src/jalview/gui/AlignFrame.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Softwarechang\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.beans.*;\r
  22 import java.io.*;\r
  23 import java.util.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.datatransfer.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 import java.awt.print.*;\r
  29 import javax.swing.*;\r
  30 import javax.swing.event.*;\r
  31 \r
  32 import jalview.analysis.*;\r
  33 import jalview.datamodel.*;\r
  34 import jalview.io.*;\r
  35 import jalview.jbgui.*;\r
  36 import jalview.schemes.*;\r
  37 import jalview.ws.*;\r
  38 \r
  39 /**\r
  40  * DOCUMENT ME!\r
  41  *\r
  42  * @author $author$\r
  43  * @version $Revision$\r
  44  */\r
  45 public class AlignFrame\r
  46     extends GAlignFrame\r
  47 {\r
  48   /** DOCUMENT ME!! */\r
  49   public static final int NEW_WINDOW_WIDTH = 700;\r
  50 \r
  51   /** DOCUMENT ME!! */\r
  52   public static final int NEW_WINDOW_HEIGHT = 500;\r
  53   final AlignmentPanel alignPanel;\r
  54   final AlignViewport viewport;\r
  55 \r
  56   /** DOCUMENT ME!! */\r
  57   public String currentFileFormat = null;\r
  58   Stack historyList = new Stack();\r
  59   Stack redoList = new Stack();\r
  60   private int treeCount = 0;\r
  61 \r
  62   /**\r
  63    * Creates a new AlignFrame object.\r
  64    *\r
  65    * @param al DOCUMENT ME!\r
  66    */\r
  67   public AlignFrame(AlignmentI al)\r
  68   {\r
  69     viewport = new AlignViewport(al);\r
  70 \r
  71     if(viewport.vconsensus==null)\r
  72     {\r
  73       //Out of memory caluclating consensus.\r
  74       BLOSUM62Colour.setEnabled(false);\r
  75       PIDColour.setEnabled(false);\r
  76       conservationMenuItem.setEnabled(false);\r
  77       modifyConservation.setEnabled(false);\r
  78       abovePIDThreshold.setEnabled(false);\r
  79       modifyPID.setEnabled(false);\r
  80     }\r
  81 \r
  82     alignPanel = new AlignmentPanel(this, viewport);\r
  83     alignPanel.annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
  84     alignPanel.annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(alignPanel.\r
  85         annotationPanel.getPreferredSize());\r
  86     alignPanel.annotationScroller.setPreferredSize(alignPanel.annotationPanel.\r
  87         getPreferredSize());\r
  88     alignPanel.setAnnotationVisible(viewport.getShowAnnotation());\r
  89 \r
  90     String sortby = jalview.bin.Cache.getDefault("SORT_ALIGNMENT", "No sort");\r
  91 \r
  92     if(sortby.equals("Id"))\r
  93       sortIDMenuItem_actionPerformed(null);\r
  94     else if(sortby.equals("Pairwise Identity"))\r
  95       sortPairwiseMenuItem_actionPerformed(null);\r
  96 \r
  97     getContentPane().add(alignPanel, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
  98 \r
  99     viewport.addPropertyChangeListener(new PropertyChangeListener()\r
 100     {\r
 101      public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)\r
 102      {\r
 103        if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))\r
 104        {\r
 105          alignmentChanged();\r
 106        }\r
 107      }\r
 108    });\r
 109 \r
 110 \r
 111     addServiceListeners();\r
 112   }\r
 113 \r
 114   /* Set up intrinsic listeners for dynamically generated GUI bits. */\r
 115   private void addServiceListeners()\r
 116   {\r
 117     final java.beans.PropertyChangeListener thisListener;\r
 118     // Do this once to get current state\r
 119     BuildWebServiceMenu();\r
 120     Desktop.discoverer.addPropertyChangeListener(\r
 121         thisListener = new java.beans.PropertyChangeListener()\r
 122     {\r
 123       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)\r
 124       {\r
 125         // System.out.println("Discoverer property change.");\r
 126         if (evt.getPropertyName().equals("services"))\r
 127         {\r
 128           // System.out.println("Rebuilding web service menu");\r
 129           BuildWebServiceMenu();\r
 130         }\r
 131       }\r
 132     });\r
 133     addInternalFrameListener(new javax.swing.event.\r
 134                              InternalFrameAdapter()\r
 135     {\r
 136       public void internalFrameClosed(\r
 137           javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
 138       {\r
 139         // System.out.println("deregistering discoverer listener");\r
 140         Desktop.discoverer.removePropertyChangeListener(thisListener);\r
 141         closeMenuItem_actionPerformed(null);\r
 142       }\r
 143       ;\r
 144     });\r
 145 \r
 146   }\r
 147 \r
 148   /**\r
 149    * DOCUMENT ME!\r
 150    *\r
 151    * @param String DOCUMENT ME!\r
 152    */\r
 153 \r
 154   public void parseGroupsFile(String file)\r
 155   {\r
 156     try\r
 157     {\r
 158       BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader(file));\r
 159       SequenceI seq = null;\r
 160       String line, text, token;\r
 161       UserColourScheme ucs;\r
 162       int index, start, end;\r
 163       StringTokenizer st;\r
 164       SequenceGroup sg;\r
 165       while ( (line = in.readLine()) != null)\r
 166       {\r
 167         st = new StringTokenizer(line, "\t");\r
 168         if (st.countTokens() != 6)\r
 169         {\r
 170           System.out.println("Groups file " + file +\r
 171                              " is invalid. Read help file.");\r
 172           System.exit(1);\r
 173         }\r
 174 \r
 175         while (st.hasMoreElements())\r
 176         {\r
 177           text = st.nextToken();\r
 178           token = st.nextToken();\r
 179           if (!token.equals("ID_NOT_SPECIFIED"))\r
 180           {\r
 181             index = viewport.alignment.findIndex(viewport.alignment.findName(\r
 182                 token));\r
 183             st.nextToken();\r
 184           }\r
 185           else\r
 186           {\r
 187             index = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 188           }\r
 189 \r
 190           start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 191           end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 192           ucs = new UserColourScheme(st.nextToken());\r
 193 \r
 194           seq = viewport.alignment.getSequenceAt(index);\r
 195           start = seq.findIndex(start) - 1;\r
 196           end = seq.findIndex(end) - 1;\r
 197 \r
 198           sg = new SequenceGroup(text, ucs, true, true, false, start, end);\r
 199           sg.addSequence(seq, true);\r
 200 \r
 201           viewport.alignment.addGroup(sg);\r
 202         }\r
 203       }\r
 204 \r
 205     }\r
 206     catch (Exception ex)\r
 207     {\r
 208       System.out.println("Error parsing groups file: " + ex);\r
 209     }\r
 210   }\r
 211 \r
 212   /**\r
 213    * DOCUMENT ME!\r
 214    *\r
 215    * @param e DOCUMENT ME!\r
 216    */\r
 217   public void saveAlignmentMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 218   {\r
 219     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
 220         getProperty(\r
 221             "LAST_DIRECTORY"),\r
 222         new String[]\r
 223         {\r
 224         "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",\r
 225         "jar"\r
 226     },\r
 227         new String[]\r
 228         {\r
 229         "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"\r
 230     }, currentFileFormat);\r
 231 \r
 232     chooser.setAcceptAllFileFilterUsed(false);\r
 233     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 234     chooser.setDialogTitle("Save Alignment to file");\r
 235     chooser.setToolTipText("Save");\r
 236 \r
 237     int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 238 \r
 239     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 240     {\r
 241       currentFileFormat = chooser.getSelectedFormat();\r
 242       jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT",\r
 243                                     currentFileFormat);\r
 244 \r
 245       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 246       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice);\r
 247 \r
 248       saveAlignment(choice, currentFileFormat);\r
 249     }\r
 250   }\r
 251 \r
 252   public boolean saveAlignment(String file, String format)\r
 253   {\r
 254     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
 255     {\r
 256       String shortName = title;\r
 257 \r
 258       if (shortName.indexOf(java.io.File.separatorChar) > -1)\r
 259       {\r
 260         shortName = shortName.substring(shortName.lastIndexOf(\r
 261             java.io.File.separatorChar) + 1);\r
 262       }\r
 263 \r
 264       Jalview2XML.SaveAlignment(this, file, shortName);\r
 265 \r
 266       // USE Jalview2XML to save this file\r
 267       return true;\r
 268     }\r
 269     else\r
 270     {\r
 271       String output = FormatAdapter.formatSequences(format,\r
 272           viewport.getAlignment().\r
 273           getSequences());\r
 274       if (output == null)\r
 275       {\r
 276         return false;\r
 277       }\r
 278 \r
 279       try\r
 280       {\r
 281         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(\r
 282             new java.io.FileWriter(file));\r
 283 \r
 284         out.print(output);\r
 285         out.close();\r
 286         return true;\r
 287       }\r
 288       catch (Exception ex)\r
 289       {\r
 290         ex.printStackTrace();\r
 291       }\r
 292     }\r
 293     return false;\r
 294   }\r
 295 \r
 296   /**\r
 297    * DOCUMENT ME!\r
 298    *\r
 299    * @param e DOCUMENT ME!\r
 300    */\r
 301   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 302   {\r
 303     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 304     Desktop.addInternalFrame(cap,\r
 305                              "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600,\r
 306                              500);\r
 307     cap.setText(FormatAdapter.formatSequences(e.getActionCommand(),\r
 308                                               viewport.getAlignment().\r
 309                                               getSequences()));\r
 310   }\r
 311 \r
 312   /**\r
 313    * DOCUMENT ME!\r
 314    *\r
 315    * @param e DOCUMENT ME!\r
 316    */\r
 317   protected void htmlMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 318   {\r
 319     new HTMLOutput(viewport);\r
 320   }\r
 321 \r
 322   public void createImageMap(File file, String image)\r
 323   {\r
 324     alignPanel.makePNGImageMap(file, image);\r
 325   }\r
 326 \r
 327   /**\r
 328    * DOCUMENT ME!\r
 329    *\r
 330    * @param e DOCUMENT ME!\r
 331    */\r
 332   public void createPNG(File f)\r
 333   {\r
 334     alignPanel.makePNG(f);\r
 335   }\r
 336 \r
 337   /**\r
 338    * DOCUMENT ME!\r
 339    *\r
 340    * @param e DOCUMENT ME!\r
 341    */\r
 342   public void createEPS(File f)\r
 343   {\r
 344     alignPanel.makeEPS(f);\r
 345   }\r
 346 \r
 347   /**\r
 348    * DOCUMENT ME!\r
 349    *\r
 350    * @param e DOCUMENT ME!\r
 351    */\r
 352   public void printMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 353   {\r
 354     //Putting in a thread avoids Swing painting problems\r
 355     PrintThread thread = new PrintThread();\r
 356     thread.start();\r
 357   }\r
 358 \r
 359   /**\r
 360    * DOCUMENT ME!\r
 361    *\r
 362    * @param e DOCUMENT ME!\r
 363    */\r
 364   public void closeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 365   {\r
 366     try\r
 367     {\r
 368       PaintRefresher.components.remove(viewport.alignment);\r
 369       this.setClosed(true);\r
 370     }\r
 371     catch (Exception ex)\r
 372     {\r
 373     }\r
 374   }\r
 375 \r
 376   /**\r
 377    * DOCUMENT ME!\r
 378    */\r
 379   void updateEditMenuBar()\r
 380   {\r
 381     if (historyList.size() > 0)\r
 382     {\r
 383       undoMenuItem.setEnabled(true);\r
 384 \r
 385       HistoryItem hi = (HistoryItem) historyList.peek();\r
 386       undoMenuItem.setText("Undo " + hi.getDescription());\r
 387     }\r
 388     else\r
 389     {\r
 390       undoMenuItem.setEnabled(false);\r
 391       undoMenuItem.setText("Undo");\r
 392     }\r
 393 \r
 394     if (redoList.size() > 0)\r
 395     {\r
 396       redoMenuItem.setEnabled(true);\r
 397 \r
 398       HistoryItem hi = (HistoryItem) redoList.peek();\r
 399       redoMenuItem.setText("Redo " + hi.getDescription());\r
 400     }\r
 401     else\r
 402     {\r
 403       redoMenuItem.setEnabled(false);\r
 404       redoMenuItem.setText("Redo");\r
 405     }\r
 406   }\r
 407 \r
 408   /**\r
 409    * DOCUMENT ME!\r
 410    *\r
 411    * @param hi DOCUMENT ME!\r
 412    */\r
 413   public void addHistoryItem(HistoryItem hi)\r
 414   {\r
 415     historyList.push(hi);\r
 416     updateEditMenuBar();\r
 417   }\r
 418 \r
 419   /**\r
 420    * DOCUMENT ME!\r
 421    *\r
 422    * @param e DOCUMENT ME!\r
 423    */\r
 424   protected void undoMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 425   {\r
 426     HistoryItem hi = (HistoryItem) historyList.pop();\r
 427     redoList.push(new HistoryItem(hi.getDescription(), viewport.alignment,\r
 428                                   HistoryItem.HIDE));\r
 429     restoreHistoryItem(hi);\r
 430     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 431   }\r
 432 \r
 433   /**\r
 434    * DOCUMENT ME!\r
 435    *\r
 436    * @param e DOCUMENT ME!\r
 437    */\r
 438   protected void redoMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 439   {\r
 440     HistoryItem hi = (HistoryItem) redoList.pop();\r
 441     restoreHistoryItem(hi);\r
 442     updateEditMenuBar();\r
 443     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 444   }\r
 445 \r
 446   // used by undo and redo\r
 447   void restoreHistoryItem(HistoryItem hi)\r
 448   {\r
 449     if (hi.getType() == HistoryItem.SORT)\r
 450     {\r
 451       for (int i = 0; i < hi.getSequences().size(); i++)\r
 452       {\r
 453         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(hi.getSequences()\r
 454             .elementAt(i),\r
 455             i);\r
 456       }\r
 457     }\r
 458     else\r
 459     {\r
 460       for (int i = 0; i < hi.getSequences().size(); i++)\r
 461       {\r
 462         SequenceI restore = (SequenceI) hi.getSequences().elementAt(i);\r
 463 \r
 464         if (restore.getLength() == 0)\r
 465         {\r
 466           restore.setSequence(hi.getHidden().elementAt(i).toString());\r
 467           viewport.alignment.getSequences().insertElementAt(restore,\r
 468               hi.getAlignIndex(i));\r
 469         }\r
 470         else\r
 471         {\r
 472           restore.setSequence(hi.getHidden().elementAt(i).toString());\r
 473         }\r
 474       }\r
 475 \r
 476       if (hi.getType() == HistoryItem.PASTE)\r
 477       {\r
 478         for (int i = viewport.alignment.getHeight() - 1;\r
 479              i > (hi.getSequences().size() - 1); i--)\r
 480         {\r
 481           viewport.alignment.deleteSequence(i);\r
 482         }\r
 483       }\r
 484     }\r
 485 \r
 486     updateEditMenuBar();\r
 487 \r
 488     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
 489                                 viewport.getAlignment().getSequences());\r
 490   }\r
 491 \r
 492   /**\r
 493    * DOCUMENT ME!\r
 494    *\r
 495    * @param up DOCUMENT ME!\r
 496    */\r
 497   public void moveSelectedSequences(boolean up)\r
 498   {\r
 499     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 500 \r
 501     if (sg == null)\r
 502     {\r
 503       return;\r
 504     }\r
 505 \r
 506     if (up)\r
 507     {\r
 508       for (int i = 1; i < viewport.alignment.getHeight(); i++)\r
 509       {\r
 510         SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(i);\r
 511 \r
 512         if (!sg.sequences.contains(seq))\r
 513         {\r
 514           continue;\r
 515         }\r
 516 \r
 517         SequenceI temp = viewport.alignment.getSequenceAt(i - 1);\r
 518 \r
 519         if (sg.sequences.contains(temp))\r
 520         {\r
 521           continue;\r
 522         }\r
 523 \r
 524         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(temp, i);\r
 525         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(seq, i - 1);\r
 526       }\r
 527     }\r
 528     else\r
 529     {\r
 530       for (int i = viewport.alignment.getHeight() - 2; i > -1; i--)\r
 531       {\r
 532         SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(i);\r
 533 \r
 534         if (!sg.sequences.contains(seq))\r
 535         {\r
 536           continue;\r
 537         }\r
 538 \r
 539         SequenceI temp = viewport.alignment.getSequenceAt(i + 1);\r
 540 \r
 541         if (sg.sequences.contains(temp))\r
 542         {\r
 543           continue;\r
 544         }\r
 545 \r
 546         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(temp, i);\r
 547         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(seq, i + 1);\r
 548       }\r
 549     }\r
 550 \r
 551     alignPanel.repaint();\r
 552   }\r
 553 \r
 554   /**\r
 555    * DOCUMENT ME!\r
 556    *\r
 557    * @param e DOCUMENT ME!\r
 558    */\r
 559   protected void copy_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 560   {\r
 561     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
 562     {\r
 563       return;\r
 564     }\r
 565 \r
 566     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 567 \r
 568     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();\r
 569     StringBuffer buffer = new StringBuffer();\r
 570 \r
 571     Hashtable orderedSeqs = new Hashtable();\r
 572 \r
 573     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 574     {\r
 575       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
 576       int index = viewport.alignment.findIndex(seq);\r
 577       orderedSeqs.put(index + "", seq);\r
 578     }\r
 579 \r
 580     int index = 0, startRes, endRes;\r
 581     char ch;\r
 582 \r
 583     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 584     {\r
 585       SequenceI seq = null;\r
 586 \r
 587       while (seq == null)\r
 588       {\r
 589         if (orderedSeqs.containsKey(index + ""))\r
 590         {\r
 591           seq = (SequenceI) orderedSeqs.get(index + "");\r
 592           index++;\r
 593 \r
 594           break;\r
 595         }\r
 596         else\r
 597         {\r
 598           index++;\r
 599         }\r
 600       }\r
 601       //FIND START RES\r
 602       //Returns residue following index if gap\r
 603       startRes = seq.findPosition(sg.getStartRes());\r
 604 \r
 605       //FIND END RES\r
 606       //Need to find the residue preceeding index if gap\r
 607       endRes = 0;\r
 608 \r
 609       for (int j = 0; j < sg.getEndRes() + 1 && j < seq.getLength(); j++)\r
 610       {\r
 611         ch = seq.getCharAt(j);\r
 612         if (!jalview.util.Comparison.isGap( (ch)))\r
 613         {\r
 614           endRes++;\r
 615         }\r
 616       }\r
 617 \r
 618       if (endRes > 0)\r
 619       {\r
 620         endRes += seq.getStart() - 1;\r
 621       }\r
 622 \r
 623       buffer.append(seq.getName() + "\t" +\r
 624                     startRes + "\t" +\r
 625                     endRes + "\t" +\r
 626                     seq.getSequence(sg.getStartRes(),\r
 627                                     sg.getEndRes() + 1) + "\n");\r
 628     }\r
 629 \r
 630     c.setContents(new StringSelection(buffer.toString()), null);\r
 631   }\r
 632 \r
 633   /**\r
 634    * DOCUMENT ME!\r
 635    *\r
 636    * @param e DOCUMENT ME!\r
 637    */\r
 638   protected void pasteNew_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 639   {\r
 640     paste(true);\r
 641   }\r
 642 \r
 643   /**\r
 644    * DOCUMENT ME!\r
 645    *\r
 646    * @param e DOCUMENT ME!\r
 647    */\r
 648   protected void pasteThis_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 649   {\r
 650     addHistoryItem(new HistoryItem("Paste Sequences", viewport.alignment,\r
 651                                    HistoryItem.PASTE));\r
 652     paste(false);\r
 653   }\r
 654 \r
 655   /**\r
 656    * DOCUMENT ME!\r
 657    *\r
 658    * @param newAlignment DOCUMENT ME!\r
 659    */\r
 660   void paste(boolean newAlignment)\r
 661   {\r
 662     try\r
 663     {\r
 664       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();\r
 665       Transferable contents = c.getContents(this);\r
 666 \r
 667       if (contents == null)\r
 668       {\r
 669         return;\r
 670       }\r
 671 \r
 672       String str = (String) contents.getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);\r
 673       StringTokenizer st = new StringTokenizer(str);\r
 674       ArrayList seqs = new ArrayList();\r
 675 \r
 676       while (st.hasMoreElements())\r
 677       {\r
 678         String name = st.nextToken();\r
 679         int start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 680         int end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 681         Sequence sequence = new Sequence(name, st.nextToken(), start,\r
 682                                          end);\r
 683 \r
 684         if (!newAlignment)\r
 685         {\r
 686           viewport.alignment.addSequence(sequence);\r
 687         }\r
 688         else\r
 689         {\r
 690           seqs.add(sequence);\r
 691         }\r
 692       }\r
 693 \r
 694       if (newAlignment)\r
 695       {\r
 696         SequenceI[] newSeqs = new SequenceI[seqs.size()];\r
 697         seqs.toArray(newSeqs);\r
 698 \r
 699         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(newSeqs));\r
 700         String newtitle = new String("Copied sequences");\r
 701 \r
 702         if (title.startsWith("Copied sequences"))\r
 703         {\r
 704           newtitle = title;\r
 705         }\r
 706         else\r
 707         {\r
 708           newtitle = newtitle.concat("- from " + title);\r
 709         }\r
 710 \r
 711         Desktop.addInternalFrame(af, newtitle, NEW_WINDOW_WIDTH,\r
 712                                  NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
 713       }\r
 714       else\r
 715       {\r
 716         viewport.setEndSeq(viewport.alignment.getHeight());\r
 717         viewport.alignment.getWidth();\r
 718         viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 719       }\r
 720     }\r
 721     catch (Exception ex)\r
 722     {\r
 723         // could be anything being pasted in here\r
 724     }\r
 725 \r
 726 \r
 727   }\r
 728 \r
 729   /**\r
 730    * DOCUMENT ME!\r
 731    *\r
 732    * @param e DOCUMENT ME!\r
 733    */\r
 734   protected void cut_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 735   {\r
 736     copy_actionPerformed(null);\r
 737     delete_actionPerformed(null);\r
 738   }\r
 739 \r
 740   /**\r
 741    * DOCUMENT ME!\r
 742    *\r
 743    * @param e DOCUMENT ME!\r
 744    */\r
 745   protected void delete_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 746   {\r
 747     boolean seqsdeleted = false;\r
 748 \r
 749     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
 750     {\r
 751       return;\r
 752     }\r
 753 \r
 754     addHistoryItem(new HistoryItem("Delete Sequences", viewport.alignment,\r
 755                                    HistoryItem.HIDE));\r
 756 \r
 757     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 758     boolean allSequences = false;\r
 759     if (sg.sequences.size() == viewport.alignment.getHeight())\r
 760     {\r
 761       allSequences = true;\r
 762     }\r
 763 \r
 764     for (int i = 0; i < sg.sequences.size(); i++)\r
 765     {\r
 766       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
 767       int index = viewport.getAlignment().findIndex(seq);\r
 768       seq.deleteChars(sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);\r
 769 \r
 770       // If the cut affects all sequences, remove highlighted columns\r
 771       if (allSequences)\r
 772       {\r
 773         viewport.getColumnSelection().removeElements(sg.getStartRes(),\r
 774             sg.getEndRes() + 1);\r
 775       }\r
 776 \r
 777       if (seq.getSequence().length() < 1)\r
 778       {\r
 779         seqsdeleted = true;\r
 780         viewport.getAlignment().deleteSequence(seq);\r
 781       }\r
 782       else\r
 783       {\r
 784         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(seq, index);\r
 785       }\r
 786     }\r
 787 \r
 788     viewport.setSelectionGroup(null);\r
 789     viewport.alignment.deleteGroup(sg);\r
 790 \r
 791     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
 792                                   viewport.getAlignment().getSequences());\r
 793 \r
 794 \r
 795 \r
 796     if (viewport.getAlignment().getHeight() < 1)\r
 797     {\r
 798       try\r
 799       {\r
 800         this.setClosed(true);\r
 801       }\r
 802       catch (Exception ex)\r
 803       {\r
 804       }\r
 805     }\r
 806   }\r
 807 \r
 808   /**\r
 809    * DOCUMENT ME!\r
 810    *\r
 811    * @param e DOCUMENT ME!\r
 812    */\r
 813   protected void deleteGroups_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 814   {\r
 815     viewport.alignment.deleteAllGroups();\r
 816     viewport.setSelectionGroup(null);\r
 817     alignPanel.repaint();\r
 818   }\r
 819 \r
 820   /**\r
 821    * DOCUMENT ME!\r
 822    *\r
 823    * @param e DOCUMENT ME!\r
 824    */\r
 825   public void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 826   {\r
 827     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 828 \r
 829     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size();\r
 830          i++)\r
 831     {\r
 832       sg.addSequence(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
 833     }\r
 834 \r
 835     sg.setEndRes(viewport.alignment.getWidth() - 1);\r
 836     viewport.setSelectionGroup(sg);\r
 837     PaintRefresher.Refresh(null, viewport.alignment);\r
 838   }\r
 839 \r
 840   /**\r
 841    * DOCUMENT ME!\r
 842    *\r
 843    * @param e DOCUMENT ME!\r
 844    */\r
 845   public void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 846   {\r
 847     viewport.setSelectionGroup(null);\r
 848     viewport.getColumnSelection().clear();\r
 849     viewport.setSelectionGroup(null);\r
 850     alignPanel.annotationPanel.activeRes = null;\r
 851     PaintRefresher.Refresh(null, viewport.alignment);\r
 852   }\r
 853 \r
 854   /**\r
 855    * DOCUMENT ME!\r
 856    *\r
 857    * @param e DOCUMENT ME!\r
 858    */\r
 859   public void invertSequenceMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 860   {\r
 861     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 862 \r
 863     if (sg == null)\r
 864     {\r
 865       selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
 866 \r
 867       return;\r
 868     }\r
 869 \r
 870     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size();\r
 871          i++)\r
 872     {\r
 873       sg.addOrRemove(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
 874     }\r
 875 \r
 876     PaintRefresher.Refresh(null, viewport.alignment);\r
 877   }\r
 878 \r
 879   /**\r
 880    * DOCUMENT ME!\r
 881    *\r
 882    * @param e DOCUMENT ME!\r
 883    */\r
 884   public void remove2LeftMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 885   {\r
 886     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
 887 \r
 888     if (colSel.size() > 0)\r
 889     {\r
 890       addHistoryItem(new HistoryItem("Remove Left", viewport.alignment,\r
 891                                      HistoryItem.HIDE));\r
 892 \r
 893       int min = colSel.getMin();\r
 894       viewport.getAlignment().trimLeft(min);\r
 895       colSel.compensateForEdit(0, min);\r
 896 \r
 897       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 898       {\r
 899         viewport.getSelectionGroup().adjustForRemoveLeft(min);\r
 900       }\r
 901 \r
 902       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();\r
 903 \r
 904       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
 905       {\r
 906         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.get(i);\r
 907 \r
 908         if (!sg.adjustForRemoveLeft(min))\r
 909         {\r
 910           viewport.alignment.deleteGroup(sg);\r
 911         }\r
 912       }\r
 913 \r
 914       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 915     }\r
 916   }\r
 917 \r
 918   /**\r
 919    * DOCUMENT ME!\r
 920    *\r
 921    * @param e DOCUMENT ME!\r
 922    */\r
 923   public void remove2RightMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 924   {\r
 925     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
 926 \r
 927     if (colSel.size() > 0)\r
 928     {\r
 929       addHistoryItem(new HistoryItem("Remove Right", viewport.alignment,\r
 930                                      HistoryItem.HIDE));\r
 931 \r
 932       int max = colSel.getMax();\r
 933       viewport.getAlignment().trimRight(max);\r
 934 \r
 935       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 936       {\r
 937         viewport.getSelectionGroup().adjustForRemoveRight(max);\r
 938       }\r
 939 \r
 940       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();\r
 941 \r
 942       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
 943       {\r
 944         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.get(i);\r
 945 \r
 946         if (!sg.adjustForRemoveRight(max))\r
 947         {\r
 948           viewport.alignment.deleteGroup(sg);\r
 949         }\r
 950       }\r
 951 \r
 952       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 953     }\r
 954   }\r
 955 \r
 956   /**\r
 957    * DOCUMENT ME!\r
 958    *\r
 959    * @param e DOCUMENT ME!\r
 960    */\r
 961   public void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 962   {\r
 963     addHistoryItem(new HistoryItem("Remove Gapped Columns",\r
 964                                    viewport.alignment, HistoryItem.HIDE));\r
 965 \r
 966     //This is to maintain viewport position on first residue\r
 967     //of first sequence\r
 968     SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(0);\r
 969     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
 970 \r
 971     viewport.getAlignment().removeGaps();\r
 972 \r
 973     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes)-1);\r
 974 \r
 975    viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 976   }\r
 977 \r
 978   /**\r
 979    * DOCUMENT ME!\r
 980    *\r
 981    * @param e DOCUMENT ME!\r
 982    */\r
 983   public void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 984   {\r
 985     addHistoryItem(new HistoryItem("Remove Gaps", viewport.alignment,\r
 986                                    HistoryItem.HIDE));\r
 987 \r
 988     //This is to maintain viewport position on first residue\r
 989     //of first sequence\r
 990     SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(0);\r
 991     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
 992 \r
 993 \r
 994     SequenceI current;\r
 995     int jSize;\r
 996 \r
 997     Vector seqs = null;\r
 998 \r
 999     int start = 0;\r
1000     int end = viewport.alignment.getWidth();\r
1001 \r
1002     if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
1003         && viewport.getSelectionGroup().sequences != null\r
1004         && viewport.getSelectionGroup().sequences.size() > 0)\r
1005     {\r
1006       seqs = viewport.getSelectionGroup().sequences;\r
1007       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1008       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
1009     }\r
1010     else\r
1011     {\r
1012       seqs = viewport.alignment.getSequences();\r
1013     }\r
1014 \r
1015     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1016     {\r
1017       current = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1018       jSize = current.getLength();\r
1019 \r
1020       int j = start;\r
1021 \r
1022       do\r
1023       {\r
1024         if (jalview.util.Comparison.isGap(current.getCharAt(j)))\r
1025         {\r
1026           current.deleteCharAt(j);\r
1027           j--;\r
1028           jSize--;\r
1029         }\r
1030         j++;\r
1031       }\r
1032       while (j < end && j < jSize);\r
1033     }\r
1034 \r
1035     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes)-1);\r
1036 \r
1037     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
1038   }\r
1039 \r
1040  public void alignmentChanged()\r
1041  {\r
1042    if(viewport.vconsensus!=null)\r
1043    {\r
1044      viewport.updateConsensus();\r
1045      viewport.updateConservation();\r
1046    }\r
1047    resetAllColourSchemes();\r
1048    if(alignPanel.overviewPanel!=null)\r
1049      alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
1050 \r
1051    alignPanel.repaint();\r
1052  }\r
1053 \r
1054   void resetAllColourSchemes()\r
1055   {\r
1056     ColourSchemeI cs = viewport.globalColourScheme;\r
1057     if(cs!=null)\r
1058     {\r
1059       if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1060       {\r
1061         ( (ClustalxColourScheme) viewport.getGlobalColourScheme()).\r
1062             resetClustalX(viewport.alignment.getSequences(),\r
1063                           viewport.alignment.getWidth());\r
1064       }\r
1065 \r
1066       cs.setConsensus(viewport.vconsensus);\r
1067       if (cs.conservationApplied())\r
1068       {\r
1069         Alignment al = (Alignment) viewport.alignment;\r
1070         Conservation c = new Conservation("All",\r
1071                                           ResidueProperties.propHash, 3,\r
1072                                           al.getSequences(), 0,\r
1073                                           al.getWidth() - 1);\r
1074         c.calculate();\r
1075         c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);\r
1076 \r
1077         cs.setConservation(c);\r
1078       }\r
1079     }\r
1080 \r
1081     int s, sSize = viewport.alignment.getGroups().size();\r
1082     for(s=0; s<sSize; s++)\r
1083     {\r
1084       SequenceGroup sg = (SequenceGroup)viewport.alignment.getGroups().elementAt(s);\r
1085       if(sg.cs!=null && sg.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1086       {\r
1087         ((ClustalxColourScheme)sg.cs).resetClustalX(sg.sequences, sg.getWidth());\r
1088       }\r
1089       sg.recalcConservation();\r
1090     }\r
1091   }\r
1092 \r
1093   /**\r
1094    * DOCUMENT ME!\r
1095    *\r
1096    * @param e DOCUMENT ME!\r
1097    */\r
1098   public void padGapsMenuitem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1099   {\r
1100     addHistoryItem(new HistoryItem("Pad Gaps", viewport.alignment,\r
1101                                    HistoryItem.HIDE));\r
1102 \r
1103     SequenceI current;\r
1104     int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
1105 \r
1106     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size();\r
1107          i++)\r
1108     {\r
1109       current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
1110 \r
1111       if (current.getLength() < Width)\r
1112       {\r
1113         current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
1114       }\r
1115     }\r
1116 \r
1117     alignmentChanged();\r
1118   }\r
1119 \r
1120   /**\r
1121    * DOCUMENT ME!\r
1122    *\r
1123    * @param e DOCUMENT ME!\r
1124    */\r
1125   public void findMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1126   {\r
1127     JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1128     Finder finder = new Finder(viewport, alignPanel, frame);\r
1129     frame.setContentPane(finder);\r
1130     Desktop.addInternalFrame(frame, "Find", 340, 110);\r
1131     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
1132   }\r
1133 \r
1134   /**\r
1135    * DOCUMENT ME!\r
1136    *\r
1137    * @param e DOCUMENT ME!\r
1138    */\r
1139   public void font_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1140   {\r
1141     FontChooser fc = new FontChooser(alignPanel);\r
1142   }\r
1143 \r
1144   /**\r
1145    * DOCUMENT ME!\r
1146    *\r
1147    * @param e DOCUMENT ME!\r
1148    */\r
1149   protected void fullSeqId_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1150   {\r
1151     viewport.setShowFullId(fullSeqId.isSelected());\r
1152 \r
1153     alignPanel.idPanel.idCanvas.setPreferredSize(alignPanel.calculateIdWidth());\r
1154     alignPanel.repaint();\r
1155   }\r
1156 \r
1157   /**\r
1158    * DOCUMENT ME!\r
1159    *\r
1160    * @param e DOCUMENT ME!\r
1161    */\r
1162   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1163   {\r
1164     viewport.setColourText(colourTextMenuItem.isSelected());\r
1165     alignPanel.repaint();\r
1166   }\r
1167 \r
1168   /**\r
1169    * DOCUMENT ME!\r
1170    *\r
1171    * @param e DOCUMENT ME!\r
1172    */\r
1173   protected void wrapMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1174   {\r
1175     viewport.setWrapAlignment(wrapMenuItem.isSelected());\r
1176     alignPanel.setWrapAlignment(wrapMenuItem.isSelected());\r
1177     scaleAbove.setVisible(wrapMenuItem.isSelected());\r
1178     scaleLeft.setVisible(wrapMenuItem.isSelected());\r
1179     scaleRight.setVisible(wrapMenuItem.isSelected());\r
1180     alignPanel.repaint();\r
1181   }\r
1182 \r
1183   /**\r
1184    * DOCUMENT ME!\r
1185    *\r
1186    * @param e DOCUMENT ME!\r
1187    */\r
1188   protected void scaleAbove_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1189   {\r
1190     viewport.setScaleAboveWrapped(scaleAbove.isSelected());\r
1191     alignPanel.repaint();\r
1192   }\r
1193 \r
1194   /**\r
1195    * DOCUMENT ME!\r
1196    *\r
1197    * @param e DOCUMENT ME!\r
1198    */\r
1199   protected void scaleLeft_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1200   {\r
1201     viewport.setScaleLeftWrapped(scaleLeft.isSelected());\r
1202     alignPanel.repaint();\r
1203   }\r
1204 \r
1205   /**\r
1206    * DOCUMENT ME!\r
1207    *\r
1208    * @param e DOCUMENT ME!\r
1209    */\r
1210   protected void scaleRight_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1211   {\r
1212     viewport.setScaleRightWrapped(scaleRight.isSelected());\r
1213     alignPanel.repaint();\r
1214   }\r
1215 \r
1216   /**\r
1217    * DOCUMENT ME!\r
1218    *\r
1219    * @param e DOCUMENT ME!\r
1220    */\r
1221   public void viewBoxesMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1222   {\r
1223     viewport.setShowBoxes(viewBoxesMenuItem.isSelected());\r
1224     alignPanel.repaint();\r
1225   }\r
1226 \r
1227   /**\r
1228    * DOCUMENT ME!\r
1229    *\r
1230    * @param e DOCUMENT ME!\r
1231    */\r
1232   public void viewTextMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1233   {\r
1234     viewport.setShowText(viewTextMenuItem.isSelected());\r
1235     alignPanel.repaint();\r
1236   }\r
1237 \r
1238   /**\r
1239    * DOCUMENT ME!\r
1240    *\r
1241    * @param e DOCUMENT ME!\r
1242    */\r
1243   protected void renderGapsMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1244   {\r
1245     viewport.setRenderGaps(renderGapsMenuItem.isSelected());\r
1246     alignPanel.repaint();\r
1247   }\r
1248 \r
1249   /**\r
1250    * DOCUMENT ME!\r
1251    *\r
1252    * @param evt DOCUMENT ME!\r
1253    */\r
1254   public void sequenceFeatures_actionPerformed(ActionEvent evt)\r
1255   {\r
1256     viewport.showSequenceFeatures(sequenceFeatures.isSelected());\r
1257 \r
1258     if (viewport.showSequenceFeatures &&\r
1259         ! ( (Alignment) viewport.alignment).featuresAdded)\r
1260     {\r
1261       SequenceFeatureFetcher sft = new SequenceFeatureFetcher(viewport.\r
1262           alignment,\r
1263           alignPanel);\r
1264       ( (Alignment) viewport.alignment).featuresAdded = true;\r
1265     }\r
1266 \r
1267     alignPanel.repaint();\r
1268   }\r
1269 \r
1270   /**\r
1271    * DOCUMENT ME!\r
1272    *\r
1273    * @param e DOCUMENT ME!\r
1274    */\r
1275   public void annotationPanelMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1276   {\r
1277     if (annotationPanelMenuItem.isSelected() &&\r
1278         viewport.getWrapAlignment())\r
1279     {\r
1280       annotationPanelMenuItem.setSelected(false);\r
1281 \r
1282       return;\r
1283     }\r
1284 \r
1285     viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.isSelected());\r
1286     alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.isSelected());\r
1287   }\r
1288 \r
1289   /**\r
1290    * DOCUMENT ME!\r
1291    *\r
1292    * @param e DOCUMENT ME!\r
1293    */\r
1294   public void overviewMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1295   {\r
1296     if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
1297     {\r
1298       return;\r
1299     }\r
1300 \r
1301     JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1302     OverviewPanel overview = new OverviewPanel(alignPanel);\r
1303     frame.setContentPane(overview);\r
1304     Desktop.addInternalFrame(frame, "Overview " + this.getTitle(),\r
1305                              frame.getWidth(), frame.getHeight());\r
1306     frame.pack();\r
1307     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
1308     frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()\r
1309     {\r
1310       public void internalFrameClosed(\r
1311           javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
1312       {\r
1313         alignPanel.setOverviewPanel(null);\r
1314       }\r
1315       ;\r
1316     });\r
1317 \r
1318     alignPanel.setOverviewPanel(overview);\r
1319   }\r
1320 \r
1321   /**\r
1322    * DOCUMENT ME!\r
1323    *\r
1324    * @param e DOCUMENT ME!\r
1325    */\r
1326   protected void noColourmenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1327   {\r
1328     changeColour(null);\r
1329   }\r
1330 \r
1331   /**\r
1332    * DOCUMENT ME!\r
1333    *\r
1334    * @param e DOCUMENT ME!\r
1335    */\r
1336   public void clustalColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1337   {\r
1338     changeColour(new ClustalxColourScheme(\r
1339         viewport.alignment.getSequences(), viewport.alignment.getWidth()));\r
1340   }\r
1341 \r
1342   /**\r
1343    * DOCUMENT ME!\r
1344    *\r
1345    * @param e DOCUMENT ME!\r
1346    */\r
1347   public void zappoColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1348   {\r
1349     changeColour(new ZappoColourScheme());\r
1350   }\r
1351 \r
1352   /**\r
1353    * DOCUMENT ME!\r
1354    *\r
1355    * @param e DOCUMENT ME!\r
1356    */\r
1357   public void taylorColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1358   {\r
1359     changeColour(new TaylorColourScheme());\r
1360   }\r
1361 \r
1362   /**\r
1363    * DOCUMENT ME!\r
1364    *\r
1365    * @param e DOCUMENT ME!\r
1366    */\r
1367   public void hydrophobicityColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1368   {\r
1369     changeColour(new HydrophobicColourScheme());\r
1370   }\r
1371 \r
1372   /**\r
1373    * DOCUMENT ME!\r
1374    *\r
1375    * @param e DOCUMENT ME!\r
1376    */\r
1377   public void helixColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1378   {\r
1379     changeColour(new HelixColourScheme());\r
1380   }\r
1381 \r
1382   /**\r
1383    * DOCUMENT ME!\r
1384    *\r
1385    * @param e DOCUMENT ME!\r
1386    */\r
1387   public void strandColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1388   {\r
1389     changeColour(new StrandColourScheme());\r
1390   }\r
1391 \r
1392   /**\r
1393    * DOCUMENT ME!\r
1394    *\r
1395    * @param e DOCUMENT ME!\r
1396    */\r
1397   public void turnColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1398   {\r
1399     changeColour(new TurnColourScheme());\r
1400   }\r
1401 \r
1402   /**\r
1403    * DOCUMENT ME!\r
1404    *\r
1405    * @param e DOCUMENT ME!\r
1406    */\r
1407   public void buriedColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1408   {\r
1409     changeColour(new BuriedColourScheme());\r
1410   }\r
1411 \r
1412   /**\r
1413    * DOCUMENT ME!\r
1414    *\r
1415    * @param e DOCUMENT ME!\r
1416    */\r
1417   public void nucleotideColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1418   {\r
1419     changeColour(new NucleotideColourScheme());\r
1420   }\r
1421 \r
1422   /**\r
1423    * DOCUMENT ME!\r
1424    *\r
1425    * @param e DOCUMENT ME!\r
1426    */\r
1427   protected void applyToAllGroups_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1428   {\r
1429     viewport.setColourAppliesToAllGroups(applyToAllGroups.isSelected());\r
1430   }\r
1431 \r
1432   /**\r
1433    * DOCUMENT ME!\r
1434    *\r
1435    * @param cs DOCUMENT ME!\r
1436    */\r
1437   void changeColour(ColourSchemeI cs)\r
1438   {\r
1439     int threshold = 0;\r
1440 \r
1441     if(cs!=null)\r
1442     {\r
1443       if (viewport.getAbovePIDThreshold())\r
1444       {\r
1445         threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, cs,\r
1446                                                    "Background");\r
1447 \r
1448         cs.setThreshold(threshold,\r
1449                         viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1450 \r
1451         viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
1452       }\r
1453       else\r
1454       {\r
1455         cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1456       }\r
1457 \r
1458       if (viewport.getConservationSelected())\r
1459       {\r
1460 \r
1461         Alignment al = (Alignment) viewport.alignment;\r
1462         Conservation c = new Conservation("All",\r
1463                                           ResidueProperties.propHash, 3,\r
1464                                           al.getSequences(), 0,\r
1465                                           al.getWidth() - 1);\r
1466 \r
1467         c.calculate();\r
1468         c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);\r
1469 \r
1470         cs.setConservation(c);\r
1471 \r
1472         cs.setConservationInc(SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel, cs,\r
1473             "Background"));\r
1474       }\r
1475       else\r
1476       {\r
1477         cs.setConservation(null);\r
1478       }\r
1479 \r
1480       cs.setConsensus(viewport.vconsensus);\r
1481     }\r
1482 \r
1483     viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
1484 \r
1485     if (viewport.getColourAppliesToAllGroups())\r
1486     {\r
1487       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();\r
1488 \r
1489       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
1490       {\r
1491         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
1492 \r
1493         if (cs == null)\r
1494         {\r
1495           sg.cs = null;\r
1496           continue;\r
1497         }\r
1498 \r
1499         if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1500         {\r
1501           sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.sequences, sg.getWidth());\r
1502         }\r
1503         else if (cs instanceof UserColourScheme)\r
1504         {\r
1505           sg.cs = new UserColourScheme( ( (UserColourScheme) cs).getColours());\r
1506         }\r
1507         else\r
1508         {\r
1509           try\r
1510           {\r
1511             sg.cs = (ColourSchemeI) cs.getClass().newInstance();\r
1512           }\r
1513           catch (Exception ex)\r
1514           {\r
1515           }\r
1516         }\r
1517 \r
1518         if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
1519             || cs instanceof PIDColourScheme\r
1520             || cs instanceof Blosum62ColourScheme)\r
1521         {\r
1522          sg.cs.setThreshold(threshold,\r
1523                 viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1524 \r
1525           sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
1526               sg.getWidth()));\r
1527         }\r
1528         else\r
1529           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1530 \r
1531 \r
1532         if (viewport.getConservationSelected())\r
1533         {\r
1534           Conservation c = new Conservation("Group",\r
1535                                             ResidueProperties.propHash, 3,\r
1536                                             sg.sequences, 0,\r
1537                                             viewport.alignment.getWidth() - 1);\r
1538           c.calculate();\r
1539           c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);\r
1540           sg.cs.setConservation(c);\r
1541         }\r
1542         else\r
1543           sg.cs.setConservation(null);\r
1544       }\r
1545     }\r
1546 \r
1547     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
1548     {\r
1549       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
1550     }\r
1551 \r
1552     alignPanel.repaint();\r
1553   }\r
1554 \r
1555   /**\r
1556    * DOCUMENT ME!\r
1557    *\r
1558    * @param e DOCUMENT ME!\r
1559    */\r
1560   protected void modifyPID_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1561   {\r
1562     if (viewport.getAbovePIDThreshold() && viewport.globalColourScheme!=null)\r
1563     {\r
1564       SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel,\r
1565                                      viewport.getGlobalColourScheme(),\r
1566                                      "Background");\r
1567       SliderPanel.showPIDSlider();\r
1568     }\r
1569   }\r
1570 \r
1571   /**\r
1572    * DOCUMENT ME!\r
1573    *\r
1574    * @param e DOCUMENT ME!\r
1575    */\r
1576   protected void modifyConservation_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1577   {\r
1578     if (viewport.getConservationSelected() && viewport.globalColourScheme!=null)\r
1579     {\r
1580       SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
1581                                         viewport.globalColourScheme,\r
1582                                         "Background");\r
1583       SliderPanel.showConservationSlider();\r
1584     }\r
1585   }\r
1586 \r
1587   /**\r
1588    * DOCUMENT ME!\r
1589    *\r
1590    * @param e DOCUMENT ME!\r
1591    */\r
1592   protected void conservationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1593   {\r
1594     viewport.setConservationSelected(conservationMenuItem.isSelected());\r
1595 \r
1596     viewport.setAbovePIDThreshold(false);\r
1597     abovePIDThreshold.setSelected(false);\r
1598 \r
1599     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
1600 \r
1601     modifyConservation_actionPerformed(null);\r
1602   }\r
1603 \r
1604   /**\r
1605    * DOCUMENT ME!\r
1606    *\r
1607    * @param e DOCUMENT ME!\r
1608    */\r
1609   public void abovePIDThreshold_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1610   {\r
1611     viewport.setAbovePIDThreshold(abovePIDThreshold.isSelected());\r
1612 \r
1613     conservationMenuItem.setSelected(false);\r
1614     viewport.setConservationSelected(false);\r
1615 \r
1616     ColourSchemeI cs = viewport.getGlobalColourScheme();\r
1617 \r
1618     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
1619 \r
1620     modifyPID_actionPerformed(null);\r
1621   }\r
1622 \r
1623   /**\r
1624    * DOCUMENT ME!\r
1625    *\r
1626    * @param e DOCUMENT ME!\r
1627    */\r
1628   public void userDefinedColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1629   {\r
1630     if (e.getActionCommand().equals("User Defined..."))\r
1631     {\r
1632       new UserDefinedColours(alignPanel, null);\r
1633     }\r
1634     else\r
1635     {\r
1636       UserColourScheme udc = (UserColourScheme) UserDefinedColours.\r
1637           getUserColourSchemes().get(e.getActionCommand());\r
1638 \r
1639       changeColour(udc);\r
1640     }\r
1641   }\r
1642 \r
1643   public void updateUserColourMenu()\r
1644   {\r
1645 \r
1646     Component[] menuItems = colourMenu.getMenuComponents();\r
1647     int i, iSize = menuItems.length;\r
1648     for (i = 0; i < iSize; i++)\r
1649     {\r
1650       if (menuItems[i].getName() != null &&\r
1651           menuItems[i].getName().equals("USER_DEFINED"))\r
1652       {\r
1653         colourMenu.remove(menuItems[i]);\r
1654         iSize--;\r
1655       }\r
1656     }\r
1657     if (jalview.gui.UserDefinedColours.getUserColourSchemes() != null)\r
1658     {\r
1659       java.util.Enumeration userColours = jalview.gui.UserDefinedColours.\r
1660           getUserColourSchemes().keys();\r
1661 \r
1662       while (userColours.hasMoreElements())\r
1663       {\r
1664         final JRadioButtonMenuItem radioItem = new JRadioButtonMenuItem(userColours.\r
1665             nextElement().toString());\r
1666         radioItem.setName("USER_DEFINED");\r
1667         radioItem.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
1668             {\r
1669               public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
1670               {\r
1671                 if(evt.isControlDown() || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
1672                 {\r
1673                   radioItem.removeActionListener(radioItem.getActionListeners()[0]);\r
1674 \r
1675                   int option = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(jalview.gui.Desktop.desktop,\r
1676                       "Remove from default list?",\r
1677                       "Remove user defined colour",\r
1678                       JOptionPane.YES_NO_OPTION);\r
1679                   if(option == JOptionPane.YES_OPTION)\r
1680                   {\r
1681                     jalview.gui.UserDefinedColours.removeColourFromDefaults(radioItem.getText());\r
1682                     colourMenu.remove(radioItem);\r
1683                   }\r
1684                   else\r
1685                     radioItem.addActionListener(new ActionListener()\r
1686                     {\r
1687                       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
1688                       {\r
1689                         userDefinedColour_actionPerformed(evt);\r
1690                       }\r
1691                     });\r
1692                 }\r
1693               }\r
1694             });\r
1695         radioItem.addActionListener(new ActionListener()\r
1696         {\r
1697           public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
1698           {\r
1699             userDefinedColour_actionPerformed(evt);\r
1700           }\r
1701         });\r
1702 \r
1703         colourMenu.insert(radioItem, 15);\r
1704         colours.add(radioItem);\r
1705       }\r
1706     }\r
1707   }\r
1708 \r
1709   /**\r
1710    * DOCUMENT ME!\r
1711    *\r
1712    * @param e DOCUMENT ME!\r
1713    */\r
1714   public void PIDColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1715   {\r
1716     changeColour(new PIDColourScheme());\r
1717   }\r
1718 \r
1719   /**\r
1720    * DOCUMENT ME!\r
1721    *\r
1722    * @param e DOCUMENT ME!\r
1723    */\r
1724   public void BLOSUM62Colour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1725   {\r
1726     changeColour(new Blosum62ColourScheme());\r
1727   }\r
1728 \r
1729   /**\r
1730    * DOCUMENT ME!\r
1731    *\r
1732    * @param e DOCUMENT ME!\r
1733    */\r
1734   public void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1735   {\r
1736     addHistoryItem(new HistoryItem("Pairwise Sort", viewport.alignment,\r
1737                                    HistoryItem.SORT));\r
1738     AlignmentSorter.sortByPID(viewport.getAlignment(),\r
1739                               viewport.getAlignment().getSequenceAt(0));\r
1740     alignPanel.repaint();\r
1741   }\r
1742 \r
1743   /**\r
1744    * DOCUMENT ME!\r
1745    *\r
1746    * @param e DOCUMENT ME!\r
1747    */\r
1748   public void sortIDMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1749   {\r
1750     addHistoryItem(new HistoryItem("ID Sort", viewport.alignment,\r
1751                                    HistoryItem.SORT));\r
1752     AlignmentSorter.sortByID(viewport.getAlignment());\r
1753     alignPanel.repaint();\r
1754   }\r
1755 \r
1756   /**\r
1757    * DOCUMENT ME!\r
1758    *\r
1759    * @param e DOCUMENT ME!\r
1760    */\r
1761   public void sortGroupMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1762   {\r
1763     addHistoryItem(new HistoryItem("Group Sort", viewport.alignment,\r
1764                                    HistoryItem.SORT));\r
1765 \r
1766     AlignmentSorter.sortByGroup(viewport.getAlignment());\r
1767     alignPanel.repaint();\r
1768   }\r
1769 \r
1770   /**\r
1771    * DOCUMENT ME!\r
1772    *\r
1773    * @param e DOCUMENT ME!\r
1774    */\r
1775   public void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1776   {\r
1777     RedundancyPanel sp = new RedundancyPanel(alignPanel, this);\r
1778     JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1779     frame.setContentPane(sp);\r
1780     Desktop.addInternalFrame(frame, "Redundancy threshold selection", 400,\r
1781                              100, false);\r
1782   }\r
1783 \r
1784   /**\r
1785    * DOCUMENT ME!\r
1786    *\r
1787    * @param e DOCUMENT ME!\r
1788    */\r
1789   public void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1790   {\r
1791     if ( (viewport.getSelectionGroup() == null) ||\r
1792         (viewport.getSelectionGroup().getSize() < 2))\r
1793     {\r
1794       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this,\r
1795                                             "You must select at least 2 sequences.",\r
1796                                             "Invalid Selection",\r
1797                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1798     }\r
1799     else\r
1800     {\r
1801       JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1802       frame.setContentPane(new PairwiseAlignPanel(viewport));\r
1803       Desktop.addInternalFrame(frame, "Pairwise Alignment", 600, 500);\r
1804     }\r
1805   }\r
1806 \r
1807   /**\r
1808    * DOCUMENT ME!\r
1809    *\r
1810    * @param e DOCUMENT ME!\r
1811    */\r
1812   public void PCAMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1813   {\r
1814     if ( ( (viewport.getSelectionGroup() != null) &&\r
1815           (viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4) &&\r
1816           (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 0)) ||\r
1817         (viewport.getAlignment().getHeight() < 4))\r
1818     {\r
1819       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this,\r
1820                                             "Principal component analysis must take\n" +\r
1821                                             "at least 4 input sequences.",\r
1822                                             "Sequence selection insufficient",\r
1823                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1824 \r
1825       return;\r
1826     }\r
1827 \r
1828     try\r
1829     {\r
1830       PCAPanel pcaPanel = new PCAPanel(viewport, null);\r
1831       JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1832       frame.setContentPane(pcaPanel);\r
1833       Desktop.addInternalFrame(frame, "Principal component analysis",\r
1834                                400, 400);\r
1835     }\r
1836     catch (java.lang.OutOfMemoryError ex)\r
1837     {\r
1838       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this,\r
1839                                             "Too many sequences selected\nfor Principal Component Analysis!!",\r
1840                                             "Out of memory",\r
1841                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1842     }\r
1843   }\r
1844 \r
1845   /**\r
1846    * DOCUMENT ME!\r
1847    *\r
1848    * @param e DOCUMENT ME!\r
1849    */\r
1850   public void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1851   {\r
1852     NewTreePanel("AV", "PID", "Average distance tree using PID");\r
1853   }\r
1854 \r
1855   /**\r
1856    * DOCUMENT ME!\r
1857    *\r
1858    * @param e DOCUMENT ME!\r
1859    */\r
1860   public void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1861   {\r
1862     NewTreePanel("NJ", "PID", "Neighbour joining tree using PID");\r
1863   }\r
1864 \r
1865   /**\r
1866    * DOCUMENT ME!\r
1867    *\r
1868    * @param e DOCUMENT ME!\r
1869    */\r
1870   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1871   {\r
1872     NewTreePanel("NJ", "BL", "Neighbour joining tree using BLOSUM62");\r
1873   }\r
1874 \r
1875   /**\r
1876    * DOCUMENT ME!\r
1877    *\r
1878    * @param e DOCUMENT ME!\r
1879    */\r
1880   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1881   {\r
1882     NewTreePanel("AV", "BL", "Average distance tree using BLOSUM62");\r
1883   }\r
1884 \r
1885   /**\r
1886    * DOCUMENT ME!\r
1887    *\r
1888    * @param type DOCUMENT ME!\r
1889    * @param pwType DOCUMENT ME!\r
1890    * @param title DOCUMENT ME!\r
1891    */\r
1892   void NewTreePanel(String type, String pwType, String title)\r
1893   {\r
1894     final TreePanel tp;\r
1895 \r
1896     if ( (viewport.getSelectionGroup() != null) &&\r
1897         (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 3))\r
1898     {\r
1899       int s = 0;\r
1900       SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1901 \r
1902       /* Decide if the selection is a column region */\r
1903       while (s < sg.sequences.size())\r
1904       {\r
1905         if ( ( (SequenceI) sg.sequences.elementAt(s++)).getLength() <\r
1906             sg.getEndRes())\r
1907         {\r
1908           JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1909                                         "The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\n" +\r
1910                                         "Try using the Pad function in the edit menu,\n" +\r
1911                                         "or one of the multiple sequence alignment web services.",\r
1912                                         "Sequences in selection are not aligned",\r
1913                                         JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1914 \r
1915           return;\r
1916         }\r
1917       }\r
1918 \r
1919       title = title + " on region";\r
1920       tp = new TreePanel(viewport,\r
1921                          viewport.getSelectionGroup().sequences, type, pwType,\r
1922                          sg.getStartRes(), sg.getEndRes());\r
1923     }\r
1924     else\r
1925     {\r
1926       //are the sequences aligned?\r
1927       if (!viewport.alignment.isAligned())\r
1928       {\r
1929         JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1930                                       "The sequences must be aligned before creating a tree.\n" +\r
1931                                       "Try using the Pad function in the edit menu,\n" +\r
1932                                       "or one of the multiple sequence alignment web services.",\r
1933                                       "Sequences not aligned",\r
1934                                       JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1935 \r
1936         return;\r
1937       }\r
1938 \r
1939       tp = new TreePanel(viewport,\r
1940                          viewport.getAlignment().getSequences(), type, pwType,\r
1941                          0,\r
1942                          viewport.alignment.getWidth());\r
1943     }\r
1944 \r
1945     addTreeMenuItem(tp, title);\r
1946     viewport.setCurrentTree(tp.getTree());\r
1947 \r
1948     Desktop.addInternalFrame(tp, title + " from " + this.title, 600, 500);\r
1949   }\r
1950 \r
1951   /**\r
1952    * DOCUMENT ME!\r
1953    *\r
1954    * @param title DOCUMENT ME!\r
1955    * @param order DOCUMENT ME!\r
1956    */\r
1957   public void addSortByOrderMenuItem(String title, final AlignmentOrder order)\r
1958   {\r
1959     final JMenuItem item = new JMenuItem("by " + title);\r
1960     sort.add(item);\r
1961     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
1962     {\r
1963       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
1964       {\r
1965         addHistoryItem(new HistoryItem("Sort", viewport.alignment,\r
1966                                        HistoryItem.SORT));\r
1967 \r
1968         // TODO: JBPNote - have to map order entries to curent SequenceI pointers\r
1969         AlignmentSorter.sortBy(viewport.getAlignment(), order);\r
1970         alignPanel.repaint();\r
1971       }\r
1972     });\r
1973   }\r
1974 \r
1975   /**\r
1976    * Maintain the Order by->Displayed Tree menu.\r
1977    * Creates a new menu item for a TreePanel with an appropriate\r
1978    * <code>jalview.analysis.AlignmentSorter</code> call. Listeners are added\r
1979    * to remove the menu item when the treePanel is closed, and adjust\r
1980    * the tree leaf to sequence mapping when the alignment is modified.\r
1981    * @param treePanel Displayed tree window.\r
1982    * @param title SortBy menu item title.\r
1983    */\r
1984   void addTreeMenuItem(final TreePanel treePanel, String title)\r
1985   {\r
1986     final JMenuItem item = new JMenuItem(title);\r
1987 \r
1988     treeCount++;\r
1989 \r
1990     if (treeCount == 1)\r
1991     {\r
1992       sort.add(sortByTreeMenu);\r
1993     }\r
1994 \r
1995     sortByTreeMenu.add(item);\r
1996     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
1997     {\r
1998       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
1999       {\r
2000         addHistoryItem(new HistoryItem("Tree Sort",\r
2001                                        viewport.alignment, HistoryItem.SORT));\r
2002         AlignmentSorter.sortByTree(viewport.getAlignment(),\r
2003                                    treePanel.getTree());\r
2004         alignPanel.repaint();\r
2005       }\r
2006     });\r
2007 \r
2008     treePanel.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.\r
2009                                        InternalFrameAdapter()\r
2010     {\r
2011       public void internalFrameClosed(\r
2012           javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
2013       {\r
2014         treeCount--;\r
2015         sortByTreeMenu.remove(item);\r
2016 \r
2017         if (treeCount == 0)\r
2018         {\r
2019           sort.remove(sortByTreeMenu);\r
2020         }\r
2021       }\r
2022       ;\r
2023     });\r
2024   }\r
2025 \r
2026   /**\r
2027    * Work out whether the whole set of sequences\r
2028    * or just the selected set will be submitted for multiple alignment.\r
2029    *\r
2030    */\r
2031   private SequenceI[] gatherSequencesForAlignment()\r
2032   {\r
2033     // Now, check we have enough sequences\r
2034     SequenceI[] msa = null;\r
2035 \r
2036     if ( (viewport.getSelectionGroup() != null) &&\r
2037         (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1))\r
2038     {\r
2039       // JBPNote UGLY! To prettify, make SequenceGroup and Alignment conform to some common interface!\r
2040       SequenceGroup seqs = viewport.getSelectionGroup();\r
2041       int sz;\r
2042       msa = new SequenceI[sz = seqs.getSize()];\r
2043 \r
2044       for (int i = 0; i < sz; i++)\r
2045       {\r
2046         msa[i] = (SequenceI) seqs.getSequenceAt(i);\r
2047       }\r
2048     }\r
2049     else\r
2050     {\r
2051       Vector seqs = viewport.getAlignment().getSequences();\r
2052 \r
2053       if (seqs.size() > 1)\r
2054       {\r
2055         msa = new SequenceI[seqs.size()];\r
2056 \r
2057         for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
2058         {\r
2059           msa[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
2060         }\r
2061       }\r
2062     }\r
2063     return msa;\r
2064   }\r
2065 \r
2066   /**\r
2067    * Decides what is submitted to a secondary structure prediction service,\r
2068    * the currently selected sequence, or the currently selected alignment\r
2069    * (where the first sequence in the set is the one that the prediction\r
2070    * will be for).\r
2071    */\r
2072   SequenceI[] gatherSeqOrMsaForSecStrPrediction()\r
2073   {\r
2074     SequenceI seq = null;\r
2075     SequenceI[] msa = null;\r
2076 \r
2077     if ( (viewport.getSelectionGroup() != null) &&\r
2078         (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 0))\r
2079     {\r
2080       // JBPNote UGLY! To prettify, make SequenceGroup and Alignment conform to some common interface!\r
2081       SequenceGroup seqs = viewport.getSelectionGroup();\r
2082 \r
2083       if ( (seqs.getSize() == 1) || !viewport.alignment.isAligned())\r
2084       {\r
2085         seq = (SequenceI) seqs.getSequenceAt(0);\r
2086       }\r
2087       else\r
2088       {\r
2089         int sz;\r
2090         msa = new SequenceI[sz = seqs.getSize()];\r
2091 \r
2092         for (int i = 0; i < sz; i++)\r
2093         {\r
2094           msa[i] = (SequenceI) seqs.getSequenceAt(i);\r
2095         }\r
2096       }\r
2097     }\r
2098     else\r
2099     {\r
2100       Vector seqs = viewport.getAlignment().getSequences();\r
2101 \r
2102       if ( (seqs.size() == 1) || !viewport.alignment.isAligned())\r
2103       {\r
2104         seq = (SequenceI) seqs.elementAt(0);\r
2105       }\r
2106       else\r
2107       {\r
2108         msa = new SequenceI[seqs.size()];\r
2109 \r
2110         for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
2111         {\r
2112           msa[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
2113         }\r
2114       }\r
2115     }\r
2116     if (msa != null)\r
2117     {\r
2118       return msa;\r
2119     }\r
2120     else\r
2121     {\r
2122       if (seq != null)\r
2123       {\r
2124         return new SequenceI[]\r
2125             {\r
2126             seq};\r
2127       }\r
2128     }\r
2129     return null;\r
2130   }\r
2131   /**\r
2132    * DOCUMENT ME!\r
2133    *\r
2134    * @param e DOCUMENT ME!\r
2135    */\r
2136   protected void LoadtreeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2137   {\r
2138     // Pick the tree file\r
2139     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
2140         getProperty(\r
2141             "LAST_DIRECTORY"));\r
2142     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
2143     chooser.setDialogTitle("Select a newick-like tree file");\r
2144     chooser.setToolTipText("Load a tree file");\r
2145 \r
2146     int value = chooser.showOpenDialog(null);\r
2147 \r
2148     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
2149     {\r
2150       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
2151       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice);\r
2152 \r
2153       try\r
2154       {\r
2155         jalview.io.NewickFile fin = new jalview.io.NewickFile(choice,\r
2156             "File");\r
2157         viewport.setCurrentTree(ShowNewickTree(fin, choice).getTree());\r
2158       }\r
2159       catch (Exception ex)\r
2160       {\r
2161         JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,\r
2162                                       "Problem reading tree file",\r
2163                                       ex.getMessage(),\r
2164                                       JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
2165         ex.printStackTrace();\r
2166       }\r
2167     }\r
2168   }\r
2169 \r
2170 \r
2171   public TreePanel ShowNewickTree(NewickFile nf, String title)\r
2172   {\r
2173     return ShowNewickTree(nf,title,600,500,4,5);\r
2174   }\r
2175   /**\r
2176    * DOCUMENT ME!\r
2177    *\r
2178    * @param nf DOCUMENT ME!\r
2179    * @param title DOCUMENT ME!\r
2180    *\r
2181    * @return DOCUMENT ME!\r
2182    */\r
2183   public TreePanel ShowNewickTree(NewickFile nf, String title, int w,int h,int x, int y)\r
2184   {\r
2185     TreePanel tp = null;\r
2186 \r
2187     try\r
2188     {\r
2189       nf.parse();\r
2190 \r
2191       if (nf.getTree() != null)\r
2192       {\r
2193         tp = new TreePanel(viewport,\r
2194                            viewport.getAlignment().getSequences(), nf,\r
2195                            "FromFile",\r
2196                            title);\r
2197 \r
2198         tp.setSize(w,h);\r
2199 \r
2200         if(x>0 && y>0)\r
2201           tp.setLocation(x,y);\r
2202 \r
2203 \r
2204         Desktop.addInternalFrame(tp, title, w, h);\r
2205         addTreeMenuItem(tp, title);\r
2206       }\r
2207     }\r
2208     catch (Exception ex)\r
2209     {\r
2210       ex.printStackTrace();\r
2211     }\r
2212 \r
2213     return tp;\r
2214   }\r
2215 \r
2216   class PrintThread\r
2217       extends Thread\r
2218   {\r
2219     public void run()\r
2220     {\r
2221       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();\r
2222       PageFormat pf = printJob.pageDialog(printJob.defaultPage());\r
2223       printJob.setPrintable(alignPanel, pf);\r
2224 \r
2225       if (printJob.printDialog())\r
2226       {\r
2227         try\r
2228         {\r
2229           printJob.print();\r
2230         }\r
2231         catch (Exception PrintException)\r
2232         {\r
2233           PrintException.printStackTrace();\r
2234         }\r
2235       }\r
2236     }\r
2237   }\r
2238 \r
2239   /**\r
2240    * Generates menu items and listener event actions for web service clients\r
2241    *\r
2242    */\r
2243   public void BuildWebServiceMenu()\r
2244   {\r
2245     if ( (Desktop.discoverer.services != null)\r
2246         && (Desktop.discoverer.services.size() > 0))\r
2247     {\r
2248       Vector msaws = (Vector) Desktop.discoverer.services.get("MsaWS");\r
2249       Vector secstrpr = (Vector) Desktop.discoverer.services.get("SecStrPred");\r
2250       Vector wsmenu = new Vector();\r
2251       if (msaws != null)\r
2252       {\r
2253         // Add any Multiple Sequence Alignment Services\r
2254         final JMenu msawsmenu = new JMenu("Alignment");\r
2255         for (int i = 0, j = msaws.size(); i < j; i++)\r
2256         {\r
2257           final ext.vamsas.ServiceHandle sh = (ext.vamsas.ServiceHandle) msaws.\r
2258               get(i);\r
2259           final JMenuItem method = new JMenuItem(sh.getName());\r
2260           method.addActionListener(new ActionListener()\r
2261           {\r
2262             public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2263             {\r
2264               SequenceI[] msa = gatherSequencesForAlignment();\r
2265               MsaWSClient ct = new jalview.ws.MsaWSClient(sh, title, msa,\r
2266                   false, true);\r
2267 \r
2268             }\r
2269 \r
2270           });\r
2271           msawsmenu.add(method);\r
2272           // Deal with services that we know accept partial alignments.\r
2273           if (sh.getName().indexOf("lustal") > -1)\r
2274           {\r
2275             // We know that ClustalWS can accept partial alignments for refinement.\r
2276             final JMenuItem methodR = new JMenuItem(sh.getName()+" Realign");\r
2277             methodR.addActionListener(new ActionListener()\r
2278             {\r
2279               public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2280               {\r
2281                 SequenceI[] msa = gatherSequencesForAlignment();\r
2282                 MsaWSClient ct = new jalview.ws.MsaWSClient(sh, title, msa,\r
2283                     true, true);\r
2284 \r
2285               }\r
2286 \r
2287             });\r
2288             msawsmenu.add(methodR);\r
2289 \r
2290           }\r
2291         }\r
2292         wsmenu.add(msawsmenu);\r
2293       }\r
2294       if (secstrpr != null)\r
2295       {\r
2296         // Add any secondary structure prediction services\r
2297         final JMenu secstrmenu = new JMenu("Secondary Structure Prediction");\r
2298         for (int i = 0, j = secstrpr.size(); i < j; i++)\r
2299         {\r
2300           final ext.vamsas.ServiceHandle sh = (ext.vamsas.ServiceHandle)\r
2301               secstrpr.get(i);\r
2302           final JMenuItem method = new JMenuItem(sh.getName());\r
2303           method.addActionListener(new ActionListener()\r
2304           {\r
2305             public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2306             {\r
2307               SequenceI[] msa = gatherSeqOrMsaForSecStrPrediction();\r
2308               if (msa.length == 1)\r
2309               {\r
2310                 // Single Sequence prediction\r
2311                 jalview.ws.JPredClient ct = new jalview.ws.JPredClient(sh,\r
2312                     title, msa[0]);\r
2313               }\r
2314               else\r
2315               {\r
2316                 if (msa.length > 1)\r
2317                 {\r
2318                   // Single Sequence prediction\r
2319                   jalview.ws.JPredClient ct = new jalview.ws.JPredClient(sh,\r
2320                       title, msa);\r
2321                 }\r
2322               }\r
2323             }\r
2324           });\r
2325           secstrmenu.add(method);\r
2326         }\r
2327         wsmenu.add(secstrmenu);\r
2328       }\r
2329       this.webService.removeAll();\r
2330       for (int i = 0, j = wsmenu.size(); i < j; i++)\r
2331       {\r
2332         webService.add( (JMenu) wsmenu.get(i));\r
2333       }\r
2334     }\r
2335     else\r
2336     {\r
2337       this.webService.removeAll();\r
2338       this.webService.add(this.webServiceNoServices);\r
2339     }\r
2340     // TODO: add in rediscovery function\r
2341     // TODO: reduce code redundancy.\r
2342     // TODO: group services by location as well as function.\r
2343   }\r
2344 \r
2345 }\r