src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import jalview.io.*;\r
   5 import jalview.analysis.NJTree;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 \r
  10 public class AlignViewport\r
  11 {\r
  12   int startRes;\r
  13   int endRes;\r
  14 \r
  15   int startSeq;\r
  16   int endSeq;\r
  17 \r
  18   boolean showScores=false;\r
  19   boolean showText=true;\r
  20   boolean showColourText=false;\r
  21   boolean showBoxes=true;\r
  22   boolean wrapAlignment=false;\r
  23   boolean renderGaps = false;\r
  24   boolean groupEdit    = false;\r
  25   boolean groupDefiningMode = true;\r
  26 \r
  27   ColourSchemeI globalColourScheme = null;\r
  28 \r
  29   RendererI renderer = new SequenceRenderer(this);\r
  30 \r
  31   int             charHeight;\r
  32   int          charWidth;\r
  33   int             chunkWidth;\r
  34   int             chunkHeight;\r
  35 \r
  36   Font            font = new Font("SansSerif",Font.PLAIN,10);\r
  37   AlignmentI      alignment;\r
  38 \r
  39   Selection       sel    = new Selection();\r
  40   ColumnSelection colSel = new ColumnSelection();\r
  41 \r
  42   OutputGenerator og;\r
  43 \r
  44   String visibleConsensus;\r
  45 \r
  46   int threshold;\r
  47   int increment;\r
  48 \r
  49   NJTree currentTree = null;\r
  50 \r
  51   int window   = 50;\r
  52   int baseline = 30;\r
  53 \r
  54   Vector kmers;\r
  55 \r
  56   public AlignViewport(AlignmentI da,\r
  57                        boolean showScores,\r
  58                        boolean showText,\r
  59                        boolean showBoxes,\r
  60                        boolean wrapAlignment) {\r
  61     this(0,da.getWidth()-1,0,da.getHeight()-1,showScores,\r
  62          showText,\r
  63          showBoxes,\r
  64          wrapAlignment);\r
  65 \r
  66     setAlignment(da);\r
  67   }\r
  68 \r
  69   public AlignViewport(int startRes, int endRes,\r
  70                        int startSeq, int endSeq,\r
  71                        boolean showScores,\r
  72                        boolean showText,\r
  73                        boolean showBoxes,\r
  74                        boolean wrapAlignment) {\r
  75 \r
  76     this.startRes = startRes;\r
  77     this.endRes   = endRes;\r
  78     this.startSeq = startSeq;\r
  79     this.endSeq   = endSeq;\r
  80 \r
  81     this.showScores    = showScores;\r
  82     this.showText      = showText;\r
  83     this.showBoxes     = showBoxes;\r
  84     this.wrapAlignment = wrapAlignment;\r
  85 \r
  86    // og  = new AlignmentOutputGenerator(this);\r
  87 \r
  88     setFont( font );\r
  89  }\r
  90 \r
  91 \r
  92   public String getVisibleConsensus()\r
  93   {\r
  94     return visibleConsensus;\r
  95   }\r
  96 \r
  97   Vector consensus = new Vector();\r
  98   public Vector getConsensus(boolean recalculate)\r
  99   {\r
 100     if(recalculate || consensus.size()<1)\r
 101     {\r
 102       consensus = alignment.getAAFrequency();\r
 103       StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 104       Hashtable hash = null;\r
 105       for (int i = 0; i < consensus.size(); i++)\r
 106       {\r
 107         hash = (Hashtable) consensus.elementAt(i);\r
 108         sb.append(hash.get("maxResidue").toString().charAt(0));\r
 109       }\r
 110       visibleConsensus = sb.toString();\r
 111     }\r
 112 \r
 113 \r
 114     return consensus;\r
 115   }\r
 116 \r
 117 \r
 118   public int getStartRes() {\r
 119     return startRes;\r
 120   }\r
 121 \r
 122   public int getEndRes() {\r
 123     return endRes;\r
 124   }\r
 125 \r
 126   public int getStartSeq() {\r
 127     return startSeq;\r
 128   }\r
 129 \r
 130   public void setGlobalColourScheme(ColourSchemeI cs)\r
 131   {\r
 132      globalColourScheme = cs;\r
 133   }\r
 134 \r
 135   public ColourSchemeI getGlobalColourScheme()\r
 136   {\r
 137     return globalColourScheme;\r
 138   }\r
 139 \r
 140 \r
 141   public void setStartRes(int res) {\r
 142     this.startRes = res;\r
 143   }\r
 144   public void setStartSeq(int seq) {\r
 145     this.startSeq = seq;\r
 146   }\r
 147   public void setEndRes(int res) {\r
 148     if (res > alignment.getWidth()-1) {\r
 149       System.out.println(" Corrected res from " + res + " to maximum " + (alignment.getWidth()-1));\r
 150        res = alignment.getWidth() -1;\r
 151     }\r
 152     if (res < 0) {\r
 153       res = 0;\r
 154     }\r
 155     this.endRes = res;\r
 156   }\r
 157   public void setEndSeq(int seq) {\r
 158     if (seq > alignment.getHeight()) {\r
 159       seq = alignment.getHeight();\r
 160     }\r
 161     if (seq < 0) {\r
 162       seq = 0;\r
 163     }\r
 164     this.endSeq = seq;\r
 165   }\r
 166   public int getEndSeq() {\r
 167     return endSeq;\r
 168   }\r
 169 \r
 170   public void setFont(Font f) {\r
 171     font = f;\r
 172     javax.swing.JFrame temp = new javax.swing.JFrame();\r
 173     temp.addNotify();\r
 174     java.awt.FontMetrics fm = temp.getGraphics().getFontMetrics(font);\r
 175     setCharHeight(fm.getHeight());\r
 176     setCharWidth(fm.charWidth('M'));\r
 177   }\r
 178 \r
 179   public Font getFont() {\r
 180     return font;\r
 181   }\r
 182   public void setCharWidth(int w) {\r
 183     this.charWidth = w;\r
 184   }\r
 185   public int getCharWidth() {\r
 186     return charWidth;\r
 187   }\r
 188   public void setCharHeight(int h) {\r
 189     this.charHeight = h;\r
 190   }\r
 191   public int getCharHeight() {\r
 192     return charHeight;\r
 193   }\r
 194   public void setChunkWidth(int w) {\r
 195     this.chunkWidth = w;\r
 196   }\r
 197   public int getChunkWidth() {\r
 198     return chunkWidth;\r
 199   }\r
 200   public void setChunkHeight(int h) {\r
 201     this.chunkHeight = h;\r
 202   }\r
 203   public int getChunkHeight() {\r
 204     return chunkHeight;\r
 205   }\r
 206   public AlignmentI getAlignment() {\r
 207     return alignment;\r
 208   }\r
 209   public void setAlignment(AlignmentI align) {\r
 210     this.alignment = align;\r
 211   }\r
 212   public void setShowScores(boolean state) {\r
 213     showScores = state;\r
 214   }\r
 215   public void setWrapAlignment(boolean state) {\r
 216     wrapAlignment = state;\r
 217   }\r
 218   public void setShowText(boolean state) {\r
 219     showText = state;\r
 220   }\r
 221 \r
 222   public void setRenderGaps(boolean state){\r
 223     renderGaps = state;\r
 224     if(renderer instanceof SequenceRenderer)\r
 225     {\r
 226       SequenceRenderer sr = (SequenceRenderer)renderer;\r
 227       sr.renderGaps(state);\r
 228     }\r
 229   }\r
 230 \r
 231 \r
 232   public boolean getColourText()\r
 233   {\r
 234     return showColourText;\r
 235   }\r
 236 \r
 237   public void setColourText(boolean state)\r
 238   {\r
 239     showColourText = state;\r
 240   }\r
 241 \r
 242   public void setShowBoxes(boolean state) {\r
 243     showBoxes = state;\r
 244   }\r
 245   public boolean getShowScores() {\r
 246     return showScores;\r
 247   }\r
 248   public boolean getWrapAlignment() {\r
 249       return wrapAlignment;\r
 250   }\r
 251   public boolean getShowText() {\r
 252     return showText;\r
 253   }\r
 254   public boolean getShowBoxes() {\r
 255     return showBoxes;\r
 256   }\r
 257  // public CommandParser getCommandLog() {\r
 258  ///   return log;\r
 259  // }\r
 260   public boolean getGroupEdit() {\r
 261     return groupEdit;\r
 262   }\r
 263   public void setGroupEdit(boolean state) {\r
 264     groupEdit = state;\r
 265   }\r
 266   public char getGapCharacter() {\r
 267     return getAlignment().getGapCharacter();\r
 268   }\r
 269   public void setGapCharacter(char gap) {\r
 270     if (getAlignment() != null) {\r
 271       getAlignment().setGapCharacter(gap);\r
 272     }\r
 273   }\r
 274   public void setThreshold(int thresh) {\r
 275     threshold = thresh;\r
 276   }\r
 277   public int getThreshold() {\r
 278     return threshold;\r
 279   }\r
 280   public void setIncrement(int inc) {\r
 281     increment = inc;\r
 282   }\r
 283   public int getIncrement() {\r
 284     return increment;\r
 285   }\r
 286   public int getIndex(int y) {\r
 287     int y1     = 0;\r
 288     int starty = getStartSeq();\r
 289     int endy   = getEndSeq();\r
 290 \r
 291     for (int i = starty; i <= endy; i++) {\r
 292       if (i < alignment.getHeight() && alignment.getSequenceAt(i) != null) {\r
 293         int y2 = y1 + getCharHeight();\r
 294 \r
 295         if (y>=y1 && y <=y2) {\r
 296           return i;\r
 297         }\r
 298         y1  = y2;\r
 299       } else {\r
 300         return -1;\r
 301       }\r
 302     }\r
 303     return -1;\r
 304   }\r
 305   public Selection getSelection() {\r
 306     return sel;\r
 307   }\r
 308   public ColumnSelection getColumnSelection() {\r
 309     return colSel;\r
 310   }\r
 311   public OutputGenerator getOutputGenerator() {\r
 312     return og;\r
 313   }\r
 314   public void resetSeqLimits(int height) {\r
 315     setStartSeq(0);\r
 316     setEndSeq(height/getCharHeight());\r
 317   }\r
 318   public void setCurrentTree(NJTree tree) {\r
 319       currentTree = tree;\r
 320   }\r
 321   public NJTree getCurrentTree() {\r
 322     return currentTree;\r
 323   }\r
 324 \r
 325     public void setRenderer(RendererI rend) {\r
 326         this.renderer = rend;\r
 327     }\r
 328 \r
 329     public RendererI getRenderer() {\r
 330         return renderer;\r
 331     }\r
 332     public int getPIDWindow() {\r
 333         return window;\r
 334     }\r
 335     public void setPIDWindow(int window) {\r
 336         this.window = window;\r
 337     }\r
 338 \r
 339     public int getPIDBaseline() {\r
 340         return baseline;\r
 341     }\r
 342     public void setPIDBaseline(int baseline) {\r
 343         this.baseline = baseline;\r
 344     }\r
 345 \r
 346     public void setKmers(Vector kmers) {\r
 347         this.kmers = kmers;\r
 348     }\r
 349 \r
 350     public Vector getKmers() {\r
 351         return this.kmers;\r
 352     }\r
 353 \r
 354 \r
 355 }\r