hi.getHidden().elementAt(i).toString());\r
 455           viewport.alignment.getSequences().insertElementAt(restore,\r
 456               hi.getAlignIndex(i));\r
 457         }\r
 458         else\r
 459         {\r
 460           restore.setSequence(hi.getHidden().elementAt(i).toString());\r
 461         }\r
 462       }\r
 463 \r
 464       if (hi.getType() == HistoryItem.PASTE)\r
 465       {\r
 466         for (int i = viewport.alignment.getHeight() - 1;\r
 467              i > (hi.getSequences().size() - 1); i--)\r
 468         {\r
 469           viewport.alignment.deleteSequence(i);\r
 470         }\r
 471       }\r
 472     }\r
 473 \r
 474     updateEditMenuBar();\r
 475 \r
 476     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
 477                                 viewport.getAlignment().getSequences());\r
 478   }\r
 479 \r
 480   /**\r
 481    * DOCUMENT ME!\r
 482    *\r
 483    * @param up DOCUMENT ME!\r
 484    */\r
 485   public void moveSelectedSequences(boolean up)\r
 486   {\r
 487     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 488 \r
 489     if (sg == null)\r
 490     {\r
 491       return;\r
 492     }\r
 493 \r
 494     if (up)\r
 495     {\r
 496       for (int i = 1; i < viewport.alignment.getHeight(); i++)\r
 497       {\r
 498         SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(i);\r
 499 \r
 500         if (!sg.sequences.contains(seq))\r
 501         {\r
 502           continue;\r
 503         }\r
 504 \r
 505         SequenceI temp = viewport.alignment.getSequenceAt(i - 1);\r
 506 \r
 507         if (sg.sequences.contains(temp))\r
 508         {\r
 509           continue;\r
 510         }\r
 511 \r
 512         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(temp, i);\r
 513         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(seq, i - 1);\r
 514       }\r
 515     }\r
 516     else\r
 517     {\r
 518       for (int i = viewport.alignment.getHeight() - 2; i > -1; i--)\r
 519       {\r
 520         SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(i);\r
 521 \r
 522         if (!sg.sequences.contains(seq))\r
 523         {\r
 524           continue;\r
 525         }\r
 526 \r
 527         SequenceI temp = viewport.alignment.getSequenceAt(i + 1);\r
 528 \r
 529         if (sg.sequences.contains(temp))\r
 530         {\r
 531           continue;\r
 532         }\r
 533 \r
 534         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(temp, i);\r
 535         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(seq, i + 1);\r
 536       }\r
 537     }\r
 538 \r
 539     alignPanel.repaint();\r
 540   }\r
 541 \r
 542   /**\r
 543    * DOCUMENT ME!\r
 544    *\r
 545    * @param e DOCUMENT ME!\r
 546    */\r
 547   protected void copy_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 548   {\r
 549     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
 550     {\r
 551       return;\r
 552     }\r
 553 \r
 554     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 555 \r
 556     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();\r
 557     StringBuffer buffer = new StringBuffer();\r
 558 \r
 559     Hashtable orderedSeqs = new Hashtable();\r
 560 \r
 561     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 562     {\r
 563       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
 564       int index = viewport.alignment.findIndex(seq);\r
 565       orderedSeqs.put(index + "", seq);\r
 566     }\r
 567 \r
 568     int index = 0, startRes, endRes;\r
 569     char ch;\r
 570 \r
 571     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 572     {\r
 573       SequenceI seq = null;\r
 574 \r
 575       while (seq == null)\r
 576       {\r
 577         if (orderedSeqs.containsKey(index + ""))\r
 578         {\r
 579           seq = (SequenceI) orderedSeqs.get(index + "");\r
 580           index++;\r
 581 \r
 582           break;\r
 583         }\r
 584         else\r
 585         {\r
 586           index++;\r
 587         }\r
 588       }\r
 589       //FIND START RES\r
 590       //Returns residue following index if gap\r
 591       startRes = seq.findPosition(sg.getStartRes());\r
 592 \r
 593       //FIND END RES\r
 594       //Need to find the residue preceeding index if gap\r
 595       endRes = 0;\r
 596 \r
 597       for (int j = 0; j < sg.getEndRes() + 1 && j < seq.getLength(); j++)\r
 598       {\r
 599         ch = seq.getCharAt(j);\r
 600         if (!jalview.util.Comparison.isGap( (ch)))\r
 601         {\r
 602           endRes++;\r
 603         }\r
 604       }\r
 605 \r
 606       if (endRes > 0)\r
 607       {\r
 608         endRes += seq.getStart() - 1;\r
 609       }\r
 610 \r
 611       buffer.append(seq.getName() + "\t" +\r
 612                     startRes + "\t" +\r
 613                     endRes + "\t" +\r
 614                     seq.getSequence(sg.getStartRes(),\r
 615                                     sg.getEndRes() + 1) + "\n");\r
 616     }\r
 617 \r
 618     c.setContents(new StringSelection(buffer.toString()), null);\r
 619   }\r
 620 \r
 621   /**\r
 622    * DOCUMENT ME!\r
 623    *\r
 624    * @param e DOCUMENT ME!\r
 625    */\r
 626   protected void pasteNew_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 627   {\r
 628     paste(true);\r
 629   }\r
 630 \r
 631   /**\r
 632    * DOCUMENT ME!\r
 633    *\r
 634    * @param e DOCUMENT ME!\r
 635    */\r
 636   protected void pasteThis_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 637   {\r
 638     addHistoryItem(new HistoryItem("Paste Sequences", viewport.alignment,\r
 639                                    HistoryItem.PASTE));\r
 640     paste(false);\r
 641   }\r
 642 \r
 643   /**\r
 644    * DOCUMENT ME!\r
 645    *\r
 646    * @param newAlignment DOCUMENT ME!\r
 647    */\r
 648   void paste(boolean newAlignment)\r
 649   {\r
 650     try\r
 651     {\r
 652       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();\r
 653       Transferable contents = c.getContents(this);\r
 654 \r
 655       if (contents == null)\r
 656       {\r
 657         return;\r
 658       }\r
 659 \r
 660       String str = (String) contents.getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);\r
 661       StringTokenizer st = new StringTokenizer(str);\r
 662       ArrayList seqs = new ArrayList();\r
 663 \r
 664       while (st.hasMoreElements())\r
 665       {\r
 666         String name = st.nextToken();\r
 667         int start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 668         int end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 669         Sequence sequence = new Sequence(name, st.nextToken(), start,\r
 670                                          end);\r
 671 \r
 672         if (!newAlignment)\r
 673         {\r
 674           viewport.alignment.addSequence(sequence);\r
 675         }\r
 676         else\r
 677         {\r
 678           seqs.add(sequence);\r
 679         }\r
 680       }\r
 681 \r
 682       if (newAlignment)\r
 683       {\r
 684         SequenceI[] newSeqs = new SequenceI[seqs.size()];\r
 685         seqs.toArray(newSeqs);\r
 686 \r
 687         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(newSeqs));\r
 688         String newtitle = new String("Copied sequences");\r
 689 \r
 690         if (title.startsWith("Copied sequences"))\r
 691         {\r
 692           newtitle = title;\r
 693         }\r
 694         else\r
 695         {\r
 696           newtitle = newtitle.concat("- from " + title);\r
 697         }\r
 698 \r
 699         Desktop.addInternalFrame(af, newtitle, NEW_WINDOW_WIDTH,\r
 700                                  NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
 701       }\r
 702       else\r
 703       {\r
 704         viewport.setEndSeq(viewport.alignment.getHeight());\r
 705         viewport.alignment.getWidth();\r
 706         viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 707       }\r
 708     }\r
 709     catch (Exception ex)\r
 710     {\r
 711         // could be anything being pasted in here\r
 712     }\r
 713 \r
 714 \r
 715   }\r
 716 \r
 717   /**\r
 718    * DOCUMENT ME!\r
 719    *\r
 720    * @param e DOCUMENT ME!\r
 721    */\r
 722   protected void cut_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 723   {\r
 724     copy_actionPerformed(null);\r
 725     delete_actionPerformed(null);\r
 726   }\r
 727 \r
 728   /**\r
 729    * DOCUMENT ME!\r
 730    *\r
 731    * @param e DOCUMENT ME!\r
 732    */\r
 733   protected void delete_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 734   {\r
 735     boolean seqsdeleted = false;\r
 736 \r
 737     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
 738     {\r
 739       return;\r
 740     }\r
 741 \r
 742     addHistoryItem(new HistoryItem("Delete Sequences", viewport.alignment,\r
 743                                    HistoryItem.HIDE));\r
 744 \r
 745     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 746     boolean allSequences = false;\r
 747     if (sg.sequences.size() == viewport.alignment.getHeight())\r
 748     {\r
 749       allSequences = true;\r
 750     }\r
 751 \r
 752     for (int i = 0; i < sg.sequences.size(); i++)\r
 753     {\r
 754       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
 755       int index = viewport.getAlignment().findIndex(seq);\r
 756       seq.deleteChars(sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);\r
 757 \r
 758       // If the cut affects all sequences, remove highlighted columns\r
 759       if (allSequences)\r
 760       {\r
 761         viewport.getColumnSelection().removeElements(sg.getStartRes(),\r
 762             sg.getEndRes() + 1);\r
 763       }\r
 764 \r
 765       if (seq.getSequence().length() < 1)\r
 766       {\r
 767         seqsdeleted = true;\r
 768         viewport.getAlignment().deleteSequence(seq);\r
 769       }\r
 770       else\r
 771       {\r
 772         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(seq, index);\r
 773       }\r
 774     }\r
 775 \r
 776     viewport.setSelectionGroup(null);\r
 777     viewport.alignment.deleteGroup(sg);\r
 778 \r
 779     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
 780                                   viewport.getAlignment().getSequences());\r
 781 \r
 782 \r
 783 \r
 784     if (viewport.getAlignment().getHeight() < 1)\r
 785     {\r
 786       try\r
 787       {\r
 788         this.setClosed(true);\r
 789       }\r
 790       catch (Exception ex)\r
 791       {\r
 792       }\r
 793     }\r
 794   }\r
 795 \r
 796   /**\r
 797    * DOCUMENT ME!\r
 798    *\r
 799    * @param e DOCUMENT ME!\r
 800    */\r
 801   protected void deleteGroups_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 802   {\r
 803     viewport.alignment.deleteAllGroups();\r
 804     viewport.setSelectionGroup(null);\r
 805     alignPanel.repaint();\r
 806   }\r
 807 \r
 808   /**\r
 809    * DOCUMENT ME!\r
 810    *\r
 811    * @param e DOCUMENT ME!\r
 812    */\r
 813   public void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 814   {\r
 815     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 816 \r
 817     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size();\r
 818          i++)\r
 819     {\r
 820       sg.addSequence(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
 821     }\r
 822 \r
 823     sg.setEndRes(viewport.alignment.getWidth() - 1);\r
 824     viewport.setSelectionGroup(sg);\r
 825     PaintRefresher.Refresh(null, viewport.alignment);\r
 826   }\r
 827 \r
 828   /**\r
 829    * DOCUMENT ME!\r
 830    *\r
 831    * @param e DOCUMENT ME!\r
 832    */\r
 833   public void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 834   {\r
 835     viewport.setSelectionGroup(null);\r
 836     viewport.getColumnSelection().clear();\r
 837     viewport.setSelectionGroup(null);\r
 838     alignPanel.annotationPanel.activeRes = null;\r
 839     PaintRefresher.Refresh(null, viewport.alignment);\r
 840   }\r
 841 \r
 842   /**\r
 843    * DOCUMENT ME!\r
 844    *\r
 845    * @param e DOCUMENT ME!\r
 846    */\r
 847   public void invertSequenceMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 848   {\r
 849     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 850 \r
 851     if (sg == null)\r
 852     {\r
 853       selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
 854 \r
 855       return;\r
 856     }\r
 857 \r
 858     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size();\r
 859          i++)\r
 860     {\r
 861       sg.addOrRemove(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
 862     }\r
 863 \r
 864     PaintRefresher.Refresh(null, viewport.alignment);\r
 865   }\r
 866 \r
 867   /**\r
 868    * DOCUMENT ME!\r
 869    *\r
 870    * @param e DOCUMENT ME!\r
 871    */\r
 872   public void remove2LeftMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 873   {\r
 874     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
 875 \r
 876     if (colSel.size() > 0)\r
 877     {\r
 878       addHistoryItem(new HistoryItem("Remove Left", viewport.alignment,\r
 879                                      HistoryItem.HIDE));\r
 880 \r
 881       int min = colSel.getMin();\r
 882       viewport.getAlignment().trimLeft(min);\r
 883       colSel.compensateForEdit(0, min);\r
 884 \r
 885       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 886       {\r
 887         viewport.getSelectionGroup().adjustForRemoveLeft(min);\r
 888       }\r
 889 \r
 890       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();\r
 891 \r
 892       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
 893       {\r
 894         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.get(i);\r
 895 \r
 896         if (!sg.adjustForRemoveLeft(min))\r
 897         {\r
 898           viewport.alignment.deleteGroup(sg);\r
 899         }\r
 900       }\r
 901 \r
 902       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 903     }\r
 904   }\r
 905 \r
 906   /**\r
 907    * DOCUMENT ME!\r
 908    *\r
 909    * @param e DOCUMENT ME!\r
 910    */\r
 911   public void remove2RightMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 912   {\r
 913     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
 914 \r
 915     if (colSel.size() > 0)\r
 916     {\r
 917       addHistoryItem(new HistoryItem("Remove Right", viewport.alignment,\r
 918                                      HistoryItem.HIDE));\r
 919 \r
 920       int max = colSel.getMax();\r
 921       viewport.getAlignment().trimRight(max);\r
 922 \r
 923       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 924       {\r
 925         viewport.getSelectionGroup().adjustForRemoveRight(max);\r
 926       }\r
 927 \r
 928       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();\r
 929 \r
 930       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
 931       {\r
 932         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.get(i);\r
 933 \r
 934         if (!sg.adjustForRemoveRight(max))\r
 935         {\r
 936           viewport.alignment.deleteGroup(sg);\r
 937         }\r
 938       }\r
 939 \r
 940       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 941     }\r
 942   }\r
 943 \r
 944   /**\r
 945    * DOCUMENT ME!\r
 946    *\r
 947    * @param e DOCUMENT ME!\r
 948    */\r
 949   public void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 950   {\r
 951     addHistoryItem(new HistoryItem("Remove Gapped Columns",\r
 952                                    viewport.alignment, HistoryItem.HIDE));\r
 953 \r
 954     //This is to maintain viewport position on first residue\r
 955     //of first sequence\r
 956     SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(0);\r
 957     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
 958 \r
 959     viewport.getAlignment().removeGaps();\r
 960 \r
 961     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes)-1);\r
 962 \r
 963    viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 964   }\r
 965 \r
 966   /**\r
 967    * DOCUMENT ME!\r
 968    *\r
 969    * @param e DOCUMENT ME!\r
 970    */\r
 971   public void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 972   {\r
 973     addHistoryItem(new HistoryItem("Remove Gaps", viewport.alignment,\r
 974                                    HistoryItem.HIDE));\r
 975 \r
 976     //This is to maintain viewport position on first residue\r
 977     //of first sequence\r
 978     SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(0);\r
 979     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
 980 \r
 981 \r
 982     SequenceI current;\r
 983     int jSize;\r
 984 \r
 985     Vector seqs = null;\r
 986 \r
 987     int start = 0;\r
 988     int end = viewport.alignment.getWidth();\r
 989 \r
 990     if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
 991         && viewport.getSelectionGroup().sequences != null\r
 992         && viewport.getSelectionGroup().sequences.size() > 0)\r
 993     {\r
 994       seqs = viewport.getSelectionGroup().sequences;\r
 995       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
 996       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
 997     }\r
 998     else\r
 999     {\r
1000       seqs = viewport.alignment.getSequences();\r
1001     }\r
1002 \r
1003     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1004     {\r
1005       current = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1006       jSize = current.getLength();\r
1007 \r
1008       int j = start;\r
1009 \r
1010       do\r
1011       {\r
1012         if (jalview.util.Comparison.isGap(current.getCharAt(j)))\r
1013         {\r
1014           current.deleteCharAt(j);\r
1015           j--;\r
1016           jSize--;\r
1017         }\r
1018         j++;\r
1019       }\r
1020       while (j < end && j < jSize);\r
1021     }\r
1022 \r
1023     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes)-1);\r
1024 \r
1025 \r
1026     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
1027   }\r
1028 \r
1029  public void alignmentChanged()\r
1030  {\r
1031    viewport.updateConsensus();\r
1032    viewport.updateConservation();\r
1033    resetAllColourSchemes();\r
1034    alignPanel.repaint();\r
1035  }\r
1036 \r
1037   void resetAllColourSchemes()\r
1038   {\r
1039     ColourSchemeI cs = viewport.globalColourScheme;\r
1040     if(cs!=null)\r
1041     {\r
1042       if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1043       {\r
1044         ( (ClustalxColourScheme) viewport.getGlobalColourScheme()).\r
1045             resetClustalX(viewport.alignment.getSequences(),\r
1046                           viewport.alignment.getWidth());\r
1047       }\r
1048 \r
1049       cs.setConsensus(viewport.vconsensus);\r
1050       if (cs.conservationApplied())\r
1051       {\r
1052         Alignment al = (Alignment) viewport.alignment;\r
1053         Conservation c = new Conservation("All",\r
1054                                           ResidueProperties.propHash, 3,\r
1055                                           al.getSequences(), 0,\r
1056                                           al.getWidth() - 1);\r
1057         c.calculate();\r
1058         c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);\r
1059 \r
1060         cs.setConservation(c);\r
1061       }\r
1062     }\r
1063 \r
1064     int s, sSize = viewport.alignment.getGroups().size();\r
1065     for(s=0; s<sSize; s++)\r
1066     {\r
1067       SequenceGroup sg = (SequenceGroup)viewport.alignment.getGroups().elementAt(s);\r
1068       if(sg.cs!=null && sg.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1069       {\r
1070         ((ClustalxColourScheme)sg.cs).resetClustalX(sg.sequences, sg.getWidth());\r
1071       }\r
1072       sg.recalcConservation();\r
1073     }\r
1074   }\r
1075 \r
1076   /**\r
1077    * DOCUMENT ME!\r
1078    *\r
1079    * @param e DOCUMENT ME!\r
1080    */\r
1081   public void padGapsMenuitem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1082   {\r
1083     addHistoryItem(new HistoryItem("Pad Gaps", viewport.alignment,\r
1084                                    HistoryItem.HIDE));\r
1085 \r
1086     SequenceI current;\r
1087     int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
1088 \r
1089     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size();\r
1090          i++)\r
1091     {\r
1092       current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
1093 \r
1094       if (current.getLength() < Width)\r
1095       {\r
1096         current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
1097       }\r
1098     }\r
1099 \r
1100     alignmentChanged();\r
1101   }\r
1102 \r
1103   /**\r
1104    * DOCUMENT ME!\r
1105    *\r
1106    * @param e DOCUMENT ME!\r
1107    */\r
1108   public void findMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1109   {\r
1110     JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1111     Finder finder = new Finder(viewport, alignPanel, frame);\r
1112     frame.setContentPane(finder);\r
1113     Desktop.addInternalFrame(frame, "Find", 340, 110);\r
1114     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
1115   }\r
1116 \r
1117   /**\r
1118    * DOCUMENT ME!\r
1119    *\r
1120    * @param e DOCUMENT ME!\r
1121    */\r
1122   public void font_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1123   {\r
1124     FontChooser fc = new FontChooser(alignPanel);\r
1125   }\r
1126 \r
1127   /**\r
1128    * DOCUMENT ME!\r
1129    *\r
1130    * @param e DOCUMENT ME!\r
1131    */\r
1132   protected void fullSeqId_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1133   {\r
1134     viewport.setShowFullId(fullSeqId.isSelected());\r
1135 \r
1136     alignPanel.idPanel.idCanvas.setPreferredSize(alignPanel.calculateIdWidth());\r
1137     alignPanel.repaint();\r
1138   }\r
1139 \r
1140   /**\r
1141    * DOCUMENT ME!\r
1142    *\r
1143    * @param e DOCUMENT ME!\r
1144    */\r
1145   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1146   {\r
1147     viewport.setColourText(colourTextMenuItem.isSelected());\r
1148     alignPanel.repaint();\r
1149   }\r
1150 \r
1151   /**\r
1152    * DOCUMENT ME!\r
1153    *\r
1154    * @param e DOCUMENT ME!\r
1155    */\r
1156   protected void wrapMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1157   {\r
1158     viewport.setWrapAlignment(wrapMenuItem.isSelected());\r
1159     alignPanel.setWrapAlignment(wrapMenuItem.isSelected());\r
1160     scaleAbove.setVisible(wrapMenuItem.isSelected());\r
1161     scaleLeft.setVisible(wrapMenuItem.isSelected());\r
1162     scaleRight.setVisible(wrapMenuItem.isSelected());\r
1163     alignPanel.repaint();\r
1164   }\r
1165 \r
1166   /**\r
1167    * DOCUMENT ME!\r
1168    *\r
1169    * @param e DOCUMENT ME!\r
1170    */\r
1171   protected void scaleAbove_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1172   {\r
1173     viewport.setScaleAboveWrapped(scaleAbove.isSelected());\r
1174     alignPanel.repaint();\r
1175   }\r
1176 \r
1177   /**\r
1178    * DOCUMENT ME!\r
1179    *\r
1180    * @param e DOCUMENT ME!\r
1181    */\r
1182   protected void scaleLeft_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1183   {\r
1184     viewport.setScaleLeftWrapped(scaleLeft.isSelected());\r
1185     alignPanel.repaint();\r
1186   }\r
1187 \r
1188   /**\r
1189    * DOCUMENT ME!\r
1190    *\r
1191    * @param e DOCUMENT ME!\r
1192    */\r
1193   protected void scaleRight_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1194   {\r
1195     viewport.setScaleRightWrapped(scaleRight.isSelected());\r
1196     alignPanel.repaint();\r
1197   }\r
1198 \r
1199   /**\r
1200    * DOCUMENT ME!\r
1201    *\r
1202    * @param e DOCUMENT ME!\r
1203    */\r
1204   public void viewBoxesMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1205   {\r
1206     viewport.setShowBoxes(viewBoxesMenuItem.isSelected());\r
1207     alignPanel.repaint();\r
1208   }\r
1209 \r
1210   /**\r
1211    * DOCUMENT ME!\r
1212    *\r
1213    * @param e DOCUMENT ME!\r
1214    */\r
1215   public void viewTextMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1216   {\r
1217     viewport.setShowText(viewTextMenuItem.isSelected());\r
1218     alignPanel.repaint();\r
1219   }\r
1220 \r
1221   /**\r
1222    * DOCUMENT ME!\r
1223    *\r
1224    * @param e DOCUMENT ME!\r
1225    */\r
1226   protected void renderGapsMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1227   {\r
1228     viewport.setRenderGaps(renderGapsMenuItem.isSelected());\r
1229     alignPanel.repaint();\r
1230   }\r
1231 \r
1232   /**\r
1233    * DOCUMENT ME!\r
1234    *\r
1235    * @param evt DOCUMENT ME!\r
1236    */\r
1237   public void sequenceFeatures_actionPerformed(ActionEvent evt)\r
1238   {\r
1239     viewport.showSequenceFeatures(sequenceFeatures.isSelected());\r
1240 \r
1241     if (viewport.showSequenceFeatures &&\r
1242         ! ( (Alignment) viewport.alignment).featuresAdded)\r
1243     {\r
1244       SequenceFeatureFetcher sft = new SequenceFeatureFetcher(viewport.\r
1245           alignment,\r
1246           alignPanel);\r
1247       ( (Alignment) viewport.alignment).featuresAdded = true;\r
1248     }\r
1249 \r
1250     alignPanel.repaint();\r
1251   }\r
1252 \r
1253   /**\r
1254    * DOCUMENT ME!\r
1255    *\r
1256    * @param e DOCUMENT ME!\r
1257    */\r
1258   public void annotationPanelMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1259   {\r
1260     if (annotationPanelMenuItem.isSelected() &&\r
1261         viewport.getWrapAlignment())\r
1262     {\r
1263       annotationPanelMenuItem.setSelected(false);\r
1264 \r
1265       return;\r
1266     }\r
1267 \r
1268     viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.isSelected());\r
1269     alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.isSelected());\r
1270   }\r
1271 \r
1272   /**\r
1273    * DOCUMENT ME!\r
1274    *\r
1275    * @param e DOCUMENT ME!\r
1276    */\r
1277   public void overviewMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1278   {\r
1279     if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
1280     {\r
1281       return;\r
1282     }\r
1283 \r
1284     JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1285     OverviewPanel overview = new OverviewPanel(alignPanel);\r
1286     frame.setContentPane(overview);\r
1287     Desktop.addInternalFrame(frame, "Overview " + this.getTitle(),\r
1288                              frame.getWidth(), frame.getHeight());\r
1289     frame.pack();\r
1290     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
1291     frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()\r
1292     {\r
1293       public void internalFrameClosed(\r
1294           javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
1295       {\r
1296         alignPanel.setOverviewPanel(null);\r
1297       }\r
1298       ;\r
1299     });\r
1300 \r
1301     alignPanel.setOverviewPanel(overview);\r
1302   }\r
1303 \r
1304   /**\r
1305    * DOCUMENT ME!\r
1306    *\r
1307    * @param e DOCUMENT ME!\r
1308    */\r
1309   protected void noColourmenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1310   {\r
1311     changeColour(null);\r
1312   }\r
1313 \r
1314   /**\r
1315    * DOCUMENT ME!\r
1316    *\r
1317    * @param e DOCUMENT ME!\r
1318    */\r
1319   public void clustalColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1320   {\r
1321     changeColour(new ClustalxColourScheme(\r
1322         viewport.alignment.getSequences(), viewport.alignment.getWidth()));\r
1323   }\r
1324 \r
1325   /**\r
1326    * DOCUMENT ME!\r
1327    *\r
1328    * @param e DOCUMENT ME!\r
1329    */\r
1330   public void zappoColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1331   {\r
1332     changeColour(new ZappoColourScheme());\r
1333   }\r
1334 \r
1335   /**\r
1336    * DOCUMENT ME!\r
1337    *\r
1338    * @param e DOCUMENT ME!\r
1339    */\r
1340   public void taylorColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1341   {\r
1342     changeColour(new TaylorColourScheme());\r
1343   }\r
1344 \r
1345   /**\r
1346    * DOCUMENT ME!\r
1347    *\r
1348    * @param e DOCUMENT ME!\r
1349    */\r
1350   public void hydrophobicityColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1351   {\r
1352     changeColour(new HydrophobicColourScheme());\r
1353   }\r
1354 \r
1355   /**\r
1356    * DOCUMENT ME!\r
1357    *\r
1358    * @param e DOCUMENT ME!\r
1359    */\r
1360   public void helixColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1361   {\r
1362     changeColour(new HelixColourScheme());\r
1363   }\r
1364 \r
1365   /**\r
1366    * DOCUMENT ME!\r
1367    *\r
1368    * @param e DOCUMENT ME!\r
1369    */\r
1370   public void strandColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1371   {\r
1372     changeColour(new StrandColourScheme());\r
1373   }\r
1374 \r
1375   /**\r
1376    * DOCUMENT ME!\r
1377    *\r
1378    * @param e DOCUMENT ME!\r
1379    */\r
1380   public void turnColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1381   {\r
1382     changeColour(new TurnColourScheme());\r
1383   }\r
1384 \r
1385   /**\r
1386    * DOCUMENT ME!\r
1387    *\r
1388    * @param e DOCUMENT ME!\r
1389    */\r
1390   public void buriedColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1391   {\r
1392     changeColour(new BuriedColourScheme());\r
1393   }\r
1394 \r
1395   /**\r
1396    * DOCUMENT ME!\r
1397    *\r
1398    * @param e DOCUMENT ME!\r
1399    */\r
1400   public void nucleotideColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1401   {\r
1402     changeColour(new NucleotideColourScheme());\r
1403   }\r
1404 \r
1405   /**\r
1406    * DOCUMENT ME!\r
1407    *\r
1408    * @param e DOCUMENT ME!\r
1409    */\r
1410   protected void applyToAllGroups_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1411   {\r
1412     viewport.setColourAppliesToAllGroups(applyToAllGroups.isSelected());\r
1413   }\r
1414 \r
1415   /**\r
1416    * DOCUMENT ME!\r
1417    *\r
1418    * @param cs DOCUMENT ME!\r
1419    */\r
1420   void changeColour(ColourSchemeI cs)\r
1421   {\r
1422     int threshold = 0;\r
1423 \r
1424     if(cs!=null)\r
1425     {\r
1426       if (viewport.getAbovePIDThreshold())\r
1427       {\r
1428         threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, cs,\r
1429                                                    "Background");\r
1430 \r
1431         cs.setThreshold(threshold,\r
1432                         viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1433 \r
1434         viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
1435       }\r
1436       else\r
1437       {\r
1438         cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1439       }\r
1440 \r
1441       if (viewport.getConservationSelected())\r
1442       {\r
1443 \r
1444         Alignment al = (Alignment) viewport.alignment;\r
1445         Conservation c = new Conservation("All",\r
1446                                           ResidueProperties.propHash, 3,\r
1447                                           al.getSequences(), 0,\r
1448                                           al.getWidth() - 1);\r
1449 \r
1450         c.calculate();\r
1451         c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);\r
1452 \r
1453         cs.setConservation(c);\r
1454 \r
1455         cs.setConservationInc(SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel, cs,\r
1456             "Background"));\r
1457       }\r
1458       else\r
1459       {\r
1460         cs.setConservation(null);\r
1461       }\r
1462 \r
1463       cs.setConsensus(viewport.vconsensus);\r
1464     }\r
1465 \r
1466     viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
1467 \r
1468     if (viewport.getColourAppliesToAllGroups())\r
1469     {\r
1470       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();\r
1471 \r
1472       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
1473       {\r
1474         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
1475 \r
1476         if (cs == null)\r
1477         {\r
1478           sg.cs = null;\r
1479           continue;\r
1480         }\r
1481 \r
1482         if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1483         {\r
1484           sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.sequences, sg.getWidth());\r
1485         }\r
1486         else if (cs instanceof UserColourScheme)\r
1487         {\r
1488           sg.cs = new UserColourScheme( ( (UserColourScheme) cs).getColours());\r
1489         }\r
1490         else\r
1491         {\r
1492           try\r
1493           {\r
1494             sg.cs = (ColourSchemeI) cs.getClass().newInstance();\r
1495           }\r
1496           catch (Exception ex)\r
1497           {\r
1498           }\r
1499         }\r
1500 \r
1501         if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
1502             || cs instanceof PIDColourScheme\r
1503             || cs instanceof Blosum62ColourScheme)\r
1504         {\r
1505          sg.cs.setThreshold(threshold,\r
1506                 viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1507 \r
1508           sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
1509               sg.getWidth()));\r
1510         }\r
1511         else\r
1512           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1513 \r
1514 \r
1515         if (viewport.getConservationSelected())\r
1516         {\r
1517           Conservation c = new Conservation("Group",\r
1518                                             ResidueProperties.propHash, 3,\r
1519                                             sg.sequences, 0,\r
1520                                             viewport.alignment.getWidth() - 1);\r
1521           c.calculate();\r
1522           c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);\r
1523           sg.cs.setConservation(c);\r
1524         }\r
1525         else\r
1526           sg.cs.setConservation(null);\r
1527       }\r
1528     }\r
1529 \r
1530     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
1531     {\r
1532       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
1533     }\r
1534 \r
1535     alignPanel.repaint();\r
1536   }\r
1537 \r
1538   /**\r
1539    * DOCUMENT ME!\r
1540    *\r
1541    * @param e DOCUMENT ME!\r
1542    */\r
1543   protected void modifyPID_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1544   {\r
1545     if (viewport.getAbovePIDThreshold() && viewport.globalColourScheme!=null)\r
1546     {\r
1547       SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel,\r
1548                                      viewport.getGlobalColourScheme(),\r
1549                                      "Background");\r
1550       SliderPanel.showPIDSlider();\r
1551     }\r
1552   }\r
1553 \r
1554   /**\r
1555    * DOCUMENT ME!\r
1556    *\r
1557    * @param e DOCUMENT ME!\r
1558    */\r
1559   protected void modifyConservation_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1560   {\r
1561     if (viewport.getConservationSelected() && viewport.globalColourScheme!=null)\r
1562     {\r
1563       SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
1564                                         viewport.globalColourScheme,\r
1565                                         "Background");\r
1566       SliderPanel.showConservationSlider();\r
1567     }\r
1568   }\r
1569 \r
1570   /**\r
1571    * DOCUMENT ME!\r
1572    *\r
1573    * @param e DOCUMENT ME!\r
1574    */\r
1575   protected void conservationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1576   {\r
1577     viewport.setConservationSelected(conservationMenuItem.isSelected());\r
1578 \r
1579     viewport.setAbovePIDThreshold(false);\r
1580     abovePIDThreshold.setSelected(false);\r
1581 \r
1582     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
1583 \r
1584     modifyConservation_actionPerformed(null);\r
1585   }\r
1586 \r
1587   /**\r
1588    * DOCUMENT ME!\r
1589    *\r
1590    * @param e DOCUMENT ME!\r
1591    */\r
1592   public void abovePIDThreshold_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1593   {\r
1594     viewport.setAbovePIDThreshold(abovePIDThreshold.isSelected());\r
1595 \r
1596     conservationMenuItem.setSelected(false);\r
1597     viewport.setConservationSelected(false);\r
1598 \r
1599     ColourSchemeI cs = viewport.getGlobalColourScheme();\r
1600 \r
1601     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
1602 \r
1603     modifyPID_actionPerformed(null);\r
1604   }\r
1605 \r
1606   /**\r
1607    * DOCUMENT ME!\r
1608    *\r
1609    * @param e DOCUMENT ME!\r
1610    */\r
1611   public void userDefinedColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1612   {\r
1613     if (e.getActionCommand().equals("User Defined..."))\r
1614     {\r
1615       new UserDefinedColours(alignPanel, null);\r
1616     }\r
1617     else\r
1618     {\r
1619       UserColourScheme udc = (UserColourScheme) UserDefinedColours.\r
1620           getUserColourSchemes().get(e.getActionCommand());\r
1621 \r
1622       changeColour(udc);\r
1623     }\r
1624   }\r
1625 \r
1626   public void updateUserColourMenu()\r
1627   {\r
1628 \r
1629     Component[] menuItems = colourMenu.getMenuComponents();\r
1630     int i, iSize = menuItems.length;\r
1631     for (i = 0; i < iSize; i++)\r
1632     {\r
1633       if (menuItems[i].getName() != null &&\r
1634           menuItems[i].getName().equals("USER_DEFINED"))\r
1635       {\r
1636         colourMenu.remove(menuItems[i]);\r
1637         iSize--;\r
1638       }\r
1639     }\r
1640     if (jalview.gui.UserDefinedColours.getUserColourSchemes() != null)\r
1641     {\r
1642       java.util.Enumeration userColours = jalview.gui.UserDefinedColours.\r
1643           getUserColourSchemes().keys();\r
1644 \r
1645       while (userColours.hasMoreElements())\r
1646       {\r
1647         final JRadioButtonMenuItem radioItem = new JRadioButtonMenuItem(userColours.\r
1648             nextElement().toString());\r
1649         radioItem.setName("USER_DEFINED");\r
1650         radioItem.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
1651             {\r
1652               public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
1653               {\r
1654                 if(evt.isControlDown() || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
1655                 {\r
1656                   radioItem.removeActionListener(radioItem.getActionListeners()[0]);\r
1657 \r
1658                   int option = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(jalview.gui.Desktop.desktop,\r
1659                       "Remove from default list?",\r
1660                       "Remove user defined colour",\r
1661                       JOptionPane.YES_NO_OPTION);\r
1662                   if(option == JOptionPane.YES_OPTION)\r
1663                   {\r
1664                     jalview.gui.UserDefinedColours.removeColourFromDefaults(radioItem.getText());\r
1665                     colourMenu.remove(radioItem);\r
1666                   }\r
1667                   else\r
1668                     radioItem.addActionListener(new ActionListener()\r
1669                     {\r
1670                       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
1671                       {\r
1672                         userDefinedColour_actionPerformed(evt);\r
1673                       }\r
1674                     });\r
1675                 }\r
1676               }\r
1677             });\r
1678         radioItem.addActionListener(new ActionListener()\r
1679         {\r
1680           public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
1681           {\r
1682             userDefinedColour_actionPerformed(evt);\r
1683           }\r
1684         });\r
1685 \r
1686         colourMenu.insert(radioItem, 15);\r
1687         colours.add(radioItem);\r
1688       }\r
1689     }\r
1690   }\r
1691 \r
1692   /**\r
1693    * DOCUMENT ME!\r
1694    *\r
1695    * @param e DOCUMENT ME!\r
1696    */\r
1697   public void PIDColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1698   {\r
1699     changeColour(new PIDColourScheme());\r
1700   }\r
1701 \r
1702   /**\r
1703    * DOCUMENT ME!\r
1704    *\r
1705    * @param e DOCUMENT ME!\r
1706    */\r
1707   public void BLOSUM62Colour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1708   {\r
1709     changeColour(new Blosum62ColourScheme());\r
1710   }\r
1711 \r
1712   /**\r
1713    * DOCUMENT ME!\r
1714    *\r
1715    * @param e DOCUMENT ME!\r
1716    */\r
1717   public void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1718   {\r
1719     addHistoryItem(new HistoryItem("Pairwise Sort", viewport.alignment,\r
1720                                    HistoryItem.SORT));\r
1721     AlignmentSorter.sortByPID(viewport.getAlignment(),\r
1722                               viewport.getAlignment().getSequenceAt(0));\r
1723     alignPanel.repaint();\r
1724   }\r
1725 \r
1726   /**\r
1727    * DOCUMENT ME!\r
1728    *\r
1729    * @param e DOCUMENT ME!\r
1730    */\r
1731   public void sortIDMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1732   {\r
1733     addHistoryItem(new HistoryItem("ID Sort", viewport.alignment,\r
1734                                    HistoryItem.SORT));\r
1735     AlignmentSorter.sortByID(viewport.getAlignment());\r
1736     alignPanel.repaint();\r
1737   }\r
1738 \r
1739   /**\r
1740    * DOCUMENT ME!\r
1741    *\r
1742    * @param e DOCUMENT ME!\r
1743    */\r
1744   public void sortGroupMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1745   {\r
1746     addHistoryItem(new HistoryItem("Group Sort", viewport.alignment,\r
1747                                    HistoryItem.SORT));\r
1748 \r
1749     AlignmentSorter.sortByGroup(viewport.getAlignment());\r
1750     alignPanel.repaint();\r
1751   }\r
1752 \r
1753   /**\r
1754    * DOCUMENT ME!\r
1755    *\r
1756    * @param e DOCUMENT ME!\r
1757    */\r
1758   public void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1759   {\r
1760     RedundancyPanel sp = new RedundancyPanel(alignPanel, this);\r
1761     JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1762     frame.setContentPane(sp);\r
1763     Desktop.addInternalFrame(frame, "Redundancy threshold selection", 400,\r
1764                              100, false);\r
1765   }\r
1766 \r
1767   /**\r
1768    * DOCUMENT ME!\r
1769    *\r
1770    * @param e DOCUMENT ME!\r
1771    */\r
1772   public void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1773   {\r
1774     if ( (viewport.getSelectionGroup() == null) ||\r
1775         (viewport.getSelectionGroup().getSize() < 2))\r
1776     {\r
1777       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this,\r
1778                                             "You must select at least 2 sequences.",\r
1779                                             "Invalid Selection",\r
1780                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1781     }\r
1782     else\r
1783     {\r
1784       JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1785       frame.setContentPane(new PairwiseAlignPanel(viewport));\r
1786       Desktop.addInternalFrame(frame, "Pairwise Alignment", 600, 500);\r
1787     }\r
1788   }\r
1789 \r
1790   /**\r
1791    * DOCUMENT ME!\r
1792    *\r
1793    * @param e DOCUMENT ME!\r
1794    */\r
1795   public void PCAMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1796   {\r
1797     if ( ( (viewport.getSelectionGroup() != null) &&\r
1798           (viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4) &&\r
1799           (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 0)) ||\r
1800         (viewport.getAlignment().getHeight() < 4))\r
1801     {\r
1802       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this,\r
1803                                             "Principal component analysis must take\n" +\r
1804                                             "at least 4 input sequences.",\r
1805                                             "Sequence selection insufficient",\r
1806                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1807 \r
1808       return;\r
1809     }\r
1810 \r
1811     try\r
1812     {\r
1813       PCAPanel pcaPanel = new PCAPanel(viewport, null);\r
1814       JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1815       frame.setContentPane(pcaPanel);\r
1816       Desktop.addInternalFrame(frame, "Principal component analysis",\r
1817                                400, 400);\r
1818     }\r
1819     catch (java.lang.OutOfMemoryError ex)\r
1820     {\r
1821       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this,\r
1822                                             "Too many sequences selected\nfor Principal Component Analysis!!",\r
1823                                             "Out of memory",\r
1824                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1825     }\r
1826   }\r
1827 \r
1828   /**\r
1829    * DOCUMENT ME!\r
1830    *\r
1831    * @param e DOCUMENT ME!\r
1832    */\r
1833   public void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1834   {\r
1835     NewTreePanel("AV", "PID", "Average distance tree using PID");\r
1836   }\r
1837 \r
1838   /**\r
1839    * DOCUMENT ME!\r
1840    *\r
1841    * @param e DOCUMENT ME!\r
1842    */\r
1843   public void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1844   {\r
1845     NewTreePanel("NJ", "PID", "Neighbour joining tree using PID");\r
1846   }\r
1847 \r
1848   /**\r
1849    * DOCUMENT ME!\r
1850    *\r
1851    * @param e DOCUMENT ME!\r
1852    */\r
1853   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1854   {\r
1855     NewTreePanel("NJ", "BL", "Neighbour joining tree using BLOSUM62");\r
1856   }\r
1857 \r
1858   /**\r
1859    * DOCUMENT ME!\r
1860    *\r
1861    * @param e DOCUMENT ME!\r
1862    */\r
1863   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1864   {\r
1865     NewTreePanel("AV", "BL", "Average distance tree using BLOSUM62");\r
1866   }\r
1867 \r
1868   /**\r
1869    * DOCUMENT ME!\r
1870    *\r
1871    * @param type DOCUMENT ME!\r
1872    * @param pwType DOCUMENT ME!\r
1873    * @param title DOCUMENT ME!\r
1874    */\r
1875   void NewTreePanel(String type, String pwType, String title)\r
1876   {\r
1877     final TreePanel tp;\r
1878 \r
1879     if ( (viewport.getSelectionGroup() != null) &&\r
1880         (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 3))\r
1881     {\r
1882       int s = 0;\r
1883       SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1884 \r
1885       /* Decide if the selection is a column region */\r
1886       while (s < sg.sequences.size())\r
1887       {\r
1888         if ( ( (SequenceI) sg.sequences.elementAt(s++)).getLength() <\r
1889             sg.getEndRes())\r
1890         {\r
1891           JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1892                                         "The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\n" +\r
1893                                         "Try using the Pad function in the edit menu,\n" +\r
1894                                         "or one of the multiple sequence alignment web services.",\r
1895                                         "Sequences in selection are not aligned",\r
1896                                         JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1897 \r
1898           return;\r
1899         }\r
1900       }\r
1901 \r
1902       title = title + " on region";\r
1903       tp = new TreePanel(viewport,\r
1904                          viewport.getSelectionGroup().sequences, type, pwType,\r
1905                          sg.getStartRes(), sg.getEndRes());\r
1906     }\r
1907     else\r
1908     {\r
1909       //are the sequences aligned?\r
1910       if (!viewport.alignment.isAligned())\r
1911       {\r
1912         JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1913                                       "The sequences must be aligned before creating a tree.\n" +\r
1914                                       "Try using the Pad function in the edit menu,\n" +\r
1915                                       "or one of the multiple sequence alignment web services.",\r
1916                                       "Sequences not aligned",\r
1917                                       JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1918 \r
1919         return;\r
1920       }\r
1921 \r
1922       tp = new TreePanel(viewport,\r
1923                          viewport.getAlignment().getSequences(), type, pwType,\r
1924                          0,\r
1925                          viewport.alignment.getWidth());\r
1926     }\r
1927 \r
1928     addTreeMenuItem(tp, title);\r
1929     viewport.setCurrentTree(tp.getTree());\r
1930 \r
1931     Desktop.addInternalFrame(tp, title + " from " + this.title, 600, 500);\r
1932   }\r
1933 \r
1934   /**\r
1935    * DOCUMENT ME!\r
1936    *\r
1937    * @param title DOCUMENT ME!\r
1938    * @param order DOCUMENT ME!\r
1939    */\r
1940   public void addSortByOrderMenuItem(String title, final AlignmentOrder order)\r
1941   {\r
1942     final JMenuItem item = new JMenuItem("by " + title);\r
1943     sort.add(item);\r
1944     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
1945     {\r
1946       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
1947       {\r
1948         addHistoryItem(new HistoryItem("Sort", viewport.alignment,\r
1949                                        HistoryItem.SORT));\r
1950 \r
1951         // TODO: JBPNote - have to map order entries to curent SequenceI pointers\r
1952         AlignmentSorter.sortBy(viewport.getAlignment(), order);\r
1953         alignPanel.repaint();\r
1954       }\r
1955     });\r
1956   }\r
1957 \r
1958   /**\r
1959    * Maintain the Order by->Displayed Tree menu.\r
1960    * Creates a new menu item for a TreePanel with an appropriate\r
1961    * <code>jalview.analysis.AlignmentSorter</code> call. Listeners are added\r
1962    * to remove the menu item when the treePanel is closed, and adjust\r
1963    * the tree leaf to sequence mapping when the alignment is modified.\r
1964    * @param treePanel Displayed tree window.\r
1965    * @param title SortBy menu item title.\r
1966    */\r
1967   void addTreeMenuItem(final TreePanel treePanel, String title)\r
1968   {\r
1969     final JMenuItem item = new JMenuItem(title);\r
1970 \r
1971     treeCount++;\r
1972 \r
1973     if (treeCount == 1)\r
1974     {\r
1975       sort.add(sortByTreeMenu);\r
1976     }\r
1977 \r
1978     sortByTreeMenu.add(item);\r
1979     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
1980     {\r
1981       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
1982       {\r
1983         addHistoryItem(new HistoryItem("Tree Sort",\r
1984                                        viewport.alignment, HistoryItem.SORT));\r
1985         AlignmentSorter.sortByTree(viewport.getAlignment(),\r
1986                                    treePanel.getTree());\r
1987         alignPanel.repaint();\r
1988       }\r
1989     });\r
1990 \r
1991     treePanel.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.\r
1992                                        InternalFrameAdapter()\r
1993     {\r
1994       public void internalFrameClosed(\r
1995           javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
1996       {\r
1997         treeCount--;\r
1998         sortByTreeMenu.remove(item);\r
1999 \r
2000         if (treeCount == 0)\r
2001         {\r
2002           sort.remove(sortByTreeMenu);\r
2003         }\r
2004       }\r
2005       ;\r
2006     });\r
2007     viewport.addPropertyChangeListener(new java.beans.PropertyChangeListener()\r
2008     {\r
2009       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)\r
2010       {\r
2011         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))\r
2012         {\r
2013           treePanel.getTree().UpdatePlaceHolders( (Vector) evt.getNewValue());\r
2014           treePanel.repaint();\r
2015         }\r
2016       }\r
2017     });\r
2018   }\r
2019 \r
2020   /**\r
2021    * Work out whether the whole set of sequences\r
2022    * or just the selected set will be submitted for multiple alignment.\r
2023    *\r
2024    */\r
2025   private SequenceI[] gatherSequencesForAlignment()\r
2026   {\r
2027     // Now, check we have enough sequences\r
2028     SequenceI[] msa = null;\r
2029 \r
2030     if ( (viewport.getSelectionGroup() != null) &&\r
2031         (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1))\r
2032     {\r
2033       // JBPNote UGLY! To prettify, make SequenceGroup and Alignment conform to some common interface!\r
2034       SequenceGroup seqs = viewport.getSelectionGroup();\r
2035       int sz;\r
2036       msa = new SequenceI[sz = seqs.getSize()];\r
2037 \r
2038       for (int i = 0; i < sz; i++)\r
2039       {\r
2040         msa[i] = (SequenceI) seqs.getSequenceAt(i);\r
2041       }\r
2042     }\r
2043     else\r
2044     {\r
2045       Vector seqs = viewport.getAlignment().getSequences();\r
2046 \r
2047       if (seqs.size() > 1)\r
2048       {\r
2049         msa = new SequenceI[seqs.size()];\r
2050 \r
2051         for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
2052         {\r
2053           msa[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
2054         }\r
2055       }\r
2056     }\r
2057     return msa;\r
2058   }\r
2059 \r
2060   /**\r
2061    * Decides what is submitted to a secondary structure prediction service,\r
2062    * the currently selected sequence, or the currently selected alignment\r
2063    * (where the first sequence in the set is the one that the prediction\r
2064    * will be for).\r
2065    */\r
2066   SequenceI[] gatherSeqOrMsaForSecStrPrediction()\r
2067   {\r
2068     SequenceI seq = null;\r
2069     SequenceI[] msa = null;\r
2070 \r
2071     if ( (viewport.getSelectionGroup() != null) &&\r
2072         (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 0))\r
2073     {\r
2074       // JBPNote UGLY! To prettify, make SequenceGroup and Alignment conform to some common interface!\r
2075       SequenceGroup seqs = viewport.getSelectionGroup();\r
2076 \r
2077       if ( (seqs.getSize() == 1) || !viewport.alignment.isAligned())\r
2078       {\r
2079         seq = (SequenceI) seqs.getSequenceAt(0);\r
2080       }\r
2081       else\r
2082       {\r
2083         int sz;\r
2084         msa = new SequenceI[sz = seqs.getSize()];\r
2085 \r
2086         for (int i = 0; i < sz; i++)\r
2087         {\r
2088           msa[i] = (SequenceI) seqs.getSequenceAt(i);\r
2089         }\r
2090       }\r
2091     }\r
2092     else\r
2093     {\r
2094       Vector seqs = viewport.getAlignment().getSequences();\r
2095 \r
2096       if ( (seqs.size() == 1) || !viewport.alignment.isAligned())\r
2097       {\r
2098         seq = (SequenceI) seqs.elementAt(0);\r
2099       }\r
2100       else\r
2101       {\r
2102         msa = new SequenceI[seqs.size()];\r
2103 \r
2104         for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
2105         {\r
2106           msa[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
2107         }\r
2108       }\r
2109     }\r
2110     if (msa != null)\r
2111     {\r
2112       return msa;\r
2113     }\r
2114     else\r
2115     {\r
2116       if (seq != null)\r
2117       {\r
2118         return new SequenceI[]\r
2119             {\r
2120             seq};\r
2121       }\r
2122     }\r
2123     return null;\r
2124   }\r
2125   /**\r
2126    * DOCUMENT ME!\r
2127    *\r
2128    * @param e DOCUMENT ME!\r
2129    */\r
2130   protected void LoadtreeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2131   {\r
2132     // Pick the tree file\r
2133     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
2134         getProperty(\r
2135             "LAST_DIRECTORY"));\r
2136     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
2137     chooser.setDialogTitle("Select a newick-like tree file");\r
2138     chooser.setToolTipText("Load a tree file");\r
2139 \r
2140     int value = chooser.showOpenDialog(null);\r
2141 \r
2142     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
2143     {\r
2144       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
2145       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice);\r
2146 \r
2147       try\r
2148       {\r
2149         jalview.io.NewickFile fin = new jalview.io.NewickFile(choice,\r
2150             "File");\r
2151         viewport.setCurrentTree(ShowNewickTree(fin, choice).getTree());\r
2152       }\r
2153       catch (Exception ex)\r
2154       {\r
2155         JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,\r
2156                                       "Problem reading tree file",\r
2157                                       ex.getMessage(),\r
2158                                       JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
2159         ex.printStackTrace();\r
2160       }\r
2161     }\r
2162   }\r
2163 \r
2164 \r
2165   public TreePanel ShowNewickTree(NewickFile nf, String title)\r
2166   {\r
2167     return ShowNewickTree(nf,title,600,500,4,5);\r
2168   }\r
2169   /**\r
2170    * DOCUMENT ME!\r
2171    *\r
2172    * @param nf DOCUMENT ME!\r
2173    * @param title DOCUMENT ME!\r
2174    *\r
2175    * @return DOCUMENT ME!\r
2176    */\r
2177   public TreePanel ShowNewickTree(NewickFile nf, String title, int w,int h,int x, int y)\r
2178   {\r
2179     TreePanel tp = null;\r
2180 \r
2181     try\r
2182     {\r
2183       nf.parse();\r
2184 \r
2185       if (nf.getTree() != null)\r
2186       {\r
2187         tp = new TreePanel(viewport,\r
2188                            viewport.getAlignment().getSequences(), nf,\r
2189                            "FromFile",\r
2190                            title);\r
2191 \r
2192         tp.setSize(w,h);\r
2193 \r
2194         if(x>0 && y>0)\r
2195           tp.setLocation(x,y);\r
2196 \r
2197 \r
2198         Desktop.addInternalFrame(tp, title, w, h);\r
2199         addTreeMenuItem(tp, title);\r
2200       }\r
2201     }\r
2202     catch (Exception ex)\r
2203     {\r
2204       ex.printStackTrace();\r
2205     }\r
2206 \r
2207     return tp;\r
2208   }\r
2209 \r
2210   class PrintThread\r
2211       extends Thread\r
2212   {\r
2213     public void run()\r
2214     {\r
2215       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();\r
2216       PageFormat pf = printJob.pageDialog(printJob.defaultPage());\r
2217       printJob.setPrintable(alignPanel, pf);\r
2218 \r
2219       if (printJob.printDialog())\r
2220       {\r
2221         try\r
2222         {\r
2223           printJob.print();\r
2224         }\r
2225         catch (Exception PrintException)\r
2226         {\r
2227           PrintException.printStackTrace();\r
2228         }\r
2229       }\r
2230     }\r
2231   }\r
2232 \r
2233   /**\r
2234    * Generates menu items and listener event actions for web service clients\r
2235    *\r
2236    */\r
2237   public void BuildWebServiceMenu()\r
2238   {\r
2239     if ( (Desktop.discoverer.services != null)\r
2240         && (Desktop.discoverer.services.size() > 0))\r
2241     {\r
2242       Vector msaws = (Vector) Desktop.discoverer.services.get("MsaWS");\r
2243       Vector secstrpr = (Vector) Desktop.discoverer.services.get("SecStrPred");\r
2244       Vector wsmenu = new Vector();\r
2245       if (msaws != null)\r
2246       {\r
2247         // Add any Multiple Sequence Alignment Services\r
2248         final JMenu msawsmenu = new JMenu("Alignment");\r
2249         for (int i = 0, j = msaws.size(); i < j; i++)\r
2250         {\r
2251           final ext.vamsas.ServiceHandle sh = (ext.vamsas.ServiceHandle) msaws.\r
2252               get(i);\r
2253           final JMenuItem method = new JMenuItem(sh.getName());\r
2254           method.addActionListener(new ActionListener()\r
2255           {\r
2256             public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2257             {\r
2258               SequenceI[] msa = gatherSequencesForAlignment();\r
2259               MsaWSClient ct = new jalview.ws.MsaWSClient(sh, title, msa,\r
2260                   false, true);\r
2261 \r
2262             }\r
2263 \r
2264           });\r
2265           msawsmenu.add(method);\r
2266           // Deal with services that we know accept partial alignments.\r
2267           if (sh.getName().indexOf("lustal") > -1)\r
2268           {\r
2269             // We know that ClustalWS can accept partial alignments for refinement.\r
2270             final JMenuItem methodR = new JMenuItem(sh.getName()+" Realign");\r
2271             methodR.addActionListener(new ActionListener()\r
2272             {\r
2273               public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2274               {\r
2275                 SequenceI[] msa = gatherSequencesForAlignment();\r
2276                 MsaWSClient ct = new jalview.ws.MsaWSClient(sh, title, msa,\r
2277                     true, true);\r
2278 \r
2279               }\r
2280 \r
2281             });\r
2282             msawsmenu.add(methodR);\r
2283 \r
2284           }\r
2285         }\r
2286         wsmenu.add(msawsmenu);\r
2287       }\r
2288       if (secstrpr != null)\r
2289       {\r
2290         // Add any secondary structure prediction services\r
2291         final JMenu secstrmenu = new JMenu("Secondary Structure Prediction");\r
2292         for (int i = 0, j = secstrpr.size(); i < j; i++)\r
2293         {\r
2294           final ext.vamsas.ServiceHandle sh = (ext.vamsas.ServiceHandle)\r
2295               secstrpr.get(i);\r
2296           final JMenuItem method = new JMenuItem(sh.getName());\r
2297           method.addActionListener(new ActionListener()\r
2298           {\r
2299             public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2300             {\r
2301               SequenceI[] msa = gatherSeqOrMsaForSecStrPrediction();\r
2302               if (msa.length == 1)\r
2303               {\r
2304                 // Single Sequence prediction\r
2305                 jalview.ws.JPredClient ct = new jalview.ws.JPredClient(sh,\r
2306                     title, msa[0]);\r
2307               }\r
2308               else\r
2309               {\r
2310                 if (msa.length > 1)\r
2311                 {\r
2312                   // Single Sequence prediction\r
2313                   jalview.ws.JPredClient ct = new jalview.ws.JPredClient(sh,\r
2314                       title, msa);\r
2315                 }\r
2316               }\r
2317             }\r
2318           });\r
2319           secstrmenu.add(method);\r
2320         }\r
2321         wsmenu.add(secstrmenu);\r
2322       }\r
2323       this.webService.removeAll();\r
2324       for (int i = 0, j = wsmenu.size(); i < j; i++)\r
2325       {\r
2326         webService.add( (JMenu) wsmenu.get(i));\r
2327       }\r
2328     }\r
2329     else\r
2330     {\r
2331       this.webService.removeAll();\r
2332       this.webService.add(this.webServiceNoServices);\r
2333     }\r
2334     // TODO: add in rediscovery function\r
2335     // TODO: reduce code redundancy.\r
2336     // TODO: group services by location as well as function.\r
2337   }\r
2338 \r
2339 }\r